Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006312.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06333, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 26840
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.31, T:0.19
Found at i:5154 original size:300 final size:300
Alignment explanation
Indices: 4781--6535 Score: 1960
Period size: 300 Copynumber: 5.8 Consensus size: 300
4771 GCTGGCCGTG
* * *
4781 GCGCAGTTGGCCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATCGTGTACGTGCCAGCCGGCGT
1 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGT
* * * * * * *
4846 ACCCGGTGCCACGGATACCAGGCCGGTATTCGGGTCGAG-GCTCACCTTCGGGTTGCTCGATGGC
66 GCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCG-TCACCTTCGGGTTGCTCGACGGC
* * * * *
4910 GTCGTCACGCTCACGTTGA-TGTTGCCCGGCGTTGCCTTCGAGCCATTGAGCGTGTCGTTGTCCA
130 GACGTCACGCTCACGTTGACCG-TGCCCGGCGTCGCCTTGGAGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCA
* * * * * * *
4974 GCACATTGCCGAC-CTGCGGGCTACCGCTCGAGCCATCGACT-CCGGTGTAGTTGTCATTGCCCG
194 GCACGTTGCCGACGCTGC-GGTTGCCGCTCGAGCCGTCGA-TGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGG
** * * *
5037 CCGCGATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTTGCAGTCGCGTTT
257 CAACGATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCCGTGGCGTTT
* * *
5081 GCGCAGTTGGTCGCGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATCGTGTACGTGCCGGCCGGCGT
1 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGT
* *
5146 GCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAACGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAG
66 GCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGCG
* * * *
5211 AGGTCACGCTCAGGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCCTTGGCA-CCATTGAGCGTGTCGTTGTCCAA
131 ACGTCACGCTCACGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCCTTGG-AGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAG
* * * * **
5275 CACGTTGCCCACGCTGCTGTTGCC-CGCGTTGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGTTGGCA
195 CACGTTGCCGACGCTGCGGTTGCCGCTCG-AGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGGCA
* * ** * *
5339 ACGATCTTGCCCGGCACCACCGTCACGGTTTCCGTGGCGGTC
259 ACGATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCCGTGGCGTTT
* * *
5381 GCACAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCCGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCTGCCGGCGT
1 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGT
* * * * *
5446 GCCCGGCGCAACCGACACCACACCGGTGTTCGGGTCCAGTGTCACCTTCGGATTGCTCGACGGCG
66 GCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGCG
* * * *
5511 TCGTCACGCTGACGTTGACGGTGCCCGGCGT-GACCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAG
131 ACGTCACGCTCACGTTGACCGTGCCCGGCGTCG-CCTTGGAGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAG
* * * * * * *
5575 CGCATTGCCAACGTTGCTGTTGCC-CGCGTTGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGGCA
195 CACGTTGCCGACGCTGCGGTTGCCGCTCG-AGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGGCA
* ** *
5639 ACGATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCGGTGGTATTG
259 ACGATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCCGTGGCGTTT
*
5681 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCTGCCGGCGT
1 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGT
* * *
5746 GCCCGGTGCCACTGCCACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAG
66 GCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGCG
* * *
5811 AGGTCACGCTGATGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCCTTGGCA-CCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAG
131 ACGTCACGCTCACGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCCTTGG-AGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAG
* * * * * * * *
5875 CACGTTGCCGACGCTGCCGTTGCCGGCGT-TA-CCGTCGATACCGGTATAGCTATCGCTGCCAGC
195 CACGTTGCCGACGCTGCGGTTGCC-GC-TCGAGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGGC
** * * ** * *
5938 --CGTAATCGGGCCCGTCACCACCGTCACCGAAGCGGTAGCGTTT
258 AACG--ATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCCGTGGCGTTT
*
5981 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGATAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGT
1 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGT
* * * *
6046 GCCCCGGTGCCACCGACACCACG-CCCGTGCTCGGATCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGAATG
66 G-CCCGGTGCCACCGACACCA-GACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCG-ACG
* * * *
6110 GCGTCGTCACGCTCACGTTGACGGTGCCCGGCGTGGCCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCC
128 GCGACGTCACGCTCACGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCCTTGGAGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCC
* * * * * * * * **
6175 AGCACGTTGCCAAC-CTGTGGGTGCCGGTGGCGCCGTTCG-TCCCGGTGTAGGTGTCATTGCTTG
193 AGCACGTTGCCGACGCTGCGGTTGCCGCTCGAGCCG-TCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGG
* * * * * *
6238 CAATGATCTTGCCGGGTGCCACCGTGACCGTGGCCGTGGCGCTC
257 CAACGATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCCGTGGCGTTT
* * * *
6282 GCACAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAAATCTGATAGCCGATGGGTGTACGTACCCGCCGGCG
1 GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGAT-GGTGTACGTGCCCGCCGGCG
* * *
6347 TGCCCGGTGCCACTGCCACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGATGGC
65 TGCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGC
* * ** ** *
6412 GAGGTCACGCTGATATTGACCGTGCCCGTTGTCGCCTTGGCGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAG
130 GACGTCACGCTCACGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCCTTGGAGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAG
* ** * * * *
6477 CACGTTACCGACGCTGCTATTGCCTGC-GGTGCCGTCAATGCCGGTATAGGTGTCGTTGC
195 CACGTTGCCGACGCTGCGGTTGCC-GCTCGAGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGC
6536 TGGCCGCAAT
Statistics
Matches: 1236, Mismatches: 190, Indels: 57
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
298 2 0.00
299 6 0.00
300 892 0.72
301 237 0.19
302 98 0.08
303 1 0.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.32, G:0.33, T:0.23
Consensus pattern (300 bp):
GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGT
GCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGCG
ACGTCACGCTCACGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCCTTGGAGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGC
ACGTTGCCGACGCTGCGGTTGCCGCTCGAGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGGCAAC
GATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCCGTGGCGTTT
Found at i:5912 original size:600 final size:592
Alignment explanation
Indices: 4784--6549 Score: 2289
Period size: 600 Copynumber: 2.9 Consensus size: 592
4774 GGCCGTGGCG
* * *
4784 CAGTTGGCCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATCGTGTACGTGCCAGCCGGCGTACC
1 CAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCAGCCGGCGTGCC
* * * * *
4849 CGGTGCCACGGATACCAGGCCGGTATTCGGGTCGAGGCTCACCTTCGGGTTGCTCGATGGCGTCG
66 CGGTGCCACCGACACCACGCCGGTGTTCGGGTCCAGG-TCACCTTCGGGTTGCTCGATGGCGTCG
* * * * *
4914 TCACGCTCACGTTGATGTTGCCCGGCGTTGCCTTCGAGCCATTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACA
130 TCACGCTCACGTTGACGGTGCCCGGCG-TGCCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACA
* * * * * * **
4979 TTGCCGACCTGCGGGCTACCGCTCGAGCCATCGACTCCGGTGTAGTTGTCATTGCCCGCCGCGAT
194 TTGCCAACCTGC-TGCTGCC-CGCGAGCCGTCGA-TCCGGTGTAGGTGTCATTGCCCGCAACGAT
* *
5044 CTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTTGCAGTCGCGTTTGCGCAGTTGGTCGCGTTCAGCTTCTCGC
256 CTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCAGT-G-GTTTGCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGC
* * * *
5109 AGATCTGGTAGCCGATCGTGTACGTGCCGGCCGGCGTGCCCGGTGCCACCGACACCAGACCGGTG
319 AGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGTGCCCGGTGCCACTGCCACCAGACCGGTG
* * *
5174 TTCGGGTCCAACGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAGAGGTCACGCTCAGGTTGACCGTGCCCGG
384 TTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAGAGGTCACGCTGATGTTGACCGTGCCCGG
* * *
5239 CGTCGCCTTGGCACCATTGAGCGTGTCGTTGTCCAACACGTTGCCCACGCTGCTGTTGCCCGCGT
449 CGTCGCCTTGGCACCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACGTTGCCGACGCTGCTGTTGCCCGCGT
* * ** * *
5304 TGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGTTGGCAACG-ATCTTGCCCGGCACCACCGTCACGGT
514 TGCCGTCGATGCCGGTATAGGTGTCGTTGCTGGC--CGAATCGGGCCCGGCACCACCGTCACCGA
** *
5368 TTCCGTGGCGGTCGCA
577 AGCCGTAGCGGTCGCA
* *
5384 CAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCCGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCTGCCGGCGTGCC
1 CAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCAGCCGGCGTGCC
* * * * *
5449 CGGCGCAACCGACACCACACCGGTGTTCGGGTCCAGTGTCACCTTCGGATTGCTCGACGGCGTCG
66 CGGTGCCACCGACACCACGCCGGTGTTCGGGTCCAG-GTCACCTTCGGGTTGCTCGATGGCGTCG
* *
5514 TCACGCTGACGTTGACGGTGCCCGGCGTGACCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCGCA
130 TCACGCTCACGTTGACGGTGCCCGGCGTG-CCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACA
* * * * *
5579 TTGCCAACGTTGCTGTTGCCCGCGTTGCCGTCGATGCCGGTGTAGGTGTCGTTGCCGGCAACGAT
194 TTGCCAAC-CTGCTGCTGCCCGCG-AGCCGTCGAT-CCGGTGTAGGTGTCATTGCCCGCAACGAT
*
5644 CTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCGGTGGTATTGGCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGC
256 CTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCAGTGGT-TT-GCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGC
*
5709 AGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCTGCCGGCGTGCCCGGTGCCACTGCCACCAGACCGGTG
319 AGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGTGCCCGGTGCCACTGCCACCAGACCGGTG
5774 TTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAGAGGTCACGCTGATGTTGACCGTGCCCGG
384 TTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAGAGGTCACGCTGATGTTGACCGTGCCCGG
* *
5839 CGTCGCCTTGGCACCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACGTTGCCGACGCTGCCGTTGCCGGCGT
449 CGTCGCCTTGGCACCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACGTTGCCGACGCTGCTGTTGCCCGCGT
* * * * * ** *
5904 TACCGTCGATACCGGTATAGCTATCGCTGCCAGCCGTAATCGGGCCCGTCACCACCGTCACCGAA
514 TGCCGTCGATGCCGGTATAGGTGTCGTTGCTGGCCG-AATCGGGCCCGGCACCACCGTCACCGAA
* * * *
5969 GCGGTAGCGTTTGCG
578 GCCGTAGCGGTCGCA
* *
5984 CAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGATAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGTGCC
1 CAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCAGCCGGCGTG-C
* * *
6049 CCGGTGCCACCGACACCACGCCCGTGCTCGGATCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGAATGGCGT
65 CCGGTGCCACCGACACCACGCCGGTGTTCGGGTCCAG-GTCACCTTCGGGTTGCTCG-ATGGCGT
6114 CGTCACGCTCACGTTGACGGTGCCCGGCGTGGCCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCA
128 CGTCACGCTCACGTTGACGGTGCCCGGCGT-GCCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCA
* * * * * ** *
6179 CGTTGCCAACCTG-TGGGTGCCGGTGGCGCCGTTCG-TCCCGGTGTAGGTGTCATTGCTTGCAAT
192 CATTGCCAACCTGCT-GCTGCCCG-CGAGCCG-TCGAT-CCGGTGTAGGTGTCATTGCCCGCAAC
* * * * * * *
6242 GATCTTGCCGGGTGCCACCGTGACCGTGGCCGTGGCGCTCGCACAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCT
253 GATCTTGCCCGGCGCCACCGTCACCGTGGCAGT-G-GTTTGCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCT
* * *
6307 CGCAAATCTGATAGCCGATGGGTGTACGTACCCGCCGGCGTGCCCGGTGCCACTGCCACCAGACC
316 CGCAGATCTGGTAGCCGAT-GGTGTACGTGCCCGCCGGCGTGCCCGGTGCCACTGCCACCAGACC
* * *
6372 GGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGATGGCGAGGTCACGCTGATATTGACCGTGC
380 GGTGTTCGGGTCCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAGAGGTCACGCTGATGTTGACCGTGC
** * * * *
6437 CCGTTGTCGCCTTGGCGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACGTTACCGACGCTGCTATTGCCT
445 CCGGCGTCGCCTTGGCACCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACGTTGCCGACGCTGCTGTTGCCC
* *
6502 GCGGTGCCGTCAATGCCGGTATAGGTGTCGTTGCTGGCCGCAAT-GGGC
510 GCGTTGCCGTCGATGCCGGTATAGGTGTCGTTGCTGGCCG-AATCGGGC
6550 GCCGCGCCCA
Statistics
Matches: 1021, Mismatches: 127, Indels: 35
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
598 4 0.00
599 9 0.01
600 564 0.55
601 163 0.16
602 279 0.27
603 2 0.00
ACGTcount: A:0.12, C:0.32, G:0.33, T:0.23
Consensus pattern (592 bp):
CAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTGGTAGCCGATGGTGTACGTGCCAGCCGGCGTGCC
CGGTGCCACCGACACCACGCCGGTGTTCGGGTCCAGGTCACCTTCGGGTTGCTCGATGGCGTCGT
CACGCTCACGTTGACGGTGCCCGGCGTGCCTTGGTGCCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACATT
GCCAACCTGCTGCTGCCCGCGAGCCGTCGATCCGGTGTAGGTGTCATTGCCCGCAACGATCTTGC
CCGGCGCCACCGTCACCGTGGCAGTGGTTTGCGCAGTTGGTCGGGTTCAGCTTCTCGCAGATCTG
GTAGCCGATGGTGTACGTGCCCGCCGGCGTGCCCGGTGCCACTGCCACCAGACCGGTGTTCGGGT
CCAGCGTCACCTTCGGGTTGCTCGACGGAGAGGTCACGCTGATGTTGACCGTGCCCGGCGTCGCC
TTGGCACCGTTGAGCGTGTCGTTGTCCAGCACGTTGCCGACGCTGCTGTTGCCCGCGTTGCCGTC
GATGCCGGTATAGGTGTCGTTGCTGGCCGAATCGGGCCCGGCACCACCGTCACCGAAGCCGTAGC
GGTCGCA
Done.