Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01006347.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06368, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 5089
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.19, T:0.35


Found at i:4390 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 4382--4412  Score: 53
    Period size: 3  Copynumber: 10.3  Consensus size: 3

       4372 AAAAATTAAA

                                  *                  
       4382 ATT ATT ATT ATT ATT ATC ATT ATT ATT ATT A
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A

       4413 AAATATTAAT


Statistics
Matches: 26,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   26  1.00

ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.00, T:0.61


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.