Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006412.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06433, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13303
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.18, T:0.31
Found at i:8345 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 8294--8774 Score: 403
Period size: 35 Copynumber: 13.8 Consensus size: 35
8284 AGCAATAAGA
8294 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * * *
8329 AGCTTAATTCAAGGTAATTAATTAAGTTAGTAAGTCAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGT---T-AGT
* * * *
8368 AACTTAATTCAGGGTAATAAAGAAATTCAGTTATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * * *
8403 AATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
8437 CTACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AG-TAGGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA-GT
*
8472 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA-T-A---AAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTCAGTTAGT
* * *
8503 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGGTTAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
8538 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
8573 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAGTAAGTCAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A---AGTCAGTTAGT
* * * *
8612 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTTAGTTATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * * * * *
8647 AATTTAGTTTAGGGTAATTAAGTAATTTAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
8681 CAACTTATTTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * * ** *
8713 AGCTTAATTCAGGGCAATTAAGCAAGTCAGCAAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
8748 AACTTAATTAAGGGTAATTGAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
8775 AGCTTAATTC
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 61, Indels: 44
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 44 0.12
32 5 0.01
34 34 0.09
35 217 0.60
36 2 0.01
38 2 0.01
39 58 0.16
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
Found at i:8419 original size:74 final size:71
Alignment explanation
Indices: 8294--8774 Score: 411
Period size: 74 Copynumber: 6.9 Consensus size: 71
8284 AGCAATAAGA
* * *
8294 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAGCTTAATTCAAGGTAATTAATTAAGTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
8359 TAAGTCAGT
66 TAA-TC--T
* * * * * *
8368 AACTTAATTCAGGGTAATAAAGAAATTCAGTTATTAATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
8433 TAATCT
66 TAATCT
*
8439 -ACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AG-TAGGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAA--T
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTA-GTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAGTT
8499 A--AA--T
64 AGTAATCT
* * * *
8503 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGGTTAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
* *
8568 TTA-GT
66 TAATCT
* * * *
8573 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAGTAAGTCAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A---AGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG
*
8638 TTAGTTAT-T
62 TTAGTAATCT
* * * * * * * *
8647 AATTTAGTTTAGGGTAATTAAGTAATTTAG-TAATCAACTTATTTCAGGGTAA-T---TAAGTCA
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTA
*
8707 GTAA-GT
65 GTAATCT
* * * ** * * *
8713 AGCTTAATTCAGGGCAATTAAGCAAGTCAGCAAATAACTTAATTAAGGGTAATTGAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT
8775 AGCTTAATTC
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 50, Indels: 48
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
64 1 0.00
65 25 0.07
66 74 0.22
67 7 0.02
68 4 0.01
69 29 0.09
70 72 0.21
71 2 0.01
73 3 0.01
74 118 0.35
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (71 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
TAATCT
Found at i:8625 original size:109 final size:109
Alignment explanation
Indices: 8505--8713 Score: 285
Period size: 109 Copynumber: 1.9 Consensus size: 109
8495 CAATAAATAG
* *
8505 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGGTTAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-T
* * *
8570 AGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAGTAAGTCAGTAA
65 AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAAGTCAGTAA
* * * * * * *
8614 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAATTTAGTTATTAATTTAGTTTAGGGTAATTAAGTAATTTAGTA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA
*
8679 ATCAACTTATTTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTA
66 ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTA
8714 GCTTAATTCA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 13, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
108 3 0.03
109 83 0.97
ACGTcount: A:0.36, C:0.07, G:0.20, T:0.37
Consensus pattern (109 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTTAGTTAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTA
ATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAAGTCAGTAA
Found at i:10291 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10251--10309 Score: 93
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
10241 TGTCTTCAAG
10251 TCCATAATAAGTCCTT-GGCGCATCATTCCT
1 TCCATAATAAG-CCTTGGGCGCATCATTCCT
*
10281 TCCATGATAAGCCTTGGGCGCATCATTCC
1 TCCATAATAAGCCTTGGGCGCATCATTCC
10310 CTCCCCCTTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 4 0.15
30 23 0.85
ACGTcount: A:0.22, C:0.31, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (30 bp):
TCCATAATAAGCCTTGGGCGCATCATTCCT
Found at i:10719 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 10653--10823 Score: 267
Period size: 33 Copynumber: 5.3 Consensus size: 33
10643 TCTTTTCATG
* *
10653 CAAAACAGAATTATTTTCAATGC---CATCAAC
1 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
10683 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
1 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
*
10716 CAAAACACAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
1 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
*
10749 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATAAAC
1 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
* *
10782 CAAAAAAGAATTATTTGCAATGCTATGATCGAC
1 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
10815 CAAAACAGA
1 CAAAACAGA
10824 TTTGTTTTCA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 9, Indels: 3
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 22 0.17
33 107 0.83
ACGTcount: A:0.44, C:0.19, G:0.11, T:0.26
Consensus pattern (33 bp):
CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
Found at i:10851 original size:99 final size:96
Alignment explanation
Indices: 10653--10856 Score: 239
Period size: 99 Copynumber: 2.1 Consensus size: 96
10643 TCTTTTCATG
* * *
10653 CAAAACAGAATTATTTTCAATGCCATCAACCAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAACCA
1 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCCATAAACCAAAAAAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAACCA
* * *
10718 AAACACAATTATTTGCAATGCTATGATCAAC
66 AAACACAATTATTTGCAATACAATGAGCAAC
* *
10749 CAAAACAGAATTATTTGCAATGCTATGATAAACCAAAAAAGAATTATTTGCAATGCTATGATCGA
1 CAAAACAGAATTATTTGCAATGC---CATAAACCAAAAAAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAA
* * * * * *
10814 CCAAAACAGATTTGTTTTC-ATCACAATTAGCATC
63 CCAAAACACAATTATTTGCAAT-ACAATGAGCAAC
10848 CAAAACAGA
1 CAAAACAGA
10857 TTTAGTATCA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 14, Indels: 5
0.83 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
96 22 0.24
98 2 0.02
99 66 0.73
ACGTcount: A:0.43, C:0.19, G:0.11, T:0.27
Consensus pattern (96 bp):
CAAAACAGAATTATTTGCAATGCCATAAACCAAAAAAGAATTATTTGCAATGCTATGATCAACCA
AAACACAATTATTTGCAATACAATGAGCAAC
Found at i:10886 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 10848--10944 Score: 131
Period size: 33 Copynumber: 2.9 Consensus size: 33
10838 AATTAGCATC
*
10848 CAAAACAGATTTAGTATCATCACAAACAACACT
1 CAAAACAGATTTAGTATCATCGCAAACAACACT
* * *
10881 TAAAACAGATTTAGTGTCATTGCAAACAACACT
1 CAAAACAGATTTAGTATCATCGCAAACAACACT
** *
10914 CAAATTAGGTTTAGTATCATCGCAAACAACA
1 CAAAACAGATTTAGTATCATCGCAAACAACA
10945 TCTAAAAGAC
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 10, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 54 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.21, G:0.10, T:0.25
Consensus pattern (33 bp):
CAAAACAGATTTAGTATCATCGCAAACAACACT
Found at i:12475 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 12447--12480 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 4.1 Consensus size: 8
12437 GAATCGACTA
12447 TGAATTTT
1 TGAATTTT
*
12455 TGAAGTTTC
1 TGAA-TTTT
12464 TGAATTTT
1 TGAATTTT
12472 TGAATTTT
1 TGAATTTT
12480 T
1 T
12481 CAAGAAGGGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 16 0.70
9 7 0.30
ACGTcount: A:0.24, C:0.03, G:0.15, T:0.59
Consensus pattern (8 bp):
TGAATTTT
Done.