Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01006449.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06470, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 802

Length: 1337
ACGTcount: A:0.39, C:0.16, G:0.20, T:0.25


Found at i:61 original size:37 final size:37

Alignment explanation


    Indices: 3--1125  Score: 1301
    Period size: 37  Copynumber: 30.4  Consensus size: 37

          1 AT

                   *       *      *              
          3 GGATCTTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                                *
         40 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAT
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

             *     *               *           *  
         77 GAATCTTGAACAA-GATTTTGATGAGACACCTAAATAG
          1 GGATCTTAAACAAGGA-TTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *       *      *              
        114 GGATCTTGAA-AAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                        *        
        150 GGAACTTAAACAAGGATTTGATAAGACATCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *     *                      *
        187 GGATCTTGAACAACGATTTGATAAGACACCTAAACAT
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                              *  
        224 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAAGAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                                                *  
        261 GGATCTTGAAA-AA-GATTTTGATAAGACACCTAAATAG
          1 GGATCTT-AAACAAGGA-TTTGATAAGACACCTAAACAG

               *     *    *            *         
        298 GGACCTTAAGCAAGAATTTGATAAGACCCCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *       *      *              
        335 GGATCTTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                      *         *
        372 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGAAACCTAAACAT
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *               *              
        409 GGATCTTGAACAAGG-TTATGATGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATT-TGATAAGACACCTAAACAG

               *                                *
        446 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAT
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

             *     *               *           *  
        483 GAATCTTGAACAA-GATTTTGATGAGACACCTAAATAG
          1 GGATCTTAAACAAGGA-TTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                                 
        520 GGAACTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *       *      *              
        557 GGATCTTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                         *      *
        594 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACTTAAACAT
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *       *      *              
        631 GGATCTTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                                *
        668 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAT
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *       *      *    * *    *  
        705 GGATCTTGAACAAGGTTTTGATGAGACTCGTAAATAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                             *   
        742 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAACCAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *  *    *      *             *
        779 GGATCTTGAAGAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAT
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *      *           *     *       *
        816 GGACCTTAAAAAAGGATTTGATGAGACATCTAAACAA
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

            *      *              *              *
        853 TGATCTTGAACAA-GATTTTGAAAAGACACCTAAACAA
          1 GGATCTTAAACAAGGA-TTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *       *      *              
        890 GGATCTTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                                *                 
        927 GG-TCCTTAAACAAGGATTTAATAAGACACCTAAACAG
          1 GGAT-CTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *       *      *           *  
        964 GGATCTTGAACAAGGTTTTGATGAGACACCTAAATAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

               *                    *    *       
       1001 GGACCTTAAACAAGGATTTGATAACACACTTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                   *             * *              
       1038 GGATCTTGAACAA-GATTTTGGTGAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGA-TTTGATAAGACACCTAAACAG

               * *    *      *                   
       1075 GGACCATAAATAAGGATCTGATAAGACACCTAAACAG
          1 GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

                          
       1112 GGATCTTAAACAAG
          1 GGATCTTAAACAAG

       1126 ACTTTGACAC


Statistics
Matches: 906,  Mismatches: 163, Indels: 34
        0.82            0.15        0.03

Matches are distributed among these distances:
  36   45  0.05
  37  849  0.94
  38   12  0.01

ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.20, T:0.23


Consensus pattern (37 bp):   
GGATCTTAAACAAGGATTTGATAAGACACCTAAACAG

Done.