Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006486.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06507, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25805
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.20, T:0.33
Found at i:3208 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 3166--3310 Score: 121
Period size: 33 Copynumber: 4.4 Consensus size: 32
3156 AGCTAAAGGA
*
3166 TCATATGGCCGGTTGTGGCCGGGCATGGCCGA-G
1 TCATGTGGCCGG-TGTGGCCGGGCATGGCC-ATG
3199 TCATGTGGCCTGGTGTGGCCGGGCATGGCCATG
1 TCATGTGGCC-GGTGTGGCCGGGCATGGCCATG
** **
3232 TCGCGTGGCCGGTGATGGCCGGGCATCTCCATG
1 TCATGTGGCCGGTG-TGGCCGGGCATGGCCATG
*** * * *
3265 TCGCATGGCCGGTGTTGCGCGGGCATGTCCAAG
1 TCATGTGGCCGGTGTGGC-CGGGCATGGCCATG
**
3298 TCGCGTGGCCGGT
1 TCATGTGGCCGGT
3311 CACTTATGCT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 10, Indels: 8
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
32 8 0.08
33 88 0.90
34 2 0.02
ACGTcount: A:0.10, C:0.27, G:0.41, T:0.22
Consensus pattern (32 bp):
TCATGTGGCCGGTGTGGCCGGGCATGGCCATG
Found at i:3251 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 3171--3310 Score: 158
Period size: 66 Copynumber: 2.1 Consensus size: 65
3161 AAGGATCATA
* ** *
3171 TGGCCGGTTGTGGCCGGGCATGGCCGA-GTCATGTGGCCTGGTGTGGC-CGGGCATGGCCATGTC
1 TGGCCGG-TGTGGCCGGGCATCGCC-ATGTCACATGGCC-GGTGTGGCGCGGGCATGGCCAAGTC
3234 GCG
63 GCG
* * * *
3237 TGGCCGGTGATGGCCGGGCATCTCCATGTCGCATGGCCGGTGTTGCGCGGGCATGTCCAAGTCGC
1 TGGCCGGTG-TGGCCGGGCATCGCCATGTCACATGGCCGGTGTGGCGCGGGCATGGCCAAGTCGC
3302 G
65 G
3303 TGGCCGGT
1 TGGCCGGT
3311 CACTTATGCT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 8, Indels: 6
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
65 10 0.16
66 53 0.84
ACGTcount: A:0.09, C:0.27, G:0.43, T:0.21
Consensus pattern (65 bp):
TGGCCGGTGTGGCCGGGCATCGCCATGTCACATGGCCGGTGTGGCGCGGGCATGGCCAAGTCGCG
Found at i:9630 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 9582--9664 Score: 103
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
9572 CATGGGACAC
* * *
9582 CGCACGGGACATCGCACAAGCCATCCGGCCACAACCGGCCAT
1 CGCACGGGACAACGCACAAGCCAACCGGACACAACCGGCCAT
* ***
9624 CGCACGGGCCAACGCATGCGCCAACCGGACACAACCGGCCA
1 CGCACGGGACAACGCACAAGCCAACCGGACACAACCGGCCA
9665 CTTGACCCTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 7, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 34 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.43, G:0.25, T:0.05
Consensus pattern (42 bp):
CGCACGGGACAACGCACAAGCCAACCGGACACAACCGGCCAT
Found at i:14082 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 14045--14109 Score: 94
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
14035 ACTTAATATG
*
14045 AGTGTTGTTTGCAATGGCACTAAATCTGTTTTA
1 AGTGTTGTTTGCAATGACACTAAATCTGTTTTA
** *
14078 AGTGTTGTTTGTGATGATACTAAATCTGTTTT
1 AGTGTTGTTTGCAATGACACTAAATCTGTTTT
14110 GGATGCTAAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 28 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.09, G:0.22, T:0.46
Consensus pattern (33 bp):
AGTGTTGTTTGCAATGACACTAAATCTGTTTTA
Found at i:14165 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 14128--14243 Score: 205
Period size: 33 Copynumber: 3.5 Consensus size: 33
14118 ATTGTGATGA
14128 AAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAGCATTGC
1 AAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAGCATTGC
14161 AAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAGCATTGC
1 AAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAGCATTGC
* **
14194 AAATAATTCTGTTTTGGTTGATTATAGCATTAA
1 AAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAGCATTGC
14227 AAATAATTCTGTTTTGG
1 AAATAATTCTGTTTTGG
14244 GTGAAAAAAA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 3, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 80 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.17, T:0.44
Consensus pattern (33 bp):
AAATAATTCTGTTTTGGTTGATCATAGCATTGC
Found at i:15991 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 15911--16402 Score: 561
Period size: 35 Copynumber: 14.1 Consensus size: 34
15901 TTCTAACTAA
* * *
15911 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGCTTA-TTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TT
15945 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
*
15979 GACTTAATTACCCTGATTTAAGTTGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ATT
* *
16015 CCTTAATTACCCTGAATT-AGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TT
* *
16049 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTGC--CTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
** * *
16080 ACTTAATTTTCCTGAACTAAGTT-ACTAACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ATT
*
16115 ACTTAATTACCCTGAATTAAGGTTCATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGATTACTGA-TT
*
16151 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACAGATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
16185 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ATT
*
16221 ATTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ATT
16255 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTAACTGACCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGA--TT
* *
16291 ACTCAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ATT
*
16326 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---ATTACTGA-TT
*
16364 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGA-TT
16399 ACTT
1 ACTT
16403 CACTTACTTA
Statistics
Matches: 402, Mismatches: 32, Indels: 47
0.84 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 22 0.05
32 2 0.00
33 1 0.00
34 102 0.25
35 175 0.44
36 64 0.16
37 6 0.01
38 30 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
Found at i:16031 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 16008--16066 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 3.4 Consensus size: 18
15998 AAGTTGATTA
16008 CTGAATTCCTTAATTACC
1 CTGAATTCCTTAATTACC
** *
16026 CTGAATTAGTTGATTA--
1 CTGAATTCCTTAATTACC
*
16042 CTG-ACTCACTTAATTACC
1 CTGAATTC-CTTAATTACC
16060 CTGAATT
1 CTGAATT
16067 AAGTTATTGC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 8, Indels: 7
0.66 0.18 0.16
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.07
16 9 0.31
18 16 0.55
19 2 0.07
ACGTcount: A:0.29, C:0.22, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
CTGAATTCCTTAATTACC
Found at i:16166 original size:206 final size:209
Alignment explanation
Indices: 15911--16384 Score: 701
Period size: 206 Copynumber: 2.3 Consensus size: 209
15901 TTCTAACTAA
* *
15911 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGC-TTA-TTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
* * * *
15974 TGATTGACTTAATTACCCTGATTTAAGTTGATTACTGAATTCCTTAATTACCCTGAATT-AGTTG
66 AGATTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-
* * **
16038 ATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-T-TG-CCTTACTTAATTTTCCTGAACTAA
130 ATTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATGACCTTACTCAATTACCCTGAACTAA
*
16100 GTTACTAACTGAATT
195 GTTAATAACTGAATT
16115 ACTTAATTACCCTGAATTAAGGTT-CATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGCATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
*
16179 CAGATTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTATTTAATTACCCTGAATTAAGTT
65 CAGATTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
* *
16244 ATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTAACTGACCTTACTCAATTACCCTGAATT
130 ATTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-A-TGACCTTACTCAATTACCCTGAACT
*
16309 AAGTTAATTACTGAATT
193 AAGTTAATAACTGAATT
*
16326 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGC--ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG
16385 CTACTTACTG
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 16, Indels: 15
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
204 21 0.09
205 5 0.02
206 121 0.50
207 5 0.02
210 5 0.02
211 54 0.22
213 31 0.13
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (209 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
AGATTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA
TTACTGAATCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTATGACCTTACTCAATTACCCTGAACTAAG
TTAATAACTGAATT
Found at i:16293 original size:140 final size:139
Alignment explanation
Indices: 15911--16402 Score: 633
Period size: 140 Copynumber: 3.5 Consensus size: 139
15901 TTCTAACTAA
* * *
15911 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGCTTATTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACT
* * * *
15975 G-ATTGACTTAATTACCCTGATTTAAGTTGATTACTGAATTCCTTAATTACCCTGAATT-AGTTG
65 GAATT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
*
16038 ATTACTGACTC
129 ATTACTGATTC
* ** * *
16049 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A-T-TGCCTTACTTAATTTTCCTGAACTAAGTTACTAACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
16111 AATTACTTAATTACCCTGAATTAAGGTTCATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA
66 AATTACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTCATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA
*
16176 TTACAGATTC
130 TTACTGATTC
* *
16186 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTATTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA-TGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACT
*
16250 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTAACTGACCTTACTCAATTACCCTGAATTAAGTT
65 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCATT-ACTGA-CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
*
16314 AATTACTGAATT-
128 GATTACTG-ATTC
* *
16326 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---ATTA-TGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTT
*
16391 ACTGACTTACTT
62 ACTGAATTACTT
16403 CACTTACTTA
Statistics
Matches: 310, Mismatches: 29, Indels: 24
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
134 1 0.00
135 48 0.15
136 34 0.11
137 37 0.12
138 26 0.08
139 9 0.03
140 84 0.27
141 27 0.09
143 31 0.10
144 13 0.04
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (139 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
AATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
TACTGATTC
Found at i:16414 original size:44 final size:40
Alignment explanation
Indices: 16113--16505 Score: 232
Period size: 35 Copynumber: 10.6 Consensus size: 40
16103 ACTAACTGAA
*
16113 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGGTT-C--A-TTAC-TGAC
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTACTGACTTACTTCAC
**
16149 TTACTTAATTACCCTGAATTAAG-T--TGA-TTAC-AGA-
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
* *
16183 TTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-T--TGA-TTAC-TGAA
1 TT-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
* * *
16219 TTATTTAATTACCCTGAATTAAG-T--T-A-TTAC-TGAA
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
* * *
16253 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTAACTGA---C-C
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
* * *
16289 TTACTCAATTACCCTGAATTAAGTTA---A-TTAC-TGAA
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
* * *
16324 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTA-TTAC-TGAC
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
*
16362 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTGACTTACTTCAC
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAG----TTACTGACTTACTTCAC
* * *
16406 TTACTTAATTACCCTTAATTAAGTTACTGACTTAATTTAC
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
* * * *
16446 TTACTTAATTACCCTTAATCAA-AT-C-GAC-TA-TTGAC
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
*
16481 TTGCTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
16506 GCTTATTACT
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 29, Indels: 44
0.81 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.01
33 1 0.00
34 34 0.11
35 109 0.36
36 52 0.17
37 4 0.01
38 32 0.10
39 3 0.01
40 36 0.12
42 5 0.02
43 4 0.01
44 24 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (40 bp):
TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTGACTTACTTCAC
Found at i:25017 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 24984--25032 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
24974 AAAAATTGTA
**
24984 GCTT-CTTGGAAATGGCTCTT
1 GCTTCCTTGGAAATCCCTCTT
*
25004 GCTTCCTTTGAAATCCCTCTT
1 GCTTCCTTGGAAATCCCTCTT
25025 GCATTCCT
1 GC-TTCCT
25033 AAAGCATTGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 2
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.17
21 15 0.62
22 5 0.21
ACGTcount: A:0.14, C:0.29, G:0.16, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
GCTTCCTTGGAAATCCCTCTT
Done.