Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006525.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06546, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14700
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.20, T:0.30
Found at i:1189 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1102--1428 Score: 351
Period size: 36 Copynumber: 9.1 Consensus size: 35
1092 GTGAGTCAGT
* **
1102 AATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTC
1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1137 GGTAATAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 ---AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
1176 AGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * * *
1212 AGTAATCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGTT
1 AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
1248 AATAAGT-AACTTAATTCAGGATAATTAAGT-AGTTC
1 AATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC
*
1283 AATGAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * *
1318 AGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTT
1 AATAATCAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* *
1354 AATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTGAGTT
1 AATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
1389 AATGAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTC
1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC
1424 AATAA
1 AATAA
1429 GTAAGTTAGT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 25, Indels: 24
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 7 0.03
35 104 0.41
36 109 0.43
37 2 0.01
38 9 0.04
39 23 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
Found at i:1274 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1101--1443 Score: 365
Period size: 35 Copynumber: 9.6 Consensus size: 35
1091 GGTGAGTCAG
* **
1101 TAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1136 CGGTAATAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 ---TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* *
1175 CAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* * * *
1211 CAGTAA-TCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1247 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGT-AGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1281 TCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 T-AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* * *
1317 CAGTAA-TCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AACTT-AATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1353 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTGAGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1388 TAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* *
1422 TCAATAAGTAAGTTAGTTCAGG
1 T-AATAAGTAACTTAATTCAGG
1444 TTGTTTAAGT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 27, Indels: 21
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 9 0.03
35 119 0.44
36 108 0.40
37 2 0.01
38 9 0.03
39 22 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
Found at i:1316 original size:106 final size:107
Alignment explanation
Indices: 1092--1418 Score: 423
Period size: 106 Copynumber: 3.0 Consensus size: 107
1082 GTAAGAAAAG
* **
1092 GTGAGTCAGTAATAAGCAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCGGTAATAA-TCAACTTTAA
1 GTGAGTCAGTAAT---CAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGT---TAATAAGT-AAC-TTAA
* *
1155 TTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGT-AATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAA
58 TTCAGGGTAATTAAGTGAGTTCAATGAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAA
* * *
1205 GTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGAT
1 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
1270 AATTAAGT-AGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
66 AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
**
1311 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
1 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
*
1376 AGTTAAGTGAGTT-AATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
66 AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
1417 GT
1 GT
1419 AGTTCAATAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 13, Indels: 17
0.87 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
106 117 0.60
107 30 0.15
108 11 0.06
109 1 0.01
110 6 0.03
111 18 0.09
113 13 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (107 bp):
GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
Found at i:1453 original size:141 final size:142
Alignment explanation
Indices: 1101--1443 Score: 460
Period size: 141 Copynumber: 2.4 Consensus size: 142
1091 GGTGAGTCAG
* * *
1101 TAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAG-TCGGTAATAA-TCAACTTTAATTCAGGGTA
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAG-TAGTTC---AATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTA
* *
1164 ATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATT
60 ATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTTAATT
*
1229 CGGGGAAATTAAGTGAGT
125 CAGGGAAATTAAGTGAGT
*
1247 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
1312 TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTTAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGG
66 TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAA-TCAACTTTAATTCAGGG
* *
1375 TAGTTAAGTGAGT
130 AAATTAAGTGAGT
* * * *
1388 TAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGTAAGTTAGTTCAGG
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGG
1444 TTGTTTAAGT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 16, Indels: 11
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
141 72 0.40
142 65 0.37
143 8 0.04
144 1 0.01
145 2 0.01
146 30 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (142 bp):
TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTTAATTCAGGGA
AATTAAGTGAGT
Found at i:1555 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 1484--1628 Score: 236
Period size: 59 Copynumber: 2.5 Consensus size: 58
1474 GAGAAAATAA
*
1484 AATGGTTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAAT
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAG-AAAGATAATCAGTAAT
*
1543 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAGTCAGTAAT
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAAT
** *
1601 AAACGCTTAATACAGGGTAATTGAGTCA
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
1629 ATTAGAAACA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 5, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
58 40 0.49
59 41 0.51
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (58 bp):
AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAAT
Found at i:1617 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 1490--1628 Score: 235
Period size: 58 Copynumber: 2.4 Consensus size: 59
1480 ATAAAATGGT
**
1490 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAATGGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAAACGC
*
1549 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAG-AAAGATAGTCAGTAATAAACGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAAACGC
*
1607 TTAATACAGGGTAATTGAGTCA
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
1629 ATTAGAAACA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 4, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
58 40 0.53
59 36 0.47
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (59 bp):
TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAAACGC
Found at i:1644 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 1490--1644 Score: 219
Period size: 58 Copynumber: 2.6 Consensus size: 60
1480 ATAAAATGGT
* **
1490 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGA-AAAGATAATCAGTAATAATGGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
*
1549 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATC--AAAGAAAGATAGTCAGTAATAAACGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
* * *
1607 TTAATACAGGGTAATTGAGTCAATT-AGAAACAAAAAGA
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGA
1645 GAATTAGTTG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 6
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 7 0.08
58 42 0.49
59 37 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (60 bp):
TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
Found at i:9471 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 9400--9495 Score: 126
Period size: 34 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
9390 CATTCAGTTG
9400 ATTGACCCAGGGCGGTCTC-CATTCAGTAAATTTCA
1 ATTGACCCAGGGCGGTCTCTC-TTCAGTAAATTTCA
*
9435 ATTGATCCAGGGCGGTCTCTCTTC-G-ATAATTTCA
1 ATTGACCCAGGGCGGTCTCTCTTCAGTA-AATTTCA
* *
9469 ATTGACCCAGGTCGGTCTTTCTTCAGT
1 ATTGACCCAGGGCGGTCTCTCTTCAGT
9496 TGCTCTTAAA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 4, Indels: 7
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
33 1 0.02
34 29 0.55
35 22 0.42
36 1 0.02
ACGTcount: A:0.21, C:0.25, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
ATTGACCCAGGGCGGTCTCTCTTCAGTAAATTTCA
Found at i:9883 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 9811--9888 Score: 113
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 37
9801 TTCAAAAATC
* *
9811 CAGTTTGAGTCGGAATGATCCCAGGGTGGTCATTCTT
1 CAGTTTAAGTCAGAATGATCCCAGGGTGGTCATTCTT
* *
9848 CAGTTTAAGTCAGAATGAT-CGAGGGTGGTCGTTCTT
1 CAGTTTAAGTCAGAATGATCCCAGGGTGGTCATTCTT
9884 CAGTT
1 CAGTT
9889 AATTTTTGTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 20 0.54
37 17 0.46
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.29, T:0.33
Consensus pattern (37 bp):
CAGTTTAAGTCAGAATGATCCCAGGGTGGTCATTCTT
Found at i:9947 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 9902--9990 Score: 99
Period size: 34 Copynumber: 2.6 Consensus size: 34
9892 TTTTGTTAAC
*
9902 CCAGGGTGGTCTTTCTTCTATCTGCA-TCGGAGTGAT
1 CCAGGGTGGTCTTTCTTC-AT-T-CAGTCGGAATGAT
* * *
9938 CTAGGGTGGTCATTCTTCATTCAGTTGGAATGAT
1 CCAGGGTGGTCTTTCTTCATTCAGTCGGAATGAT
*
9972 CCAGGGTGGTTTTTCTTCA
1 CCAGGGTGGTCTTTCTTCA
9991 GTTATTTATT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 7, Indels: 4
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 2 0.04
34 25 0.56
35 2 0.04
36 16 0.36
ACGTcount: A:0.16, C:0.19, G:0.27, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
CCAGGGTGGTCTTTCTTCATTCAGTCGGAATGAT
Found at i:14008 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13921--14247 Score: 351
Period size: 36 Copynumber: 9.1 Consensus size: 35
13911 GTGAGTCAGT
* **
13921 AATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTC
1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
13956 GGTAATAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 ---AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
13995 AGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * * *
14031 AGTAATCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGTT
1 AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
14067 AATAAGT-AACTTAATTCAGGATAATTAAGT-AGTTC
1 AATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC
*
14102 AATGAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * *
14137 AGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTT
1 AATAATCAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* *
14173 AATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTGAGTT
1 AATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
14208 AATGAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTC
1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC
14243 AATAA
1 AATAA
14248 GTAAGTTAGT
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 25, Indels: 24
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 7 0.03
35 104 0.41
36 109 0.43
37 2 0.01
38 9 0.04
39 23 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
Found at i:14093 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13920--14262 Score: 365
Period size: 35 Copynumber: 9.6 Consensus size: 35
13910 GGTGAGTCAG
* **
13920 TAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
13955 CGGTAATAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 ---TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* *
13994 CAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* * * *
14030 CAGTAA-TCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
14066 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGT-AGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
14100 TCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 T-AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* * *
14136 CAGTAA-TCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AACTT-AATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
14172 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTGAGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
14207 TAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* *
14241 TCAATAAGTAAGTTAGTTCAGG
1 T-AATAAGTAACTTAATTCAGG
14263 TTGTTTAAGT
Statistics
Matches: 269, Mismatches: 27, Indels: 21
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 9 0.03
35 119 0.44
36 108 0.40
37 2 0.01
38 9 0.03
39 22 0.08
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
Found at i:14135 original size:106 final size:107
Alignment explanation
Indices: 13911--14237 Score: 423
Period size: 106 Copynumber: 3.0 Consensus size: 107
13901 GTAAGAAAAG
* **
13911 GTGAGTCAGTAATAAGCAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCGGTAATAA-TCAACTTTAA
1 GTGAGTCAGTAAT---CAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGT---TAATAAGT-AAC-TTAA
* *
13974 TTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGT-AATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAA
58 TTCAGGGTAATTAAGTGAGTTCAATGAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAA
* * *
14024 GTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGAT
1 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
14089 AATTAAGT-AGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
66 AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
**
14130 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
1 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
*
14195 AGTTAAGTGAGTT-AATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
66 AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
14236 GT
1 GT
14238 AGTTCAATAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 13, Indels: 17
0.87 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
106 117 0.60
107 30 0.15
108 11 0.06
109 1 0.01
110 6 0.03
111 18 0.09
113 13 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (107 bp):
GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
Found at i:14272 original size:141 final size:142
Alignment explanation
Indices: 13920--14262 Score: 460
Period size: 141 Copynumber: 2.4 Consensus size: 142
13910 GGTGAGTCAG
* * *
13920 TAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAG-TCGGTAATAA-TCAACTTTAATTCAGGGTA
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAG-TAGTTC---AATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTA
* *
13983 ATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATT
60 ATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTTAATT
*
14048 CGGGGAAATTAAGTGAGT
125 CAGGGAAATTAAGTGAGT
*
14066 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* *
14131 TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAAGTGAGTTAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGG
66 TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAA-TCAACTTTAATTCAGGG
* *
14194 TAGTTAAGTGAGT
130 AAATTAAGTGAGT
* * * *
14207 TAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGTAAGTTAGTTCAGG
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGG
14263 TTGTTTAAGT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 16, Indels: 11
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
141 72 0.40
142 65 0.37
143 8 0.04
144 1 0.01
145 2 0.01
146 30 0.17
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (142 bp):
TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTTAATTCAGGGA
AATTAAGTGAGT
Found at i:14374 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 14303--14447 Score: 236
Period size: 59 Copynumber: 2.5 Consensus size: 58
14293 GAGAAAATAA
*
14303 AATGGTTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAAT
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAG-AAAGATAATCAGTAAT
* *
14362 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAGTTAGTAAT
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAAT
**
14420 AAACGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
14448 ATTAGAAACA
Statistics
Matches: 81, Mismatches: 5, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
58 40 0.49
59 41 0.51
ACGTcount: A:0.41, C:0.08, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (58 bp):
AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAAT
Found at i:14436 original size:58 final size:59
Alignment explanation
Indices: 14309--14447 Score: 235
Period size: 58 Copynumber: 2.4 Consensus size: 59
14299 ATAAAATGGT
**
14309 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAATGGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAAACGC
* *
14368 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAG-AAAGATAGTTAGTAATAAACGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAAACGC
14426 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
14448 ATTAGAAACA
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 4, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
58 40 0.53
59 36 0.47
ACGTcount: A:0.42, C:0.09, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (59 bp):
TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAATAAACGC
Found at i:14463 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 14309--14463 Score: 219
Period size: 58 Copynumber: 2.6 Consensus size: 60
14299 ATAAAATGGT
* **
14309 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGA-AAAGATAATCAGTAATAATGGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
* *
14368 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATC--AAAGAAAGATAGTTAGTAATAAACGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
* *
14426 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAATT-AGAAACAAAAAGA
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGA
14464 GAATTAGTTG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 7, Indels: 6
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 7 0.08
58 42 0.49
59 37 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (60 bp):
TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
Done.