Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01000655.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00655, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 604
Length: 1007
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.37
Found at i:940 original size:198 final size:199
Alignment explanation
Indices: 587--1007 Score: 693
Period size: 198 Copynumber: 2.1 Consensus size: 199
577 TGGTATAACT
* * * * * *
587 TAAGAAAAATTATTCAATACATCGTCAGTTGAGTTTAGCAGATTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGT
1 TAAGAACAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGCTTTAAGGGT
* * *
652 TGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTATATATTTAATTGATGATGAAATGCGGTA
66 TGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATGATGAAATGCGGTA
*
717 TGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATGGAGTGCAAAATTTACTTTGACAGTTTATTGTATAATAAT
131 TGTGTCAACTTCTCAACCCGTTTATGGAGTGCAAAATTTACTTTGACAGTTTATTGTATAATAAT
782 CCTA
196 CCTA
*
786 TAAGAACAGTTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGTC-GGCTTTAAGGG
1 TAAGAACAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTG-CGGGCTTTAAGGG
* *
850 TTGA-ATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGT
65 TTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATGATGAAATGCGGT
*
914 ATGTGTTAACTTCTCAACCCGTTTATGGAGTGCAAAATTTACTTTGACAGTTTATTGTATAATAA
130 ATGTGTCAACTTCTCAACCCGTTTATGGAGTGCAAAATTTACTTTGACAGTTTATTGTATAATAA
979 TCCTA
195 TCCTA
984 TAAGAACAATTATACAATACACCG
1 TAAGAACAATTATACAATACACCG
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 15, Indels: 3
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
198 146 0.71
199 59 0.29
200 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (199 bp):
TAAGAACAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGCTTTAAGGGT
TGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATGATGAAATGCGGTA
TGTGTCAACTTCTCAACCCGTTTATGGAGTGCAAAATTTACTTTGACAGTTTATTGTATAATAAT
CCTA
Done.