Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006609.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06630, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 819
Length: 1366
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.17, T:0.39
Found at i:406 original size:154 final size:153
Alignment explanation
Indices: 1--1362 Score: 1784
Period size: 154 Copynumber: 8.8 Consensus size: 153
*
1 TTCGGGCCTTT-GGAGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGG-CTTCAATTTGGCAACCAACAAAA
1 TTCGGGCCTTTCGG-GGCCCATTAGTGCTGTTTTAAAT-GGTCTTCAATTTGGCAACC-ACAAAG
* *
64 CTTTTCTTTCAAATGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTAAAGTT
63 CTTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTT
*
129 TTTAGCTCATTCAGAACACTTTTTAT
128 TTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
* * *
155 TTCGGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGTCTTCTATTTGGCAACAAACAAAGC
1 TTC-GGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATGGTCTTCAATTTGGCAAC-CACAAAGC
* *
220 TTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTT
64 TTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTT
285 TTAGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
129 TTAGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
* ** * *
310 TTCGGGCATTTTTGGGCCCATTAGTGCTGTTTTGAATGGTCTTCGATTTGGCAAACCACAAAGCT
1 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATGGTCTTCAATTTGGC-AACCACAAAGCT
* * *
375 TTTCTTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTT-ATTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTT
65 TTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGA-TGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTT
*
439 TTAGCTCATTCAGAACACTTTTTAT
129 TTAGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
464 TTCGGGCCTTT-GGAGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGG-CTTCAATTTGGCAACCAACAAAG
1 TTCGGGCCTTTCGG-GGCCCATTAGTGCTGTTTTAAAT-GGTCTTCAATTTGGCAACC-ACAAAG
* *
527 CTTTTCTTTCAAATGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTAAAGTT
63 CTTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTT
*
592 TTTAGCTCATTCAGAACACTTTTTAT
128 TTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
* * *
618 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGTCTTCTATTTGGCAACAAACAAAGCT
1 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATGGTCTTCAATTTGGCAAC-CACAAAGCT
* * *
683 TTTCTTTCAATTGTTTATGACCTAACAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTT
65 TTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTT
748 TACCGTCTCATTCCTAGGAACACTTGTTA-
130 TA--G-CTCATT-C-A-GAACACTTGTTAT
* * * * * * * *
777 TTCGGGCCTTTTCGGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTAGCAAACGACAATG
1 TTCGGGCC-TTTC-GGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATGGTCTTCAATTTGGC-AACCACAAAG
* * * * *
842 CTTTTCTTTCCATTGTTTAAGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
63 CTTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTT
*
907 TTTAGCTCATTCCGAACACTTGTTAT
128 TTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
** * * * * *
933 TTCGGGCCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTAATTTGAATCGTATTCGATTTAGGCAAACCTACAAT
1 TTCGGG-CCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATGGTCTTCAATTT-GGC-AACC-ACAAA
* * *
998 GCTTTTCTTTCCATTG-TTATGGCCTAACTATAAT-ATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGT
62 GCTTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGT
1061 TTTTAGCTCATTCAGAACACTT-TTAT
127 TTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
** * *
1087 TTTTGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGG-CTTCAATTTGACAACCAAAAAAGC
1 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAAT-GGTCTTCAATTTGGCAACC-ACAAAGC
*
1151 TTTTC-TTCTAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTTG-TGAGAATAGTCCATTGTGAAGT
64 TTTTCTTTC-AATTGTTTACGACCTAACTATAATCA-TTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGT
*
1214 TTTTAGCTCATTTAGAACACCTT-TTAT
127 TTTTAGCTCATTCAGAACA-CTTGTTAT
*
1241 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCAGTAGTGCTGTTTTAAATCGG-CTTCAATTTGGCAACCA-AGAATG
1 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAAT-GGTCTTCAATTTGGCAACCACA-AA-G
*
1304 CTTTTC-TTCTAATTGTTTACGACCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGT
63 CTTTTCTTTC-AATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGT
1363 CAAG
Statistics
Matches: 1089, Mismatches: 84, Indels: 70
0.88 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
150 3 0.00
151 18 0.02
152 19 0.02
153 89 0.08
154 513 0.47
155 244 0.22
156 36 0.03
157 30 0.03
158 7 0.01
159 10 0.01
160 15 0.01
161 102 0.09
162 3 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (153 bp):
TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATGGTCTTCAATTTGGCAACCACAAAGCTT
TTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTT
AGCTCATTCAGAACACTTGTTAT
Found at i:1181 original size:623 final size:617
Alignment explanation
Indices: 1--1362 Score: 2055
Period size: 623 Copynumber: 2.2 Consensus size: 617
*
1 TTCGGGCCTTT-GGAGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGGCAACCAACAAAAC
1 TTCGGGCCTTTCGG-GGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGGCAACCAACAAAGC
*
65 TTTTCTTTCAAATGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTAAAGTTT
65 TTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTAAAGTTT
* *
130 TTAGCTCATTCAGAACACTTTTTATTTCGGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCG
130 TTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTAAATCG
* * * *
195 TCTTCTATTTGGCAACAAACAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACAATAATCATTTTG
195 TATTCGATTTAGCAACAAACAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTTAAGACCTAACAATAATCATTTTG
* * **
260 GTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCATTTTTGG
260 ATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCATTTCGGG
** * *
325 GCCCATTAGTGCTGTTTTGAATGGTCTTCGATTTGGCAAACCACAAAGCTTTTCTTTCAATTGTT
325 GCCCATTAGTGCTAATTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAAAGCTTTTCTTTCAATTGTT
390 TATGGCCTAACTATAATTATTTTATTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAAC
390 TATGGCCTAACTATAATTATTTTATTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAAC
*
455 ACTTTTTATTTCGGGCCTTTGGAGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGGCAACC
455 ACTTTTTATTTCGGGCCTTTGGAGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGACAACC
* *
520 AACAAAGCTTTTCTTTCAAATGTTTACGACCTAACTATAATCA-TTTTGATGAGATTAGTCCATT
520 AAAAAAGCTTTTCTTTCAAATGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTTG-TGAGAATAGTCCATT
*
584 GTAAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTTTTAT
584 GTAAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACCTTTTAT
* * *
618 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGTCTTCTATTTGGCAACAAACAAAGCT
1 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGGCAACCAACAAAGCT
* * * *
683 TTTCTTTCAATTGTTTATGACCTAACAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTT
66 TTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTAAAGTTTT
748 TACCGTCTCATTCCTAGGAACACTTGTTA-TTC-GGGCCTTTTCGGGGGCCCATTAGTGCTATTT
131 TA--G-CTCATT-C-A-GAACACTTGTTATTTCGGGGCC-TTTC-GGGGCCCATTAGTGCTATTT
* * * * * *
811 TGAATCGTATTCGATTTAGCAA-ACGACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTAAGGCCTAACTATAA
188 TAAATCGTATTCGATTTAGCAACA-AACAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTTAAGACCTAACAATAA
* *
875 TTATTTTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCCGAACACTTGTTATTTCGGGC
252 TCATTTTGATGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGG-
* *
940 CCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTAATTTGAATCGTATTCGATTTAGGCAAACCTACAATGCTTTTC
316 CATTTCGGGGCCCATTAGTGCTAATTTGAATCGTATTCGATTT-GGCAAACC-ACAAAGCTTTTC
*
1005 TTTCCATTG-TTATGGCCTAACTATAA-TATTTTGA-TGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAG
379 TTTCAATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTT-ATTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAG
**
1067 CTCATTCAGAACAC-TTTTATTTTTGGCCTTTCGG-GGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTT
443 CTCATTCAGAACACTTTTTATTTCGGGCCTTT-GGAGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTT
*
1130 CAATTTGACAACCAAAAAAGCTTTTC-TTCTAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTTGTG
507 CAATTTGACAACCAAAAAAGCTTTTCTTTC-AAATGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTTGTG
* *
1194 AGAATAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAACACCTTTTAT
571 AGAATAGTCCATTGTAAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACCTTTTAT
* * *
1241 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCAGTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGGCAACCAAGAATGCT
1 TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGGCAACCAACAAAGCT
*
1306 TTTC-TTCTAATTGTTTACGACCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGT
66 TTTCTTTC-AATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGT
1363 CAAG
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 53, Indels: 30
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
617 120 0.18
618 2 0.00
619 1 0.00
620 6 0.01
621 6 0.01
622 15 0.02
623 388 0.58
624 91 0.14
625 26 0.04
626 19 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.17, T:0.40
Consensus pattern (617 bp):
TTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGGCAACCAACAAAGCT
TTTCTTTCAATTGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTAAAGTTTT
TAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTAAATCGT
ATTCGATTTAGCAACAAACAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTTAAGACCTAACAATAATCATTTTGA
TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCATTTCGGGG
CCCATTAGTGCTAATTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTT
ATGGCCTAACTATAATTATTTTATTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACA
CTTTTTATTTCGGGCCTTTGGAGGCCCATTAGTGCTGTTTTAAATCGGCTTCAATTTGACAACCA
AAAAAGCTTTTCTTTCAAATGTTTACGACCTAACTATAATCATTTTTGTGAGAATAGTCCATTGT
AAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACCTTTTAT
Done.