Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01000661.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00661, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 852
Length: 1420
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.36
Found at i:1410 original size:334 final size:330
Alignment explanation
Indices: 510--1420 Score: 1096
Period size: 338 Copynumber: 2.7 Consensus size: 330
500 TCGGTTAAAG
* * *
510 TTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGAATTTTCCT-AATTTTTTTGCCATGATACTCATAAAAAATAT
1 TTTTGCAAAAATTGACCCG-AAGAATTTTCCTCAA-TTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATAT
* *
574 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACACTTCTAATATCGGTTTTCTTATTTTTTT
64 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCTA--TTTTT
*
639 TCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAAT
127 T-CAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAAT
* * *
704 TCAAAGTGGTTAAGATTTGAATAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGTGCCAAAAATCA
191 CCAATGTGGTTAAGATTTGATTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGTGCCAAAAATCA
* * ** * *
769 TGCAAACGGAGTCGGGACTCAAAAACGTATTTTTAGTAAAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGAT
256 TGAAAACGGAGTCGAGACTCAAAAACGTATTTTTAG-AAAAAAACCGTGATGATAAGTACACGAT
* *
834 TTCGGCTAAAA
320 TTCGCCCAAAA
* * * ** *
845 TTTTGCAAAAATTGACAC-AAAACATTTCTCATCAATTTCCGGCCACCATACTCATAAAAAAATA
1 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAGA-ATTT-TCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCAT-AAAAAATA
* * ** *
909 TATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGAGGTTTTTTACGCTTCTAATATTGCTTTTTTTTTTCTA
63 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAA-AGGTTTTTCACGCTTCTAATA-T-C---GGTTTTCCTA
** * *
974 -TTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAACTTT
122 TTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTT
* * * ** **
1038 AAATCCAATGTGGCTGAGATTTCATTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTTTTGGTGCCAAAA
187 AAATCCAATGTGGTTAAGATTTGATTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGTGCCAAAA
** * * *
1103 ATCATGTAAAATTGAGTCAGAGTCTCGAAACACGT-TTTTTA-ACCAAAAACCGTGAT-ATAACC
252 ATCATG-AAAACGGAGTC-GAGACTC-AAAAACGTATTTTTAGA-AAAAAACCGTGATGATAA--
1165 GTACACGATTTCGCCCAAAA
311 GTACACGATTTCGCCCAAAA
* *
1185 TTTTGTAAAAATTGACCCGAAGGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAACTATA
1 TTTTGCAAAAATTGACCCGAA-GAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATA
* *
1250 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTCT
65 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTCA
** * *
1315 GAATTGGTTTTTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTGAATCCAA
130 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAA
* *
1380 TGTGGTTAAGGTTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATG
195 TGTGGTTAAGATTTGATTAGATGGATATAGATATTTCAATG
Statistics
Matches: 483, Mismatches: 74, Indels: 39
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 10 0.02
334 101 0.21
335 34 0.07
336 36 0.07
337 20 0.04
338 138 0.29
339 56 0.12
340 68 0.14
341 13 0.03
342 7 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (330 bp):
TTTTGCAAAAATTGACCCGAAGAATTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATAT
AATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTCAG
AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAAT
GTGGTTAAGATTTGATTAGATGGATATAGATATTTCAATGAGACTTGGTGCCAAAAATCATGAAA
ACGGAGTCGAGACTCAAAAACGTATTTTTAGAAAAAAACCGTGATGATAAGTACACGATTTCGCC
CAAAA
Done.