Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006637.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06658, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 973
Length: 1623
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.40
Found at i:337 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--1623 Score: 2290
Period size: 154 Copynumber: 10.4 Consensus size: 154
*
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATGC-TTTCTTTCC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
*
65 ATTGTTTATGGCCTAACTATAAGTTA-TTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAG-TTTTAACTCAT
66 ATTGTTTATGGCCTAACTATAA-TTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
*
128 TCGGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
130 TCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
*
153 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATAATTTTCTTTCC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
* * *
218 ATTGCTTATGTCCTAACTATAATTAATTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
66 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* *
283 TAGAAAACTTGTTATTTCGGGCCT
131 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
* * * *
307 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTTGATTCGGCAAACCACAATGCTTTTGTTTCC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
* * * *
372 AATGTTTATGGCCTAACAATAATTATTTTGATAAGATTAGTCCATTGTGAAGTCTTTAGCTCATT
66 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
* *
437 TAGAACACTTGTTATTTCGGGCCA
131 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
461 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
* * * *
526 ATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
66 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
*
591 CAGAACACTTGTTATTTCAGGCCT
131 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
* * * * * * * *
615 TTCAGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGTATCGTCTTCGATATGACAAACCGCAA-AGCTTTTCTTTC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATA-CTTTTCTTTC
* * * *
679 CATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
65 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
**
744 TCAGAACACTTGTTATTTCAAGCCT
130 TCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
*
769 TTCGGGGCGCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCAATTCGATATGACAAAC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACC-A--C-A-AT-----A-
*
834 CGCAAAGATTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGATGAGATTAGTCCATTG
55 --C-----TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTG
*
899 TGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACAGTTGTTATTTCGGGCCT
113 TGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
* *
941 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTTGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
* *
1006 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGACCATTGTGAAG-TTTTAACTCATT
66 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
1070 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
131 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
* * * * * * *
1094 TTCGGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGTATCGTCTTCGATATGACAAACCGCAA-AGCTTTTCTTTC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATA-CTTTTCTTTC
* * * *
1158 CATTGTTTATGGCCTAATTATAATTAATTTGATGAGATCAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
65 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCAT
*
1223 TCAGAACACTTGTTATTTCAGGCCT
130 TCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
* * * *
1248 TTCGGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGTATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATAATTTTCTTTCC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
* *
1313 ATTGTTTATGTCCTAACTATAATTATTTTGTTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
66 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
1378 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
131 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
* * * * * *
1402 TTCGGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGTATCGTCTTCGATATGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCC
1 TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
* * * *
1467 AATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGATAAGATTAGTCCATTGTGAAGTCTTTA-CTCATT
66 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
*
1531 TAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
131 CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
* * *
1555 ATTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATATGACAAACCGCAA-AGCTTTTCTTT
1 -TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATA-CTTTTCTTT
1619 CCATT
64 CCATT
Statistics
Matches: 1331, Mismatches: 113, Indels: 52
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
152 56 0.04
153 221 0.17
154 902 0.68
155 1 0.00
157 1 0.00
158 1 0.00
159 2 0.00
165 1 0.00
167 4 0.00
168 1 0.00
169 1 0.00
171 1 0.00
172 139 0.10
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCACAATACTTTTCTTTCC
ATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
CAGAACACTTGTTATTTCGGGCCT
Found at i:823 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 800--834 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
790 TTTGAATCGT
* *
800 ATTCGATTTGGCAAACCA
1 ATTCGATATGACAAACCA
818 ATTCGATATGACAAACC
1 ATTCGATATGACAAACC
835 GCAAAGATTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.23, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (18 bp):
ATTCGATATGACAAACCA
Found at i:1571 original size:787 final size:787
Alignment explanation
Indices: 56--1603 Score: 2492
Period size: 787 Copynumber: 2.0 Consensus size: 787
46 ACCACAATGC
*
56 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAGTTATTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAGTCATTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTT
*
121 AACTCATTCGGAACACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTAT
66 AACTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTAT
*
186 TCGATTTGGCAAACCACAATAATTTTCTTTCCATTGCTTATGTCCTAACTATAATTAATTTGATG
131 TCGATTTGGCAAACCACAATAATTTTCTTTCCATTGCTTATGGCCTAACTATAATTAATTTGATG
* * *
251 AGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTAGAAAACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCC
196 AGATTAGACCATTGTGAAGTTTTTAACTCATTCAGAAAACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCC
* * * *
316 CATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTTGATTCGGCAAACCACAATGCTTTTGTTTCCAATGTTTAT
261 CATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTCGACAAACCACAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTAT
* * * *
381 GGCCTAACAATAATTATTTTGATAAGATTAGTCCATTGTGAAGTCTTTAGCTCATTTAGAACACT
326 GGCCTAACAATAATTAATTTGATAAGATCAGTCCACTGTGAAGTCTTTAGCTCATTCAGAACACT
*
446 TGTTATTTCGGGCCATTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCAC
391 TGTTATTTCAGGCCATTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCAC
*
511 AATACTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
456 AATAATTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
576 AGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAGGCCTTTCAGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGT
521 AGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAGGCCTTTCAGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGT
* *
641 ATCGTCTTCGATATGACAAACCGCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCAT
586 ATCGTCTTCGATATGACAAACCACAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCATAACTATAATCAT
* * *
706 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAAGCCTTT
651 TTTGATAAGATTAGTCCACTGTGAAGTCTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAAGCCTTT
* * *
771 CGGGGCGCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCAATTCGATATGACAAACCG
716 CGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATATGACAAACCAATTCGATATGACAAACCG
836 CAAAGAT
781 CAAAGAT
843 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAA-TCATTTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAGTCA-TTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAG-TT
* *
907 TTAGCTCATTCAGAACAGTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGT
64 TTAACTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGT
* ** * *
972 ATTTGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTGA
129 ATTCGATTTGGCAAACCACAATAATTTTCTTTCCATTGCTTATGGCCTAACTATAATTAATTTGA
*
1037 TGAGATTAGACCATTGTGAAG-TTTTAACTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGG
194 TGAGATTAGACCATTGTGAAGTTTTTAACTCATTCAGAAAACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGG
* * * * * *
1101 CGCATTAGTGCTGTTTTGTATCGTCTTCGATAT-GACAAACCGCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTT
259 CCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGAT-TCGACAAACCACAAAGCTTTTCTTTCCAATGTT
** * *
1165 TATGGCCTAATTATAATTAATTTGATGAGATCAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAAC
323 TATGGCCTAACAATAATTAATTTGATAAGATCAGTCCACTGTGAAGTCTTTAGCTCATTCAGAAC
* * * *
1230 ACTTGTTATTTCAGGCCTTTCGGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGTATCGTATTCGATTTGGCAAAC
388 ACTTGTTATTTCAGGCCATTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAAC
* * * * *
1295 CACAATAATTTTCTTTCCATTGTTTATGTCCTAACTATAATTATTTTGTTGAGATTAGTCCATTG
453 CACAATAATTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTG
* *
1360 TGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCGCATTAGTGCTGTTT
518 TGAAGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAGGCCTTTCAGGGCGCATTAGTGCTGTTT
* * *
1425 TGTATCGTCTTCGATATGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAAT
583 TGTATCGTCTTCGATATGACAAACCACAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCATAACTATAAT
* * **
1490 CATTTTGATAAGATTAGTCCATTGTGAAGTCTTTA-CTCATTTAGAACACTTGTTATTTCGGGCC
648 CATTTTGATAAGATTAGTCCACTGTGAAGTCTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAAGCC
1554 TATTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATATGACAAACC
713 T-TTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATATGACAAACC
1604 GCAAAGCTTT
Statistics
Matches: 697, Mismatches: 60, Indels: 8
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
786 29 0.04
787 524 0.75
788 144 0.21
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.18, T:0.40
Consensus pattern (787 bp):
TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAAGTCATTTGATGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTT
AACTCATTCAGAACACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTAT
TCGATTTGGCAAACCACAATAATTTTCTTTCCATTGCTTATGGCCTAACTATAATTAATTTGATG
AGATTAGACCATTGTGAAGTTTTTAACTCATTCAGAAAACTTGTTATTTCGGGCCTTTCGGGGCC
CATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTCGACAAACCACAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTAT
GGCCTAACAATAATTAATTTGATAAGATCAGTCCACTGTGAAGTCTTTAGCTCATTCAGAACACT
TGTTATTTCAGGCCATTCGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATTTGGCAAACCAC
AATAATTTTCTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
AGTTTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAGGCCTTTCAGGGCGCATTAGTGCTGTTTTGT
ATCGTCTTCGATATGACAAACCACAAAGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCATAACTATAATCAT
TTTGATAAGATTAGTCCACTGTGAAGTCTTTAGCTCATTCAGAACACTTGTTATTTCAAGCCTTT
CGGGGCCCATTAGTGCTATTTTGAATCGTATTCGATATGACAAACCAATTCGATATGACAAACCG
CAAAGAT
Done.