Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006678.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06699, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.17, T:0.33
Found at i:1700 original size:657 final size:652
Alignment explanation
Indices: 541--2383 Score: 2264
Period size: 657 Copynumber: 2.8 Consensus size: 652
531 GTGTACTAAC
* * * * * *
541 CATGCTTTTTGGTGCCAAAACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATT
1 CATGATTTTTTGTGGCAAAACTCCTTGA-ATATCTATATTCATCTAACCTAATCTCAGCCACATT
* * * * *
606 GCATTTAAGGATTT-TTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTG
65 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* * * * * * ** *
670 AAAAAATATGAAAAC-GATATGAAAAACATGAAAAGTCCTCCAGCCATTTTGGCAT-T-AAATTA
130 AAAAAATA-GAAAACAAATATTAGAAGCATTAAAAGCCCT-CAATCATTTT--TATGTCAAATTA
* * * *
732 TATATATATTTCATGAG-AATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA-A-AATTATCGCGTCATTTTTTG
191 TATAT-T-TTTTATGAGTAATTTT-GCCAAAAATTGAGGAAATATCATT-T-GGGTCAATTTTTG
* * * ** *
794 CAAAATTTTAGCCAAAACCGTGTACTAACTATCAC-GATTTTTGGC-AAAAACATGTTTCGGGGC
251 CAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGC
* * ** ** *
857 CCCGGCT-TAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTAAGACTCCTTGAATATCCATACCAATCTAATC-
315 CACGGATCT-GTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAATATCTTTATC-ATCTAATCA
* * * *
920 AATCTTAGTCATATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
378 AATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * *
985 TAGAAATTATTTCAAAAAAATATGGAAAACGATATTAAAAGCATTAAAAGTGCTCCAATCTTATT
443 TAGAAATTATTT-AGAAAAATAT-GAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTT
* * * *
1050 GGAGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATATTTTGGGTCA
506 GGAGTTGAATTATATATATTTTATGAATATTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATACTTCGCGTCA
* *
1115 ATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCACT-TTTTTTGGCTAAAAACATGTTTCGG
571 ATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCA-TGGTTTTTGGCTAAAAACATG-TTCCG
* *
1179 GGCCCCA-TGTCAGTTTTG
634 GGACCCAGGGTCAGTTTTG
* * *
1197 CATGATTTTTTGTGGCAAAATTCCTTGAATTATCTGTATTCATCTAACCTAATCTCGGCCACATT
1 CATGATTTTTTGTGGCAAAACTCCTTGAA-TATCTATATTCATCTAACCTAATCTCAGCCACATT
* *
1262 GGATTTAAGGATTTGCTTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGG
65 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* *
1327 AAAAAAATAGCAAAACAAATATTAGAAGCATTAAAGGCCCTCAATC-TTTTTATGTCGAATTATA
130 -AAAAAATAG-AAAACAAATATTAGAAGCATTAAAAGCCCTCAATCATTTTTATGTCAAATTATA
* * ** * *
1391 TATTTTTTATAAGTACTTTTGTTAAAAATTGAGGAAATATCATTTGGGTCAACTTTTGTAAAATT
193 TATTTTTTATGAGTAATTTTGCCAAAAATTGAGGAAATATCATTTGGGTCAATTTTTGCAAAATT
* * *
1456 TTAGCTGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGACTAAAAACGCGTTACGGGGCCACGGATC
258 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCACGGATC
* *
1521 TGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGGAATATCTTTATTCTTCTAATCAAATCCCAG
323 TGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTT-GAATATCTTTA-TCATCTAATCAAATCTCAG
*
1586 CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
386 CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-T
* * * * *
1651 TATTTAGAAAAATATGAAAATGATATTAAAAACGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAGTTTAA
450 TATTTAGAAAAATATGAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAA
*
1716 TTATATATATTTTATGAATATTTTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATACTTCGCGTCAATTTTTGTA
515 TTATATATATTTTATGAATATTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATACTTCGCGTCAATTTTTGTA
* *
1781 AAATTTTAGCCGAAATCGTGTACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGACCCAGGGT
580 AAATTTTAGCCGAAATCATGTACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACATGTTCCGGGACCCAGGGT
1846 CAGTTTTG
645 CAGTTTTG
* * * *
1854 CATGATTTTTTGTGGCAATACTCTTTGAAATATTTATATTCATCTAACCTAATCACAGCCACATT
1 CATGATTTTTTGTGGCAAAACTCCTTG-AATATCTATATTCATCTAACCTAATCTCAGCCACATT
*
1919 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
65 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG
* * * * * *
1984 AAAAAATAGGAAAA-ACAATATTAGAAGCGTTAAAAACCTTTAATCTTTTTTATGCCAAATTATA
130 AAAAAATA-GAAAACA-AATATTAGAAGCATTAAAAGCCCTCAATCATTTTTATGTCAAATTATA
* * * *
2048 TATTTTTTATGAGTATTTTTGCCATAACTTGAGGAAATATCATTTGGGTCGATTTTTGCAAAATT
193 TATTTTTTATGAGTAATTTTGCCAAAAATTGAGGAAATATCATTTGGGTCAATTTTTGCAAAATT
* * * **
2113 TTAGCCGAAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTCTGGCTTAAAAA-GCGTTCCGAAGCCAC-GAC
258 TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC-TAAAAACGCGTTACGGGGCCACGGA-
* * *
2176 TCTGTTTTGCATGATTTTTGACGCCGAGACTCCTTGATATGTCTTTAATCATCTAATCAAATCTC
321 TCTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGA-ATATCTTT-ATCATCTAATCAAATCTC
* * * *
2241 AGCCACATTGGATTTAAAGATTTGGTTTTACGTGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAA
384 AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * *
2306 GTAATTCAGAAAAAATATGAAAACGATGTTAAAAGCATGAAAAGTCCTCTAATCTTTTTGGCA-T
449 -TTATTTAG-AAAAATATGAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGG-AGT
2370 TGAATTATATATAT
511 TGAATTATATATAT
2384 ATATATATAT
Statistics
Matches: 1024, Mismatches: 134, Indels: 56
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
655 72 0.07
656 178 0.17
657 591 0.58
658 159 0.16
659 24 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (652 bp):
CATGATTTTTTGTGGCAAAACTCCTTGAATATCTATATTCATCTAACCTAATCTCAGCCACATTG
GATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGA
AAAAATAGAAAACAAATATTAGAAGCATTAAAAGCCCTCAATCATTTTTATGTCAAATTATATAT
TTTTTATGAGTAATTTTGCCAAAAATTGAGGAAATATCATTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTA
GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCACGGATCTGT
TTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAATATCTTTATCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTA
GAAAAATATGAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATAT
ATATTTTATGAATATTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATACTTCGCGTCAATTTTTGTAAAATTT
TAGCCGAAATCATGTACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACATGTTCCGGGACCCAGGGTCAGTTT
TG
Found at i:1908 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 554--2383 Score: 1618
Period size: 331 Copynumber: 5.6 Consensus size: 329
544 GCTTTTTGGT
* * * *
554 GCCAAAACTCCTTGAGATATCCATATTCATCTAACC--A--AATCTCAGTCACATTGCATTTAAG
1 GCCAAGACTCCTTGA-ATATCTATATTCATCTAACCTAATCAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
* * *
615 GATTT-TTTTTACAAGAATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAAATAT
65 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT
* * ** * *
679 GAAAACGATATGAAAAACATGAAAAGTCCTCCAGCCATTTTGGCA-TTAAATTATATATATATTT
130 GAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGG-AGTTGAATTATATATAT-TTT
* * * * * *
743 CATGAGA-ATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAA-AATTATCGCGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGC
193 -ATGA-ATATTTTGGCTAAAAATTGAGGAAAATACTT-T-GGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGC
* * * * * * *
806 CAAAACCGTGTACTAACTATCAC-GATTTTTGGC-AAAAACATGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTT
254 CGAAATCGTGTAC---C-ATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGACCCAGGCTCAGTT
*
869 TTGCATGATTTTTGGC
314 TTGCATGATTTTTTGC
* * * * * * * *
885 ACTAAGACTCCTTGAATATCCATA--C--C-AATCTAATCAATCTTAGTCATATTGAATTTAAGG
1 GCCAAGACTCCTTGAATATCTATATTCATCTAACCTAATCAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
*
945 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCA-AAAAAATATG
66 ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT-
* * *
1009 GAAAACGATATTAAAAGCATTAAAAGTGCTCCAATCTTATTGGAGTTGAATTATATATATTTTAT
130 GAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTTTAT
* * *
1074 GAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATATTTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAA
195 GAATATTTTGGCTAAAAATTGAGG-AAAATACTTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAA
* ** * * * *
1139 TCATGTACCATCACTTTTTTTGGCTAAAAACATGTTTCGGGGCCCCATG-TCAGTTTTGCATGAT
259 TCGTGTACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTG-TTCCGGGACCCAGGCTCAGTTTTGCATGAT
*
1203 TTTTTGT
323 TTTTTGC
* * * * *
1210 GGCAAAATTCCTTGAATTATCTGTATTCATCTAACC---T-AATCTCGGCCACATTGGATTTAAG
1 GCCAAGACTCCTTGAA-TATCTATATTCATCTAACCTAATCAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
* * * * * *
1271 GATTTGCTTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAA-AT
65 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT
* * * * * * *
1335 AGCAAAACAAATATTAGAAGCATTAAAGGCCCT-CAATCTTTTT--ATGTCGAATTATATATTTT
130 -G-AAAAC-GATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGA-GTTGAATTATATATATT
* *
1397 TTAT-AAGTACTTTT-GTTAAAAATTGAGG-AAATATCATTTGGGTCAACTTTTGTAAAATTTTA
191 TTATGAA-TA-TTTTGGCTAAAAATTGAGGAAAATA-C-TTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTA
* * * * * * * *
1459 GCTGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGACTAAAAACGCGTTACGGG-GCCACGGATCTG
252 GCCGAAATC--GT-GT-ACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGACCCA-GGCTCAG
*
1523 TTTTGCATGATTTTTGGC
312 TTTTGCATGATTTTTTGC
* * * *
1541 ACCGAGACTCCTTGGAATATCTTTATTC-T-T---CTAATCAAATCCCAGCCACATTGGATTTAA
1 GCCAAGACTCCTT-GAATATCTATATTCATCTAACCTAATC-AATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* * *
1601 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTTATTTAG-AAAAATA
64 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA
* * * * *
1665 TGAAAATGATATTAAAAACGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAGTTTAATTATATATATTTTA
129 TGAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTTTA
* *
1730 TGAATATTTTGGCTAAAAATTGAGGTAAAATACTTCGCGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAA
194 TGAATATTTTGGCTAAAAATTGAGG-AAAATACTTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAA
** *
1795 ATCGTGTACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGACCCAGGGTCAGTTTTGCATGAT
258 ATCGTGTACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGACCCAGGCTCAGTTTTGCATGAT
*
1860 TTTTTGT
323 TTTTTGC
* * * *
1867 GGCAATACTCTTTGAAATATTTATATTCATCTAACCTAATC-A---CAGCCACATTGGATTTAAG
1 GCCAAGACTCCTTG-AATATCTATATTCATCTAACCTAATCAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
* * * *
1928 GATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAG
65 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT
* * * * * ** * *** *
1993 GAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAA-ACCTTTAATCTTTTT-TATGCCAAATTATATATTTTTT
130 G-AAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGA-GTTGAATTATATATATTTT
* * * * * * *
2056 ATGAGTATTTTTGCCATAACTTGAGG-AAATATCATTTGGGTCGATTTTTGCAAAATTTTAGCCG
193 ATGAATATTTTGGCTAAAAATTGAGGAAAATA-C-TTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCG
* * * * * *
2120 AAATCGTGTACTAATCATCACAGTTTCTGGCTTAAAAA-GCGTTCC-GAAGCCACGACTCTGTTT
256 AAATCGTGTAC----CATCACAGTTTTTGGC-TAAAAACGTGTTCCGGGACCCA-GGCTCAGTTT
2183 TGCATGA-TTTTTGAC
315 TGCATGATTTTTTG-C
* * * * * *
2198 GCCGAGACTCCTTG-ATATGTCT-TTAATC--ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAA
1 GCCAAGACTCCTTGAATATCTATATTCATCTAACCTAATC-AATCTCAGCCACATTGGATTTAAG
* * * *
2259 GATTTGGTTTTACGTGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAAGTAATTCAGAAAAAATAT
65 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAT
* *
2324 GAAAACGATGTTAAAAGCATGAAAAGTCCTCTAATCTTTTTGGCA-TTGAATTATATATAT
130 GAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGG-AGTTGAATTATATATAT
2384 ATATATATAT
Statistics
Matches: 1215, Mismatches: 210, Indels: 148
0.77 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
324 13 0.01
325 54 0.04
326 167 0.14
327 235 0.19
328 124 0.10
329 93 0.08
330 215 0.18
331 299 0.25
332 14 0.01
333 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
GCCAAGACTCCTTGAATATCTATATTCATCTAACCTAATCAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATG
AAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTTTATG
AATATTTTGGCTAAAAATTGAGGAAAATACTTTGGGTCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATC
GTGTACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGACCCAGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
TTGC
Found at i:2382 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2375--2406 Score: 57
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
2365 GGCATTGAAT
2375 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
2407 GTAAGTATTT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 28 0.97
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:4093 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4064--4101 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
4054 ACTTCACTCA
*
4064 CCCAATCAAATTCATTAAG
1 CCCAATCAAATTAATTAAG
4083 CCCAATC-AATTAATTAAG
1 CCCAATCAAATTAATTAAG
4101 C
1 C
4102 TATCACATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.61
19 7 0.39
ACGTcount: A:0.42, C:0.26, G:0.05, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
CCCAATCAAATTAATTAAG
Found at i:9879 original size:202 final size:202
Alignment explanation
Indices: 9533--9979 Score: 867
Period size: 202 Copynumber: 2.2 Consensus size: 202
9523 AATGATATAT
9533 ATATAGTAAGGGTGATTATATGATACACCGGCGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGGGTTGTG
1 ATATAGTAAGGGTGATTATATGATACACCGGCGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGGGTTGTG
9598 GAGTTGACACATGTCTATTTTTTGAATTATTTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTAAGGG
66 GAGTTGACACATGTCTATTTTTTGAATTATTTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTAAGGG
*
9663 ACACATGTCACCCTTCAGGACCCGCTTGTGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATCATATA
131 ACACATGTCACCCTTCAGGACCCGCTTATGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATCATATA
9728 TAAACCC
196 TAAACCC
9735 ATATAGTAAGGGTGATTATATGATACACCGGCGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGGGTTGTG
1 ATATAGTAAGGGTGATTATATGATACACCGGCGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGGGTTGTG
*
9800 GAGTTGACACATGTCTATTTTTTGAATTATTTAAGTTTTCAATATTTTAATCTAGTCCCTAAGGG
66 GAGTTGACACATGTCTATTTTTTGAATTATTTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTAAGGG
9865 ACACATGTCACCCTTCAGGACCCGCTTATGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATCATATA
131 ACACATGTCACCCTTCAGGACCCGCTTATGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATCATATA
9930 TAAACCC
196 TAAACCC
*
9937 ATATAGTAAGGGTGATTATATGATAAACCGGCGGTGTAAATTT
1 ATATAGTAAGGGTGATTATATGATACACCGGCGGTGTAAATTT
9980 ATAATAACAA
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 3, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
202 242 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (202 bp):
ATATAGTAAGGGTGATTATATGATACACCGGCGGTGTAAATTTTGGACTCCACAAGCGGGTTGTG
GAGTTGACACATGTCTATTTTTTGAATTATTTAAGTTTTAAATATTTTAATCTAGTCCCTAAGGG
ACACATGTCACCCTTCAGGACCCGCTTATGTAGTCTGCTAAACTCCACCGCCGGTGTATCATATA
TAAACCC
Found at i:13310 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13285--13328 Score: 88
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
13275 TCGACTCTGA
13285 ACTAGTTGAAACTCAATATG
1 ACTAGTTGAAACTCAATATG
13305 ACTAGTTGAAACTCAATATG
1 ACTAGTTGAAACTCAATATG
13325 ACTA
1 ACTA
13329 CTAGATAATA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 24 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.16, G:0.14, T:0.30
Consensus pattern (20 bp):
ACTAGTTGAAACTCAATATG
Done.