Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006702.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06723, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2433
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.17, T:0.37
Found at i:2051 original size:680 final size:680
Alignment explanation
Indices: 1--2433 Score: 4095
Period size: 680 Copynumber: 3.6 Consensus size: 680
* *
1 GAATCCATTTTTGAAATGATAGTTGGAATTTTAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
1 GAATCCATTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
66 TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTTGC
66 TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTTGC
* * *
131 TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTTTATGCAGCGGATTTTCTGAATTGATAAATTA
131 TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTGTATGCAGCGCAGTTTCTGAATTGATAAATTA
*
196 ACTTTGTCCCCCTTATTTTCAGGTGAAGGATCCAAACGTGCAAAAGCGGTTAAAAGC-TTCAACA
196 ACTTTGTCCCCCTTATTTTCAGCTGAAGGATCCAAACGTGCAAAAGCGGTTAAAAGCTTTCAACA
* * *
260 TTTACTTGTATGATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTC-GTTATAGATTTCTCATTTCACTGTG
261 TTTACTTGTATGATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTCTG-TACAGATTTATCATTTCACTGTA
* * *
324 ATTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACGTTTGTTTTT-CATATGTTCAATAAA
325 ATTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACATTTGTTTTTGCTTATATTCAATAAA
* * * * *
388 TCAAAGGGAGAAGTCCAAGAAGCAGTTTAATGAGGAGCATCCTGACCAATTCTATTCTGCTGATG
390 ACAAAGGGAGAAGTCCAAGAAGCAGTTCAATGATGAGCATCCTGACAAATCCTATTCTGCTGATG
* * *
453 TGAGTAATTTTGTACCAAAAGAAATATGTTGCCAAAGTCCTTTTTAGGTTCTTTTTGTGGCTGGC
455 TGAGTAA--TTGTACCAAAAGAAAGACGTTGACAAAGTCCTTTTTAGGTTCTTTTTGTGGCT-G-
* * * *
518 CGTTGGTGTTTGGATTTTAATGAGGTTTTTGTTATTAAATCTATCGTTTAGGTTTTTAAAGACTT
516 -G-T-GT-TTTGAATTTTAACGAGGTTTTTGTTATTAAATCTATTG-TCAGGTTTTTAAAGACTT
583 TGCAACAAAATGGGAATGCATGACAAATGCTGTAAGTATTTTTGCTCAAATCACTACTTCTTTTA
576 TGCAACAAAATGGGAATGCATGACAAATGCTGTAAGTATTTTTGCTCAAATCACTACTTCTTTTA
648 TTGGGTTGACTTTTGTTCTCCAGCAGTTAGTTATTTTACT
641 TTGGGTTGACTTTTGTTCTCCAGCAGTTAGTTATTTTACT
*
688 GAATCCAGTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
1 GAATCCATTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
* ** * *
753 TGCAAAACAAGGAACACGTTCACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTGGC
66 TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTTGC
* *
818 TACATTATAACTCGTTTCTATAAGAACAAAATTGTATGCAGCGCAGTTTCTGAATTGCTAAATTA
131 TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTGTATGCAGCGCAGTTTCTGAATTGATAAATTA
* *
883 ACTTTGTCCCCCTTATTTTCAGCTGAAGGATCCAAATGTGCAAAAGCGGTTAAAAGCTTTCAAGA
196 ACTTTGTCCCCCTTATTTTCAGCTGAAGGATCCAAACGTGCAAAAGCGGTTAAAAGCTTTCAACA
* * *
948 TTTACTTGTATGATATGTTCAACTACCATTGAAAATCTCTTTACTGATTTATCATTTCACTGTAA
261 TTTACTTGTATGATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTCTGTACAGATTTATCATTTCACTGTAA
* * * *
1013 TTCAGATTCAAATTCAAATTTAG---CTTGGTATTTACATTTGTTTTTGCTTATATTCAATAAAA
326 TTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACATTTGTTTTTGCTTATATTCAATAAAA
*
1075 CAAAGGGAGAAGTCCAAGAAGCAGTTCAATGATGAGCATCCTGACAAATCCTATTCTGTTGATGT
391 CAAAGGGAGAAGTCCAAGAAGCAGTTCAATGATGAGCATCCTGACAAATCCTATTCTGCTGATGT
*
1140 GAGTAATTGTACCAAAAGAAAGACGTTGTCAAAGTCCTTTTTAGGTTCTTTTTGTGGCTGGTGTT
456 GAGTAATTGTACCAAAAGAAAGACGTTGACAAAGTCCTTTTTAGGTTCTTTTTGTGGCTGGTGTT
*
1205 TTGAATTTTAACGAGGTTTTTGTTATTAAATCTATTGTCAGGTTTTGAAAGACTTTGCAACAAAA
521 TTGAATTTTAACGAGGTTTTTGTTATTAAATCTATTGTCAGGTTTTTAAAGACTTTGCAACAAAA
* * * *
1270 TGAGAATGCATGACAAATGCTGTAAGTATTTTTCCTCAAATCACTGCTTCTTTTATTGGGTTGAA
586 TGGGAATGCATGACAAATGCTGTAAGTATTTTTGCTCAAATCACTACTTCTTTTATTGGGTTGAC
** * *
1335 TTTTGTTCTGAAGCAGTTAGTTATTTTGCA
651 TTTTGTTCTCCAGCAGTTAGTTATTTTACT
*
1365 GAATCCATTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGATCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
1 GAATCCATTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
* * *
1430 TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACAGGTATGACAATATAACTCTTTTATATTTTTTTGC
66 TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTTGC
1495 TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTGTATGCAGCGCAGTTTCTGAATTGATAAATTA
131 TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTGTATGCAGCGCAGTTTCTGAATTGATAAATTA
** * *
1560 ACTTTGTCCCCCACATTTTTAGCTGAAGGATCCAAACGTGTAAAAGCGGTTAAAAGCTTTCAACA
196 ACTTTGTCCCCCTTATTTTCAGCTGAAGGATCCAAACGTGCAAAAGCGGTTAAAAGCTTTCAACA
*
1625 TTTACTTGTATGATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTCTGTACAGATTTATCATTTCACTGTGA
261 TTTACTTGTATGATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTCTGTACAGATTTATCATTTCACTGTAA
* * *
1690 TTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACGTTTGTTTTTTCTTATGTTCAATAAAA
326 TTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACATTTGTTTTTGCTTATATTCAATAAAA
1755 CAAAGGGAGAAGTCCAAGAAGCAGTTCAATGATGAGCATCCTGACAAATCCTATTCTGCTGATGT
391 CAAAGGGAGAAGTCCAAGAAGCAGTTCAATGATGAGCATCCTGACAAATCCTATTCTGCTGATGT
1820 GAGTAATTGTACCAAAAGAAAGACGTTGACAAAGTCCTTTTTAGGTTCTTTTTGTGGCTGGTGTT
456 GAGTAATTGTACCAAAAGAAAGACGTTGACAAAGTCCTTTTTAGGTTCTTTTTGTGGCTGGTGTT
1885 TTGAATTTTAACGAGGTTTTTGTTATTAAATCTATTGTCAGGTTTTTAAAGACTTTGCAACAAAA
521 TTGAATTTTAACGAGGTTTTTGTTATTAAATCTATTGTCAGGTTTTTAAAGACTTTGCAACAAAA
1950 TGGGAATGCATGACAAATGCTGTAAGTATTTTTGCTCAAATCACTACTTCTTTTATTGGGTTGAC
586 TGGGAATGCATGACAAATGCTGTAAGTATTTTTGCTCAAATCACTACTTCTTTTATTGGGTTGAC
2015 TTTTGTTCTCCAGCAGTTAGTTATTTTACT
651 TTTTGTTCTCCAGCAGTTAGTTATTTTACT
2045 GAATCCATTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
1 GAATCCATTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
2110 TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTTGC
66 TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTTGC
* *
2175 TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTTTATGCAGCGGAGTTTCTGAATTGATAAATTA
131 TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTGTATGCAGCGCAGTTTCTGAATTGATAAATTA
* * *
2240 ACTTTGTCCCACTTATTTTCAGGTGAAGGATCCAAACGTGCAAAGGCGGTTAAAAGCTTTCAACA
196 ACTTTGTCCCCCTTATTTTCAGCTGAAGGATCCAAACGTGCAAAAGCGGTTAAAAGCTTTCAACA
* *
2305 TTTACTTGTATTATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTCTTTACAGATTTATCATTTCACTGTAA
261 TTTACTTGTATGATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTCTGTACAGATTTATCATTTCACTGTAA
2370 TTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACATTTGTTTTTGCTTATATTCAATAAA
326 TTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACATTTGTTTTTGCTTATATTCAATAAA
Statistics
Matches: 1630, Mismatches: 110, Indels: 19
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
677 437 0.27
678 35 0.02
679 2 0.00
680 684 0.42
681 1 0.00
683 1 0.00
684 50 0.03
685 19 0.01
686 79 0.05
687 237 0.15
688 85 0.05
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (680 bp):
GAATCCATTTTTGAAATGATTGTTGGAATTTCAGGAGAAAGCTCCTTATCTTCAGGAGGCAGAGA
TGCTAAACACTGAACACGTTAACCTGAAACATGTATGGCAATATAACTCTTTTCTATTTTTTTGC
TACATTATAACTTGTTTCTATAAGAACAAAATTGTATGCAGCGCAGTTTCTGAATTGATAAATTA
ACTTTGTCCCCCTTATTTTCAGCTGAAGGATCCAAACGTGCAAAAGCGGTTAAAAGCTTTCAACA
TTTACTTGTATGATATGTTCAATTACCATTGAAAATCTCTGTACAGATTTATCATTTCACTGTAA
TTCAGATTCAGATTCAGATTTAGCTTCTTGTTATTAACATTTGTTTTTGCTTATATTCAATAAAA
CAAAGGGAGAAGTCCAAGAAGCAGTTCAATGATGAGCATCCTGACAAATCCTATTCTGCTGATGT
GAGTAATTGTACCAAAAGAAAGACGTTGACAAAGTCCTTTTTAGGTTCTTTTTGTGGCTGGTGTT
TTGAATTTTAACGAGGTTTTTGTTATTAAATCTATTGTCAGGTTTTTAAAGACTTTGCAACAAAA
TGGGAATGCATGACAAATGCTGTAAGTATTTTTGCTCAAATCACTACTTCTTTTATTGGGTTGAC
TTTTGTTCTCCAGCAGTTAGTTATTTTACT
Done.