Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006706.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06727, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 CTTC
* *
5 CCCATCGGAAGGTGTTGTTT--TAATTCCTAGTTCGCCCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGT-TTTCC-AGTTTGCCCTT
* * *
44 CCCCATAGGAAGGTTTTGTTTAGTTTTCCAATTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* *
85 CCCGGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCAGTTTGCCTTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* *
126 CCCCATCGGAAGGTGTTGATTAGTTTTCCAGTCTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
*
166 CCTCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTT
1 CC-CATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCC-TT
* * *
208 CCCGTCAGAAGATGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * *
242 CCCCACCAGAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * *
283 CCCAACCGGAAGATGTTGTCTAGTTGCCAATTACAAGTTTGCCCTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
* *
329 CTCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAG-TTTCCTAGTGTGCCCTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
** * * *
369 CCC--C-GCCGGTG--GGTGATGTTTACCAGTTTGCCCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTA-GTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
404 CCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCC-TT
* * * * *
446 CCCACCGGAAGGAGTTGTCTAGTTACCAATTCCCAGCTTGCTCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
* * *
491 CCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTGTGCCCTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
*
532 CCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
567 CCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* *
608 CCC-TCCCGGGAA-GTGTTGTCTAGTTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTT
1 CCCAT--C-GGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
* *
654 CCCAGTCGGAACGG-GTTATTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTT
1 CCCA-TCGGAA-GGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCC-TT
* *
696 CCCGTCGGAAGATGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * *
730 CCCCACCAGAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * *
771 CCCCA-CTGGAAGGTGTTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTT
1 -CCCATC-GGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
*
817 CGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTTTGCCCTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * * *
858 CCCCGTCGTAAGGTGTTGATTAGTTTTCCAGTCTACCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
898 CCTTATCGGAAGGTGTTGTTCA--ATTCCTAGTTTGCCCTT
1 CC-CATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * *
937 CCCCA-CTGGAAGGTGTAGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTT
1 -CCCATC-GGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
* * *
983 CGCAGTCAGAAGGTATT-TTTAG-TTTCCTAGTTTGCCCTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * * *
1022 CCCCGTCGAAAGGTGTTGATTAGTTTTCTAGTGTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * *
1062 CCTCGTCGGAAGGTGTTGTTCA-ATTCCCAGTTTGCCCTT
1 CC-CATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * *
1101 CCCCA-CTGGAAGGTGTAGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTT
1 -CCCATC-GGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
* *
1147 CGCAATCGGAAGGTGTT-TTTAATTTTCCTAGTTTGCCCTTT
1 C-CCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCC-TT
* ** * *
1188 CCCACCGGAAGAAGTTGTCTAGTTGCCAATTCCCAGCTTTGCTCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAG-TTTGCCCTT
* * *
1234 CCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTGTGCCCTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
*
1275 CCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
1310 CCCCACCAGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * * *
1351 CCCCACCGGAAGTTGTGGTCTAGTTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
* *
1397 CCAAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
**
1438 CCCCGCCGGAAGGTGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
1473 CCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCC-TT
* * * * *
1515 CCCACCGGAAGGTGTTCTCTAGTTGTCAATTCCCAGCTTGCTCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAG-T-T---TT-CCAGTTTGCCCTT
* * *
1560 CCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTA-TTGTGCCCCTC
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTT-TG-CCCTT
* *
1602 CCCGTCGGAAGGAGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
1636 CCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCAAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * * * *
1677 CCCCACCGGGAGGTGTTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTACCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
*
1723 CCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCC-TT
* *
1765 CCCGTCGGAAGATGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * *
1799 CCCCACCAGAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * *
1840 CCCCA-CTGGAAGGTGTTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTT
1 -CCCATC-GGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
*
1886 CGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAG-TTGCCCTT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * *
1926 CCCCGTCGGAAGGTGTTGATTAGTTTTCTAGTCTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* *
1966 CCTCGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCATTTTGCCCTT
1 CC-CATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* * *
2007 CCCGGTCTGAAGGTGTTTTTTAGTTTTCCCAGTTTGCCCTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
** * *
2048 CCCCATCGGAAGGTGTTAATTAGTTTTCCCATTTTGCCTTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* * *
2089 CCCGGTCGGAAGTTGTTTTTTA-TTTTCCCAGTTTGCCCTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* *
2129 CCCCATCGGAAGGTGTTGATTAGTTTTCTAGTCTT-CCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGT-TTGCCCTT
** ** *
2169 CCTTTTCGGAAGGTGTTAATTAGTTTTCCCATTTTGCCCTT
1 CC-CATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* * * * * *
2210 CTCAATCGGAAGGTGCTGTCTATTTGCCAATTCCCAGCTTGCTCTT
1 C-CCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
* * * * *
2256 CCCAGTGGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTGTGCCCATC
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCC-TT
*
2298 CCCGTCGGAAGGTGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
2332 CCCCA-CTGGATGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTT
1 -CCCATC-GGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * * *
2373 CCCTACCGGGAGGTGTTGTCTAGATGCCAATTCCCAGCTTGCCCTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTGTTTAG-T-----TTTCCAGTTTGCCCTT
* * *
2419 TCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCATT
1 CCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* *
2460 CCCCGTCGGAAGATGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * ** *
2495 CCCCA-CTAGAAAGTGTTGTTTAGCTCACCTAATTTGCCCTT
1 -CCCATC-GGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * * ** * ** *
2536 CCCCACCAGG-AGGTAAATTCTATTTGCCAACTCCCAACTTGCCTTT
1 -CCCATC-GGAAGGT--GTTGT-TTAG---TTTTCCAGTTTGCCCTT
* *
2582 CCACTGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTTTACCCTT
1 CC-C-ATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * *
2624 CCCCGTCGGAAGGAGTTGTTTAGTTTTCCCATTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* ** *
2665 CCCAATCGGAAGGTGTTGTTTGGAGTCCCAGTTTGCCCTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * *
2705 CCCTACCGGAAGGTGTCGTTTTAGCTCTCCTAGTTTG-CCTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTG-TTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * *
2746 CCCCA-CTGGAAGGTGTTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCTC-T
1 -CCCATC-GGAAGGTGTTGTTTAGTT-----TT-CCAGTTTGCCCTT
2791 CCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTTTGCCCTT
1 CC-CA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * * * *
2833 CCCCGTCGGAAGGTGTTGATTAGTTTTCTAATCTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* * * *
2873 CCTCGTCGGAAGGTATTGATTAGTTTTCTAGTTTGCCCTT
1 CC-CATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
* *
2913 CCTCGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCATTTTGCCCTT
1 CC-CATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* *
2954 CCCCATCGGAAGGTGTTGTTT--TAATTCCTAGTTCGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGT-TTTCC-AGTTTGCCCTT
* * *
2994 CCCCATAGGAAGGTTTTGTTTAGTTTTCCAATTTTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCC-AGTTTGCCCTT
* * *
3035 CCCGGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCAGTCTGCCTTT
1 CCC-ATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT-CCAGTTTGCCCTT
* *
3076 CCCCATCGGAAGGTGTTGATTAGTTTTCCAGTCTGCCCTT
1 -CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
3116 CC
1 CC
3118 TCAATCG
Statistics
Matches: 2382, Mismatches: 410, Indels: 563
0.71 0.12 0.17
Matches are distributed among these distances:
34 16 0.01
35 241 0.10
36 32 0.01
37 1 0.00
38 9 0.00
39 96 0.04
40 484 0.20
41 930 0.39
42 92 0.04
43 8 0.00
44 10 0.00
45 64 0.03
46 342 0.14
47 56 0.02
48 1 0.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (39 bp):
CCCATCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCAGTTTGCCCTT
Found at i:354 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 76--1205 Score: 1274
Period size: 163 Copynumber: 7.0 Consensus size: 163
66 GTTTTCCAAT
*** * * * *
76 TTTGCCCTTCCCGGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCAGTTTGCCTTTCCCCATCGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
* *
141 TTGAT-TAGTT-----TT-CCAG-TCTGCCCTTCCTCA-TCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTA
66 TTG-TCTAATTGCCAATTCCCAGCT-TGCCCTT-CGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTA
* *
197 GTGTGCCCTTTCCCGTCAGAAGATGTTGTTTACCAG
128 GTGTGCCCTTCCCCGTCGGAAGATGTTGTTTACCAG
* * * *
233 TTTGCCCTTCCCCACCAGAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCAACCGGAAGATG
1 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
* * * * *
298 TTGTCTAGTTGCCAATTACAAGTTTGCCCTTCTCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAG-TTTCCTAGTG
66 TTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTG
* ** * *
362 TGCCCTTCCCCGCCGGTGGGTGATGTTTACCAG
131 TGCCCTTCCCCGTCGGAAGATGTTGTTTACCAG
* * *
395 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTTCCCACCGGAAGGAG
1 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
* * * * * *
460 TTGTCTAGTTACCAATTCCCAGCTTGCTCTTCCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTG
66 TTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTG
*
525 TGCCCTTCCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTACCAG
131 TGCCCTTCCCCGTCGGAAGATGTTGTTTACCAG
*
558 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCTC-CCGGGAA-G
1 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCC-CACC-GGAAGG
* * *
621 TGTTGTCTAGTTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCCCAGTCGGAACGG-GTTATTTAGTTTTCCTA
64 TGTTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAA-GGTGTTGTTTAGTTTTCCTA
*
685 GTGTGCCCTTTCCCGTCGGAAGATGTTGTTTACCAG
128 GTGTGCCCTTCCCCGTCGGAAGATGTTGTTTACCAG
* * *
721 TTTGCCCTTCCCCACCAGAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
*
786 TTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTT
66 TTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTG
* * *
851 TGCCCTTCCCCGTCGTAAGGTGTTGATTAGTTTTCCAG
131 TGCCCTTCCCCGTCGGAA---GATG-TT-GTTTACCAG
* * ** * * * *
889 TCTACCCTTCCTTATCGGAAGGTGTTGTTCA-AT-TCCTAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
* * * *
952 TAGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCAGAAGGTATT-TTTAG-TTTCCTAGTT
66 TTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTG
* * * *
1015 TGCCCTTCCCCGTCGAAAGGTGTTGATTAGTTTTCTAG
131 TGCCCTTCCCCGTCGGAA---GATG-TT-GTTTACCAG
* * ** * * *
1053 TGTGCCCTTCCTCGTCGGAAGGTGTTGTTCAATTC-CC-AGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTG
1 TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
* * * *
1116 TAGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAATCGGAAGGTGTT-TTTAATTTTCCTAGTT
66 TTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTG
* ** *
1180 TGCCCTTTCCCACCGGAAGAAGTTGT
131 TGCCCTTCCCCGTCGGAAGATGTTGT
1206 CTAGTTGCCA
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 88, Indels: 45
0.87 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.00
157 62 0.07
160 2 0.00
161 2 0.00
162 155 0.18
163 340 0.39
164 155 0.18
165 32 0.04
166 78 0.09
167 3 0.00
168 31 0.04
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (163 bp):
TTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
TTGTCTAATTGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTG
TGCCCTTCCCCGTCGGAAGATGTTGTTTACCAG
Found at i:565 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 511--585 Score: 107
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
501 AGTTGTTGTT
* **
511 TTGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGGAAGGTG
1 TTGTTTACCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
*
547 TTGTTTACC-AGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
1 TTGTTTACCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
582 TTGT
1 TTGT
586 CTAGTTCTCC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 4, Indels: 1
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 27 0.77
36 8 0.23
ACGTcount: A:0.11, C:0.28, G:0.25, T:0.36
Consensus pattern (36 bp):
TTGTTTACCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
Found at i:1102 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 804--3118 Score: 389
Period size: 87 Copynumber: 28.2 Consensus size: 79
794 TTGCCAATTC
* * *
804 CCAGCTTGCCCTTCGC-AGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGTA
1 CCAG-TTGCCCTTC-CTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
868 AGGTGTTGATTAGTTTT
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
* * *
885 CCAGTCTACCCTTCCTTA-TCGGAAGGTGTTGTTCA-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCC-ACTGGA
1 CCAGT-TGCCCTTCC-TAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTC-GAA
* *
947 AGGTGTAG-TCTAATTGCCAATT
63 AGGTGTTGAT-TAGTT-----TT
* * * *
969 CCCAGCTTGCCCTTCGC-AGTCAGAAGGTATT-TTTAGTTTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
1 -CCAG-TTGCCCTTC-CTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
1032 AGGTGTTGATTAGTTTT
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * *
1049 CTAGTGTGCCCTTCCTCGTCGGAAGGTGTTGTTCA-ATTCCCAGTTTGCCCTTCCCC-ACTGGAA
1 CCAGT-TGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTC-GAAA
* *
1112 GGTGTAG-TCTAATTGCCAATT
64 GGTGTTGAT-TAGTT-----TT
* * * ** * ** *
1133 CCCAGCTTGCCCTTCGC-AATCGGAAGGTGTTTTTAATTTTCCTAGTTTGCCCTTTCCCACCGGA
1 -CCAG-TTGCCCTTC-CTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
**
1197 AGAAGTTG-TCTAGTTGCCAATT
63 AGGTGTTGAT-TAGTT-----TT
* * * ** * * *
1219 CCCAGCTTTGCTCTTCCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGG
1 -CCAG--TTGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGA
*
1284 AA-G-G-TG-TT-GTTTA
62 AAGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * ** *
1297 CCAGTTTGCCCTTCCCCA-CCAGAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGA
1 CCAG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGAT-TCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
* *
1361 AGTTG-TGGTCTAGTTGCCAATT
63 AGGTGTTGAT-TAGTT-----TT
* * * * * *
1383 CCCAGCTTGCCCTTCCAAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGCCGGA
1 -CCAG-TTGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
*
1448 A-G-G-TG-TT-GTTTA
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * ** *
1460 CCAGTTTGCCCTTCCCCA-CCGGAAGGTGTTG-TCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTTCCCACCGG
1 CCAG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTGTTC-AGAT-TCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGA
*
1523 AAGGTGTT-CTCTAGTTGTCAATT
62 AAGGTGTTGAT-TAG-T-T---TT
* * * ** * * *
1546 CCCAGCTTGCTCTTCCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTA-TTGTGCCCCTCCCCGTCGG
1 -CCAG-TTGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTT-TGCCCTTCCCCGTCGA
* *
1610 AA-G-G-AG-TT-GTTTA
62 AAGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * ** *
1623 CCAGTTTGCCCTTCCCCA-CCGGAAGGTGTTG-TCTAGTTCTCCAAGTTTGCCCTTCCCCACCGG
1 CCAG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTGTTC-AGAT-TCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGA
* *
1686 GAGGTGTTG-TCTAATTGCCAATT
62 AAGGTGTTGAT-TAGTT-----TT
* * * * * * *
1709 CCCAGCTTACCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTTCCCGTCGGA
1 -CCAG-TTGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
* *
1774 A---GATG-TT-GTTTA
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * * * *
1786 CCAGTTTGCCCTTCCCCA-CCAGAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCC-ACTGG
1 CCAG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGAT-TCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTC-GA
*
1849 AAGGTGTTG-TCTAATTGCCAATT
62 AAGGTGTTGAT-TAGTT-----TT
* * *
1872 CCCAGCTTGCCCTTCGC-AGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAG-TTGCCCTTCCCCGTCGG
1 -CCAG-TTGCCCTTC-CTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGA
1935 AAGGTGTTGATTAGTTTT
62 AAGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * * *
1953 CTAGTCTGCCCTTCCTCGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCATTTTGCCCTTCCCGGTCTG-A
1 CCAGT-TGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTC-GAA
**
2017 AGGTGTTTTTTAGTTTT
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * * *
2034 CCCAGTTTGCCCTTCCCCA-TCGGAAGGTGTTAATT-AGTTTTCCCATTTTGCCTTTCCCGGTCG
1 -CCAG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTT-GTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCG
* * **
2097 GAAGTTGTTTTTTA-TTTT
61 AAAGGTGTTGATTAGTTTT
* * * ***
2115 CCCAGTTTGCCCTTCCCCA-TCGGAAGGTGTTGATT-AGTTTTCTAGTCTT-CCCTTCCTTTTCG
1 -CCAG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTG-TTCAGATTCCTAGT-TTGCCCTTCCCCGTCG
* *
2177 GAAGGTGTTAATTAGTTTT
61 AAAGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * *
2196 CCCATTTTGCCCTT-CTCAATCGGAAGGTGCTG-TCTATTTGCCAATTCCCAGCTTGCTCTTCCC
1 -CCA-GTTGCCCTTCCT-AGTCGGAAGGTGTTGTTC-A---G---ATTCCTAGTTTGCCCTTCCC
* * * * * *
2259 AGTGGGAAGTTGTTGTTTTGTTTT
56 CGTCGAAAGGTGTTGATTAGTTTT
* ** * * *
2283 CCTAGTGTGCCCATCCCCGTCGGAAGGTGTTGTT----TACC-AGTTTGCCCTTCCCC-ACTGGA
1 CC-AGT-TGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTC-GAA
* *
2342 TGGTGTTG-TCTAGTTCT
63 AGGTGTTGAT-TAGTTTT
* * * * * * *
2359 CCTAGTTTGCCCTTCCCTA-CCGGGAGGTGTTGTCTAGATGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTTCCA
1 CC-AG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTGT-T-CA-G---ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCC
* *
2423 GTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT
57 GTCGAAAGGTGTTGATTAGTTTT
* ** * * * *
2446 CCTAGTGTGCCATTCCCCGTCGGAAGATGTTGTT----TACC-AGTTTGCCCTTCCCCACTAGAA
1 CC-AGT-TGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCC-GTCGAA
* * **
2506 A-GTGTTGTTTAGCTCA
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * * * ** *
2522 CCTAATTTGCCCTTCCCCA-CCAGG-AGGTAAATTCTATTTGCCA-ACTCCCAACTTGCCTTTCC
1 CC--AGTTGCCCTT-CCTAGTC-GGAAGGT---GT-T-GTT--CAGATTCCTAGTTTGCCCTTCC
* * *
2584 ACTGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTT
55 -CCGTCGAAAGGTGTTGATTAGTTTT
* ** * * * * * ** *
2610 CCTAGTTTACCCTTCCCCGTCGGAAGGAGTTGTTTAGTTTTCCCATTTTGCCCTTCCCAATCGGA
1 CC-AG-TTGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
* * ** *
2675 AGGTGTTGTTTGGAGTC
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * *
2692 CCAGTTTGCCCTTCCCTA-CCGGAAGGTGTCGTTTTAGCTCTCCTAGTTTG-CCTTCCCC-ACTG
1 CCAG-TTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTG-TTCAGAT-TCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTC-G
* *
2754 GAAGGTGTTG-TCTAATTGCCAATT
61 AAAGGTGTTGAT-TAGTT-----TT
* * * * *
2778 CCCAGCTTGCTC-TCCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGG
1 -CCAG-TTGCCCTTCC-TAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGA
2842 AAGGTGTTGATTAGTTTT
62 AAGGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * * * *
2860 CTAATCTGCCCTTCCTCGTCGGAAGGTATTGATT-AGTTTTCTAGTTTGCCCTTCCTCGTCGGAA
1 CCAGT-TGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTG-TTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAAA
*
2924 GGTGTTGTTTAGTTTT
64 GGTGTTGATTAGTTTT
* * * * * * *
2940 CCCATTTTGCCCTTCCCCA-TCGGAAGGTGTTGTTTTA-ATTCCTAGTTCGCCCTTCCCCATAGG
1 -CCA-GTTGCCCTT-CCTAGTCGGAAGGTGTTG-TTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGA
* *
3003 AAGGTTTTGTTTAGTTTT
62 AAGGTGTTGATTAGTTTT
* ** * * * * * * *
3021 CCAATTTTGCCCTTCCCGGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCAGTCTGCCTTTCCCCATCGGA
1 CC-A-GTTGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAG-ATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAA
3086 AGGTGTTGATTAGTTTT
63 AGGTGTTGATTAGTTTT
3103 CCAGTCTGCCCTTCCT
1 CCAGT-TGCCCTTCCT
3119 CAATCG
Statistics
Matches: 1712, Mismatches: 317, Indels: 410
0.70 0.13 0.17
Matches are distributed among these distances:
75 12 0.01
76 267 0.16
77 47 0.03
78 12 0.01
79 101 0.06
80 131 0.08
81 297 0.17
82 154 0.09
83 28 0.02
84 17 0.01
85 90 0.05
86 131 0.08
87 359 0.21
88 66 0.04
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (79 bp):
CCAGTTGCCCTTCCTAGTCGGAAGGTGTTGTTCAGATTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGAAAGG
TGTTGATTAGTTTT
Found at i:1135 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 1082--1236 Score: 126
Period size: 46 Copynumber: 3.5 Consensus size: 45
1072 AGGTGTTGTT
1082 CAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTGTAGTCTAATTGC
1 CAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTGT-GTCTAATTGC
* * * * *
1128 CAATTCCCAGCTTGCCCTT-CGCAATCGGAAGGTGTTTTTAATT--
1 CAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCACT-GGAAGGTGTGTCTAATTGC
* * * *
1171 ---TTCCTAGTTTGCCCTTTCCCACCGGAAGAAGT-TGTCTAGTTGC
1 CAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAG--GTGTGTCTAATTGC
*
1214 CAATTCCCAGCTTTGCTCTTCCC
1 CAATTCCCAG-TTTGCCCTTCCC
1237 AGTCGGAAGT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 16, Indels: 19
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
40 19 0.23
41 9 0.11
42 2 0.02
45 10 0.12
46 33 0.40
47 10 0.12
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (45 bp):
CAATTCCCAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTGTGTCTAATTGC
Found at i:1286 original size:88 final size:86
Alignment explanation
Indices: 717--1278 Score: 340
Period size: 87 Copynumber: 6.7 Consensus size: 86
707 ATGTTGTTTA
* * * * * * * *
717 CCAGTTTGCCCTTCCCCACCAGAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAA
1 CCAGCTTGCCCTTCCCAATCGGAAGGTG-TTTTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAA
**
782 GGTGTTGTCTAATTGCCAATTC
65 GAAGTTGTCTAATTGCCAATTC
* * * * ** *
804 CCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTCGTAA
1 CCAGCTTGCCCTTCCCAATCGGAAGGTGTT-TTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAA
* * *
869 G--G-TGT-TGATT---AGTTTT
65 GAAGTTGTCTAATTGCCA-ATTC
* ** * * *
885 CCAG-TCTACCCTTCCTTATCGGAAGGTGTTGTTCAA--TTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACTGGA
1 CCAGCT-TGCCCTTCCCAATCGGAAGGTGTT-TTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGA
** *
947 AGGTGTAGTCTAATTGCCAATTC
64 AGAAGTTGTCTAATTGCCAATTC
* * * * * * **
970 CCAGCTTGCCCTTCGCAGTCAGAAGGTATTTTT-AGTTTCCTAGTTTGCCCTTCCCCGTC-G-A-
1 CCAGCTTGCCCTTCCCAATCGGAAGGTGTTTTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAAG
* * * *
1031 AAGGTGT-TGATT---AGTTTT
66 AAGTTGTCTAATTGCCA-ATTC
* * * * * *
1049 CTAG-TGTGCCCTTCCTC-GTCGGAAGGTGTTGTTCAA--TTCCCAGTTTGCCCTTCCCCACTGG
1 CCAGCT-TGCCCTTCC-CAATCGGAAGGTGTT-TTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGG
** *
1110 AAGGTGTAGTCTAATTGCCAATTC
63 AAGAAGTTGTCTAATTGCCAATTC
* * *
1134 CCAGCTTGCCCTTCGCAATCGGAAGGTGTTTTTAATTTTCCTAGTTTGCCCTTTCCCACCGGAAG
1 CCAGCTTGCCCTTCCCAATCGGAAGGTGTTTTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAAG
*
1199 AAGTTGTCTAGTTGCCAATTC
66 AAGTTGTCTAATTGCCAATTC
* * * **
1220 CCAGCTTTGCTCTTCCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCC
1 CCAGC-TTGCCCTTCCCAATCGGAAGGTGTT-TTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCC
1279 GTCGGAAGGT
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 82, Indels: 61
0.72 0.16 0.12
Matches are distributed among these distances:
78 2 0.01
79 67 0.19
80 6 0.02
81 36 0.10
82 8 0.02
83 14 0.04
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87 73 0.20
88 23 0.06
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.21, T:0.36
Consensus pattern (86 bp):
CCAGCTTGCCCTTCCCAATCGGAAGGTGTTTTTAATTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCACCGGAAG
AAGTTGTCTAATTGCCAATTC
Found at i:1308 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1254--1362 Score: 121
Period size: 35 Copynumber: 2.9 Consensus size: 36
1244 AGTTGTTGTT
* * **
1254 TTGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGGAAGGTG
1 TTGTTTACCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
*
1290 TTGTTTACC-AGTTTGCCCTTCCCCACCAGAAGGTG
1 TTGTTTACCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
1325 TTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAG
1 TTGTTTA-----CCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAG
1363 TTGTGGTCTA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 6, Indels: 7
0.82 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
35 29 0.48
36 8 0.13
40 2 0.03
41 22 0.36
ACGTcount: A:0.13, C:0.30, G:0.22, T:0.35
Consensus pattern (36 bp):
TTGTTTACCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTG
Found at i:1325 original size:163 final size:163
Alignment explanation
Indices: 1155--2170 Score: 1260
Period size: 163 Copynumber: 6.2 Consensus size: 163
1145 TTCGCAATCG
* * * **
1155 GAAGGTGTT-TTTAATTTTCCTAGTTTGCCCTTTCCCACCGGAAGAAGTTGTCTAGTTGCCAATT
1 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTGCCAATT
* * *
1219 CCCAGCTTTGCTCTTCCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGG
66 CCCAGC-TTGCCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGG
1284 AAGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
130 AAGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
* *
1318 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGTTGTGGTCTAGTTGCCAATT
1 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTGCCAATT
* *
1383 CCCAGCTTGCCCTTCCAAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGCCGGA
66 CCCAGCTTGCCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGGA
*
1448 AGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCG
131 AGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
* * * *
1481 GAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTTCCCACCGGAAGGTGTTCTCTAGTTGTCAATT
1 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTGCCAATT
* * * * *
1546 CCCAGCTTGCTCTTCCCAGTCGGAAGTTGTTGTTTTGTTTTCCTATTGTGCCCCTCCCCGTCGGA
66 CCCAGCTTGCCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGGA
* *
1611 AGGAGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCG
131 AGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
* * * *
1644 GAAGGTGTTGTCTAGTTCTCCAAGTTTGCCCTTCCCCACCGGGAGGTGTTGTCTAATTGCCAATT
1 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTGCCAATT
* *
1709 CCCAGCTTACCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTTCCCGTCGGA
66 CCCAGCTTGCCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGGA
*
1774 AGATGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
131 AGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
* * *
1807 GAAGGTGTTTTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACTGGAAGGTGTTGTCTAATTGCCAATT
1 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTGCCAATT
*
1872 CCCAGCTTGCCCTTCGCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGT-TGCCCTTCCCCGTCGGA
66 CCCAGCTTGCCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGGA
* * * * ** *
1936 AGGTGTTGATTAGTTTTCTAGTCTGCCCTTCCTCGTCG
131 A-G-G-TG-TT-GTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
* * * *** * * *
1974 GAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCCATTTTGCCCTTCCCGGTCTGAAGGTGTTTTTTAGTT-----TT
1 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTGCCAATT
* ** * * * * *
2034 CCCAGTTTGCCCTTCCCCA-TCGGAAGGTGTTAATTAGTTTTCCCATTTTGCCTTTCCCGGTCGG
66 CCCAGCTTGCCCTT-CCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGG
* * * *
2098 AAGTTGTTTTTTATTTTCCCAGTTTGCCCTTCCCCATCG
130 AAGGTGTTGTTTA-----CCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
* *
2137 GAAGGTGTTGATTAGTT-TTCTAGTCTT-CCCTTCC
1 GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGT-TTGCCCTTCC
2171 TTTTCGGAAG
Statistics
Matches: 750, Mismatches: 89, Indels: 29
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
158 3 0.00
159 2 0.00
160 2 0.00
162 68 0.09
163 551 0.73
164 55 0.07
165 2 0.00
166 2 0.00
167 65 0.09
ACGTcount: A:0.14, C:0.27, G:0.22, T:0.37
Consensus pattern (163 bp):
GAAGGTGTTGTTTAGTTCTCCTAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGGTGTTGTCTAGTTGCCAATT
CCCAGCTTGCCCTTCCCAGTCGGAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCTTCCCCGTCGGA
AGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTCCCCACCA
Found at i:2372 original size:163 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2201--2645 Score: 543
Period size: 163 Copynumber: 2.7 Consensus size: 161
2191 GTTTTCCCAT
* * * *
2201 TTTGCCCTTCTCAATCGGAAGGTGCTGTCTATTTGCCAATTCCCAGCTTGCTCTTCCCAGTGGGA
1 TTTGCCCTTCCCAACCGG-AGGTGATGTCTATTTGCCAATTCCCAGCTTGC-CTTCCCAGTCGGA
* *
2266 AGTTGTTGTTTTGTTTTCCTAGTGTGCCCATCCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCT
64 AGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCATCCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCT
* ** * * *
2331 TCCCCACTGGATGGTGTTGTCTAGTTCTCCTAG
129 TCCCCACTAGAAAGTGTTGTCTAGCTCACCTAA
* * ** *
2364 TTTGCCCTTCCCTACCGGGAGGTGTTGTCTAGATGCCAATTCCCAGCTTGCCCTTTCCAGTCGGA
1 TTTGCCCTTCCCAACC-GGAGGTGATGTCTATTTGCCAATTCCCAGCTTG-CCTTCCCAGTCGGA
*
2429 AGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTG-CCATTCCCCGTCGGAAGATGTTGTTTACCAGTTTGCCC
64 AGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCA-TCCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCC
*
2493 TTCCCCACTAGAAAGTGTTGTTTAGCTCACCTAA
128 TTCCCCACTAGAAAGTGTTGTCTAGCTCACCTAA
* * * * *
2527 TTTGCCCTTCCCCACCAGGAGGTAAAT-TCTATTTGCCAACTCCCAACTTGCCTTTCCACTGTCG
1 TTTGCCCTTCCCAACC-GGAGGT-GATGTCTATTTGCCAATTCCCAGCTTGCC-TTCC-CAGTCG
* * * *
2591 GAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTTTACCCTTCCCCGTCGGAAGGAGTTGTTTA
62 GAAGGTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCATCCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTA
2646 GTTTTCCCAT
Statistics
Matches: 242, Mismatches: 33, Indels: 13
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 5 0.02
163 179 0.74
164 56 0.23
165 2 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.22, T:0.36
Consensus pattern (161 bp):
TTTGCCCTTCCCAACCGGAGGTGATGTCTATTTGCCAATTCCCAGCTTGCCTTCCCAGTCGGAAG
GTGTTGTTTAGTTTTCCTAGTGTGCCCATCCCCGTCGGAAGGTGTTGTTTACCAGTTTGCCCTTC
CCCACTAGAAAGTGTTGTCTAGCTCACCTAA
Done.