Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006731.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06752, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3113
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Found at i:87 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1--3112 Score: 1615
Period size: 56 Copynumber: 58.2 Consensus size: 55
* * * * *
1 GTAAAAGAAGGAGTAATC-AGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
** * * *
57 GTAAAAGAAAAACTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * *
111 GT-AAAGAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACT-AAGAG
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * *
159 GTAAAAGAA--AGTAGAT-TAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAA-AGA
1 GTAAAAGAAGGAGTA-ATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGA-A
* * * * * * * *
214 GGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCATAGTAATTGAGGT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * *
268 GTAAAAGAATG-G--A--GATTAATAGTTCAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * ** *
317 GTAAAAGAATGGAG-ATTAGA-AGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* *
372 GTAAAAGAAGGAGTAAATAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGT-AATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * *
426 GTAAAAGAATGGAG-ATTAG-TAT-ATAGCTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGAT-TGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * * * *
481 GTAAAAAAATGTGTAAAC-AGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * * **
536 GTAAAAGAATGAAG-ATTAG-TAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAATTTAAA-AGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATT-AAGCTAAAGA-A
* * * *
591 GTAAAAGAAGGAGTAAAC-AGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * ** *
646 GTAAAAGAAGCAGTAATC-AATAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
** * * * *
702 GTAACGGAAAGAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTTAGAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * *
756 GTAAAAGAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * ** *
805 GTAAAAGAATGGAG-ATTAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * * *
860 GTAAAAGAAGGAGTAAATAG-TAGACAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGT-AATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * **
914 GTAAAAGAATGAAG-ATTAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTTAAAAGAA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATT-AAGCT-AAAGAA
* * * * *
970 GTAAAAAAAGGTGTAAAC-AGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * ** *
1024 GTAAAAGAAGGTGTAATC-AGTAATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* ** * * * *
1080 GTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCT-AAGAT
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * *
1134 GT-AAACAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * *
1182 GTAAAGGAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * *
1231 GTAAAAGAATGGAG-ATTAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * * *
1286 GTAAAAGAAGGAGTAAAC-AGTAGATAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * *
1341 GTAAAAGAAGGAGTAATC-AGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
** * * * *
1397 GTAAAAGAAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* *
1451 GT-AAAGAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * *
1499 ATAAAAGAATGGAG-ATTCG--T--T-GTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT--AGAA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAAGAA
* * * **
1548 GTAAAAGAATGGA-TATTAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAA-AGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTA-AAGA-A
* * * *
1603 GTAAAAGAAGGAGTAAATAG-TAGATAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGT-AATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAGCTAAAGAA
* * * * * * * *
1657 GTAAAAGAATGGAG-ATTAG-TAGATAGTTTAATTCGGTGTAGTTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * * * *
1712 GTAAAAAAAGGTGTAAAC-AGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * * * ** *
1767 GTAATAGAATGAAG-ATTAGCA--GATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCG-ATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * * *
1822 GTAAAAGAAGGAGTAAAC-AGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * ** *
1877 GTAAAAGAAGGAGTAATC-AGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* ** * *
1933 GTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * *
1987 GT-AAAGAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACT-AAGAG
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * *
2035 GTAAAAGAA--AGTAGAT-TAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAA-AGA
1 GTAAAAGAAGGAGTA-ATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGA-A
* * * * * *
2090 GGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * *
2144 GTAAAAGAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAAAGTAATTATGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * ** *
2193 GTAAAAGAATGGAG-ATTAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * * *
2248 GTAAAAGAAGGAGTAAATAG-TAGACAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGT-AATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * *
2302 GTGAAAGAATGGAG-ATTAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAGAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAG-A-A
* * * * *
2357 GTAAAAAAAGGTGTAAAC-AGTAGATAGGTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * ** ** *
2412 GTAAAAGAATGAAG-ATTAGCA--GATAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCG-ATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * * * *
2467 GTAAAAGAAGCAGTAAAC-AGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * *
2522 GTAAAAGAAGAAGTAATC-AGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* ** * *
2578 GTAAAGGAAAAAGTAATCTATTGATACGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATA-GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * *
2633 GT-AAAGAATG-G--A--GATT-AGTAGTATAATTCAGAGCAATTAAGCT----AA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * * * *
2678 GTAAAAGAATGTAG-ATTAG-TTGATACTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
* * ***
2733 GTAAAAGAAGGAGTAAAC-AGTAGATAGTTTAATTTTTAGTAATTAAGCTAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGA-TTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * * *
2788 GTAAAAGAAGGAGTAATC-AGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-A
** * * * *
2844 GTAAAAGAAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* *
2898 GT-AAAGAATG-G--A--GATT-AGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
* * * *
2946 ATAAAAGAATGGAG-ATTCG--T--T-GTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT--AGAA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAAGAA
* * * **
2995 GTAAAAGAATGGA-TATTAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAA-AGA
1 GTAAAAGAA-GGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTA-AAGA-A
* * * *
3050 GTAAAAGAAGGAGTAAATAG-TAGATAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCT-AAGAA
1 GTAAAAGAAGGAGT-AATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAGCTAAAGAA
3104 GTAAAAGAA
1 GTAAAAGAA
3113 T
Statistics
Matches: 2398, Mismatches: 449, Indels: 420
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
45 4 0.00
46 6 0.00
47 5 0.00
48 193 0.08
49 275 0.11
50 40 0.02
51 14 0.01
52 12 0.01
53 320 0.13
54 309 0.13
55 474 0.20
56 665 0.28
57 81 0.03
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (55 bp):
GTAAAAGAAGGAGTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
Found at i:342 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 25--3087 Score: 1565
Period size: 158 Copynumber: 19.1 Consensus size: 158
15 AATCAGTAAT
* ** * * *
25 TAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACTAATC-GATTGATAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAG-TAGATAGTTTAA
* * * *
89 TTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAAC
65 TTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGC
* * * *
153 TAAGAGGTAAAAGAAAGTAGATTAGTTGA
130 TAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* * * * *
182 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAAT
* * * * *
247 TCATAGTAATTGAGGTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAATAGTTCAATTCAAAGCAATTAAGCT
66 TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT
*
312 AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGAAGA
131 AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* *
340 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAAT
* *
405 TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTATATAGCTTAATTCAGAGTAATTA
66 TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTTAATTCAGAGCAATTA
* * * **
470 AACTAAAAAGAGTAAAAAAATGTGTA-AACAGTAGA
127 AGCT-AAGA-AGTAAAAGAATG-G-AGATTAGTAGA
* * * **
505 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAATGA--AGATTAGTAGATAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTA-AACAGTAGATAGTTTAA
* ** * ** * *
567 TTCAAAGTAATTAAATTTAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGT
65 TTCAGAGTAATT-AAGCTAAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----A-TTAATAGTTTAATTCAGAGC
* * * *
631 AATTAAGTTAAAGAAGTAAAAGAA-GCAGTAATCAATA-A
122 AATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
* ** * * * *
669 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAACGGAAAGAGTAATCGGTTGATAGTTTAA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
* * * *
734 TTTAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGC
65 TTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGC
799 TAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
130 TAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* * *
828 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGACAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAAT
* * *
893 TCAGAATAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTA
66 TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTTAATTCAGAGCAATT-
** * * **
958 AATTTAAAAGAAGTAAAA-AAAGGTGTAAACAGTAGA
126 AAGCT--AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
* * * * * *
994 TAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAAGGTGTAATCAGTA-ATTAGGTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAA
** * * * * * * *
1056 TTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTGAGAGCA
65 TTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAA--AGAATG-GA--GATTAATAGTTTAATTCAGAGCA
* *
1121 ATTAAGCTAAGATGT-AAACAATGGAGA-T--TAG-
123 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* * * * *
1152 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAGGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
* * *
1209 TTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
65 TTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTTAATTCAGAGCAATT
* * **
1274 AAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGA
126 AAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
* * * * *
1310 TAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAA
* * * * * *
1373 TTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACT-AATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGC
65 TTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG---AA-TGGA--GATTAATAGTTTAATTCAGAGC
*
1437 AATTAAGGTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T--TAG-
122 AATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* * * **
1469 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAA-A-TAAAAGAATGGAG-ATTC-GT---T-GTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
* * * *
1526 TTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAAGTAAAAGAATGGATATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
65 TTCAGAGTAATTAAG-CTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTTAATTCAGAGCAAT
** * *
1590 TAAATTATAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGA
125 TAAGCTA-AGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
* * * * **
1627 TAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTA
* * * * * * * * * * *
1687 ATTCGGTGTAGTTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGT
64 ATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAA--TG--GAGATTA-ATAGTTTAATTCAGAGC
* * *
1752 AATTAAGCTAAAGAAGTAATAGAATGAAGATTAGCAGA
122 AATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* * * *
1790 TAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAAT
* * *
1855 TTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAA
66 TCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT---TAA-TAGTTTAATTCAGAGCAA
** * * ** ** *
1919 TTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAGTAATCGGTTGA
124 TTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
* * * *
1957 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
* * * * * * *
2013 TTCAGAGCAATTAAACTAAGAGGTAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATT
65 TTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA----ATAGTTTAATTCAGAGCAATT
* * * ** *
2078 AAACTGAAAAGAGGAAAAGAA-GGAGTAAACAATAGA
126 AAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
* * * * *
2114 TAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
* * *
2171 TTCAAAGTAATTATGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
65 TTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTTAATTCAGAGCAATT
** * *
2236 AAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGA
126 AAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
* * * * * **
2272 CAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCT-AAGA-AGTGAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
* * * * * * *
2333 TTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGTTAATTCAGAGTA
65 TTCAGAGTAATTAAGCTAAG-A-AGTAAAAGAA--TG--GAGATTA-ATAGTTTAATTCAGAGCA
* *
2398 ATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGA
123 ATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* ** * * *
2435 TAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGTCGATAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAAT
* * * *
2500 TTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAA
66 TCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT---TAA-TAGTTTAATTCAGAGCAA
* * * ** *
2564 TTAAACTAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAGTAATCTA-TTGA
124 TTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--AT-TAGTAGA
* * * * *
2602 TACGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTATA
1 TA-GTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTA
* * * * *
2658 ATTCAGAGCAATTAAGCT---AAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATACTCTAATTCAGAGTAAT
64 ATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA----ATAGTTTAATTCAGAGCAAT
* * **
2720 TAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGA
125 TAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
*** * * *
2757 TAGTTTAATTTTTAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAA
* * * * * *
2820 TTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACT-AATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGC
65 TTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG---AA-TGGA--GATTAATAGTTTAATTCAGAGC
*
2884 AATTAAGGTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T--TAG-
122 AATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
* * * **
2916 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAA-A-TAAAAGAATGGAG-ATTC-GT---T-GTTTAA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAA
* * * *
2973 TTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAAGTAAAAGAATGGATATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAAT
65 TTCAGAGTAATTAAG-CTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTTAATTCAGAGCAAT
** * *
3037 TAAATTATAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGA
125 TAAGCTA-AGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA
*
3074 TAATTTAATTCAGA
1 TAGTTTAATTCAGA
3088 ATAAGTTAGC
Statistics
Matches: 2299, Mismatches: 402, Indels: 409
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
146 3 0.00
147 3 0.00
148 7 0.00
149 7 0.00
150 71 0.03
151 29 0.01
152 29 0.01
153 71 0.03
154 34 0.01
155 63 0.03
156 18 0.01
157 169 0.07
158 534 0.23
159 122 0.05
160 61 0.03
161 38 0.02
162 88 0.04
163 95 0.04
164 182 0.08
165 307 0.13
166 196 0.09
167 123 0.05
168 30 0.01
169 10 0.00
170 3 0.00
171 6 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (158 bp):
TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAAT
TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT
AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGA
Found at i:1249 original size:317 final size:313
Alignment explanation
Indices: 129--2677 Score: 1978
Period size: 317 Copynumber: 7.9 Consensus size: 313
119 TGGAGATTAG
* * * * *
129 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAGGTAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTA---GATAGTTTAATTCA
* * * * * *
194 GAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAA-GGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCATAGTAATT
62 GAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAAAGTAATT
* * * * * ** *
258 GAGGTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTCAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGA-A
119 AAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGA
** * ** *
317 GTAAAAGAATGGAG--ATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGA
184 GTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGA
* * * * *
380 A-GGAGTAAAT-AGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAGA
246 ATGGAG---ATCAGTA-ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAAGTA-A
*
441 TTAGTAT-A
306 TCAGT-TGA
* * * * * * *
449 TAGCTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAATGTGTAAACAGTAGATAGTTTAAT
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AAAGAATG-G---AGATTAGATAGTTTAAT
*
514 TCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAAAGTAATT
59 TCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAAAGTAATT
** * ** * * *
579 AAATTTAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAAA
119 -AAGCTAAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAA
* * * * ** *
643 GA-AGTAAAAGAAGCAGTAATCAATA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAA
180 AAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAA
** * * * * * * * * *
706 CGGAA-AGAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTTAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATG-
242 AAGAATGGAG--ATCAG-TAATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAAGT
* *
767 GA-GA-TT-A
304 AATCAGTTGA
*
774 GTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTC
1 -TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T--TAGATAGTTTAATTC
** * *
839 AGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGACAGTTTAATTCAGAA-TAA
61 AGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG---AT--TAG-TAGTTTAATTCA-AAGTAA
* *
902 TTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTTAAAA
117 TTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAA
* * *
967 GAAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGA
182 G-AGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGA
* * *
1032 A-GGTGTAATCAGTAATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAA
246 ATGGAG--ATCAGTAA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAA--AAAAAGTAA
*
1096 TCGGTTGA
306 TCAGTTGA
* * * *
1104 TAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGATGTAAACAATGGAGATTAG-TAGTTTAATTCAGAGC
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGATAGTTTAATTCAGAGT
* *
1168 AATTAAGCTAAGAAGTAAAGGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGT
66 AATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGT
*
1233 AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGA
131 AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGA
* *
1298 GTAAACAGTAGATAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGT
196 GTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATCAGT
* * *
1362 AATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACTAATC-GACTGA
258 AA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGT-AAA-AAAAAGTAATCAG-TTGA
* *
1421 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAG-TAGTTTAATTCAGAGC
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGATAGTTTAATTCAGAGT
* * * *
1485 AATTAAGCTAAGAAATAAAAGAATGGAGATTCGTTGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAAG
66 AATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGTAATTAAG-CTAAGAAG
* *
1549 TAAAAGAATGGATATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAAGG
130 TAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGG
* * * *
1614 AGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTA
195 AGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATCAGTA
* * * * * *
1678 GATAGTTTAATTCGGTGTAGTTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGA
259 -ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAA--AGTAATCAGTTGA
* * * *
1736 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAATAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTC
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAA-AGAATGGAGATT---AGATAGTTTAATTC
* ** * * * * * *
1801 GGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGAT
61 AGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAAAGTAAT
* *
1865 TAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAA
118 TAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAA
* ** * * * *
1928 AAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAA
179 AAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAA
* * * * *
1992 GAATGGAGAT---TAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACT-AAGAG-GTAAAAGAAAGTAGATT
244 GAATGGAGATCAGTAATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAAGTA-ATC
2052 AGTTGA
308 AGTTGA
* * * * * * *
2058 TAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAA-GGAGTAAACAATAGATAGTTTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT---AAGAAGTAAAGAATGGAG-----ATTAGATAGTTTAA
* *
2122 TTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGTAATTATGC
58 TTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGC
2187 TAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAA
123 TAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAA
* * * *
2252 AAGAAGGAGTAAATAGTAGACAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCTAAGAAGTGAAAGAATGGAGA
188 AAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA
* * * * *
2317 TTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGA
253 TCAGTA-ATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAA--AGTAATCAGTTGA
* * * * *
2381 TAGGTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTT
1 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAATGGAGATT---AGATAGTTTAATTC
* ** * * * * * * *
2446 GGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GCAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGAT
61 AGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATG--G---AGATTAG-TAGTTTAATTCAAAGTAAT
* * *
2510 TAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAA
118 TAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAA
* ** * * *
2573 AAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCTA-TTGATACGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-A
179 AAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAAC-AGTAGATA-GTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAA
* * * *
2636 AAGAATGGAGAT---TAGTAGTATAATTCAGAGCAATTAAGCTAA
242 AAGAATGGAGATCAGTAATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAA
2678 GTAAAAGAAT
Statistics
Matches: 1846, Mismatches: 266, Indels: 228
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
313 4 0.00
314 3 0.00
315 147 0.08
316 101 0.05
317 398 0.22
318 16 0.01
319 2 0.00
320 53 0.03
321 80 0.04
322 170 0.09
323 168 0.09
324 137 0.07
325 53 0.03
326 59 0.03
327 18 0.01
328 81 0.04
329 93 0.05
330 233 0.13
331 30 0.02
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (313 bp):
TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGATAGTTTAATTCAGAGT
AATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGT
AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGA
GTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATCAGTAAT
AGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAAGTAATCAGTTGA
Found at i:1820 original size:536 final size:532
Alignment explanation
Indices: 129--2526 Score: 1927
Period size: 536 Copynumber: 4.5 Consensus size: 532
119 TGGAGATTAG
* * * * * * *
129 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAGGTAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
* * * * * * *
194 GAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCATAGTAATTG
65 GAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTA
* * * ** *
259 AGGT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT---TAA-TAGTTCAATTCAA-AGCAATTAAGCT-AAG
130 AGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATT-AAGAGTAATTAAAATAAAA
** * * * * * ** *
315 A-AGTAAAAGAATGGA-GATTAGA-AGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAA
193 AGAGTAAAAGAA-AAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGT-AA
* * * *
377 AGAA-GGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA
254 AGAATGGAG---AT--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAAATAAAAGAAAGGAGA
* * * * * * * *
441 TTAGTAT-ATAGCTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAATGTGTAAACAGTAGA
313 TTAGT-TGATATC-TAATTCAAAGCAATTAAACT-AAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGA
* * *
505 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTAGATAGTTTAATTC
375 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAACTAAA-AAGTAAAAGAATGGAGATTAGT--A-A-TTTAATTC
* * ** * *
570 AAAGTAATTAAAT-TTAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAA
435 AAAGTAATT--ATGCTAAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA
** * * * * *
633 TTAAGTTAAAGA-AGTAAAAGAAGCAGTAATCAATA-A
495 TTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAGGAGTAAACAGTAGA
** * * * ** *
669 TTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAACGGAA-AGAGTAATCGGTTGATAGTTTA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAA-AGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTA
* * * * * * *
733 ATTTAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAAAG
60 ATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAG
* * *
790 CAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAA
124 TAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAA
* ** * * * **
851 TTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAAT--AGTAGACAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCTAAGAA
187 ATAAAAAGAGTAAAAGAAAAACT-AATCGACT-GATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAA
* * * *
914 GTAAAAGAATGAAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTTAAAAGAAGTAAAA-AA
250 GT-AAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAA-CT--AAGAAATAAAAGAA
* ** * * * * * * * * * *
978 AGGTGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCTAAGA-AGTAAAAGAAGGTGTAATC
307 AGGAG--ATTAGTTGATA-TCTAATTCAAAGCAATTAAACTAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAAC
* * * * * ** *
1042 AGTA-ATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAGTAATCGGTTGAT
369 AATAGA-TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAACT-AAAA-AGTAAAAGAATGGAG--AT---TAG-T
* * * * * * *
1105 AGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGATGT-AAACAATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAG
425 AATTTAATTCAAAGTAATTATGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAG
* * * * * *
1165 AGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAGGAATGGAG-----ATTAG-
490 AGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAA-AAAAGGAGTAAACAGTAGA
* *
1201 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
*
1266 GAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTATAGTAATTA
65 GAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTA
*
1331 AGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAG
130 AGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAAATAAAAAG
*
1396 AGTAAAAGAAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGTAAAGAATG
195 AGTAAAAGAAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATG
* * *
1461 GAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATAAAAGAATGGAGATTCGTTG-T-T-
260 GAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAAATAAAAGAAAGGAGATTAGTTGATATC
* * * ** * *
1523 TAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGA-AGTAAAAGAATGGA-T-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAG
325 TAATTCAAAGCAATTAA-ACTAAAAGAGGAAAAGAA-GGAGTAAACAATAGATAGTTTAATTCAA
*
1584 AGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAA-TAAGT
388 AGTAATTAAACTA-AAA-AGTAAAAGAATGGAG---AT--TAG-TAATTTAATTCA-AAGTAA-T
* * *
1647 TA-GCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCGGTGTAGTTAAACTAAAAAG
443 TATGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAG
*
1711 AGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGA
508 AGTAAAAAAAGGAGTAAACAGTAGA
* * * *
1736 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAATAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTC
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAA-AGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTC
* * * *
1801 GGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATT
64 AGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATT
*
1866 AAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAA
129 AAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAAATAAAAA
* * **
1931 GAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAAT
194 GAGTAAAAGAAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAAT
** *
1996 GGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAGGTAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAG
259 GGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAAATAAAAGAAAGGAGATTAGTTGATA-
* * *
2061 TCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCA
323 TCTAATTCAAAGCAATTAAACT-AAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTAATTCA
* * *
2126 AAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAAAGTAATTATGCTAAG
387 AAGTAATTAAACTAAAAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAATTTAATTCAAAGTAATTATGCTAAG
* *
2191 AAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGA
452 AAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAA
*
2256 AGGAGTAAATAGTAGA
517 AGGAGTAAACAGTAGA
* *
2272 CAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCTAAGAAGTGAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
* * * * *
2337 GAGTAATTAAACTAAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGTTAATTCAGAGTAATTA
65 GAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTA
* * * * ** *
2402 AGCTAAAGAAGTAAAAGAATGA--AGATTAGCAGA-TAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAA
130 AGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTA-ATCAGTA-ATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAAATAAAA
** * * * * **
2464 AGAGTAAAAGAAGCAGTAAAC-AGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAA
193 AGAGTAAAAGAAAAACTAATCGACT-GATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAA
2527 AGAAGAAGTA
Statistics
Matches: 1540, Mismatches: 222, Indels: 196
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
522 1 0.00
523 69 0.04
524 47 0.03
525 6 0.00
527 4 0.00
528 52 0.03
529 31 0.02
530 29 0.02
531 22 0.01
532 24 0.02
533 5 0.00
534 79 0.05
535 178 0.12
536 428 0.28
537 148 0.10
538 8 0.01
539 5 0.00
540 19 0.01
541 87 0.06
542 56 0.04
543 114 0.07
544 83 0.05
545 41 0.03
547 1 0.00
548 2 0.00
549 1 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (532 bp):
TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAG
AGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAA
GCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAAATAAAAAGA
GTAAAAGAAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGG
AGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAAATAAAAGAAAGGAGATTAGTTGATATCT
AATTCAAAGCAATTAAACTAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTAATTCAAAGT
AATTAAACTAAAAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAATTTAATTCAAAGTAATTATGCTAAGAAGT
AAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAAGGA
GTAAACAGTAGA
Found at i:2175 original size:645 final size:643
Alignment explanation
Indices: 238--2800 Score: 2473
Period size: 645 Copynumber: 4.0 Consensus size: 643
228 AAACAATAGA
* * * * *
238 TAGTTTCATTCATAGTAATTGAGGTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TA-ATAGTTCAATTCA
1 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
* * ** * * * *
299 AAGCAATTAAGCTA-AGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT
66 GAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAATAATT
** * * *
360 AAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AA
130 AAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAA
* * * ** * * * *
423 GA-AGTAAAAGAA--TGGAGATTAGTATATAGCTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAA
191 AAGAGTAAAAAAAGGTGTA-AACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGT-A
* * * * * ** * *
485 AAAAATGTGTAA-A-CAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAATG
253 AAGAA--TG-AAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGG
** * * * * ** *
547 A--AGATTAGTAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAATTTAAA-AGAGTAAAAGAAGGAGTAAAC
315 AGTA-AACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATT-AAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAATC
* * ** * * ** * *
609 AGTCGA-TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAAAGA-AGTAAAAGAAGCAGTAATCA-ATAATT
377 AGT-AATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCAGTTGA-T
* ** * * * *
671 AGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAACGGAA-AGAGTAATCGGTTGATAGTTTAAT
440 AGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAA-AGAATGGAG--AT---TAG-TAGTTTAAT
* * * * * * * *
735 TTAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA---G-TAGTTTAATTCAAAGCAATTA
496 TCAGAGCAATTAAACTAA-AGGTAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTA
* * * ** * * ** *
796 AGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAA
560 AACTGAAAAGAGGAAAAGAA-GGAGTAAACAATAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCT-AAG
857 AGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAG
623 A-AGTAAAAGAATGGAG---AT--TAG
* *
883 ACAGTTTAATTCAGAA-TAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTAGATAGTTTAATT
1 -TAGTTTAATTCA-AAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATT
* * * * *
947 CAGAGTAATTAAATT-TAAAAGAAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTA
64 CAGAGTAATTAAATTAT-AAAG-AGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAATA
* * * *
1011 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAA-GGTGTAATCAGTA-ATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAATA
127 ATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTA
* * * * * * *
1074 AAAAGAGTAAAGGAAAA--AGTAATCGGTTGATAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCT-AAGATGT
189 AAAAGAGTAAA--AAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGT
* * * * * ** * *
1136 AAACAATGGAGATT---AG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAGGAATGGA
252 AAAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGA
* * * * ** *
1195 G-----ATTAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGT
316 GTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGT
* ** * *
1251 AGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTT
380 A-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCAGTTGATAGTT
* * * * *
1315 TAATTTATAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGA
444 TAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT---T-AGTAGTTTAATTCAGA
* * * * * *
1379 GTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAAAACTA-A-TCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATT-
501 GCAATTAAACT--AAAG-GTAAAAG--AAAGTAGATTAG-TTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTA
** * * * * *
1441 AA--GGTAAGAAGTAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGA
560 AACTGAAAAGAGGAAAAGAA-GGAGTAAACAATAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGA
* *
1498 AATAAAAGAATGGAGATTCG
624 AGTAAAAGAATGGAGATTAG
* * *
1518 TTGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAAGTAAAAGAATGGATATTAGTAGATAGTTTAATTC
1 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAG-CTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTC
*
1582 AGAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAATAAGT
65 AGAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAATAA-T
* * *
1647 T-AGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCGGTGTAGTTAAACTAAAAAG
129 TAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAG
*
1711 AGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAATAGAA
194 AGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAA-AGAA
1776 TGAAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACA
258 TGAAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACA
1841 GTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTT
323 GTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTT
* *
1906 TAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGA
388 TAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCAGTTGATAGTTTAATTCAGA
1971 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAGG
453 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAA-AGG
2036 TAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGG
517 TAAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGG
*
2101 AGTAAACAATAGATAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAG
582 AGTAAACAATAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAG
*
2163 TAGTTTAATTCAAAGTAATTATGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
* *
2228 GAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGACAGTTTAATTCAGAATAATTA
66 GAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAATAATTA
* *
2293 AGCTAAGAAGTGAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGAG
131 AGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAG
*
2358 TAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATG
196 TAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGT-AAAGAATG
* *
2423 AAGATTAGCAGATAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGT
260 AAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGT
*
2488 CGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTAATTAGTTTA
325 CGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTA
2553 ATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCTA-TTGATACGTTTAATTCAGA
390 ATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATC-AGTTGATA-GTTTAATTCAGA
* *
2617 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTATAATTCAGAGCAATTAAGCT-AA-GT
453 GCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAAGGT
* * * *
2680 AAAAGAATGTAGATTAGTTGATACTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGA
518 AAAAGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGA
* ***
2745 GTAAACAGTAGATAGTTTAATTTTTAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAG
583 GTAAACAATAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG
2801 TAATCAGTAA
Statistics
Matches: 1637, Mismatches: 195, Indels: 173
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
630 4 0.00
632 70 0.04
633 66 0.04
634 86 0.05
635 5 0.00
636 5 0.00
637 26 0.02
638 33 0.02
639 91 0.06
640 110 0.07
641 42 0.03
642 24 0.01
643 106 0.06
644 29 0.02
645 502 0.31
646 166 0.10
647 105 0.06
648 2 0.00
649 3 0.00
650 24 0.01
651 3 0.00
652 50 0.03
653 17 0.01
654 37 0.02
655 26 0.02
656 5 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (643 bp):
TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
GAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAATAATTA
AGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAG
TAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAGAATGA
AGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTC
GATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAA
TTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCAGTTGATAGTTTAATTCAGAGCA
ATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAAGGTAAA
AGAAAGTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAAGGAGTA
AACAATAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAG
Found at i:2697 original size:46 final size:47
Alignment explanation
Indices: 2608--2697 Score: 146
Period size: 48 Copynumber: 1.9 Consensus size: 47
2598 TTGATACGTT
2608 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTA
1 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAG-AAAGAATGGAGATTAGTAGTA
* *
2656 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGTA-AAAGAATGTAGATTAGT
1 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGAAAGAATGGAGATTAGT
2698 TGATACTCTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
46 16 0.40
48 24 0.60
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (47 bp):
TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGAAAGAATGGAGATTAGTAGTA
Found at i:2734 original size:266 final size:265
Alignment explanation
Indices: 2386--2967 Score: 876
Period size: 266 Copynumber: 2.2 Consensus size: 265
2376 GTAGATAGGT
* ** * **
2386 TAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAATGAAGATTAGCAGATAATTTAATTTGGAGT
1 TAATTCAGAGCAATTAAGCT----AAGTAAAAGAATGAAGATTAGTTGATAATCTAATTCAGAGT
* * *
2451 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCT
62 AATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCT
*
2516 AAAGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTA
127 AAAGAAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTA
* * * *
2581 AAGGAAAAAGTAATCTATTGATACGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAG
192 AAAGAAAAACTAATCGACTGATA-GTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAG
2646 ATTAGTAGTA
256 ATTAGTAGTA
* *
2656 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGTAAAAGAATGTAGATTAGTTGATACTCTAATTCAGAGTAATT
1 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTTGATAATCTAATTCAGAGTAATT
* **
2721 AAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTTTAGTAATTAAGCTAAAG
66 AAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAG
*
2786 AAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAG
131 AAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAG
*
2851 AAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAG
196 AAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAG
*
2916 TAGTT
261 TAGTA
* *
2921 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAATAAAAGAATGGAGATTCGTTG
1 TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAG---TAAAAGAATGAAGATTAGTTG
2968 TTTAATTCAA
Statistics
Matches: 285, Mismatches: 24, Indels: 8
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
265 72 0.25
266 175 0.61
268 19 0.07
270 19 0.07
ACGTcount: A:0.48, C:0.06, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (265 bp):
TAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGTAAAAGAATGAAGATTAGTTGATAATCTAATTCAGAGTAATT
AAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGCAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAG
AAGTAAAAGAAGAAGTAATCAGTAATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAG
AAAAACTAATCGACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAG
TAGTA
Found at i:3113 original size:109 final size:106
Alignment explanation
Indices: 1--3112 Score: 1855
Period size: 109 Copynumber: 29.1 Consensus size: 106
* *
1 GTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGA
** * * * * *
65 AAAACTAATCGATTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAA
63 AGGA-GAATAG-TAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * *
111 GT-AAAGAATGGA-GA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAG-GTAAAAGAAA
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAG-AA
* * * * * *
169 GTAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGA
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* ** * * * * ** *
214 GGAAAAGAAGGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCATAGTAATTGAGGTAAGA-AGTAAAAGAAT
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA-
* * *
278 GGAG-AT--TA-ATAGTTCAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAA
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * *
317 GTAAAAGAATGGA-GATTAGAAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGAA
381 GGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
64 GGAG--AATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * * *
426 GTAAAAGAATGGA-GATTAGTATATAGCTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAAAA
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGAA
*
490 TGTGTA-AACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA
64 -G-G-AGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA
* * *
536 GTAAAAGAATGA-AGATTAGTAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAATTTAAAAGAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGATA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAA-CTAAAAGAGTAAAAGAA
* * * *
600 GGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGTTAAAGAA
64 GGAG--AATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA
* * * * **
646 GTAAAAGAAGCAGTAATCAATA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAACGGA
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGA
* * * * *
710 AAGAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTTAGAGCAATTAAGCTAAGAA
63 AGGAG-AAT-AGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * * * *
756 GTAAAAGAATGGA-GA-T--TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGA-AGTAAAAGAAT
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA-
* ** *
815 GGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGA
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* * * * *
860 GTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGACAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCTAAGA-AGTAAAAGAAT
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA-
* * **
924 GAAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTTAAAAGAA
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATT-AAGCT--AAGAA
* * ** * * *
970 GTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCTAAGA-AGTAAAAGAAG
1 GTAAAAGAAGG-ATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAAG
* * ** *
1034 GTGTAATCAGTA-ATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGA
65 GAG-AAT-AGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* ** ** * * * *
1080 GTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCT--AAGATGTAAACA-A
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGA-GTAAA-AGA
* *
1142 TGGAG-AT--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAA
63 AGGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * * * * *
1182 GTAAAGGAATGGA-GA-T--TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGA-AGTAAAAGAAT
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA-
* * *
1241 GGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
** * * *
1286 GTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTATAGTAATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAG-AGTAAAAGAA
* * *
1350 GGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
64 GGAG-AAT-AGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
** * * * ** *
1397 GTAAAAGAAAAACTAATCGACT-GATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGA-AGT-AAAGAA
1 GTAAAAGAAGGA-TAAT-TAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA
*
1459 TGGAG-AT--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAA
64 -GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * * * * * *
1499 ATAAAAGAATGGA-GATTCGT---T-GTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGA-AGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAA-ACTAAAAGAGTAAAAGAA
* * ** *
1557 TGGATATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAAAGA
64 -GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTA-AGA-A
* * * * *
1603 GTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCTAAGA-AGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA
* * * * * *
1666 TGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCGGTGTAGTTAAACTAAAAAGA
64 -GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* * ** * * *
1712 GTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCT-AAAGAAGTAATAGAA
1 GTAAAAGAAGG-ATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAG-AGTAAAAGAA
* * * * * ** *
1776 TGAAGATTAGCAGATAATTTAATTCGGAGTAATTAAATTAAAAAGA
64 -GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
** * * * *
1822 GTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAG-AGTAAAAGAA
** *
1886 GGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGA
64 GGAG-AAT-AGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* ** ** * * * *
1933 GTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGA-AGT-AAAGAAT
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA-
* * *
1996 GGAG-AT--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAACTAAGAG
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * * *
2035 GTAAAAGAAAG-TAGATTAGTTGATAGTCTAATTCAGAGTAATTAAACTGAAAAGAGGAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGATA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGAA
* * * *
2099 GGAGTAAACAATAGATAGTTTCATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAA
64 GGAG--AATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * ** *
2144 GTAAAAGAATGGA-GA-T--TAG-TAGTTTAATTCAAAGTAATTATGCTAAGA-AGTAAAAGAAT
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA-
* ** *
2203 GGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGA
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* * * * * *
2248 GTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGACAGTTTAATTCAGAATAATTAAGCTAAGA-AGTGAAAGAAT
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAA-
* *
2312 GGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAGAAGA
64 GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAG-A-A
* * ** * *
2357 GTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGGTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGG-ATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAG-AGTAAAAGAA
* * * * ** ** *
2421 TGAAGATTAGCAGATAATTTAATTTGGAGTAATTAAATTAAAAAGA
64 -GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* ** * * * *
2467 GTAAAAGAAGCAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTGATTAAGCT-AAAGAAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAG-AGTAAAAGAA
* * *
2531 GAAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGA
64 GGAG-AAT-AGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-A
* ** * * * *
2578 GTAAAGGAAAAAGTAATCTA-TTGATACGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGA-AGT-AAAGA
1 GTAAAAGAAGGA-TAAT-TAGTAGATA-GTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGA
* *
2640 ATGGAG-AT--TAG-TAGTATAATTCAGAGCAATTAAGCT---AA
63 A-GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * * *
2678 GTAAAAGAATG-TAGATTAGTTGATACTCTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAAGGATA-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGAA
* ***
2742 GGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTTTTAGTAATTAAGCTAAAGAA
64 GGAG--AATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAA
* *
2788 GTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA-ATTAGTTTAATTAAGAGTAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGA
1 GTAAAAGAAGGA-TAATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACT-AAAAGAGTAAAAGA
** * * * *
2852 AAAACTAATCG-ACTGATAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGGTAAGAA
63 AGGA-GAATAGTA--GATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
* * *
2898 GT-AAAGAATGGA-GA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAA-A-TAAAAGAA
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAA-AAGAGTAAAAGAA
* * * *
2955 TGGAG-AT--TCG-TTGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCCT-AGAA
64 -GGAGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAG-CTAAGAA
*
2995 GTAAAAGAATGGAT-ATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAAAGAGTAAAAGAA
1 GTAAAAGAA-GGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTA-AAAGAGTAAAAGAA
* *
3059 GGAGTAAATAGTAGATAATTTAATTCAGAATAAGTT-AGCTAAGAA
64 GGAG--AATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAA-TTAAGCTAAGAA
3104 GTAAAAGAA
1 GTAAAAGAA
3113 T
Statistics
Matches: 2431, Mismatches: 377, Indels: 389
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
96 1 0.00
97 81 0.03
98 55 0.02
99 15 0.01
100 19 0.01
101 75 0.03
102 200 0.08
103 98 0.04
104 200 0.08
105 106 0.04
106 34 0.01
107 1 0.00
108 48 0.02
109 576 0.24
110 521 0.21
111 368 0.15
112 31 0.01
113 2 0.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.05, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (106 bp):
GTAAAAGAAGGATAATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAAGAGTAAAAGAAGG
AGAATAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA
Done.