Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006738.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06759, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 38067
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Found at i:1410 original size:25 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1374--1425 Score: 54
Period size: 23 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
1364 TCTTTATTTT
1374 AAAACATCTTCAACTTC-TTTAGAAA
1 AAAACATCTTC-AC--CATTTAGAAA
1399 AAAACTAT-TTCACCATTTAGAAA
1 AAAAC-ATCTTCACCATTTAGAAA
1422 AAAA
1 AAAA
1426 ACTCTTCTTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 6
0.81 0.00 0.19
Matches are distributed among these distances:
22 1 0.04
23 12 0.48
24 2 0.08
25 8 0.32
26 2 0.08
ACGTcount: A:0.50, C:0.17, G:0.04, T:0.29
Consensus pattern (23 bp):
AAAACATCTTCACCATTTAGAAA
Found at i:5800 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 5761--5833 Score: 78
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
5751 CCAATTGAGT
* * *
5761 TGCATATTGTCCATAAATTATAA-TTTATGG
1 TGCAAATTGTCCATAAATCA-AAGTTTATGA
*
5791 TGCAAATTGTCCA-AACTCAAAGTTTATGA
1 TGCAAATTGTCCATAAATCAAAGTTTATGA
*
5820 TGCAATTTGTCCAT
1 TGCAAATTGTCCAT
5834 TTGCTTATAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 4
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.06
29 22 0.61
30 12 0.33
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
TGCAAATTGTCCATAAATCAAAGTTTATGA
Found at i:8717 original size:156 final size:157
Alignment explanation
Indices: 8351--8763 Score: 552
Period size: 156 Copynumber: 2.6 Consensus size: 157
8341 CATCTTGGCT
* * *
8351 AAGTTTCATCTCAAACGGACTTAAGATGAAAAACTTATACATGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
1 AAGTTTCATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
* *
8416 GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTC-AGTTTTACATAGCATTTTTCCATAATCTT
66 GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGAGTTTTACATAGAATTTTGCCATAATCTT
*
8480 ATGGAGATAATCTAAGCCTACTAGTGGAA
131 ATGGACATAATCTAAGCC-ACTA-TGGAA
*** * * *
8509 AA-TCAAATTT--ATTGGACTTAAGGTGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTA
1 AAGTTTCATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
* * * *
8571 GGGTGAGAAACCAAGTTTACCATGAAGGAGAGCTCGA-TTTTACTTATAATCTTTGCCATAGTCT
66 GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGAGTTTTACATAGAAT-TTTGCCATAATCT
8635 TATGGACATAATCTAAGTCC-CT-TGGAA
130 TATGGACATAATCTAAG-CCACTATGGAA
* *
8662 AAGTTTCATTTCAATCAGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAATTTG
1 AAGTTTCATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
* * *
8727 GGGTGTGAAACCTAGTTCACCATGAAGGAGGGCTCGA
66 GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGA
8764 ACCCAGCCAA
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 28, Indels: 14
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
153 7 0.03
154 5 0.02
155 93 0.42
156 108 0.49
157 6 0.03
158 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (157 bp):
AAGTTTCATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGAGTTTTACATAGAATTTTGCCATAATCTT
ATGGACATAATCTAAGCCACTATGGAA
Found at i:8822 original size:156 final size:155
Alignment explanation
Indices: 8351--8823 Score: 450
Period size: 156 Copynumber: 3.0 Consensus size: 155
8341 CATCTTGGCT
* * *
8351 AAGTTTCATCTCAAACGGACTTAAGATGAAAAACTTATACATGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
1 AAGTTTCATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
8416 GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTC-AGTTTTA-CATAGCATTTTTCCATAATCT
66 GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGA-TTTTACCATAG-ATTTTTCCAT-ATCT
* * * *
8479 TATGG-AGATA-ATCTAAGCCTACTAGTGG
128 TATGGCTGATATAT-GAACCCTACTGGT-G
** * *
8507 AA-AATCAAATTT--ATTGGACTTAAGGTGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTT
1 AAGTTTC--ATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTT
* * * *
8569 TAGGGTGAGAAACCAAGTTTACCATGAAGGAGAGCTCGATTTTACTTATA-ATCTTTGCCATAGT
64 TGGGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGATTTTAC-CATAGAT-TTTTCCATA-T
* * * * **
8633 CTTATGGACATAATCTAAG-TCCCT--TGGAA
126 CTTATGG-C-TGATATATGAACCCTACTGGTG
* *
8662 AAGTTTCATTTCAATCAGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAATTTG
1 AAGTTTCATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
* * * ****
8727 GGGTGTGAAACCTAGTTCACCATGAAGGAGGGCTCGAACCCAGCCA-AGATTTTTACCATGATCT
66 GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGATTTTA-CCATAGATTTTT-CCAT-ATCT
8791 T-TGGCTGATATATGAACCCTACTGGTG
128 TATGGCTGATATATGAACCCTACTGGTG
8818 AAGTTT
1 AAGTTT
8824 GGACTTAATC
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 44, Indels: 42
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
153 6 0.02
154 9 0.04
155 100 0.40
156 123 0.49
157 8 0.03
158 3 0.01
159 2 0.01
160 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (155 bp):
AAGTTTCATTTCAATCGGACTTAAGATGAAAAACTTATACACGTTTTTCAGTTAAGGACAGTTTG
GGGTGAGAAACCAAGTTCACCATGAAGGAGAGCTCGATTTTACCATAGATTTTTCCATATCTTAT
GGCTGATATATGAACCCTACTGGTG
Found at i:11642 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 11578--11685 Score: 207
Period size: 54 Copynumber: 2.0 Consensus size: 54
11568 AATTACTACT
11578 AAGTTTGTGGAAATCGTTATAGCTATCTTGATAAATTTTATAACTTCTTAACAA
1 AAGTTTGTGGAAATCGTTATAGCTATCTTGATAAATTTTATAACTTCTTAACAA
*
11632 AAGTTTGTGGAAATCGTTATAGCTATCTTGATAACTTTTATAACTTCTTAACAA
1 AAGTTTGTGGAAATCGTTATAGCTATCTTGATAAATTTTATAACTTCTTAACAA
11686 CTTTAGATTA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 53 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (54 bp):
AAGTTTGTGGAAATCGTTATAGCTATCTTGATAAATTTTATAACTTCTTAACAA
Found at i:14989 original size:139 final size:139
Alignment explanation
Indices: 14739--15017 Score: 504
Period size: 139 Copynumber: 2.0 Consensus size: 139
14729 TTGGGGGAGA
14739 TTGTTGAGGATTTACATGTGAGGAAACATCCCACATCATAAAAGGATGGGTTGTTTGAGTGGCAT
1 TTGTTGAGGATTTACATGTGAGGAAACATCCCACATCATAAAAGGATGGGTTGTTTGAGTGGCAT
* *
14804 ATATATATGAAGGACCCAAGAAACCATCAGTCTAGGCTTTTGGGTTCGGGTTGGTGTCCGACATG
66 ATATACATGAAGGACCCAAGAAACCATCAGTCTAGCCTTTTGGGTTCGGGTTGGTGTCCGACATG
14869 TATATTGGG
131 TATATTGGG
*
14878 TTGTTGAGGATTTACATGTGAGGAAACATCGCACATCATAAAAGGATGGGTTGTTTGAGTGGCAT
1 TTGTTGAGGATTTACATGTGAGGAAACATCCCACATCATAAAAGGATGGGTTGTTTGAGTGGCAT
***
14943 ATATACATGAAGGGGTCAAGAAACCATCAGTCTAGCCTTTTGGGTTCGGGTTGGTGTCCGACATG
66 ATATACATGAAGGACCCAAGAAACCATCAGTCTAGCCTTTTGGGTTCGGGTTGGTGTCCGACATG
15008 TATATTGGG
131 TATATTGGG
15017 T
1 T
15018 CGCTCGGTGG
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 6, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
139 134 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.14, G:0.29, T:0.30
Consensus pattern (139 bp):
TTGTTGAGGATTTACATGTGAGGAAACATCCCACATCATAAAAGGATGGGTTGTTTGAGTGGCAT
ATATACATGAAGGACCCAAGAAACCATCAGTCTAGCCTTTTGGGTTCGGGTTGGTGTCCGACATG
TATATTGGG
Found at i:17177 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 17135--17246 Score: 131
Period size: 36 Copynumber: 3.2 Consensus size: 35
17125 ATCTTTTTAG
*
17135 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTAA
1 ATTAAG-TCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
* *
17171 ATTAAGTCTTTTATTGACACTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTC-TTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
* **
17207 ATTAAGTCTCTA---ACTTGACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
17239 ATTAAGTC
1 ATTAAGTC
17247 ACTGACTTGA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 7, Indels: 6
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
32 25 0.37
35 5 0.07
36 38 0.56
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
Found at i:17233 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 17192--17263 Score: 126
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
17182 TATTGACACT
*
17192 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTCTAACTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCACTAACTTG
*
17224 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCACTGACTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCACTAACTTG
17256 ACTTAATT
1 ACTTAATT
17264 TCCTTCCTTG
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 38 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.21, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (32 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCACTAACTTG
Found at i:17297 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 17256--17704 Score: 469
Period size: 37 Copynumber: 12.7 Consensus size: 37
17246 CACTGACTTG
17256 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* * *
17293 ACTTAATTCCCTTTCC-TGGAATCAAGT-C----CTCT
1 ACTTAATTTCC-TTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* *
17325 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTGAACTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* * * *
17362 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCACGT-C----CTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
*
17394 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* * * *
17431 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTTCTTAACTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* *
17468 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCACGT-C----CTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
*
17500 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* *
17537 ACTTAA-TTCCTTTCCTTGGAATTTAGT-C-TAACTCT
1 ACTTAATTTCC-TTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* * *
17572 ACTTAATTTCCTTCCTTGAGATCACGT-C----CTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* *
17604 ACTTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
* * *
17641 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTCCTTAACTCT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
17678 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT
17705 TCTTTGTCTG
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 51, Indels: 48
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
31 4 0.01
32 102 0.30
33 4 0.01
35 25 0.07
36 12 0.04
37 186 0.55
38 4 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
Found at i:17367 original size:106 final size:103
Alignment explanation
Indices: 17256--17699 Score: 565
Period size: 106 Copynumber: 4.2 Consensus size: 103
17246 CACTGACTTG
* * * * *
17256 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTTCC-TGGAATCAAG-
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCACGT-C----CTCTACTTAATTTCC-TTCCTTGAAATTAAGC
* * * * * *
17319 T-CCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTGAACTCT
60 TAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTCCTTAACTCT
* *
17362 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCACGTCCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAA
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCACGTCCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG--C-TAA
*
17427 CTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTTCTTAACTCT
63 CTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTCCTTAACTCT
17468 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCACGTCCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAA
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCACGTCCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG--C-TAA
*
17533 CTCTACTTAATTCCTTTCCTTGGAATTTAGT-C-TAACTCT
63 CTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTCCTTAACTCT
* *
17572 ACTTAATTTCCTTCCTTGAGATCACGTCCTCTACTTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAA
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCACGTCCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG--C-TAA
17637 CTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTCCTTAACTCT
63 CTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTCCTTAACTCT
17678 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAAT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAAT
17700 TAAGTTCTTT
Statistics
Matches: 309, Mismatches: 21, Indels: 16
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
100 4 0.01
101 22 0.07
104 100 0.32
105 4 0.01
106 179 0.58
ACGTcount: A:0.24, C:0.28, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (103 bp):
ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATCACGTCCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCTAACTC
TACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTCCTTAACTCT
Found at i:17670 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 17256--17703 Score: 484
Period size: 69 Copynumber: 6.4 Consensus size: 69
17246 CACTGACTTG
* *
17256 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTTCC-TGGAATCAAGT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCC-TTCCTTGGAATTAAGT
17320 CCTCT
65 CCTCT
* * *
17325 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTGAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCACGTC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTC
17390 CTCT
66 CTCT
*
17394 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTT
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAG-T
17459 CTTAACTCT
65 C----CTCT
* * * * *
17468 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAA-T---CACGT-CCTCTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAG--
*
17528 CTTAACTCT
64 --T-CCTCT
* * * * * *
17537 ACTTAA-TTCCTTTCCTTGGAATTTAG-TC-TAACTCTACTTAATTTCCTTCCTT-GAGATCACG
1 ACTTAATTTCC-TTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGA-ATTAAG
17598 TCCTCT
64 TCCTCT
* *
17604 ACTTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTTAGTC
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGT-
17669 CTTAACTCT
65 C----CTCT
17678 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
1 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
17704 TTCTTTGTCT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 29, Indels: 47
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
67 23 0.07
68 14 0.04
69 193 0.60
70 9 0.03
71 2 0.01
72 28 0.09
73 1 0.00
74 54 0.17
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (69 bp):
ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGCCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATTAAGTC
CTCT
Found at i:17760 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 17697--17855 Score: 137
Period size: 36 Copynumber: 4.4 Consensus size: 34
17687 CCTTCCTTGA
17697 AATTAAGTTCTTTGTCTGATCTTACTTAATCATCTCTG-G
1 AATTAAG-TCTTTG-CTGAT-TTACTTAAT--TCT-TGCG
17736 -ATTAAGTCTTTGCTGACTTTACTTAATTCTTGCG
1 AATTAAGTCTTTGCTGA-TTTACTTAATTCTTGCG
* *
17770 AAATTAAGTCTTTGCTAATTTTACTTAATTCTTGTG
1 -AATTAAGTCTTTGCTGA-TTTACTTAATTCTTGCG
* *
17806 AAATTAAGTCTTTACTAATTTACTTAATTACCTT--G
1 -AATTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAATT--CTTGCG
*
17841 AATTAAGTCTGTGCT
1 AATTAAGTCTTTGCT
17856 CGTTTTTACC
Statistics
Matches: 108, Mismatches: 6, Indels: 17
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
33 2 0.02
34 17 0.16
35 12 0.11
36 61 0.56
37 10 0.09
38 6 0.06
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.12, T:0.47
Consensus pattern (34 bp):
AATTAAGTCTTTGCTGATTTACTTAATTCTTGCG
Found at i:17870 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 17736--17870 Score: 159
Period size: 71 Copynumber: 1.9 Consensus size: 71
17726 TCATCTCTGG
* * * *
17736 ATTAAGTCTTTGCTGACTTTACTTAATTCTTGCGAAATTAAGTCTTTGCTAATTTTACTTAATTC
1 ATTAAGTCTTTACTGAATTTACTTAATTCTT-CGAAATTAAGTCTGTGCTAATTTTACCTAATTC
17801 TTGTGAA
65 TTGTGAA
**
17808 ATTAAGTCTTTACT-AATTTACTTAATTACCTT-G-AATTAAGTCTGTGCTCGTTTTTACCTAAT
1 ATTAAGTCTTTACTGAATTTACTTAATT--CTTCGAAATTAAGTCTGTGCT-AATTTTACCTAAT
17870 T
63 T
17871 TCCTTCCTTA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 7
0.81 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
70 14 0.26
71 24 0.44
72 13 0.24
73 3 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.15, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (71 bp):
ATTAAGTCTTTACTGAATTTACTTAATTCTTCGAAATTAAGTCTGTGCTAATTTTACCTAATTCT
TGTGAA
Found at i:17888 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 17836--18260 Score: 480
Period size: 41 Copynumber: 10.9 Consensus size: 41
17826 TACTTAATTA
** * *
17836 CCTTG-AATTAAGTCTGTGCTCGTTTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
*
17876 CCTTAAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
* *
17917 CCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTATCTTTACTTAA-TTAC--
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
* * *
17955 CC-T-AAATT-AGCCTTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTC-TGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
*
17994 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAA-TTAC--
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
* * *
18032 CC-TG-AATTAAGTCTGTGCTTGTTTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
* *
18071 CATTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAA--T--TA
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
*
18108 CCTTG-AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
* *
18148 CTTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAA-TTAC--
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
* * * *
18186 CC-T-AAATTAAGTATGTGCTTGTTTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
18225 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATT
1 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATT
18261 ACCCTGAATT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 42, Indels: 45
0.79 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
35 2 0.01
36 99 0.31
37 18 0.06
38 6 0.02
39 6 0.02
40 22 0.07
41 164 0.51
42 3 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (41 bp):
CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTT
Found at i:17974 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 17882--18278 Score: 661
Period size: 77 Copynumber: 5.2 Consensus size: 77
17872 CCTTCCTTAA
* * *
17882 AATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTATCTTTAC
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
*
17947 TTAATTACCCTA
66 TTAATTACCCTG
*
17959 AATT-AGCCTTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTA
1 AATTAAGTC-TGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTA
18023 CTTAATTACCCTG
65 CTTAATTACCCTG
* *
18036 AATTAAGTCTGTGCTTGTTTTTACCTAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
*
18101 TTAATTACCTTG
66 TTAATTACCCTG
* *
18113 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCTTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
*
18178 TTAATTACCCTA
66 TTAATTACCCTG
* *
18190 AATTAAGTATGTGCTTGTTTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
18255 TTAATTACCCTG
66 TTAATTACCCTG
18267 AATTAAGTCTGT
1 AATTAAGTCTGT
18279 TAACTGTTTT
Statistics
Matches: 298, Mismatches: 20, Indels: 4
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
76 3 0.01
77 292 0.98
78 3 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (77 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTAC
TTAATTACCCTG
Found at i:18300 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 18019--18620 Score: 439
Period size: 37 Copynumber: 16.2 Consensus size: 37
18009 TGTGCTTATC
*
18019 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTG-T-GCTTGTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAAC-TGTT
* * *
18055 TTTACCTAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCTG-T-GCT-TAT
1 TTTACTTAATTACC--C--TG-AATTAAGTCTGTTAACTGT-T
* * *
18095 CTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTCTG-T-GCTTGTC
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAAC-TGTT
* *
18132 TTTACTTAATTTCCTTCTTTGAAATTAAGTCTG-T-GCT-TAT
1 TTTACTTAATTACC--C--TG-AATTAAGTCTGTTAACTGT-T
* * *
18172 CTTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTATG-T-GCTTGTT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAAC-TGTT
* * *
18209 TTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTG-T-GCT-TAT
1 TTTACTTAA-TTAC--CC-TG-AATTAAGTCTGTTAACTGT-T
18249 CTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAACTGTT
1 -TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAACTGTT
18287 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAACTGTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAACTGTT
*
18324 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACT-TTAACTATT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTGTTAACTGTT
** * *
18361 TTTACTTAATTTTCCTAAATTAAGTTCT-TTAACTGCT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTGTTAACTGTT
*
18398 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCT-TTAACTGAT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTGTTAACTGTT
* * *
18435 TTTACTTAATTACACTGAATTAAGTAC--TTGACTGAT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTGTTAACTGTT
* * *
18471 TTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGT-TCTTAACTGTG
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAACTGTT
* *
18507 TTTACTTAATT-TCCTGAATTAAGTACT-TT-ACTGTG
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTGTTAACTGTT
* * *
18542 TTTACTTAATTGCCCTGAATTAAAT-TCTTAACTGTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAACTGTT
* *
18578 TTTACTTAATT-TCCTGAATTAAGTACT-TTAACTGTG
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-CTGTTAACTGTT
18614 TTTACTT
1 TTTACTT
18621 TATGCATATG
Statistics
Matches: 482, Mismatches: 44, Indels: 80
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
34 1 0.00
35 42 0.09
36 164 0.34
37 170 0.35
38 11 0.02
39 7 0.01
40 13 0.03
41 74 0.15
ACGTcount: A:0.26, C:0.17, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (37 bp):
TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTTAACTGTT
Found at i:18393 original size:111 final size:110
Alignment explanation
Indices: 18250--18620 Score: 497
Period size: 111 Copynumber: 3.4 Consensus size: 110
18240 TGTGCTTATC
* *
18250 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTGTTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT-C
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCT-TTAACTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTAC
18313 TGTTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTTAACTATT
65 T-TTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTAC-TTAACTATT
* * *
18361 TTTACTTAATTTTCCTAAATTAAGTTCTTTAACTGCT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTG-TGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTAC
* * *
18425 TTTAACTGATTTTACTTAATTACACTGAATTAAGTACTTGACTGA-T
65 TTTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTAACT-ATT
* *
18471 TTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC-TTAACTGTGTTTACTTAATT-TCCTGAATTAAGTACT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACT
* * * * *
18534 TT-ACTGTGTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAATTCTTAACTGTT
66 TTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTAACTATT
*
18578 TTTACTTAATTT-CCTGAATTAAGTACTTTAACTGTGTTTACTT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTACTT
18621 TATGCATATG
Statistics
Matches: 232, Mismatches: 21, Indels: 18
0.86 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
106 13 0.06
107 60 0.26
108 17 0.07
109 18 0.08
110 30 0.13
111 88 0.38
112 6 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (110 bp):
TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACT
TTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTACTTAACTATT
Found at i:21745 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 21725--21759 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.3 Consensus size: 15
21715 ATGGCAATGG
*
21725 TGCACATCGCCAGGC
1 TGCACATCACCAGGC
*
21740 TGCACATCACCATGC
1 TGCACATCACCAGGC
21755 TGCAC
1 TGCAC
21760 CTCTACCACA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 18 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.40, G:0.20, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
TGCACATCACCAGGC
Found at i:31841 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 31751--31842 Score: 91
Period size: 37 Copynumber: 2.4 Consensus size: 39
31741 TAATTTTAGG
* * * *
31751 GTTTCTGATTTTTGAAAAAAAAATTAATTTTTCTTTTCC
1 GTTTCTGCTTTTTTAAAAAAAAAATAATTTTTATTTTCC
* * *
31790 GTTT-TTC-CTTTTAAAATAAAAAAT-ATTTTTATTTTCT
1 GTTTCTGCTTTTTTAAAA-AAAAAATAATTTTTATTTTCC
31827 GTTTCTGCTTTTTTAA
1 GTTTCTGCTTTTTTAA
31843 TTTTTATTTA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 9, Indels: 6
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
37 22 0.54
38 9 0.22
39 10 0.24
ACGTcount: A:0.28, C:0.10, G:0.07, T:0.55
Consensus pattern (39 bp):
GTTTCTGCTTTTTTAAAAAAAAAATAATTTTTATTTTCC
Found at i:35572 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 35542--35615 Score: 94
Period size: 27 Copynumber: 2.7 Consensus size: 27
35532 AGGGTCACAT
*
35542 AGGGGCATTTTGGTCATTTTCACGTTC
1 AGGGGCATTTTGGTCATTTTCACATTC
** *
35569 AGGGGCATTTTGGTCATTTTTGCATTT
1 AGGGGCATTTTGGTCATTTTCACATTC
* *
35596 GGGGGTATTTTGGTCATTTT
1 AGGGGCATTTTGGTCATTTT
35616 AAGTTCACTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 41 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.12, G:0.28, T:0.46
Consensus pattern (27 bp):
AGGGGCATTTTGGTCATTTTCACATTC
Done.