Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01006789.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06810, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8158
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.17, T:0.34


Found at i:3425 original size:377 final size:373

Alignment explanation


    Indices: 2706--3435  Score: 1097
    Period size: 374  Copynumber: 1.9  Consensus size: 373

       2696 TAGTTTGTGG

                                 *              * *    **     *     *      * 
       2706 AAACAATAATTAGGTAATAGAGATAAGATTTAAATTTATTTAATCTAAAATCTAACTGAATATTT
          1 AAACAATAATTAGGTAATAGAAATAAGATTTAAATTCAATTAAAATAAAACCTAACAGAATATGT

                                                              *   *          
       2771 TTAATTAGTTCGTTATTTAACAAAATAATTAATTTCAATTGTTAAAAATATGAATTCTAACATTT
         66 TTAATTAGTTCGTTATTTAACAAAATAATTAATTTCAATTGTTAAAAATACGAACTCTAACATTT

                   *               *    * *                              *   
       2836 AATTGCAGCAATTAAAGGTTTAATATTTGCGAAGTGGATCAAATAAGATTCCGTTAAAGATGGTC
        131 AATTGCAACAATTAAAGGTTTAACATTTCCAAAGTGGATCAAATAAGATTCCGTTAAAGATAGTC

              *                                                              
       2901 ATTCATTTTTTTTAAATCCAAATGAATATTTTTTTTTCACTAAATTATTTTTTCTTTTCTTTTCA
        196 ATCCATTTTTTTTAAATCCAAATGAATA-TTTTTTTTCACTAAATTATTTTTTCTTTTCTTTTCA

                 *              *              *                             
       2966 CTTTTTCTTTCGCTTAATTTTATGATTAATTAAGAGTCAAATTTTAACAAGAAGCATGCTTGTGC
        260 CTTTTACTTTCGCTTAATTTCATGATTAATTAAGAATCAAATTTTAACAAGAAGCATGCTTGTGC

                      *                                      
       3031 TTCGCTGCAGGTGAGGAGATTTATCTAAGGGATCACTTATCCCTTAGAA
        325 TTCGCTGCAGATGAGGAGATTTATCTAAGGGATCACTTATCCCTTAGAA

                                     *                                       
       3080 AAACAATAATTAGGTAATAGAAATATGATTTAAATTCAATTAAAATAAAACCTAACAGAATATGT
          1 AAACAATAATTAGGTAATAGAAATAAGATTTAAATTCAATTAAAATAAAACCTAACAGAATATGT

              *                                                 *            
       3145 TTGATTAGTTCGTTATTTAACAAAATAATTAATTTCAATTGTTAAAAATACGGACTCTAACATTT
         66 TTAATTAGTTCGTTATTTAACAAAATAATTAATTTCAATTGTTAAAAATACGAACTCTAACA-TT

                     *                                      *                
       3210 TAATTGCAATAATTAAAGGTTTAACATTTCCAAAGTGGATCAAATAAGGTTCCGTTAAAGATAGT
        130 TAATTGCAACAATTAAAGGTTTAACATTTCCAAAGTGGATCAAATAAGATTCCGTTAAAGATAGT

                                                            *                
       3275 CATCCATTTTATTTTATTAAAATCCAAATGAATA-TTTTTTTC-CTAATTTGA-TTTTTCTTTTC
        195 CATCCA--TT-TTTT-TT-AAATCCAAATGAATATTTTTTTTCACTAAATT-ATTTTTTCTTTTC

                            **                                           *   
       3337 TTTTCACTTTTACTTTTTCTTAATTTCATGATTAATTAAGAATCAAATTTTAACAAGAAGCCTGC
        254 TTTTCACTTTTACTTTCGCTTAATTTCATGATTAATTAAGAATCAAATTTTAACAAGAAGCATGC

                    *                         
       3402 TTGTGCTTTGCTGCAGATGAGGAGATTTATCTAA
        319 TTGTGCTTCGCTGCAGATGAGGAGATTTATCTAA

       3436 AAGCTATTAT


Statistics
Matches: 319,  Mismatches: 30, Indels: 11
        0.89            0.08        0.03

Matches are distributed among these distances:
 374  114  0.36
 375   65  0.20
 377  110  0.34
 378   13  0.04
 379    2  0.01
 380   15  0.05

ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.12, T:0.41


Consensus pattern (373 bp):   
AAACAATAATTAGGTAATAGAAATAAGATTTAAATTCAATTAAAATAAAACCTAACAGAATATGT
TTAATTAGTTCGTTATTTAACAAAATAATTAATTTCAATTGTTAAAAATACGAACTCTAACATTT
AATTGCAACAATTAAAGGTTTAACATTTCCAAAGTGGATCAAATAAGATTCCGTTAAAGATAGTC
ATCCATTTTTTTTAAATCCAAATGAATATTTTTTTTCACTAAATTATTTTTTCTTTTCTTTTCAC
TTTTACTTTCGCTTAATTTCATGATTAATTAAGAATCAAATTTTAACAAGAAGCATGCTTGTGCT
TCGCTGCAGATGAGGAGATTTATCTAAGGGATCACTTATCCCTTAGAA
Done.