genome.fa.s6817.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWWV01006817.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06838, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  156117

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2829--2868	22	1.9	21	85	10	55	27	12	5	55	1.58
3029--3245	22	9.9	22	82	4	224	31	18	9	40	1.82
3029--3738	44	16.4	43	67	17	208	33	17	9	39	1.81
3345--3591	22	11.3	22	71	9	139	32	14	10	42	1.79
3474--3538	21	2.9	22	84	11	78	33	9	9	47	1.67
3597--3736	22	6.4	22	71	10	54	36	17	8	37	1.81
3772--3955	22	8.3	22	76	10	115	37	19	9	33	1.84
3779--3889	46	2.5	44	82	10	127	38	18	9	33	1.83
3779--3954	44	4.0	42	80	7	163	36	18	10	34	1.84
3772--3956	66	2.8	66	77	9	171	37	19	9	33	1.85
4126--4163	19	2.0	20	85	15	53	63	2	5	28	1.30
4290--4338	15	3.5	15	68	21	52	57	0	8	34	1.29
4364--4429	31	2.1	32	91	5	109	46	4	19	28	1.69
6282--6320	21	1.9	19	85	10	51	43	20	10	25	1.83
13783--13860	35	2.2	35	81	4	86	39	16	6	37	1.74
13813--14493	56	12.3	56	90	2	1018	39	17	5	37	1.73
13993--14080	27	3.2	27	68	15	81	39	17	6	36	1.76
14040--14128	19	4.8	19	67	19	53	38	16	7	37	1.78
14124--14163	21	1.9	21	89	0	62	40	15	2	42	1.60
14342--14492	21	7.9	21	67	20	89	40	16	3	39	1.65
13802--14493	274	2.5	277	89	2	1038	38	17	5	38	1.74
14501--14622	40	3.2	36	83	6	127	27	14	6	51	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17149--17206	16	3.5	16	75	9	53	24	20	1	53	1.55
17226--17285	27	2.2	27	84	3	75	16	23	1	58	1.47
17460--17520	28	2.1	29	88	8	90	14	22	6	55	1.62
17817--17881	16	4.1	16	74	4	69	15	26	6	52	1.66
17706--17912	111	1.9	112	87	3	310	15	21	7	55	1.66
17708--17935	111	2.1	111	83	5	284	17	21	7	53	1.68
18625--18674	26	1.9	26	95	0	91	50	22	14	14	1.77
20143--20195	27	2.0	27	100	0	106	11	22	16	49	1.78
21358--21455	27	3.6	27	90	0	133	35	20	19	24	1.95
25228--25252	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
25426--25491	32	2.1	32	91	0	105	15	25	39	19	1.91
27022--27083	32	1.9	32	86	0	88	22	8	27	41	1.82
27736--27773	19	2.0	20	89	5	60	34	7	0	57	1.28
27736--27782	20	2.3	20	85	7	60	31	10	0	57	1.33
34927--35001	33	2.3	31	84	10	105	9	41	37	12	1.74
34940--35012	33	2.2	33	97	0	137	8	39	39	12	1.73
36656--36686	11	2.9	11	95	4	55	25	9	9	54	1.63
44405--44454	21	2.4	21	80	6	57	46	30	6	18	1.73
56165--56191	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
61844--61874	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
62208--63274	194	5.3	194	80	9	1051	34	17	13	34	1.90
64045--64587	189	2.8	199	85	7	770	33	18	13	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65685--65709	13	1.9	13	100	0	50	48	8	28	16	1.74
67316--67366	22	2.2	22	86	13	68	0	7	15	76	1.00
67337--67366	11	2.7	11	94	0	51	0	3	16	80	0.85
67332--67361	16	1.9	15	93	6	51	0	3	16	80	0.85
73374--73403	15	2.0	15	93	0	51	43	26	10	20	1.83
75101--75136	15	2.4	15	100	0	72	41	11	8	38	1.71
79263--79305	21	2.0	21	82	8	52	4	20	6	67	1.33
83609--83639	13	2.4	13	94	0	53	54	0	0	45	0.99
83699--83730	11	3.1	11	82	17	50	46	0	0	53	1.00
83686--83747	16	3.6	17	84	16	83	45	0	0	54	0.99
84704--84775	31	2.3	30	75	15	74	26	4	9	59	1.47
85023--85073	9	5.3	9	76	19	50	39	1	3	54	1.30
85196--85260	23	2.8	23	81	6	78	30	49	16	3	1.61
85204--85262	17	3.4	17	81	9	57	32	49	15	3	1.61
85196--85261	6	11.3	6	75	12	66	31	48	16	3	1.62
85610--85669	31	1.9	31	86	0	84	33	18	3	45	1.66
87570--87594	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
88189--88241	2	27.0	2	92	3	81	49	3	0	47	1.19
94635--94708	15	4.9	15	86	0	103	12	22	22	41	1.87
97392--97428	18	2.1	17	90	10	56	40	2	0	56	1.13
98135--98167	2	16.5	2	93	0	57	48	51	0	0	1.00
98405--98599	97	2.0	97	94	0	345	33	16	17	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111921--112002	41	2.0	41	97	0	155	28	26	10	34	1.90
121325--121386	31	2.0	31	100	0	124	41	12	16	29	1.85
124792--124898	40	2.7	40	94	0	178	54	10	9	26	1.64
124971--125048	12	6.7	12	95	1	133	57	7	25	8	1.56
125049--125172	36	3.4	36	93	0	203	48	11	12	28	1.75
125051--125190	36	3.9	36	89	3	167	49	11	12	26	1.75
125049--125214	72	2.3	72	84	6	201	47	11	13	27	1.77
125228--125295	12	5.7	12	75	17	61	60	10	19	10	1.57
125289--125959	36	18.9	36	86	4	839	43	9	22	23	1.82
125988--126095	32	3.2	32	78	14	128	46	6	18	28	1.74
125998--126116	36	3.4	36	78	13	149	44	7	20	27	1.78
129087--129484	198	2.0	198	99	0	778	37	19	18	24	1.94
129960--130050	47	2.0	47	93	2	157	25	4	19	50	1.66
135902--135940	13	3.0	13	84	0	60	64	17	2	15	1.41
141541--141566	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
141750--141787	13	3.0	13	88	3	60	65	18	0	15	1.27
144170--144209	21	1.9	21	85	10	55	40	12	30	17	1.86
149507--149559	21	2.6	21	81	3	54	30	28	32	9	1.88
153498--153560	19	3.3	18	86	10	81	79	3	17	0	0.86
153497--153558	23	2.7	22	87	9	88	79	3	17	0	0.87

Tables:   1

The End!