Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006839.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06860, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 48677
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.33
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1043 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1038--1065 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
1028 GATTTTTTTA
1038 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1066 TTCACAAATC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:8678 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8645--8685 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
8635 ACCCCTATTA
8645 TCTTTCTCCTACTCATTC
1 TCTTTCTCCTACTCATTC
* *
8663 TCTTTCCTCCTCCTCATTT
1 TCTTT-CTCCTACTCATTC
8682 TCTT
1 TCTT
8686 AACTACCCTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.25
19 15 0.75
ACGTcount: A:0.07, C:0.39, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
TCTTTCTCCTACTCATTC
Found at i:10222 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10180--10431 Score: 265
Period size: 35 Copynumber: 7.3 Consensus size: 35
10170 GTTAAATCAG
10180 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
*
10215 TTGGTAATCAATTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
*
10250 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAT
1 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
*
10285 TTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAA-TAAGTAAA
1 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
* * * *
10319 TCGGT-GT-AA-TTAA----GT-AAATT-GGT-AA
1 TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
* *
10344 TCTGGTAAACAACTTCATTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 T-TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
10380 TTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TTGGTAA-----T---CAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
10423 TTGGTAATC
1 TTGGTAATC
10432 TGGTAAACAA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 18, Indels: 40
0.76 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.02
26 7 0.04
27 3 0.02
28 2 0.01
29 3 0.02
31 4 0.02
32 2 0.01
33 2 0.01
34 15 0.08
35 101 0.56
36 3 0.02
38 1 0.01
43 33 0.18
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
TTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAA
Found at i:10232 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10180--10267 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 5.1 Consensus size: 16
10170 GTTAAATCAG
10180 TTGGTAATCAACTTAA
1 TTGGTAATCAACTTAA
* * *
10196 TTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TT--G-GTAATCAACTTAA
*
10215 TTGGTAATCAATTTAA
1 TTGGTAATCAACTTAA
* * *
10231 TTCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TT--G-GTAATCAACTTAA
10250 TTGGTAATCAACTTAA
1 TTGGTAATCAACTTAA
10266 TT
1 TT
10268 CGGTGTAATT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 12, Indels: 12
0.69 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 26 0.48
17 2 0.04
18 2 0.04
19 24 0.44
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (16 bp):
TTGGTAATCAACTTAA
Found at i:10324 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 10197--10337 Score: 80
Period size: 17 Copynumber: 8.1 Consensus size: 18
10187 TCAACTTAAT
10197 TCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TCGGTGTAATTAAGTAAA
* * * *
10215 T-TG-GTAATCAATTTAAT
1 TCGGTGTAATTAA-GTAAA
10232 TCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TCGGTGTAATTAAGTAAA
* * * *
10250 T-TG-GTAATCAACTTAAT
1 TCGGTGTAATTAA-GTAAA
10267 TCGGTGTAATTAAGT-AA
1 TCGGTGTAATTAAGTAAA
** ** * *
10284 TTTG-GTAAACAACTTAAT
1 TCGGTGTAATTAA-GTAAA
10302 TCGGTGTAA-TAAGTAAA
1 TCGGTGTAATTAAGTAAA
10319 TCGGTGTAATTAAGTAAA
1 TCGGTGTAATTAAGTAAA
10337 T
1 T
10338 TGGTAATCTG
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 27, Indels: 20
0.65 0.20 0.15
Matches are distributed among these distances:
16 20 0.23
17 26 0.30
18 22 0.26
19 18 0.21
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
TCGGTGTAATTAAGTAAA
Found at i:10372 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 10319--10513 Score: 327
Period size: 43 Copynumber: 4.5 Consensus size: 43
10309 AATAAGTAAA
*
10319 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTCAT
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
*
10362 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAAT
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
10405 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
* * * *
10448 TCGGTGCAATTAAGTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAATTTAAT
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATT-GGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
10492 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGG
10514 AGATTAAATT
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 9, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
43 103 0.73
44 39 0.27
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (43 bp):
TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
Found at i:10432 original size:86 final size:87
Alignment explanation
Indices: 10319--10690 Score: 382
Period size: 86 Copynumber: 4.2 Consensus size: 87
10309 AATAAGTAAA
* * *
10319 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTCATTCGGTGTAATTAAGTAAATT-G
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTAA
10383 GTAATTTGGTAAACAACTTAAT
66 GTAATTTGGTAAACAACTTAAT
10405 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTAA
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTAA
*
10470 GTAATTTGGTAAACAATTTAAT
66 GTAATTTGGTAAACAACTTAAT
* * * *
10492 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGG-AGA--T--TAAATTAA-GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCG
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTA-ATCTGGTAAA-CAACTTAATTCGGT--GCAA-TTAA----
*
10551 GTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAAT
57 GT-AAATTAAGT--A---AT--T-TGGTAAACAACTTAAT
* * * *
10591 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATT-G
1 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTAA
*
10655 GTAATTTGGTAATCAACTTAAT
66 GTAATTTGGTAAACAACTTAAT
* *
10677 TCAGTGAAATTAAG
1 TCGGTGTAATTAAG
10691 CAATTTGATA
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 21, Indels: 50
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
83 12 0.05
84 2 0.01
85 4 0.02
86 93 0.39
87 45 0.19
89 2 0.01
90 2 0.01
91 8 0.03
92 1 0.00
93 1 0.00
94 2 0.01
95 4 0.02
96 4 0.02
98 1 0.00
99 38 0.16
100 5 0.02
101 3 0.01
102 2 0.01
103 11 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (87 bp):
TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTAA
GTAATTTGGTAAACAACTTAAT
Found at i:10533 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 10462--10568 Score: 205
Period size: 56 Copynumber: 1.9 Consensus size: 56
10452 TGCAATTAAG
*
10462 TAAATTAAGTAATTTGGTAAACAATTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGAGAT
1 TAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGAGAT
10518 TAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 TAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
10569 ATAATCTGGT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 50 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
TAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGAGAT
Found at i:10568 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 10383--10655 Score: 492
Period size: 143 Copynumber: 1.9 Consensus size: 142
10373 AAGTAAATTG
*
10383 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAAT
* *
10448 TCGGTGCAATTAAGTAAATTAAGTAATTTGGTAAACAATTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
66 TCGGTGCAATTAAGTAAATT-AGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTG
10513 GAGATTAAATTAA
130 GAGATTAAATTAA
10526 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAAT
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAAT
* *
10591 TCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGG
66 TCGGTGCAATTAAGTAAATTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGG
10656 TAATTTGGTA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 5, Indels: 1
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
142 42 0.34
143 83 0.66
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (142 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAAT
TCGGTGCAATTAAGTAAATTAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGG
AGATTAAATTAA
Found at i:10580 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 10518--10703 Score: 273
Period size: 43 Copynumber: 4.3 Consensus size: 43
10508 AATTGGAGAT
* *
10518 TAAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAAATTGA-TAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAG
* *
10562 TAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAG
*
10605 TAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAG
1 TAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAG
* * *
10648 TAAATTGGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGAAATTAAG
1 TAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAG
* *
10691 CAATTTGATAATT
1 TAAATTGATAATT
10704 AGATTAAGTA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 10, Indels: 1
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
43 125 0.95
44 7 0.05
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (43 bp):
TAAATTGATAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAG
Found at i:10643 original size:229 final size:225
Alignment explanation
Indices: 10239--10690 Score: 674
Period size: 229 Copynumber: 2.0 Consensus size: 225
10229 AATTCGGTGT
* * *
10239 AATTAAGTAAATTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAAACAACTTAATTC
1 AATTAAGTAAATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTGGGTAAACAACGTAATTC
* * * *
10304 GGTGTAATAAGTAAATCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTGGTAAACAACTTCATTCGGTGT
66 GGTGAAACAAGTAAATCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
*
10369 AATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTG
131 AATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTG
* *
10434 GTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTA
196 GTAAACAACTTAATTCAGTGAAATTAAGTA
* * *
10464 AATTAAGTAATTTGGTAAACAATTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGAGATTAAATTAA-GT
1 AATTAAGTAAATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGT-AATTGG-G--TAAA-CAACGT
* * *
10528 AATTTGGT-AAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATT
61 AATTCGGTGAAACAA-GTAAATCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATT
10592 CGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGT
125 CGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGT
* *
10657 AATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGAAATTAAG
190 AATCTGGTAAACAACTTAATTCAGTGAAATTAAG
10691 CAATTTGATA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 18, Indels: 8
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
225 40 0.20
226 5 0.02
227 1 0.00
228 4 0.02
229 151 0.74
230 2 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (225 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTGGGTAAACAACGTAATTC
GGTGAAACAAGTAAATCGGTGTAATTAAGTAAATTGATAATCTGGTAAACAACTTAATTCGGTGT
AATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATCTG
GTAAACAACTTAATTCAGTGAAATTAAGTA
Found at i:10709 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10685--10725 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
10675 ATTCAGTGAA
*
10685 ATTAAGCAATTTGATAATTAG
1 ATTAAGCAACTTGATAATTAG
* *
10706 ATTAAGTAACTTGGTAATTA
1 ATTAAGCAACTTGATAATTA
10726 ACTTAATTCG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.05, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
ATTAAGCAACTTGATAATTAG
Found at i:10780 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 10655--10787 Score: 178
Period size: 56 Copynumber: 2.4 Consensus size: 56
10645 AAGTAAATTG
* * *
10655 GTAATTTGGTAATCAACTTAATTCAGTGAAATTAAGCAATTTGATAATTAGATTAA
1 GTAATTTGGTAATTAACTTAATTCAGTGAAATTAAGAAAATTGATAATTAGATTAA
* * * *
10711 GTAACTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGCAATTAAGAAAATTGGTAATTA-AGTTAA
1 GTAATTTGGTAATTAACTTAATTCAGTGAAATTAAGAAAATTGATAATTAGA-TTAA
*
10767 GTAATTTGGTAATTAAATTAA
1 GTAATTTGGTAATTAACTTAA
10788 GTAATTAACT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 9, Indels: 2
0.86 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
55 1 0.01
56 66 0.99
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
GTAATTTGGTAATTAACTTAATTCAGTGAAATTAAGAAAATTGATAATTAGATTAA
Found at i:10789 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10740--10793 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
10730 AATTCGGTGC
* *
10740 AATTAAGAAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
*
10761 AGTTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
10782 AATTAAGTAATT
1 AATTAAGTAATT
10794 AACTCAATTC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 29 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.15, T:0.39
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATTA
Found at i:10879 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10840--10907 Score: 82
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
10830 AATTAACTTG
*
10840 GTAATTAACTTAACTCAGTGTAATTAAGTAAATCA
1 GTAATTAACTTAACTCAGTGTAACTAAGTAAATCA
** * **
10875 GTAATTGGCTTAATTTGGTGTAACTAAGTAAAT
1 GTAATTAACTTAACTCAGTGTAACTAAGTAAAT
10908 AAAGGACTTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 6, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 27 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAACTTAACTCAGTGTAACTAAGTAAATCA
Found at i:11621 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 11596--11636 Score: 55
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 17
11586 ATTGAATCAA
* *
11596 AAAATCACCATTAAAAC
1 AAAACCACCAATAAAAC
*
11613 AAAACCACCAATCAAAC
1 AAAACCACCAATAAAAC
11630 AAAACCA
1 AAAACCA
11637 GCAAAGAAAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 21 1.00
ACGTcount: A:0.61, C:0.29, G:0.00, T:0.10
Consensus pattern (17 bp):
AAAACCACCAATAAAAC
Found at i:13018 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 12962--13025 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 4.9 Consensus size: 14
12952 TTTATTATGT
12962 TTAT-TATTA-ATA
1 TTATATATTATATA
*
12974 TTA-ATAATATCATA
1 TTATATATTAT-ATA
*
12988 TT-TATACTATATA
1 TTATATATTATATA
13001 --ATATATTATATA
1 TTATATATTATATA
13013 TTATATATCTATA
1 TTATATAT-TATA
13026 CCTTACTATT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 3, Indels: 13
0.72 0.05 0.23
Matches are distributed among these distances:
12 17 0.41
13 3 0.07
14 17 0.41
15 4 0.10
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (14 bp):
TTATATATTATATA
Found at i:13753 original size:93 final size:92
Alignment explanation
Indices: 13594--13865 Score: 390
Period size: 88 Copynumber: 3.0 Consensus size: 92
13584 GGAGATGAAT
* * * * *
13594 AAGAAGATCAAATCTCTTAAAATTTTTCAAATGTGTCCATATCGTGTTTAAATTGATTAAATCCA
1 AAGAAGATCAAACCTCTTAGAATTTGTCAAATGTGTCCATTTCATGTTTAAATTGATTAAATCCA
13659 AAATTGTTCAACTAAATTATTTTTTTA
66 AAATTGTTCAACTAAATTATTTTTTTA
* * *
13686 GAAGAAGATCAAACCTCTTAGAATTTGCCAAATGTGTCCCTTTCATGTTTAAAATGATTAAATCC
1 -AAGAAGATCAAACCTCTTAGAATTTGTCAAATGTGTCCATTTCATGTTTAAATTGATTAAATCC
13751 AAAATTGTTCAACT--A-T-TTTTTTTA
65 AAAATTGTTCAACTAAATTATTTTTTTA
* * *
13775 AAGAAGATCATACCTCTTAGAAATTGTCAAATGTGTCCATTTCATGTTTAAATTGATTAAATTCA
1 AAGAAGATCAAACCTCTTAGAATTTGTCAAATGTGTCCATTTCATGTTTAAATTGATTAAATCCA
* *
13840 AAATTATTCAACTAAATGATTTTTTT
66 AAATTGTTCAACTAAATTATTTTTTT
13866 TCTAGGCAAC
Statistics
Matches: 159, Mismatches: 16, Indels: 9
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
88 71 0.45
89 8 0.05
90 2 0.01
91 1 0.01
92 7 0.04
93 70 0.44
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (92 bp):
AAGAAGATCAAACCTCTTAGAATTTGTCAAATGTGTCCATTTCATGTTTAAATTGATTAAATCCA
AAATTGTTCAACTAAATTATTTTTTTA
Found at i:14172 original size:160 final size:159
Alignment explanation
Indices: 13982--14287 Score: 531
Period size: 160 Copynumber: 1.9 Consensus size: 159
13972 GAGGAGATGA
* * *
13982 AATGTGTCCATTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAAGTAAATTATTTTAAAAAAAT
1 AATGTGTCCATTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTAAATGATTTTAAAAAAAC
*
14047 GAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATAATTAAATTGATAATTATAAAAAAATAGATCAAATAATT
66 GAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATAGATCAAATAATT
14112 AAATTGAAAATTATAATCAAAATGTGTCC
131 AAATTGAAAATTATAATCAAAATGTGTCC
*
14141 AATGTGTCCATTTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTTAATGATTTTAAAAAAA
1 AATGTGTCCA-TTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTAAATGATTTTAAAAAAA
* *
14206 CGAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATCGATCAAATAAT
65 CGAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATAGATCAAATAAT
*
14271 TAAATTGATAATTATAA
130 TAAATTGAAAATTATAA
14288 AAAATAGATC
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 8, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
159 10 0.07
160 128 0.93
ACGTcount: A:0.47, C:0.09, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (159 bp):
AATGTGTCCATTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTAAATGATTTTAAAAAAAC
GAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATAGATCAAATAATT
AAATTGAAAATTATAATCAAAATGTGTCC
Found at i:14264 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 14224--14321 Score: 153
Period size: 34 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
14214 CTAAATGAGG
*
14224 AGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAAT
1 AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAAT
* *
14259 CGATCAAATAATTAAATTGATAATTAT-AAAAAAT
1 AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAAT
*
14293 AGATCAAATAATTAAATTAAAAATTATAA
1 AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAA
14322 TCAAATGTGT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 2
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 31 0.55
35 25 0.45
ACGTcount: A:0.59, C:0.04, G:0.06, T:0.31
Consensus pattern (35 bp):
AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAAT
Found at i:14275 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 14255--14309 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
14245 AATTATAAAA
*
14255 AAATCGATCAAATAATT
1 AAATAGATCAAATAATT
* *
14272 AAATTGAT-AATTATAA-A
1 AAATAGATCAA--ATAATT
14289 AAATAGATCAAATAATT
1 AAATAGATCAAATAATT
14306 AAAT
1 AAAT
14310 TAAAAATTAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 8
0.71 0.10 0.19
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.20
17 18 0.60
18 6 0.20
ACGTcount: A:0.58, C:0.05, G:0.05, T:0.31
Consensus pattern (17 bp):
AAATAGATCAAATAATT
Found at i:14447 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 14408--14476 Score: 129
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
14398 CTAAATGAGG
*
14408 AGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAAT
1 AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAAT
14443 AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAA
1 AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAA
14477 ATAATTGCAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 33 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.03, G:0.07, T:0.28
Consensus pattern (35 bp):
AGATCAAATAATTAAATTGAAAATTATAAAAAAAT
Found at i:14450 original size:184 final size:184
Alignment explanation
Indices: 14141--14475 Score: 634
Period size: 184 Copynumber: 1.8 Consensus size: 184
14131 AAATGTGTCC
* *
14141 AATGTGTCCATTTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTTAATGATTTTAAAAAAA
1 AATGTGTCCATTTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTAAATGATTTAAAAAAAA
*
14206 CGAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATCGATCAAATAAT
66 CGAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATAGATCAAATAAT
*
14271 TAAATTGATAATTATAAAAAATAGATCAAATAATTAAATTAAAAATTATAATCA
131 TAAATTGAAAATTATAAAAAATAGATCAAATAATTAAATTAAAAATTATAATCA
14325 AATGTGTCCATTTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTAAATGATTTAAAAAAAA
1 AATGTGTCCATTTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTAAATGATTTAAAAAAAA
14390 CGAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATAGATCAAATAAT
66 CGAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATAGATCAAATAAT
14455 TAAATTGAAAATTATAAAAAA
131 TAAATTGAAAATTATAAAAAA
14476 AATAATTGCA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 4, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
184 147 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.09, G:0.10, T:0.31
Consensus pattern (184 bp):
AATGTGTCCATTTCACGTTAAATTGATTAAATCCAAAATTGTTCAACTAAATGATTTAAAAAAAA
CGAGTCTACTAAATGAGGAGATCAAATGATTAAATTGAAAATTATAAAAAAATAGATCAAATAAT
TAAATTGAAAATTATAAAAAATAGATCAAATAATTAAATTAAAAATTATAATCA
Found at i:19727 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 19686--19761 Score: 100
Period size: 28 Copynumber: 2.6 Consensus size: 29
19676 CACGGTGTTC
* *
19686 GACGTGGCATGCCACGTCT-AAAAAAAGT
1 GACGTGTCATGCCACGTATAAAAAAAAGT
*
19714 GACGTGTCACGCCACGTATAAAAAAAAGT
1 GACGTGTCATGCCACGTATAAAAAAAAGT
19743 GACACGTGTCATGCCACGT
1 G--ACGTGTCATGCCACGT
19762 GTACCAACAG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 4, Indels: 3
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.39
29 10 0.24
31 15 0.37
ACGTcount: A:0.34, C:0.24, G:0.24, T:0.18
Consensus pattern (29 bp):
GACGTGTCATGCCACGTATAAAAAAAAGT
Found at i:24644 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 24560--24667 Score: 146
Period size: 54 Copynumber: 2.0 Consensus size: 54
24550 GACAACTTCC
* * * *
24560 GCTGTGCACAAAGGGGGTAGTTACCCTTTCAAAAGC-GTCATGTGTTCCCAATGA
1 GCTGTGCACAAAGGGAGCAGGTACCCTTTCAAAA-CTGTCATGTGTCCCCAATGA
* *
24614 GCTGTGCACAAAGGGAGCAGGTACCGTTTCACAACTGTCATGTGTCCCCAATGA
1 GCTGTGCACAAAGGGAGCAGGTACCCTTTCAAAACTGTCATGTGTCCCCAATGA
24668 ACGGACATTC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.02
54 46 0.98
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.26, T:0.24
Consensus pattern (54 bp):
GCTGTGCACAAAGGGAGCAGGTACCCTTTCAAAACTGTCATGTGTCCCCAATGA
Found at i:28026 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 28006--28043 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 16
27996 ATATATAAGT
28006 ATAAATAAATGA-TAA
1 ATAAATAAATGAGTAA
*
28021 ATAAATAAATGAGTAT
1 ATAAATAAATGAGTAA
28037 ATAAATA
1 ATAAATA
28044 TGAGGATCAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.57
16 9 0.43
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.08, T:0.29
Consensus pattern (16 bp):
ATAAATAAATGAGTAA
Found at i:28196 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 28148--28197 Score: 64
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
28138 TGAAAAAAAA
* ** *
28148 TTATTAAAATTTATAATTTTTAAG
1 TTATTAAAATTAATAATGGTCAAG
28172 TTATTAAAATTAATAATGGTCAAG
1 TTATTAAAATTAATAATGGTCAAG
28196 TT
1 TT
28198 TATAATTATG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 4, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 22 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
TTATTAAAATTAATAATGGTCAAG
Found at i:28580 original size:91 final size:89
Alignment explanation
Indices: 28420--28601 Score: 310
Period size: 91 Copynumber: 2.0 Consensus size: 89
28410 ACATGGCATC
* * *
28420 ATTTGGGGAGAGGTGAGATGGGACACATGTCACCATATTGTGTGAGGTGGGCCTTGTATCTTGCT
1 ATTTAGGGAGAGGTGAGATGGAACACATGTCACCATATGGTGTGAGGTGGGCCTTGTATCTTGCT
28485 TTTATATGTAGTTATAGAAGTTATAG
66 TTTATATGTAGTTATAG-A-TTATAG
*
28511 ATTTAGGGAGAGGTGGGATGGAACACATGTCACCATATGGTGTGAGGTGGGCCTTGTATCTTGCT
1 ATTTAGGGAGAGGTGAGATGGAACACATGTCACCATATGGTGTGAGGTGGGCCTTGTATCTTGCT
28576 TTTATATGTAGTTATAGATTATAG
66 TTTATATGTAGTTATAGATTATAG
28600 AT
1 AT
28602 ATAGATTGGT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 4, Indels: 2
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
89 8 0.09
90 1 0.01
91 78 0.90
ACGTcount: A:0.25, C:0.10, G:0.30, T:0.35
Consensus pattern (89 bp):
ATTTAGGGAGAGGTGAGATGGAACACATGTCACCATATGGTGTGAGGTGGGCCTTGTATCTTGCT
TTTATATGTAGTTATAGATTATAG
Found at i:34774 original size:11 final size:10
Alignment explanation
Indices: 34756--34789 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 3.2 Consensus size: 10
34746 AATTGTCTTC
34756 AAATCTTCAA
1 AAATCTTCAA
34766 AATATCTTCAA
1 AA-ATCTTCAA
34777 GAAATCTTCAA
1 -AAATCTTCAA
34788 AA
1 AA
34790 CACGAACTTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.18
11 16 0.73
12 2 0.09
ACGTcount: A:0.50, C:0.18, G:0.03, T:0.29
Consensus pattern (10 bp):
AAATCTTCAA
Found at i:36196 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 36178--36218 Score: 59
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
36168 TATAATATAA
*
36178 TATAATATATAT-TAT
1 TATATTATATATGTAT
36193 TATATTATAT-TGTAT
1 TATATTATATATGTAT
36208 TATATTATATA
1 TATATTATATA
36219 CCAGTAATAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 1 0.04
15 22 0.96
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.02, T:0.56
Consensus pattern (16 bp):
TATATTATATATGTAT
Found at i:36198 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 36162--36217 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 11.0 Consensus size: 5
36152 GCCCTGCTTG
* * * *
36162 TATA- TATAT AATAT AATAT AATAT ATATTAT TATAT TATAT TGTAT TATAT
1 TATAT TATAT TATAT TATAT TATAT -TA-TAT TATAT TATAT TATAT TATAT
36213 TATAT
1 TATAT
36218 ACCAGTAATA
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 5
0.83 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.09
5 35 0.78
6 3 0.07
7 3 0.07
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (5 bp):
TATAT
Found at i:36767 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 36745--36777 Score: 66
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
36735 CTTTGTTTAT
36745 TTAAATAAATAAATTAA
1 TTAAATAAATAAATTAA
36762 TTAAATAAATAAATTA
1 TTAAATAAATAAATTA
36778 TGTTGTAACT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATAAATAAATTAA
Found at i:39194 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 39162--39240 Score: 90
Period size: 31 Copynumber: 2.7 Consensus size: 29
39152 CGTCGGTCCG
*
39162 ATTATTTAATTAAAAATCA-TTTAAAAACT
1 ATTATTTAATTAAAAAT-ATTTTAAAAAAT
*
39191 ATTATTTTAAATTTAAAATATTTTAAAAAAT
1 ATTA-TTT-AATTAAAAATATTTTAAAAAAT
*
39222 ATTTTTTAATT-AAAATATT
1 ATTATTTAATTAAAAATATT
39241 GCAAAAATCC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 7
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
28 8 0.18
29 8 0.18
30 7 0.16
31 21 0.48
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (29 bp):
ATTATTTAATTAAAAATATTTTAAAAAAT
Found at i:39476 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 39422--39486 Score: 105
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
39412 AACTTTATAT
* *
39422 TTTCCGATTGTATCCTTGTTTTTAAAACATA
1 TTTCCAATTGTACCCTTGTTTTTAAAACATA
39453 TTTCCAATTGTACCCTT-TTTTTAAAACATA
1 TTTCCAATTGTACCCTTGTTTTTAAAACATA
39483 TTTC
1 TTTC
39487 TAAATTGCCA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 1
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 17 0.53
31 15 0.47
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.06, T:0.49
Consensus pattern (31 bp):
TTTCCAATTGTACCCTTGTTTTTAAAACATA
Found at i:39493 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 39428--39493 Score: 98
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 31
39418 ATATTTTCCG
* *
39428 ATTGTATCCTTGTTTTTAAAACATATTTCCA
1 ATTGTACCCTTGTTTTTAAAACATATTTCAA
39459 ATTGTACCCTT-TTTTTAAAACATATTTCTAA
1 ATTGTACCCTTGTTTTTAAAACATATTTC-AA
39490 ATTG
1 ATTG
39494 CCATTACTAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
30 17 0.53
31 15 0.47
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (31 bp):
ATTGTACCCTTGTTTTTAAAACATATTTCAA
Found at i:40309 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 40285--40335 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 23
40275 AGTTAATTAA
40285 AAATTTCAATAGAAG-G-TTATC-
1 AAATTTCAATAG-AGTGATTATCG
*
40306 AAATCTC-ATAGAGTGATTATCG
1 AAATTTCAATAGAGTGATTATCG
40328 AAATTTCA
1 AAATTTCA
40336 TAAAGATCGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 6
0.75 0.06 0.19
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.08
20 5 0.21
21 11 0.46
22 6 0.25
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (23 bp):
AAATTTCAATAGAGTGATTATCG
Found at i:40336 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 40284--40409 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 5.7 Consensus size: 21
40274 AAGTTAATTA
40284 AAAATTTCAATAGAAG-GTTATC
1 AAAATTTC-ATAG-AGTGTTATC
*
40306 -AAATCTCATAGAGTGATTATC
1 AAAATTTCATAGAGTG-TTATC
* *
40327 GAAATTTCATAAAGATCGGATTATC
1 AAAATTTCATAGAG-T--G-TTATC
* *
40352 AAAATTCCATAGTGTTGTTATC
1 AAAATTTCATAGAG-TGTTATC
*
40374 AAAATTTCAAAGCGAG-GTTATC
1 AAAATTTCATA--GAGTGTTATC
40396 AAAATTTCATAGAG
1 AAAATTTCATAGAG
40410 GAGTCAAAAA
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 12, Indels: 18
0.74 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.02
20 8 0.10
21 11 0.13
22 41 0.49
23 2 0.02
24 2 0.02
25 18 0.21
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (21 bp):
AAAATTTCATAGAGTGTTATC
Found at i:40596 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 40568--41061 Score: 146
Period size: 22 Copynumber: 22.7 Consensus size: 22
40558 TCAGGGAGGA
40568 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* *
40590 TATCAAAATTTCATA-GTATGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * * *
40611 AGATTAAAATTTCATATGGAGAT
1 -TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* *
40634 TAACAAAATTTTATAATG-AGGT
1 TATCAAAATTTCAT-ATGAAGGT
** * * * *
40656 TATCAAAAAATCACAGGGAGCT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
*
40678 TATCAAAA--T--T-TGTA-GT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * *
40694 TATCAAGATTTCATAAGAAAGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * *
40716 TATCAAAATTTTATAGGGAGGTT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGG-T
* *
40739 TATCAAAA-TTCTATAAGAAGATT
1 TATCAAAATTTC-ATATGAAG-GT
*
40762 TATCAAAATTTCATA-GCGAGGT
1 TATCAAAATTTCATATG-AAGGT
* * *
40784 TATCACAATTTCATAGTG-TGAT
1 TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
*
40806 TATCAAAATTTCAGTGTG-A--T
1 TATCAAAATTTCA-TATGAAGGT
* *
40826 TA-CTAACAATTT-ATATGGAGAT
1 TATC-AA-AATTTCATATGAAGGT
* * * * *
40848 TTTTAAATTTTCATAACG-TGGT
1 TATCAAAATTTCAT-ATGAAGGT
** * *
40870 TATCAGTATATCATATGGAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* * **
40892 TATCAACATCTCATAGTGTTGGT
1 TATCAAAATTTCATA-TGAAGGT
40915 TATCAAAATTTCAT-TGGGAA-GT
1 TATCAAAATTTCATAT--GAAGGT
* * * *
40937 TATCAAAATTCCTTAGGGAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* *
40959 TAACAAAATTTCATAAGAAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
** * ** * *
40981 TAAAAAAATTTTATAACATGAT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
* ** **
41003 TCTCGGAATTTCATA-GTATCGT
1 TATCAAAATTTCATATG-AAGGT
* *
41025 TATTAAAATTTCATAGGAAGGT
1 TATCAAAATTTCATATGAAGGT
41047 TATCAAAATTTCATA
1 TATCAAAATTTCATA
41062 ATGGGATCAT
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 97, Indels: 68
0.67 0.19 0.13
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.02
17 2 0.01
18 1 0.00
19 4 0.01
20 9 0.03
21 22 0.06
22 234 0.69
23 57 0.17
24 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (22 bp):
TATCAAAATTTCATATGAAGGT
Found at i:40757 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 40549--41062 Score: 177
Period size: 44 Copynumber: 11.8 Consensus size: 45
40539 TTATGGCGTA
* * *
40549 ATCAAAATTTC--AGGGAGGATATCAAAATTTCATATGAAG-GTT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
* * * * * *
40591 ATCAAAATTTCATAG-TATGTAGATTAAAATTTCATATGGAGA-TT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGGT-TATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
* * ** ** * *
40635 AACAAAATTTTATAATGAGGTTATCAAAAAATCA-CAG-GGAGCTT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAG-TT
* *
40679 ATCAAAA-TT--T-G-TA-GTTATCAAGATTTCATAAGAA-AGTT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
* * *
40717 ATCAAAATTTTATAGGGAGGTTTATCAAAA-TTCTATAAGAAGATTT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGG-TTATCAAAATTTC-ATAAGAAGAGTT
* * *
40763 ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCACAATTTCAT-AG-TGTGATT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAG-TT
* * *
40807 ATCAAAATTTCAGT-GTGA--TTA-CTAACAATTT-ATATGGAGA-TT
1 ATCAAAATTTCA-TAGCGAGGTTATC-AA-AATTTCATAAGAAGAGTT
* * * * * ** * * *
40849 TTTAAATTTTCATAACGTGGTTATCAGTATATCATATGGAG-GTT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
* * * * ** *
40893 ATCAACATCTCATAGTGTTGGTTATCAAAATTTCATTGGGA-AGTT
1 ATCAAAATTTCATAGCG-AGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
* * * *
40938 ATCAAAATTCCTTAGGGAGGTTAACAAAATTTCATAAGAAG-GTT
1 ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
** * * * * ** * **
40982 AAAAAAATTTTATAAC-ATGATTCTCGGAATTTCAT-AGTATCGTT
1 ATCAAAATTTCATAGCGA-GGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
*
41026 ATTAAAATTTCATAG-GAAGGTTATCAAAATTTCATAA
1 ATCAAAATTTCATAGCG-AGGTTATCAAAATTTCATAA
41063 TGGGATCATA
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 93, Indels: 75
0.67 0.18 0.15
Matches are distributed among these distances:
38 21 0.06
39 7 0.02
41 4 0.01
42 32 0.09
43 20 0.06
44 167 0.49
45 65 0.19
46 24 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (45 bp):
ATCAAAATTTCATAGCGAGGTTATCAAAATTTCATAAGAAGAGTT
Found at i:41147 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 41142--41167 Score: 52
Period size: 2 Copynumber: 13.0 Consensus size: 2
41132 ATATATATAT
41142 AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC
1 AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC
41168 TATATACTAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 24 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.50, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (2 bp):
AC
Found at i:43457 original size:92 final size:92
Alignment explanation
Indices: 43297--43471 Score: 298
Period size: 92 Copynumber: 1.9 Consensus size: 92
43287 TAACTTGACA
* * *
43297 GGGTAGAGCGTCTCTTTTTCACTTGTTTGAATCCTTTAAATTTTGAAAAATCAAAACTTTTTGTA
1 GGGTAAAGCGTCTATTTTTCACTTGTTTGAATCCTTTAAATTTTGAAAAATCAAAACTTTTTGGA
*
43362 ATAATTGAATTTGAATTTTACTTAATT
66 ATAATTGAATTTAAATTTTACTTAATT
43389 GGGTAAAGCGTCTATTTTTCACTTGTTTGAATCCTTTAAATTTTGAAAAAAT-AAAACTTTTTGG
1 GGGTAAAGCGTCTATTTTTCACTTGTTTGAATCCTTTAAATTTTG-AAAAATCAAAACTTTTTGG
43453 AATAATTGAATTTAAATTT
65 AATAATTGAATTTAAATTT
43472 GACAACTTAG
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 4, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
92 72 0.92
93 6 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.13, T:0.45
Consensus pattern (92 bp):
GGGTAAAGCGTCTATTTTTCACTTGTTTGAATCCTTTAAATTTTGAAAAATCAAAACTTTTTGGA
ATAATTGAATTTAAATTTTACTTAATT
Found at i:48368 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 48296--48390 Score: 154
Period size: 49 Copynumber: 1.9 Consensus size: 49
48286 CGCCTTAGTG
*
48296 TTCTTCATTTTCTGCTTAAGTTGTCTTTTCCTCTTAAATCGGGTTAGCT
1 TTCTTCATTCTCTGCTTAAGTTGTCTTTTCCTCTTAAATCGGGTTAGCT
* * *
48345 TTCTTGATTCTCTGCTTAAGTTGTCTTTTGCTCTTAAATTGGGTTA
1 TTCTTCATTCTCTGCTTAAGTTGTCTTTTCCTCTTAAATCGGGTTA
48391 ACTTATTGGC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
49 42 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.18, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (49 bp):
TTCTTCATTCTCTGCTTAAGTTGTCTTTTCCTCTTAAATCGGGTTAGCT
Done.