genome.fa.s6843.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: AWWV01006843.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06864, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  78636

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11776--11834	25	2.4	25	91	5	95	35	23	0	40	1.55
11844--11911	26	2.6	26	97	0	127	54	11	0	33	1.37
11844--11915	11	5.4	15	69	25	63	55	12	0	31	1.37
12111--12155	21	2.1	21	95	0	81	31	8	42	17	1.80
20413--20443	6	5.2	6	100	0	62	51	0	16	32	1.44
22334--22412	29	2.7	29	92	4	122	31	3	29	35	1.75
23520--23982	81	5.8	81	77	9	412	35	19	16	29	1.93
23520--23982	162	2.9	157	82	3	552	35	19	16	29	1.93
23929--24033	54	1.9	54	92	0	174	32	28	5	33	1.81
23983--24605	81	7.7	81	81	3	545	30	20	17	32	1.95
23991--24534	246	2.2	242	79	4	599	30	19	18	31	1.96
23983--24605	327	1.9	325	79	4	698	30	20	17	32	1.95
24473--24716	135	1.8	135	81	3	303	28	20	16	34	1.95
24391--24805	216	1.9	216	83	6	529	29	19	17	32	1.95
24607--25142	243	2.2	243	82	5	645	29	19	19	31	1.96
24094--25676	540	2.9	535	81	4	1727	30	19	18	32	1.95
24607--25142	81	6.6	81	80	5	575	29	19	19	31	1.96
25092--25196	54	1.9	54	90	0	165	31	26	6	35	1.82
24687--25598	459	2.0	459	81	5	1094	30	19	18	32	1.95
25013--25280	135	2.0	135	85	5	364	32	22	13	32	1.92
25146--25719	81	7.1	82	80	4	551	29	18	19	32	1.96
24930--25358	216	2.0	215	81	3	504	31	20	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25146--25694	243	2.3	243	83	2	656	29	18	18	32	1.96
26561--26838	81	3.5	82	79	4	316	29	18	17	34	1.95
26704--27095	216	1.8	216	81	6	490	29	19	15	35	1.93
27064--27234	81	2.1	81	84	4	222	35	17	16	30	1.93
26928--27183	133	1.9	135	80	3	302	33	14	16	35	1.89
27064--27276	81	2.7	80	79	10	204	32	17	16	32	1.93
27390--27587	81	2.4	82	81	5	224	28	19	19	32	1.96
27390--27654	81	3.3	80	77	3	217	30	18	19	31	1.96
27549--27810	135	1.9	135	82	4	323	33	19	16	29	1.94
27683--28213	81	6.6	81	79	5	526	30	17	19	32	1.95
27470--27859	216	1.8	217	82	5	502	31	19	20	29	1.97
28299--28555	135	1.9	135	82	1	327	32	18	15	33	1.93
28426--29588	81	14.6	81	74	8	751	30	19	19	31	1.96
29602--29886	81	3.5	81	86	4	389	28	18	20	32	1.96
29310--30026	297	2.4	294	82	4	872	28	20	18	33	1.96
29839--29943	54	1.9	54	90	0	165	26	26	8	38	1.85
29758--30019	135	1.9	135	84	3	348	27	21	16	34	1.94
29893--30065	81	2.1	81	78	0	193	26	17	21	34	1.96
30259--30351	36	2.6	36	98	0	177	21	44	24	9	1.82
31211--31660	81	5.6	80	80	5	451	30	19	19	31	1.96
31610--31714	54	1.9	54	82	0	129	31	21	6	40	1.79
31535--31797	135	1.9	135	82	6	327	30	19	16	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31672--31963	81	3.6	80	68	10	182	32	18	19	29	1.95
31814--32250	81	5.4	81	73	7	237	29	17	21	31	1.96
32458--32720	81	3.3	81	81	7	281	28	20	17	32	1.96
32602--32855	135	1.9	135	85	3	350	31	18	16	32	1.94
32734--33018	81	3.5	81	87	3	430	28	17	20	33	1.95
32533--32935	216	1.9	216	81	6	503	30	18	18	33	1.95
32437--33158	297	2.4	293	82	6	841	28	20	18	33	1.96
32971--33075	54	1.9	54	94	0	183	26	28	8	36	1.86
32890--33151	135	1.9	135	84	3	348	28	22	15	34	1.94
32809--33205	216	1.8	216	81	3	494	27	18	19	34	1.96
34307--34921	81	7.5	80	76	8	488	31	18	17	31	1.95
34308--34901	331	1.8	327	83	4	791	31	18	18	31	1.95
39360--39572	35	6.1	35	87	3	295	37	15	8	37	1.79
39362--39563	104	1.9	104	90	0	323	37	15	9	37	1.80
44650--44674	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
45307--45520	81	2.6	81	85	0	266	29	19	17	33	1.95
45469--45570	53	1.9	54	87	2	152	28	23	11	36	1.90
45388--45646	134	1.9	135	84	0	340	28	20	17	33	1.95
45525--45673	81	1.9	80	84	1	199	28	17	22	30	1.97
45307--45901	215	2.8	212	77	6	531	30	18	18	32	1.95
45740--46032	81	3.6	79	77	6	250	32	18	16	32	1.93
46299--46406	54	2.0	54	81	3	128	36	24	6	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46353--46804	81	5.6	81	78	7	456	30	19	19	30	1.97
47339--47398	31	1.9	31	90	6	95	33	18	3	45	1.66
47656--47795	22	6.3	22	78	9	131	32	8	20	39	1.82
47700--47788	46	1.9	46	84	4	117	32	8	19	39	1.83
47654--47795	68	2.1	66	83	5	169	31	8	20	39	1.82
47859--48221	22	16.3	22	66	19	87	40	9	14	34	1.79
47975--48221	22	11.3	22	69	10	123	42	9	13	34	1.77
48327--48393	19	3.5	19	87	2	98	41	11	22	23	1.87
48384--48610	22	10.5	22	68	13	96	40	7	14	36	1.75
48487--48592	45	2.4	45	79	6	117	40	8	13	37	1.75
48555--48623	22	3.1	22	79	4	59	37	10	13	39	1.78
49711--49788	27	2.9	26	86	7	104	19	16	21	42	1.89
51469--51565	49	2.0	49	95	0	176	45	27	6	20	1.75
54013--54332	80	4.0	81	80	1	356	28	18	20	33	1.96
54013--54332	160	2.0	162	86	3	450	28	18	20	33	1.96
72467--72542	37	2.1	37	100	0	152	26	26	17	30	1.97
72681--72743	31	2.0	31	93	0	108	42	22	14	20	1.88
72821--72861	1	41.0	1	92	0	64	95	0	2	2	0.33
75557--75595	17	2.3	18	82	13	55	53	2	5	38	1.37

Tables:   1

The End!