Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006942.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06963, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35328
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.16, T:0.32
Found at i:41 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3--41 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
1 TC
*
3 ATTATAAGGTTATCGAGAAA
1 ATTATAAGGTTATCCAGAAA
23 ATTATAAAGGTTA-CCAGAA
1 ATTAT-AAGGTTATCCAGAA
42 CGTTATACTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 2
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 10 0.59
21 7 0.41
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (20 bp):
ATTATAAGGTTATCCAGAAA
Found at i:181 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 152--200 Score: 64
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
142 CTTCAGAAGG
*
152 TATAAAATTATTAA-AAATGT
1 TATAATATTATTAATAAAT-T
172 TATAATATTATTAATAAATT
1 TATAATATTATTAATAAATT
192 TAGTAATAT
1 TA-TAATAT
201 CTTACATTCT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.62
21 10 0.38
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.04, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
TATAATATTATTAATAAATT
Found at i:10396 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 10376--10411 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
10366 TATTATTTTC
* *
10376 TTTTTCTTGTTCATTTA
1 TTTTTATTGTTCACTTA
10393 TTTTTATTGTTCACTTA
1 TTTTTATTGTTCACTTA
10410 TT
1 TT
10412 CACAAAACTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.11, G:0.06, T:0.69
Consensus pattern (17 bp):
TTTTTATTGTTCACTTA
Found at i:11128 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 11036--11153 Score: 227
Period size: 59 Copynumber: 2.0 Consensus size: 59
11026 CATTATATAC
*
11036 GTAAAACATCAATCAATGTTACTACCAGATATGTTAAGGAAAATTATTCAATACGCTGT
1 GTAAAACATCAATCAATGTTACTACCAGATATGTTAAGGAAAATTATTCAATACACTGT
11095 GTAAAACATCAATCAATGTTACTACCAGATATGTTAAGGAAAATTATTCAATACACTGT
1 GTAAAACATCAATCAATGTTACTACCAGATATGTTAAGGAAAATTATTCAATACACTGT
11154 CAGTGGAGTT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
59 58 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.15, G:0.13, T:0.31
Consensus pattern (59 bp):
GTAAAACATCAATCAATGTTACTACCAGATATGTTAAGGAAAATTATTCAATACACTGT
Found at i:11356 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 11343--11378 Score: 63
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
11333 AAATGTGAAC
*
11343 AT AT AC AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
11379 TCGTTATCTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.03, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:11627 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 11585--11642 Score: 71
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
11575 AAATGGATTG
*
11585 CATGACCCGAATTTTAAACAATTTTGGTC
1 CATGACCCGAATTTT-AACAATTTTAGTC
* * *
11614 CATGACCTGGATTTTAGCAATTTTAGTC
1 CATGACCCGAATTTTAACAATTTTAGTC
11642 C
1 C
11643 TTTCTTAAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.48
29 13 0.52
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (28 bp):
CATGACCCGAATTTTAACAATTTTAGTC
Found at i:11694 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 11675--11711 Score: 65
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
11665 CATTAAAAGG
11675 TTTATACTAGAAGA
1 TTTATACTAGAAGA
*
11689 TTTATACTAGAAGG
1 TTTATACTAGAAGA
11703 TTTATACTA
1 TTTATACTA
11712 TAAATGACCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 22 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (14 bp):
TTTATACTAGAAGA
Found at i:12332 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 12298--12361 Score: 101
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
12288 TTCTTCTTAC
** *
12298 TCTTCTTAATTTCTCCTTTTCTCTAGTTG
1 TCTTCTTAACCTCTCCTTTTCTCTAGTTA
12327 TCTTCTTAACCTCTCCTTTTCTCTAGTTA
1 TCTTCTTAACCTCTCCTTTTCTCTAGTTA
12356 TCTTCT
1 TCTTCT
12362 ATTTCTTCTT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 32 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.28, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (29 bp):
TCTTCTTAACCTCTCCTTTTCTCTAGTTA
Found at i:15282 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 15240--16062 Score: 971
Period size: 35 Copynumber: 23.7 Consensus size: 34
15230 TTCCTACTAA
*
15240 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACT
*
15275 ACATAATTACCCTGAATTAAGGTTGATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGATTACTGACT
*
15310 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
15346 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
* *
15380 CTCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
15416 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
15450 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
* *
15485 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTTAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC-TGACT
* *
15521 ACTTAACTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
*
15556 ACTTAATAACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
15590 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
15626 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
* *
15660 CTCTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
*
15695 CACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACT
15731 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC---CTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC-T
* * *
15763 ACTTAATTTCCCTGAACTAAGTT-ACTAACTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAC--T
*
15799 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTACTG---
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACT
* * *
15830 ACTTAATTACCCTTAATTAAGTT-ACCTA-TTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAC-T
15864 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG--T--TGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC-T
* *
15895 ACTTAGTTACCTTGAATTAAGTT-ATTTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAC-T
* *
15930 TCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCGACTTACTAACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT---GA-TTACTGAC-T
15969 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTCACTGACCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGA-CT
16004 ACTTAATTTACCCTGAATTAAGTT-ATTCACTGATCT
1 ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGA-CT
16040 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
16063 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 704, Mismatches: 48, Indels: 72
0.85 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 52 0.07
32 26 0.04
33 1 0.00
34 33 0.05
35 456 0.65
36 102 0.14
37 1 0.00
39 32 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (34 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
Found at i:15444 original size:105 final size:105
Alignment explanation
Indices: 15240--16062 Score: 1089
Period size: 105 Copynumber: 7.9 Consensus size: 105
15230 TTCCTACTAA
* *
15240 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGAACT-ACATAATTACCCTGAATTAAGGTTGATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTG-ACTCACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGATT
* * *
15303 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
63 ACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
15346 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCTCTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
*
15411 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTC
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
15451 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
* * *
15516 TAATTACTTAACTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATT
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
15556 ACTTAATAACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
15621 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCT
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT-T
*
15662 -CTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
15726 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC---CTT
66 GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * * * *
15763 ACTTAATTTCCCTGAACTAAGTT-ACTAACTGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAC-TCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TT
* * *
15826 ACTG----ACTTAATTACCCTTAATTAAGTT-ACCTA-TTACTT
63 ACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTT
* * *
15864 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG--T--TGACTTACTTAGTTACCTTGAATTAAGTT-ATTTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTAC
* * *
15924 TGACTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCGACTTACTAACTT
65 TGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT---GA-TTACTGACTT
15969 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTCACTGAC-CTACTTAATTTACCCTGAATTAAGTT-ATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACTGACTC-ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTGATT
16031 CACTG-ATCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
63 -ACTGAAT-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
16063 ACTTATTACT
Statistics
Matches: 645, Mismatches: 42, Indels: 56
0.87 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
96 29 0.04
97 4 0.01
98 1 0.00
99 24 0.04
100 21 0.03
101 26 0.04
102 29 0.04
103 29 0.04
104 4 0.01
105 373 0.58
106 48 0.07
107 1 0.00
109 12 0.02
110 44 0.07
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (105 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
GAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
Found at i:15572 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 15240--15749 Score: 234
Period size: 16 Copynumber: 29.1 Consensus size: 18
15230 TTCCTACTAA
15240 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * * *
15258 AAGTTACTTA--TTGAACT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
*
15275 ACATAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * * *
15293 AAGGTTGATTA--CTGACTC
1 -A-CTTAATTACCCTGAATT
15311 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* *
15329 AAGTTGATTA--CTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15346 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * *
15364 AAGTTGATTA--CTGACTCT
1 -ACTTAATTACCCTGAAT-T
15382 -CTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* *
15399 AAGTTGATTA--CTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15416 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * * *
15434 AAGTTGATTA--CTGACTC
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15451 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * * *
15469 AAGTTGATTA--CTGACTC
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15486 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * *
15504 AAGTTGATTA--CTTAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
*
15521 ACTTAACTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* *
15539 AAGTTGATTA--CTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
*
15556 ACTTAATAACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * * *
15574 AAGTTGATTA--CTGACTC
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15591 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* *
15609 AAGTTGATTA--CTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15626 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * *
15644 AAGTTGATTA--CTGACTCT
1 -ACTTAATTACCCTGAAT-T
*
15662 -CTTAATTACCTTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* * * *
15679 AAGTTGATTA--CTGACTC
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15696 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
* *
15714 AAGTTGATTA--CTGAATT
1 -ACTTAATTACCCTGAATT
15731 ACTTAATTACCCTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATT
15749 A
1 A
15750 AGTTGATTAC
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 94, Indels: 93
0.65 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
16 92 0.26
17 78 0.22
18 88 0.25
19 88 0.25
20 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (18 bp):
ACTTAATTACCCTGAATT
Found at i:21897 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 21849--21941 Score: 177
Period size: 44 Copynumber: 2.1 Consensus size: 44
21839 GGCCTGCAAT
21849 GAACTTTGTCATTCTCTTCAATATAGTTTTCACAAATCTTTTGA
1 GAACTTTGTCATTCTCTTCAATATAGTTTTCACAAATCTTTTGA
*
21893 GAACTTTGTCATTCTCTTCAATATGGTTTTCACAAATCTTTTGA
1 GAACTTTGTCATTCTCTTCAATATAGTTTTCACAAATCTTTTGA
21937 GAACT
1 GAACT
21942 ACCGCTTAAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 1, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 48 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (44 bp):
GAACTTTGTCATTCTCTTCAATATAGTTTTCACAAATCTTTTGA
Found at i:24764 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 24751--24777 Score: 54
Period size: 8 Copynumber: 3.4 Consensus size: 8
24741 TTTTAAAGTT
24751 ATTAGAAA
1 ATTAGAAA
24759 ATTAGAAA
1 ATTAGAAA
24767 ATTAGAAA
1 ATTAGAAA
24775 ATT
1 ATT
24778 TCAACATCAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
8 19 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (8 bp):
ATTAGAAA
Found at i:30851 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 30846--30879 Score: 68
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
30836 TGTGTGTGTC
30846 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
30880 CAGTACATAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.