Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006961.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig06982, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 12848
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.21, T:0.32
Found at i:2889 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 2848--2915 Score: 73
Period size: 30 Copynumber: 2.3 Consensus size: 29
2838 AAGTAAATTA
*
2848 AAGAGTTTTCAAGGTAAGCATTTTCAAATAG
1 AAGA-TTTTCAAGGTAAGCAATTTCAAA-AG
* ** *
2879 AATATTTTCAATTTAAGTAATTTCAAAAG
1 AAGATTTTCAAGGTAAGCAATTTCAAAAG
2908 AAGATTTT
1 AAGATTTT
2916 GGAAAAACAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 2
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 9 0.29
30 19 0.61
31 3 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (29 bp):
AAGATTTTCAAGGTAAGCAATTTCAAAAG
Found at i:2940 original size:45 final size:44
Alignment explanation
Indices: 2891--3007 Score: 168
Period size: 45 Copynumber: 2.7 Consensus size: 44
2881 TATTTTCAAT
*
2891 TTAAGTAATTTCAAAAGAAGATTTTGGAAAA-ACAAAGGTTTTCTC
1 TTAAGTAATTCCAAAAGAAGATTTTGGAAAATA-AAA-GTTTTCTC
*
2936 TTAAGTAATTCCAAAAGAAGATTTTGGAAAATAAAAGTTTTTTC
1 TTAAGTAATTCCAAAAGAAGATTTTGGAAAATAAAAGTTTTCTC
*
2980 -TAAG-AAATCCAAAAGAAGATTTTGGAAA
1 TTAAGTAATTCCAAAAGAAGATTTTGGAAA
3008 TTAATAAAAT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 3, Indels: 5
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
42 23 0.34
43 4 0.06
44 7 0.10
45 33 0.49
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.08, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (44 bp):
TTAAGTAATTCCAAAAGAAGATTTTGGAAAATAAAAGTTTTCTC
Found at i:5729 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5657--5917 Score: 299
Period size: 35 Copynumber: 7.7 Consensus size: 35
5647 CATAATAAGC
*
5657 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
*
5688 AGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
5723 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
5757 AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTAAG-TAG-
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
5791 -A-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
5824 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAAT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* * * *
5858 AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAGTAATT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
* *
5894 GACTTAAATTTAGGGTAATTAAGT
1 AACTT-AATTCAGGGTAATTAAGT
5918 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 20, Indels: 19
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 41 0.21
32 5 0.03
34 7 0.04
35 126 0.64
36 19 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGT
Found at i:5780 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 5657--5917 Score: 262
Period size: 66 Copynumber: 3.9 Consensus size: 65
5647 CATAATAAGC
*
5657 AACTTAATTCAGGGTAA-T---TAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-A---AG
5718 TTAGT
61 TTAGT
* * *
5723 AACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTAAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAG
5788 T
65 T
* *
5789 AGA-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAGTAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCA
1 A-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAG-TAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT--
*
5853 GTAAT
62 -TAGT
* * * *
5858 AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAGTAATTGACTTAAATTTAGGGTAATTAAGT
1 -AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAA-TAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGT
5918 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 16, Indels: 23
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
66 74 0.45
67 5 0.03
69 6 0.04
70 64 0.39
71 16 0.10
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (65 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAGT
Found at i:5832 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 5657--5917 Score: 432
Period size: 101 Copynumber: 2.5 Consensus size: 101
5647 CATAATAAGC
*
5657 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
5722 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATA
66 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATA
*
5758 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTTAGTAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
5823 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATA
66 TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATA
* * *
5859 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTTAGTAATTGACTTAAATTTAGGGTAATTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGT-A--GA-TT-AATTCAGGGTAATTAAGT
5918 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 150, Mismatches: 5, Indels: 5
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
101 128 0.85
102 1 0.01
104 2 0.01
105 2 0.01
106 17 0.11
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (101 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTAAGTAGATTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTTAG
TAACTTAACTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAATA
Found at i:7112 original size:100 final size:100
Alignment explanation
Indices: 6939--7131 Score: 305
Period size: 100 Copynumber: 1.9 Consensus size: 100
6929 TTGAGATATT
* * *
6939 ATTGGGATAGAGTTTTAGAAAATTAATGAGTTATCTTTATATTATTGGTTGGTCCCATAGATGAC
1 ATTGGGATAGAGTTTTAGAAAATTAATGAGTTATCTTAATATCATTGGTTGATCCCATAGATGAC
* * *
7004 GTGGTGGGTCCGTCCCACTTTATAATTTCTCTATA
66 GTGGTGGGTCCATCCCACCTAATAATTTCTCTATA
* * *
7039 ATTGGGATAGGGTTTTAGAAAATTGATGAGTTGTCTTAATATCATTGGTTGATCCCATAGATGAC
1 ATTGGGATAGAGTTTTAGAAAATTAATGAGTTATCTTAATATCATTGGTTGATCCCATAGATGAC
7104 GTGGTGGGTCCATCCCACCTAATAATTT
66 GTGGTGGGTCCATCCCACCTAATAATTT
7132 TTCGGTGGCT
Statistics
Matches: 84, Mismatches: 9, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
100 84 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (100 bp):
ATTGGGATAGAGTTTTAGAAAATTAATGAGTTATCTTAATATCATTGGTTGATCCCATAGATGAC
GTGGTGGGTCCATCCCACCTAATAATTTCTCTATA
Done.