Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01006991.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07012, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8233
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.19, T:0.30
Found at i:460 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 439--470 Score: 57
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
429 TGTTGATCTC
439 GCATTTGGA-CATTTTA
1 GCATTTGGAGCATTTTA
455 GCATTTGGAGCATTTT
1 GCATTTGGAGCATTTT
471 CTTATTGGGC
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.60
17 6 0.40
ACGTcount: A:0.22, C:0.12, G:0.22, T:0.44
Consensus pattern (17 bp):
GCATTTGGAGCATTTTA
Found at i:891 original size:20 final size:22
Alignment explanation
Indices: 866--911 Score: 69
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
856 TCAAAGGAGG
866 AGCAATCACAA-GACAGAATT-
1 AGCAATCACAAGGACAGAATTC
*
886 AGCAATCACAAGGGCAGAATTC
1 AGCAATCACAAGGACAGAATTC
908 AGCA
1 AGCA
912 GAGAATTGAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.48
21 8 0.35
22 4 0.17
ACGTcount: A:0.46, C:0.22, G:0.20, T:0.13
Consensus pattern (22 bp):
AGCAATCACAAGGACAGAATTC
Found at i:3674 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 3584--3731 Score: 210
Period size: 41 Copynumber: 3.6 Consensus size: 41
3574 TACAATTAAA
* *
3584 GTCTTAATTCATGATAATTAAGAAAAATAAGCACAGTCTAG
1 GTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAATAAGCACAGTCAAG
* *
3625 GTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAATAATTCACAGTCCAG
1 GTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAATAA-GCACAGTCAAG
* * *
3667 GTCTTAATTAATGGTAATTAAGAAAAGTAAGCATAGTCAAG
1 GTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAATAAGCACAGTCAAG
3708 GTCTTAATT--TGGTAATTAAGAAAA
1 GTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAA
3732 GCAGTAAAGT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 8, Indels: 4
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 15 0.15
41 46 0.47
42 37 0.38
ACGTcount: A:0.43, C:0.10, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (41 bp):
GTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAATAAGCACAGTCAAG
Found at i:3822 original size:37 final size:36
Alignment explanation
Indices: 3721--4328 Score: 569
Period size: 37 Copynumber: 16.3 Consensus size: 36
3711 TTAATTTGGT
*
3721 AATTAAG-AAAAGCAG-TAAAGTACTTAATTCAGGGA
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCA-GGA
* *
3756 AATTAAGTAAAGAGCAGTTAAAGGGCTTAATTTAGGA
1 AATTAAGTAAA-AGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGA
* *
3793 CAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGTACTTAATTCAAGGA
1 -AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTC-AGGA
* * * *
3831 AATTAAGTAAAAGCGGTTAAAGGGCTTAATTCCGGGT
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATT-CAGGA
* *
3868 AATTAAGTAAAAGCAGTTAATGGACTTAATTCAGGGC
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCA-GGA
* *
3905 AATTAAATAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTC-AGGA
* * *
3942 AATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGATTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCA-GGA
* * * *
3979 GATTAAATAAAAGCAGTT-AAGGACTTAATTTAGAA
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGA
* * *
4014 TAATTAAGTAAAAGGCAATGAAATGACTTAATTCAGGGA
1 -AATTAAGTAAAA-GCAGTTAAAGGACTTAATTCA-GGA
* *
4053 AATTAAGTAAAAAACAGTTAAAGGACTTTAATTTAGGA
1 AATTAAGT-AAAAGCAGTTAAAGGAC-TTAATTCAGGA
* *
4091 TAATTAAGTAAAAGGTAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGA
1 -AATTAAGTAAAA-GCAGTTAAAGGACTTAATTCA-GGA
* * *
4130 AATTAAGTAAAAAACAGTTAAATGACTTAATTTAGGA
1 AATTAAGT-AAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGA
* * *
4167 TAACTAAGTAAAAGGCAGTGAAAGGACTTAATTTAGGA
1 -AATTAAGTAAAA-GCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGA
* * * * *
4205 TAATTAAGTAAATGCAGTTAAAAGACGTAATTTAGGGC
1 -AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCA-GGA
*
4243 AATTAAGTAAAAGCAG-CAGAA-GACTTAATTCAGGGA
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTA-AAGGACTTAATTCA-GGA
* *
4279 AATTAAGTAAAAGCAATTTTAAAGGACTTAATTCATGGT
1 AATTAAGTAAAAGC-A-GTTAAAGGACTTAATTCA-GGA
*
4318 AATTAGGTAAA
1 AATTAAGTAAA
4329 GTAAAGCACA
Statistics
Matches: 473, Mismatches: 73, Indels: 50
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 8 0.02
36 54 0.11
37 209 0.44
38 140 0.30
39 62 0.13
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (36 bp):
AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGA
Found at i:3885 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 3705--4328 Score: 670
Period size: 74 Copynumber: 8.4 Consensus size: 74
3695 AAGCATAGTC
* *
3705 AAGGTCTTAATTT--GGTAATTAAG-AAAAGCAGT-AAAGTACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
3766 AGAGCAGTTA
66 A-AGCAGTTA
* ** * * * *
3776 AAGGGCTTAATTTAGGACAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGTACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAA
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
*
3841 AAGCGGTTA
66 AAGCAGTTA
* ** * * * *
3850 AAGGGCTTAATTCCGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAATGGACTTAATTCAGGGCAATTAAATAA
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
*
3915 AAGCAGTAA
66 AAGCAGTTA
* * * * * ** *
3924 AAGGACTTAATTCAAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGATTTAATTCAGGGTGATTAAATAA
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
3989 AAGCAGTT-
66 AAGCAGTTA
** * *
3997 AAGGACTTAATTTAGAATAATTAAGTAAAAGGCAATGAAATGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAA-GCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-
*
4062 AAAAACAGTTA
64 AAAAGCAGTTA
* *
4073 AAGGACTTTAATTTAGGATAATTAAGTAAAAGGTAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
1 AAGGAC-TTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAA-GCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
*
4138 AAAAAACAGTTA
64 -AAAAGCAGTTA
* * * *
4150 AATGACTTAATTTAGGATAACTAAGTAAAAGGCAGTGAAAGGACTTAATTTA-GGATAATTAAGT
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAA-GCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGA-AATTAAGT
*
4214 AAATGCAGTTA
64 AAAAGCAGTTA
* * * *
4225 AAAGACGTAATTTAGGGCAATTAAGTAAAAGCAG-CAGAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTGA-AAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
*
4288 AAAGCAATTTTA
65 AAAGC-A-GTTA
* * *
4300 AAGGACTTAATTCATGGTAATTAGGTAAA
1 AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAA
4329 GTAAAGCACA
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 66, Indels: 22
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
71 12 0.03
73 57 0.12
74 176 0.37
75 101 0.21
76 57 0.12
77 71 0.15
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.20, T:0.27
Consensus pattern (74 bp):
AAGGACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTGAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA
AAGCAGTTA
Found at i:3932 original size:111 final size:111
Alignment explanation
Indices: 3721--4328 Score: 659
Period size: 111 Copynumber: 5.4 Consensus size: 111
3711 TTAATTTGGT
* * *
3721 AATTAAG-AAAAGCAG-TAAAGTACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGAGCAGTTAAAGGGCTT
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-AGCAGTTAAAGGACTT
* * * *
3784 AATTTAGGACAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGTACTTAATTCAAGGA
65 AATTTAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
* * * *
3831 AATTAAGTAAAAGCGGTTAAAGGGCTTAATTCCGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAATGGACTTA
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTA
* *
3896 ATTCAGGGCAATTAAATAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
66 ATTTAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
* * * *
3942 AATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGATTTAATTCAGGGTGATTAAATAAAAGCAGTT-AAGGACTTA
1 AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTA
*** * * * *
4006 ATTTAGAATAATTAAGTAAAAGGCAATGAAATGACTTAATTCAGGGA
66 ATTTAGGGCAATTAAGTAAAA-GCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
* * * * *
4053 AATTAAGTAAAAAACAGTTAAAGGACTTTAATTTAGGATAATTAAGTAAAAGGTAGTGAAAGGAC
1 AATTAAGT-AAAAGCAGTTAAAGGAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA-GCAGTTAAAGGAC
* * * * * *
4118 TTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAAACAGTTAAATGACTTAATT-TAGGA
63 TTAATTTAGGGCAATTAAGT-AAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
* * * * * * *
4167 TAACTAAGTAAAAGGCAGTGAAAGGACTTAATTTAGGATAATTAAGTAAATGCAGTTAAAAGACG
1 -AATTAAGTAAAA-GCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACT
* * *
4232 TAATTTAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGCAGAA-GACTTAATTCAGGGA
64 TAATTTAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
* * *
4279 AATTAAGTAAAAGCAATTTTAAAGGACTTAATTCATGGTAATTAGGTAAA
1 AATTAAGTAAAAGC-A-GTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
4329 GTAAAGCACA
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 71, Indels: 24
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
110 33 0.08
111 160 0.39
112 80 0.19
113 47 0.11
114 34 0.08
115 56 0.14
116 4 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (111 bp):
AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTA
ATTTAGGGCAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGGACTTAATTCAAGGA
Found at i:4469 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 4318--4573 Score: 397
Period size: 41 Copynumber: 6.3 Consensus size: 40
4308 AATTCATGGT
*
4318 AATTAGGTAAAGTAAAGCACATACTTAATTTCAAGGAAGGA
1 AATTAGGTAAAGTAAA-CACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
* * *
4359 AATTAGGTAAAGACAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGAA
1 AATTAGGTAAAG-TAAACACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
* *
4400 AATTAGGTAAAGACAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGA
1 AATTAGGTAAAG-TAAACACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
4441 AATTAGGTAAAGTAAACACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
1 AATTAGGTAAAGTAAACACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
*
4481 AATTAGGTAAAG-AAGAGCACATACTTAATTTCAAGGAAGGA
1 AATTAGGTAAAGTAA-A-CACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
4522 AATTAGGTAAAGTAAACACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
1 AATTAGGTAAAGTAAACACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
4562 AATTAGGTAAAG
1 AATTAGGTAAAG
4574 ACAAGAAAAG
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 8, Indels: 9
0.92 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
39 2 0.01
40 74 0.36
41 122 0.60
42 5 0.02
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.19, T:0.22
Consensus pattern (40 bp):
AATTAGGTAAAGTAAACACAAACTTAATTTCAAGGAAGGA
Found at i:4493 original size:81 final size:80
Alignment explanation
Indices: 4318--4574 Score: 415
Period size: 81 Copynumber: 3.2 Consensus size: 80
4308 AATTCATGGT
* * * *
4318 AATTAGGTAAAGTAAAGCACATACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGACAAACACAGAC
1 AATTAGGTAAAG-AAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAG-TAAACACAAAC
*
4383 TTAATTTCAAGGAAGAA
64 TTAATTTCAAGGAAGGA
4400 AATTAGGTAAAGACAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAAACT
1 AATTAGGTAAAGA-AAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAAACT
4465 TAATTTCAAGGAAGGA
65 TAATTTCAAGGAAGGA
* *
4481 AATTAGGTAAAGAAGAGCACATACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAAACT
1 AATTAGGTAAAGAA-AACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAAACT
4546 TAATTTCAAGGAAGGA
65 TAATTTCAAGGAAGGA
4562 AATTAGGTAAAGA
1 AATTAGGTAAAGA
4575 CAAGAAAAGG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 7, Indels: 5
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
80 1 0.01
81 116 0.70
82 49 0.30
ACGTcount: A:0.49, C:0.10, G:0.19, T:0.22
Consensus pattern (80 bp):
AATTAGGTAAAGAAAACACAGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAGGTAAAGTAAACACAAACTT
AATTTCAAGGAAGGA
Found at i:4623 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 4581--5013 Score: 558
Period size: 37 Copynumber: 11.8 Consensus size: 37
4571 AAGACAAGAA
4581 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
* * * *
4618 AAGGACTTAGTTCCAAGAAATGAAATTAAGTAGAGTA
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
*
4655 AAGGACTT-GATTCCAAGTAAGGGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGACTTAG-TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
*
4692 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGAGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
*
4729 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGAGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
* * *
4766 AAGGACTTAGTTCCAAGGATGTGAATTAAGTAGAGTA
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
*
4803 AAGGA-TTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGACTTAG-TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
* * *
4840 AAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
* *
4877 AAGGATTTAATTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
* * * *
4914 AAGGGCTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT--AG--
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
* *
4947 -AGGA-TTTGATTCCAAGGAAGGGAATTAGGTAGAGTT
1 AAGGACTTAG-TTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
* * *
4983 AAGGACTTAATTTCAAGGAAGGAAATTAAGT
1 AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGT
5014 CAAGTCAGGG
Statistics
Matches: 346, Mismatches: 39, Indels: 22
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.01
32 21 0.06
34 2 0.01
35 2 0.01
36 4 0.01
37 310 0.90
38 5 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.27, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
AAGGACTTAGTTCCAAGGAAGGGAATTAAGTAGAGTT
Found at i:4917 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 4821--4918 Score: 55
Period size: 19 Copynumber: 5.3 Consensus size: 19
4811 GATTCCAAGG
4821 AAGGGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGGAATTAAGTAGAGTT
* * *
4840 AA-GGACTTAATTTCA-AG-G
1 AAGGGAATTAA-GT-AGAGTT
*
4858 AAGGAAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGGAATTAAGTAGAGTT
* * *
4877 AA-GGATTTAATTCCA-AG-G
1 AAGGGAATTAAGT--AGAGTT
4895 AAGGGAATTAAGTAGAGTT
1 AAGGGAATTAAGTAGAGTT
4914 AAGGG
1 AAGGG
4919 CTTAATTTCA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 14, Indels: 20
0.62 0.16 0.22
Matches are distributed among these distances:
17 2 0.04
18 23 0.42
19 28 0.51
20 2 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.04, G:0.29, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
AAGGGAATTAAGTAGAGTT
Found at i:5111 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 5030--5165 Score: 193
Period size: 36 Copynumber: 3.8 Consensus size: 36
5020 AGGGACATAA
*
5030 TCAGGGTAATTAAGTAGCA-TCAATAAAGGGACTTAAT
1 TCAGGGTAATTAAGTAG-AGTCAATAAAAGG-CTTAAT
* *
5067 TCAAGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAAGGCTTAAT
1 TCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAAGGCTTAAT
*
5103 TCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAAAGGCTTAAT
1 TCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAAGGCTTAAT
* *
5139 TCATGATAATTAAGTAGAGTCAATAAA
1 TCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAA
5166 GAACTTAATC
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 9, Indels: 3
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 63 0.71
37 26 0.29
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (36 bp):
TCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAAGGCTTAAT
Found at i:5992 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 5863--6020 Score: 280
Period size: 78 Copynumber: 2.0 Consensus size: 78
5853 ATTGATTTAT
* * *
5863 GTACATTTTCAATTTGTAAATAAGGAAGTCAATGTATTAGCATATTCTCTAACTAAGATTGAGCT
1 GTACATTTTCAATTTGTAAATAAGGAAGCCAATGTATTAGCATATTCTCTAACTAAAATTAAGCT
5928 GGATAATCGTGTG
66 GGATAATCGTGTG
*
5941 GTACATTTTCAATTTGTAAATAGGGAAGCCAATGTATTAGCATATTCTCTAACTAAAATTAAGCT
1 GTACATTTTCAATTTGTAAATAAGGAAGCCAATGTATTAGCATATTCTCTAACTAAAATTAAGCT
6006 GGATAATCGTGTG
66 GGATAATCGTGTG
6019 GT
1 GT
6021 GCGAGACTAT
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 4, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 76 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (78 bp):
GTACATTTTCAATTTGTAAATAAGGAAGCCAATGTATTAGCATATTCTCTAACTAAAATTAAGCT
GGATAATCGTGTG
Done.