Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007073.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07094, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22117
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.18, T:0.33
Found at i:13789 original size:37 final size:35
Alignment explanation
Indices: 13658--13848 Score: 265
Period size: 36 Copynumber: 5.3 Consensus size: 35
13648 CTCTTCTTAG
* * *
13658 ATTAAGCTCTTTATTGACTCCACTTAATTATCCTGA
1 ATTAAGC-CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
*
13694 GTTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGCC-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
13730 ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGCC-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
13766 ATTAAGTCACTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAG-C-CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
*
13803 ATTAAGTCACTTTATTGACGCTAGTTAATTACCCTGA
1 ATTAAG-C-CTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
*
13840 ATTGAGCCT
1 ATTAAGCCT
13849 CTTGACTTAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 7, Indels: 7
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
35 3 0.02
36 72 0.50
37 69 0.48
38 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGCCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
Found at i:13808 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 13658--13848 Score: 262
Period size: 73 Copynumber: 2.6 Consensus size: 72
13648 CTCTTCTTAG
* * * *
13658 ATTAAG-CTCTTTATTGACTCCACTTAATTATCCTGAGTTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAAT
1 ATTAAGCCT-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAAT
13722 TACCCTGA
65 TACCCTGA
13730 ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCAC-TTTATTGACGCTACTTAA
1 ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAG-C-CTTTTATTGACGCTACTTAA
13794 TTACCCTGA
64 TTACCCTGA
* *
13803 ATTAAGTCAC-TTTATTGACGCTAGTTAATTACCCTGAATTGAGCCT
1 ATTAAG-C-CTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCT
13849 CTTGACTTAA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 6, Indels: 11
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
72 36 0.34
73 37 0.35
74 33 0.31
75 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (72 bp):
ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATT
ACCCTGA
Found at i:13907 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 13853--14007 Score: 204
Period size: 37 Copynumber: 4.2 Consensus size: 37
13843 GAGCCTCTTG
* * * *
13853 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACTAAGTCCTTTACTCT
* *
13890 ACTTAATTCCCTCCCTTGGAACTAAGTCCTTTACTCC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACTAAGTCCTTTACTCT
*
13927 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACTAAGTCCTTTACTCT
* * *
13964 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCGAA-TCCTTTTCTTT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAA-CTAAGTCCTTTACTCT
14001 ACTTAAT
1 ACTTAAT
14008 CCCCGGAGGT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 12, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
37 102 0.97
38 3 0.03
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.07, T:0.40
Consensus pattern (37 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACTAAGTCCTTTACTCT
Found at i:14276 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 14190--14377 Score: 225
Period size: 36 Copynumber: 5.1 Consensus size: 36
14180 TCCTTACCTT
* *
14190 TTAATTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 TTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
14226 TTCAACTGATTTTACTTAATTACCTTGAATTAAGTTC
1 TT-AACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* **
14263 TTAACTGCTTTTACTTAATTGTCCTGAATTAAGTTC
1 TTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
14299 TTAACTGTTCTTTACTAAATTACCCTAAATTAAGATT-
1 TTAACTGTT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTC
* * *
14336 TTGATTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
14372 TCTAAC
1 T-TAAC
14378 CGTGTTTTGA
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 20, Indels: 9
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
35 2 0.02
36 62 0.49
37 61 0.48
38 2 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
TTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
Found at i:14370 original size:73 final size:71
Alignment explanation
Indices: 14188--14377 Score: 245
Period size: 73 Copynumber: 2.6 Consensus size: 71
14178 TATCCTTACC
* * * * *
14188 TTTTAATTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTCAACTGATTTTACTTAATTACCTTG
1 TTTTAATTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTT-AACTGATTTTACTAAATTACCCTA
14253 AATTAAG
65 AATTAAG
* * * *
14260 TTCTTAACTGCTTTTACTTAATTGTCCTGAATTAAGTTCTTAACTGTTCTTTACTAAATTACCCT
1 TT-TTAATTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTAACTGAT-TTTACTAAATTACCCT
14325 AAATTAAG
64 AAATTAAG
*
14333 ATTTTGATTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTCTAAC
1 -TTTTAATTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCT-TAAC
14378 CGTGTTTTGA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 13, Indels: 6
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
72 8 0.08
73 87 0.86
74 6 0.06
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (71 bp):
TTTTAATTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTAACTGATTTTACTAAATTACCCTAA
ATTAAG
Found at i:14444 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 14371--14825 Score: 702
Period size: 42 Copynumber: 10.9 Consensus size: 42
14361 GAATTAAGTT
* * * * *
14371 CTCTAACCGTGTTTTGACCTTTCCTAATCACCCTTGATTAAGA
1 CTCTAACCATG-TTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
**
14414 CTCTAACCATGTTCAACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
* * *
14456 CTCTTACCACGTTTGAC---T-TTAATCACCCTTGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
*
14494 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCTTGGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
14536 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
**
14578 CTCTAACCATGTTCAACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
* * *
14620 TTCTAACCATGTTTGAGTTTTCTTAATCACCCTAGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
14662 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
* *
14704 CTCTAACCATGTTCGACTTTTCTTAATCACCTTGGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
*
14746 TTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
14788 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATT
1 CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATT
14826 TATCCAAATT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 33, Indels: 9
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
38 34 0.09
39 1 0.00
41 1 0.00
42 329 0.88
43 10 0.03
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (42 bp):
CTCTAACCATGTTTGACTTTTCTTAATCACCCTGGATTAGGA
Found at i:14509 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 14484--14551 Score: 52
Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 22
14474 TTAATCACCC
14484 TTGATTAGGACTCTAACCATGT
1 TTGATTAGGACTCTAACCATGT
** * **
14506 TTGACTT--TTCT-TAATCACCT
1 TTGA-TTAGGACTCTAACCATGT
*
14526 TGGATTAGGACTCTAACCATGT
1 TTGATTAGGACTCTAACCATGT
14548 TTGA
1 TTGA
14552 CTTTTCTTAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 12, Indels: 8
0.60 0.24 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.07
20 9 0.30
21 4 0.13
22 13 0.43
23 2 0.07
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
TTGATTAGGACTCTAACCATGT
Found at i:14955 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 14873--15011 Score: 215
Period size: 71 Copynumber: 2.0 Consensus size: 71
14863 TTAATAACCT
* * *
14873 TGAATTAAGACTTTACTCCTCTTAATTGTCCAACTTAGGACTTTGACTGTACTTTCTTCTCCTAA
1 TGAATTAAGACTTTACTCCTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTGTACTCTCTTCTCCTAA
14938 TTATCC
66 TTATCC
* * * *
14944 TGAATTAAGACTTTATTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTGTACTCTCTTTTCTTAA
1 TGAATTAAGACTTTACTCCTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTGTACTCTCTTCTCCTAA
15009 TTA
66 TTA
15012 CTTTCTTAAC
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
71 61 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (71 bp):
TGAATTAAGACTTTACTCCTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTGTACTCTCTTCTCCTAA
TTATCC
Done.