Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007076.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07097, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3732
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.20, T:0.32
Found at i:1450 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1363--1689 Score: 342
Period size: 36 Copynumber: 9.1 Consensus size: 35
1353 GTGAGTCAGT
* **
1363 AATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGTC
1 AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1398 GGTAATAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 ---AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
1437 AGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * * *
1473 AGTAATCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGTT
1 AATAATCAAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
1509 AATAAGT-AACTTAATTCAGGATAATTAAGT-AGTTC
1 AATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC
*
1544 AATGAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* * * *
1579 AGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAGGTGAGTT
1 AATAATCAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
* *
1615 AATAAGT-AACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTGAGTT
1 AATAA-TCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
*
1650 AATGAGT-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGTTC
1 AAT-AATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAG-TC
1685 AATAA
1 AATAA
1690 GTAAGTTAGT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 27, Indels: 24
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 7 0.03
35 103 0.41
36 108 0.43
37 2 0.01
38 9 0.04
39 23 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
AATAATCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTC
Found at i:1535 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1362--1704 Score: 356
Period size: 35 Copynumber: 9.6 Consensus size: 35
1352 GGTGAGTCAG
* **
1362 TAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1397 CGGTAATAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 ---TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* *
1436 CAGTAA-TCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* * * *
1472 CAGTAA-TCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGT
1 TAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1508 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGT-AGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1542 TCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
1 T-AATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* * * *
1578 CAGTAA-TCAACTTCAATTCAGGGTTATTAGGTGAGT
1 TAATAAGT-AACTT-AATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1614 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAGTTAAGTGAGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
*
1649 TAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AGT
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
* *
1683 TCAATAAGTAAGTTAGTTCAGG
1 T-AATAAGTAACTTAATTCAGG
1705 TTGTTTAAGT
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 29, Indels: 21
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
34 9 0.03
35 118 0.44
36 107 0.40
37 2 0.01
38 9 0.03
39 22 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
TAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGT
Found at i:1577 original size:106 final size:107
Alignment explanation
Indices: 1353--1679 Score: 414
Period size: 106 Copynumber: 3.0 Consensus size: 107
1343 GTAAGAAAAG
* **
1353 GTGAGTCAGTAATAAGCAACTT-AATTCAGGGTAATTAAGCAAGTCGGTAATAA-TCAACTTTAA
1 GTGAGTCAGTAAT---CAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGT---TAATAAGT-AAC-TTAA
* *
1416 TTCAGGGTAATTAAGTGAG-TCAGT-AATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAA
58 TTCAGGGTAATTAAGTGAGTTCAATGAGT-AAC-TTAATTCAGGGTAATTAA
* * *
1466 GTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCGGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGAT
1 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
1531 AATTAAGT-AGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
66 AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
** *
1572 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAGGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
1 GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
*
1637 AGTTAAGTGAGTT-AATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
66 AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
1678 GT
1 GT
1680 AGTTCAATAA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 14, Indels: 17
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
106 116 0.59
107 30 0.15
108 11 0.06
109 1 0.01
110 6 0.03
111 18 0.09
113 13 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (107 bp):
GTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGAAATTAAGTGAGTTAATAAGTAACTTAATTCAGGGT
AATTAAGTGAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAA
Found at i:1714 original size:141 final size:142
Alignment explanation
Indices: 1362--1704 Score: 451
Period size: 141 Copynumber: 2.4 Consensus size: 142
1352 GGTGAGTCAG
* * *
1362 TAATAAGCAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCAAG-TCGGTAATAA-TCAACTTTAATTCAGGGTA
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAG-TAGTTC---AATAAGT-AAC-TTAATTCAGGGTA
* *
1425 ATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTTAATT
60 ATTAAGTGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTTAATT
*
1490 CGGGGAAATTAAGTGAGT
125 CAGGGAAATTAAGTGAGT
*
1508 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
* * *
1573 TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTTATTAGGTGAGTTAATAAGT-AAC-TTAATTCAGGG
66 TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAA-TCAACTTTAATTCAGGG
* *
1636 TAGTTAAGTGAGT
130 AAATTAAGTGAGT
* * * *
1649 TAATGAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGTAAGTTAGTTCAGG
1 TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGG
1705 TTGTTTAAGT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 17, Indels: 11
0.86 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
141 72 0.41
142 64 0.36
143 8 0.05
144 1 0.01
145 2 0.01
146 30 0.17
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (142 bp):
TAATAAGTAACTTAATTCAGGATAATTAAGTAGTTCAATAAGTAACTTAATTCAGGGTAATTAAG
TGAGTCAGTAATCAACTTCAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAATAATCAACTTTAATTCAGGGA
AATTAAGTGAGT
Found at i:1816 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 1745--1889 Score: 245
Period size: 58 Copynumber: 2.5 Consensus size: 58
1735 GAGAAAATAA
*
1745 AATGGTTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAAGATAATCAGTAAT
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAG-AAAGATAATCAGTAAT
*
1804 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAGTCAGTAAT
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAAT
**
1862 AAACGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
1 AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCA
1890 ATTAGAAACA
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 4, Indels: 1
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
58 41 0.50
59 41 0.50
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (58 bp):
AATGGCTTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGAAAGATAATCAGTAAT
Found at i:1905 original size:59 final size:60
Alignment explanation
Indices: 1751--1905 Score: 228
Period size: 58 Copynumber: 2.6 Consensus size: 60
1741 ATAAAATGGT
* **
1751 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAGA-AAAGATAATCAGTAATAATGGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
*
1810 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATC--AAAGAAAGATAGTCAGTAATAAACGC
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
* *
1868 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAATT-AGAAACAAAAAGA
1 TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGA
1906 GAATTAGTTG
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 6, Indels: 6
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 7 0.08
58 43 0.49
59 37 0.43
ACGTcount: A:0.45, C:0.09, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (60 bp):
TTAATTCAGGGTAATTGAGTCAGTTAAGAATCAAAAAGAAAGATAATCAGTAATAAACGC
Done.