Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007133.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07154, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17319
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.17, T:0.34
Found at i:1833 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1812--1848 Score: 74
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
1802 AGTATCCAAT
1812 ATGAAGTTGTCATAGC
1 ATGAAGTTGTCATAGC
1828 ATGAAGTTGTCATAGC
1 ATGAAGTTGTCATAGC
1844 ATGAA
1 ATGAA
1849 TTGGATACTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 21 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.24, T:0.30
Consensus pattern (16 bp):
ATGAAGTTGTCATAGC
Found at i:2043 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2036--2070 Score: 70
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
2026 TCAACAGTAT
2036 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
2071 GCTATGATCC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:2632 original size:35 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2586--2668 Score: 134
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 37
2576 ATGACTTTGC
2586 ACATGTCAATTTCTAGCTATGGTCT-CTT-ATAATGG
1 ACATGTCAATTTCTAGCTATGGTCTACTTAATAATGG
2621 ACATGTCAATTTCTAGCTATGGTCTCACTTACATAATGG
1 ACATGTCAATTTCTAGCTATGGTCT-ACTTA-ATAATGG
2660 ACATGTCAA
1 ACATGTCAA
2669 ACAAACAATA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 4
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 25 0.57
37 3 0.07
39 16 0.36
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (37 bp):
ACATGTCAATTTCTAGCTATGGTCTACTTAATAATGG
Found at i:3634 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 3598--3669 Score: 87
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
3588 CAAATTGATA
*
3598 GACAAAAT-AGCCCTCAAATTTTGA-TATACA-AG
1 GACAAAATAAG-CCTCAAACTTTGACTA-A-ATAG
3630 GACAAAATAAGCCTCAAACTTTGACTAAATAG
1 GACAAAATAAGCCTCAAACTTTGACTAAATAG
3662 GACAAAAT
1 GACAAAAT
3670 GCTCTATGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 1, Indels: 6
0.84 0.02 0.14
Matches are distributed among these distances:
31 1 0.03
32 31 0.86
33 4 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.18, G:0.12, T:0.22
Consensus pattern (32 bp):
GACAAAATAAGCCTCAAACTTTGACTAAATAG
Found at i:6413 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 6333--6424 Score: 130
Period size: 48 Copynumber: 1.9 Consensus size: 48
6323 AGTGATTTGA
* * * *
6333 TGGAATTAGAATTCTGCTCTTCCTCATTCTCATCAAACATTCTGGCGT
1 TGGAAGTAGAAATCTGCTCTTCCTAATACTCATCAAACATTCTGGCGT
* *
6381 TGGAAGTAGAAATCTGCTCTTTCTAATACTCATCTAACATTCTG
1 TGGAAGTAGAAATCTGCTCTTCCTAATACTCATCAAACATTCTG
6425 ACATTCTCAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 38 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (48 bp):
TGGAAGTAGAAATCTGCTCTTCCTAATACTCATCAAACATTCTGGCGT
Found at i:10595 original size:38 final size:37
Alignment explanation
Indices: 10500--10651 Score: 195
Period size: 36 Copynumber: 4.2 Consensus size: 37
10490 CTTAATTTAG
* * *
10500 ATTAAGCTC-TTTATTGACTCCACTTAATTACCTTGA
1 ATTAAGCTCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
*
10536 ATTAAGC-CTTTTATTAACGCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGCTCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
*
10572 ATTAAGCTTTTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGC-TCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
* *
10610 ATTAAG-TCCCTTTATTGACGCTATTTAATTA-CCTGA
1 ATTAAGCT-CTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
10646 ATTAAG
1 ATTAAG
10652 TCCCTGACTT
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 9, Indels: 8
0.86 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.01
36 49 0.48
37 20 0.19
38 33 0.32
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
ATTAAGCTCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
Found at i:10602 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 10509--10651 Score: 216
Period size: 74 Copynumber: 1.9 Consensus size: 74
10499 GATTAAGCTC
* * *
10509 TTTATTGACTCCACTTAATTACCTTGAATTAAG-CCTTTTATTAACGCTACTTAATTACCCTGAA
1 TTTATTGACGCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTTTATTAACGCTACTTAATTA-CCTGAA
10573 TTAAGCTTTT
65 TTAAGCTTTT
* * *
10583 TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTTTATTGACGCTATTTAATTACCTGAAT
1 TTTATTGACGCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTTTATTAACGCTACTTAATTACCTGAAT
10648 TAAG
66 TAAG
10652 TCCCTGACTT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 6, Indels: 2
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
74 41 0.66
75 21 0.34
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (74 bp):
TTTATTGACGCCACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCCTTTATTAACGCTACTTAATTACCTGAAT
TAAGCTTTT
Found at i:10704 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 10663--10961 Score: 410
Period size: 37 Copynumber: 8.2 Consensus size: 37
10653 CCCTGACTTG
* * * *
10663 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
10700 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGT-C----CTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
* * * *
10732 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
10769 ACTTAATTCCCCTTCCTTGGAATCAAGTCTTTTACTCT
1 ACTTAATT-CCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
10807 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCCTTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
* *
10844 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTGCTTT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
10881 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTGCTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
* * *
10918 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTTTCTTT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
10955 ACTTAAT
1 ACTTAAT
10962 CCCCGGAGGT
Statistics
Matches: 236, Mismatches: 20, Indels: 12
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
32 28 0.12
33 1 0.00
36 1 0.00
37 174 0.74
38 32 0.14
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (37 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
Found at i:10822 original size:144 final size:146
Alignment explanation
Indices: 10663--10961 Score: 428
Period size: 144 Copynumber: 2.0 Consensus size: 146
10653 CCCTGACTTG
* *
10663 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT-CCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCCTT-ACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGT
* *
10727 CC-T-C-TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCCTTCCTTGG
65 CCTTGCTTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTTAACTCTACTTAATT-CCCTTCCTTGG
*
10789 AATCAAGT-CTTTTACTCT
129 AACCAAGTCCTTTT-CTCT
*
10807 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
* **
10872 CTTTGCTTTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTGCTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
66 C-TTGC-TTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGG
*
10937 AACCAAGTCCTTTTCTTT
129 AACCAAGTCCTTTTCTCT
10955 ACTTAAT
1 ACTTAAT
10962 CCCCGGAGGT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 10, Indels: 10
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
144 58 0.42
145 4 0.03
146 1 0.01
147 1 0.01
148 28 0.20
149 46 0.33
ACGTcount: A:0.22, C:0.28, G:0.08, T:0.41
Consensus pattern (146 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTC
CTTGCTTACTTAATTCCCTTCCTTGAAATCAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAA
CCAAGTCCTTTTCTCT
Found at i:10838 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 10814--10909 Score: 72
Period size: 19 Copynumber: 5.2 Consensus size: 19
10804 TCTACTTAAT
10814 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
* * * *
10833 TCCCTTACTCT--ACTTAAT
1 TCCCTTCCT-TGGAATCAAG
10851 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
* * * * * *
10870 TCCTTTGCTT-TACTTAAT
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
10888 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
10907 TCC
1 TCC
10910 TTTGCTCTAC
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 20, Indels: 8
0.65 0.25 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.02
18 24 0.45
19 27 0.51
20 1 0.02
ACGTcount: A:0.20, C:0.31, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
TCCCTTCCTTGGAATCAAG
Found at i:11077 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11007--11083 Score: 95
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
10997 TCATCTTTGG
* *
11007 ATTAAGTCTTTGATGATTTTACTTAATTCTTATGAA
1 ATTAAGTCTTTGATGAATTTACTTAATTCTCATG-A
*
11043 ATTAAGTCTTTGCT-AATTTACTTAATTAC-CATGA
1 ATTAAGTCTTTGATGAATTTACTTAATT-CTCATGA
11077 ATTAAGT
1 ATTAAGT
11084 ATGTGCTTGC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 4
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 8 0.22
35 15 0.41
36 14 0.38
ACGTcount: A:0.32, C:0.10, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGTCTTTGATGAATTTACTTAATTCTCATGA
Found at i:11122 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 11076--11399 Score: 309
Period size: 41 Copynumber: 8.3 Consensus size: 40
11066 AATTACCATG
* * *
11076 AATTAAGTATGTGCTTGCCTTTACATAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCC-TGA
* * *
11117 AATTAAGTCTATGCTTGTGTTTACCTAATTTCCTTCACTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTC-CTGA
* *
11158 AATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC--CCTG-
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTGA
* * *
11193 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCC-TGA
* * *
11234 AATTAAGTTTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TT--ATCCT-A
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTGA
* **
11269 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCAAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCC-TGA
* *
11310 AATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC--CCTG-
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTGA
* *
11345 AATTAAGGCTATGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGA
1 AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCC-TGA
11386 AATTAAGTCTGTGC
1 AATTAAGTCTGTGC
11400 CTATCCTTGC
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 36, Indels: 38
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 44 0.19
36 33 0.14
37 14 0.06
39 15 0.07
40 30 0.13
41 91 0.40
42 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (40 bp):
AATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTGA
Found at i:11207 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 11117--11399 Score: 478
Period size: 76 Copynumber: 3.7 Consensus size: 76
11107 CCTTCCTTGA
*
11117 AATTAAGTCTATGCTTGTGTTTACCTAATTTCCTTCAC-TGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTAC
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTC-CTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTAC
11181 TTAATTACCCTG
65 TTAATTACCCTG
* *
11193 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
* *
11258 TAATTATCCTA
66 TAATTACCCTG
*
11269 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCAAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
11334 TAATTACCCTG
66 TAATTACCCTG
* *
11345 AATTAAGGCTATGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
11400 CTATCCTTGC
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 13, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
75 1 0.01
76 192 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (76 bp):
AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
TAATTACCCTG
Found at i:11466 original size:152 final size:149
Alignment explanation
Indices: 11137--11443 Score: 375
Period size: 152 Copynumber: 2.0 Consensus size: 149
11127 ATGCTTGTGT
* * *
11137 TTACCTAATTTCCTTCACTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
1 TTACCAAATTTCCTT-ACTTAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGGC
* * * *
11202 TATGCTTGTCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTACTTTACTTAATTATCC
65 TATGCTTGTCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTGACTT-ATCA-CA
* ** * * *
11267 TAAATTAAGTCTATGCTTGTCT
128 AAAAAAAAGTCTATGCCTATCC
*
11289 TTACCAAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGGC
1 TTACCAAATTTCCTTACTT-AAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGGC
* * * *
11354 TATGCTTGTCTTTACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCCTATCCTTGCCTT-TCA-A
65 TATGCTTGTCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTG-CT-TACTTGACTTATCACA
*
11417 AAAAAAAAGTCTGTGCCTATCC
128 AAAAAAAAGTCTATGCCTATCC
11439 TTACC
1 TTACC
11444 TTTTAACTGT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 19, Indels: 8
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 20 0.15
151 2 0.02
152 102 0.77
153 2 0.02
154 7 0.05
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.10, T:0.42
Consensus pattern (149 bp):
TTACCAAATTTCCTTACTTAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGGCT
ATGCTTGTCTTTACCTAACTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTGACTTATCACAAAA
AAAAAGTCTATGCCTATCC
Found at i:11498 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 11445--12401 Score: 370
Period size: 37 Copynumber: 25.9 Consensus size: 37
11435 ATCCTTACCT
* *
11445 TTTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
*
11482 TTCAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* ** *
11519 -TTAACTACTTTTACTTAATTGTCCTGAACTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * *
11555 -TTAACTGTTTTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTTT
1 TTTAACTG-CTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
11592 TTTGA-T-CGTGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTTC
1 TTTAACTGC-T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTC
* * * *
11630 TTTGACTGCTTTTACCTT-ATTTCCTTGAATTAAGAT-
1 TTTAACTGCTTTTA-CTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* **
11666 TTTGACTGACTATGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAACAT-
1 TTTAACTG-C--T-TTTA-----CTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * * *
11711 TTTGACTGTTTTTGCTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
11748 -TTAACTGCTCCTTCACTTAACTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCT--TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
11786 TTTACCTGCTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
** * **
11823 TCTT-ACT-C-TTT--TTAATTGTCC--AACTTAGGACC
1 T-TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAA-TTAAGTTC
* *
11855 TTGACTATACTTTCTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAG-AC
1 TT---TA-AC-TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
** *
11895 TCTT-ACT-C--TT-CTTAATTTTCC--AACTTAGGACCTTGAC
1 T-TTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAA-TTA--A-GTT--C
* * * *
11932 TGT-ACTTTCTTTT-CTTAATTTCCCTGAATTAAG-AC
1 TTTAAC-TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * * * **
11967 TTT-AC--C-CTT-CTTAATTGCTCT-ACTT-AGGAC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * *
11997 CTTAACTGTACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAA-TAC
1 TTTAACTG--C--T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * * *
12038 TTT-AC--C--TT-CTTAATTGCCC-GACTTAGGACCTTGA
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTA--A-GTT-C
* *
12072 TTGT-ACTTTCTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAG-AC
1 TT-TAAC-TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
12108 TTT-ACT-C--TT-CTTAATTGCCC--AACTTAGGACCTTGAC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAA-TTA--A-GTT--C
* * *
12144 TGT-ACTTTCTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAG-AC
1 TTTAAC-TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
*
12179 TTTAACTGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* *
12217 TTTAACCGCTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
** * *
12254 TTTAACTGCTTTTACTTAATTGTCCTAAATTAAGCTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
* * *
12291 TTTAACTACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAG-AC
1 TTTAACTGC--T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
*
12330 TTTAACTGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
*
12368 TTTAACTGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAA
1 TTTAACTGC-TTTTACTTAATTACCCTGAATTAA
12402 TACATGATGC
Statistics
Matches: 722, Mismatches: 104, Indels: 187
0.71 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
29 9 0.01
30 22 0.03
31 35 0.05
32 19 0.03
33 11 0.02
34 5 0.01
35 21 0.03
36 94 0.13
37 226 0.31
38 105 0.15
39 32 0.04
40 83 0.11
41 26 0.04
42 8 0.01
44 3 0.00
45 23 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (37 bp):
TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTC
Found at i:11778 original size:119 final size:121
Alignment explanation
Indices: 11564--11782 Score: 261
Period size: 119 Copynumber: 1.8 Consensus size: 121
11554 CTTAACTGTT
* ** *
11564 TTTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTTTTTTGATCGTGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTT
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCATTTTGATCGTGTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGCTT
* * * * *
11629 CTTTGACTGCTTTTACCTTATTTCCTTGAATTAAGATTTTGACTGACTATGTTTAC
66 CTTTAACTGCTTTCACCTTACTACCCTGAATTAAGATTTTGACTGACTATGTTTAC
* *
11685 TTTT-CTTAATTACCCTGAATTAA-CATTTTGA-CTGTTTTTGCTTAATTGCCCTGAATTAAG-T
1 TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCATTTTGATC-GTGTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGCT
11746 TC-TTAACTGCTCCTTCA-CTTAACTACCCTGAATTAAG
65 TCTTTAACTGCT--TTCACCTT-ACTACCCTGAATTAAG
11783 TTCTTTACCT
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 11, Indels: 10
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
117 8 0.10
118 7 0.08
119 46 0.55
120 18 0.22
121 4 0.05
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.11, T:0.47
Consensus pattern (121 bp):
TTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCATTTTGATCGTGTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGCTT
CTTTAACTGCTTTCACCTTACTACCCTGAATTAAGATTTTGACTGACTATGTTTAC
Found at i:12011 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 11794--12182 Score: 577
Period size: 71 Copynumber: 5.4 Consensus size: 71
11784 TCTTTACCTG
* * *
11794 CTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTCTCTTACTCTTTTTAATTG-TCCAACTTAGGACCTTG
1 CTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAG-ACT-TTACTCTTCTTAATTGCT-CAACTTAGGACCTTG
*
11858 ACTATACTTT
62 ACTGTACTTT
*
11868 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTCTTACTCTTCTTAATT-TTCCAACTTAGGACCTTGAC
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACT-TTACTCTTCTTAATTGCT-CAACTTAGGACCTTGAC
11932 TGTACTTT
64 TGTACTTT
* * * *
11940 CTTTTCTTAATTTCCCTGAATTAAGACTTTACCCTTCTTAATTGCTCTACTTAGGACCTTAACTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCTCAACTTAGGACCTTGACTG
12005 TACTTT
66 TACTTT
* * * *
12011 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAATACTTTAC-CTTCTTAATTGCCCGACTTAGGACCTTGATTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCTCAACTTAGGACCTTGACTG
12075 TACTTT
66 TACTTT
*
12081 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCTCAACTTAGGACCTTGACTG
12146 TACTTT
66 TACTTT
12152 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTA
12183 ACTGCTTTTT
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 18, Indels: 9
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 65 0.22
71 134 0.46
72 71 0.24
73 19 0.06
74 5 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (71 bp):
CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCTCAACTTAGGACCTTGACTG
TACTTT
Found at i:12098 original size:141 final size:142
Alignment explanation
Indices: 11794--12182 Score: 593
Period size: 141 Copynumber: 2.7 Consensus size: 142
11784 TCTTTACCTG
* * *
11794 CTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTCTCTTACTCTTTTTAATTG-TCCAACTTAGGACCTTG
1 CTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAG-ACT-TTACTCTTCTTAATTGCT-CAACTTAGGACCTTG
* **
11858 ACTATACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTCTTACTCTTCTTAATTTTCCAACTTAG
62 ACTGTACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACT-TTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAG
11923 GACCTTGACTGTACTTT
126 GACCTTGACTGTACTTT
* * * *
11940 CTTTTCTTAATTTCCCTGAATTAAGACTTTACCCTTCTTAATTGCTCTACTTAGGACCTTAACTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCTCAACTTAGGACCTTGACTG
* *
12005 TACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAATACTTTAC-CTTCTTAATTGCCCGACTTAGGACCT
66 TACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCT
*
12069 TGATTGTACTTT
131 TGACTGTACTTT
*
12081 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCTCAACTTAGGACCTTGACTG
12146 TACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTA
66 TACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTA
12183 ACTGCTTTTT
Statistics
Matches: 223, Mismatches: 19, Indels: 7
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
141 130 0.58
142 4 0.02
143 63 0.28
144 3 0.01
145 18 0.08
146 5 0.02
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (142 bp):
CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCTCAACTTAGGACCTTGACTG
TACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCT
TGACTGTACTTT
Found at i:12312 original size:114 final size:111
Alignment explanation
Indices: 12152--12401 Score: 360
Period size: 114 Copynumber: 2.2 Consensus size: 111
12142 ACTGTACTTT
* * * *
12152 CTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTT
1 CTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGACTTTAACTACTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-A
12216 CTTTAACCGC-TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTG
65 CTTTAACCGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTG
* * * *
12262 CTTTTACTTAATTGTCCTAAATTAAGCTCTTTAACTACTTTCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAA
1 CTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAG-ACTTTAACTAC-TT-TTTACTTAATTACCCTGAATTAA
*
12327 GACTTTAACTGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTG
63 GACTTTAACCGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTG
12376 CTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAA
1 C-TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAA
12402 TACATGATGC
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 11, Indels: 7
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
110 5 0.04
111 17 0.14
112 9 0.07
113 11 0.09
114 59 0.48
115 22 0.18
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (111 bp):
CTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGACTTTAACTACTTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGAC
TTTAACCGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTG
Found at i:12427 original size:77 final size:74
Alignment explanation
Indices: 12153--12404 Score: 346
Period size: 77 Copynumber: 3.4 Consensus size: 74
12143 CTGTACTTTC
* *
12153 TTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAATACTTTAACTGC-TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
*
12217 TTTAACCGC-
65 TTTAACTGCT
* * * *
12226 TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCTTTAACTGCTTTTACTTAATTGTCCTAAATTAAGCTC
1 TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAA-TACTTTAACTGCTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
*
12291 TTTAACTACTT
65 TTTAACTGC-T
* * *
12302 TCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTAACTGCTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTT
1 T-TTTACTTAATTGCCCTGAATTAATACTTTAACTGC-TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTT
12367 CTTTAACTGCT
64 CTTTAACTGCT
12378 TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAATAC
1 TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAATAC
12405 ATGATGCATG
Statistics
Matches: 154, Mismatches: 19, Indels: 10
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
73 4 0.03
74 50 0.32
75 33 0.21
76 13 0.08
77 54 0.35
ACGTcount: A:0.26, C:0.19, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (74 bp):
TTTTACTTAATTGCCCTGAATTAATACTTTAACTGCTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTCT
TTAACTGCT
Found at i:15058 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 15037--15069 Score: 66
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
15027 GTTCTTTTGT
15037 TCTTACTGCTATGCAC
1 TCTTACTGCTATGCAC
15053 TCTTACTGCTATGCAC
1 TCTTACTGCTATGCAC
15069 T
1 T
15070 GTTCTCTCAC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 17 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
TCTTACTGCTATGCAC
Found at i:15765 original size:27 final size:26
Alignment explanation
Indices: 15725--15790 Score: 73
Period size: 27 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
15715 CCCCTGAAGT
*
15725 AAAAATGACTAAAATACCCCTAG-GGC
1 AAAAATGACCAAAAT-CCCCTAGAGGC
* *
15751 AAAAAATGACCAAAATGCCCTTGAGGC
1 -AAAAATGACCAAAATCCCCTAGAGGC
15778 AAAAATGA-CAAAA
1 AAAAATGACCAAAA
15791 CGCCCCTGGT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 3, Indels: 4
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 5 0.14
26 13 0.37
27 17 0.49
ACGTcount: A:0.52, C:0.20, G:0.15, T:0.14
Consensus pattern (26 bp):
AAAAATGACCAAAATCCCCTAGAGGC
Found at i:15797 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 15725--15797 Score: 78
Period size: 26 Copynumber: 2.8 Consensus size: 26
15715 CCCCTGAAGT
*
15725 AAAAATGACTAAAATACCCCTAGGGCA
1 AAAAATGAC-AAAATGCCCCTAGGGCA
*
15752 AAAAATGACCAAAATG-CCCTTGAGGC-
1 AAAAATGA-CAAAATGCCCCTAG-GGCA
*
15778 AAAAATGACAAAACGCCCCT
1 AAAAATGACAAAATGCCCCT
15798 GGTAATTTTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 3, Indels: 7
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
25 6 0.15
26 17 0.43
27 16 0.40
28 1 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.25, G:0.15, T:0.14
Consensus pattern (26 bp):
AAAAATGACAAAATGCCCCTAGGGCA
Found at i:16371 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 16351--16388 Score: 51
Period size: 15 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
16341 AAAATCCAAA
*
16351 TTCAATTT-CACTTT
1 TTCAATTTCCAATTT
16365 CTTCAATTTCCAATTT
1 -TTCAATTTCCAATTT
16381 TTCAATTT
1 TTCAATTT
16389 GTGCTTGACT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 16 0.76
16 5 0.24
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
TTCAATTTCCAATTT
Done.