Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007222.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07243, whole genome shotgun sequence
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**
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* * * ** *
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* * * * ** * * * * * *
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* * * * * ** * *
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448 CGGCTAAAA
318 CGGCTAAAA
** * *** * ** * * *
457 -ACTG----ACCTGACAAAATTTTTCTCTTTTATTTTGCCAAAATACTC--ATAAAATATATATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTA-TTTCCTCAATT-TTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTA
* * *
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* * * * * **
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** * * * *
642 ATGTGGCAGAGATTTGATTTGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTGTTTGCACCAAAAATCAAGG
191 ATGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGG
* * *
707 -AAATTTAGTCGGGGCTCCGGTACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTC
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*
771 AGCTAAAA
319 GGCTAAAA
* * * *
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1 TTTTGCAAAAACTGA-CCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAAT
* * * *
843 TCATCGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGATTTTAATA-------T-C--ATTTTTCCGAA
65 TCAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * ** * *
898 TTTAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCATTGA
130 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
* * * * * * * *
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* * ** *** **
1026 AACTAAGTCGGAGCTCCGAAACGCGTTTTTTTCCCAAAAATTGTGATACTTAGTACACGATTTCG
258 AACTGAGTCGG-GCTCCGGAACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACGATTTCG
1091 GCTAAAA
320 GCTAAAA
* * ** * * * ** *
1098 -ATTG----ATCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAACACTC--ATAAATTATATATAA
1 TTTTGCAAAAACTG-ACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTAA
* ** * * *
1156 TTCAACGCCAA-AAAGA-TGGAAGGGTCATTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCG
64 TTCAACGCCAATAAA-ATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCG
* *
1219 -GTTTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
128 AATTT-ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
*
1283 TGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCACCAAAAATCATGGA
192 TGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGA
* * * *
1348 AAACTGAGTCGGG-T-CGGAACGCGTTTTTAGCTAAGAACCATGGTGGTTAGCTCACCATTTCGG
257 AAACTGAGTCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAG-TCACGATTTCGG
*
1411 CAAAAA
321 CTAAAA
* ** * *
1417 TTTTGCAAAAACTGACATTATTTGTTCAATTCTTTGCCACAATACTGTG-AAAAAATATTTAATT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
* * *
1481 CAACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCTACGCTTTTAATATCGTCTTTCCATA-TTTTCCGAA
66 CAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTC-ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * * * ** * *
1545 TTTATTTCTGATTAAATCGAAACAATATTCAAATTCTCGTAAAAACAAATCCTTGAATCCATTGA
130 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
* * * * * * * *
1610 GACTGAGATGTGGTT-AGATGAATTTAGATATTTCAAGGATTCTTT-CTGCCAACAATCATGCAA
195 GGCAGAGATTTGATTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GCCAAAAATCATGGAA
* * * * ** * ** ** **
1673 AACTAAATCGGGGC-CCGAAACACGTTTTTTTCCCAGAAACTGTGATACTTAGTACATAATTTCG
258 AACTGAGTC-GGGCTCCGGAACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACGATTTCG
1737 GCTAAAA
320 GCTAAAA
* * ** * * * * *
1744 -ATTG----ACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAACACTC--ATAAAATATATATAA
1 TTTTGCAAAAACTG-ACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTAA
* ** * * *
1802 TTCAATGAGAA-AAAGA-TGGAAGGGTTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAT-TTTTTCT
64 TTCAACGCCAATAAA-ATTGAAAGGG-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCC
* *
1864 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
127 GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
* *
1929 TGTGGCAGAGATTTAATTCAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGA
192 TGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGA
* * * * * *
1994 AAATTGAGCCGAGGTTTCGGAACACGCTTTTAGCC-AAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCG
257 AAACTGAGTCG-GGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAG-TCACGATTTCG
*
2058 TCTAAAA
320 GCTAAAA
2065 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
* * *
2130 CAATGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTT-TCAATATCTTTTTTCCATATTTTTCCGAA
66 CAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCT-AATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * ** *
2194 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATGCTTAAATCCAATGA
130 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
* * * * * * *
2259 GACTGAGATTTGGTT-AGACT-AATTTAGATATTTCAAGGAGTATTT-CAGCAAAAAATCATGCA
195 GGCAGAGATTTGATTCA-A-TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GCCAAAAATCATGGA
* * * * ** * *
2321 AAACTAAGTCAGGGCCCCGAAACGCGTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCA
257 AAACTGAGTC-GGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACGATTTCG
2386 GCTAAAA
320 GCTAAAA
* * **** ** * * * *
2393 -ATTG----ACCTGAAAAAATTTCTCTCTTTTATTTTGCCAAAATACTC--ATCAAATATATATA
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTC-CTCAATT-TTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTA
* * * * *
2451 ATTCAATGCCAA-AAAGA-TGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTATTTTTTTCC
63 ATTCAACGCCAATAAA-ATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCC
* * * * *
2514 GAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAAAGAAATCTTTAAATGGAA
127 GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
* * *
2579 TGTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGGA
192 TGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGA
* *
2644 AAA-TGTAGTCGGGGCTCCGGTACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTATCTCACGATTTC
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*
2708 AGCTAAAA
319 GGCTAAAA
*
2716 TTTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTG-AAAAAATATTTAAT
1 -TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAAT
* * *
2780 TCAACGCTAATAAAATTGAAAGGG-TTTTCACGGTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCTGAA
65 TCAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * * * * ** * *
2844 TTTATTCCTAATTAAATCGAAATAGGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGA
130 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
*** * * * * * *
2909 GATTGAGATTTGGTT-AGATAAATTTAGATGTTTCAAGGAGTCTTT-CTGCCAACAATCATGCAA
195 GGCAGAGATTTGATTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GCCAAAAATCATGGAA
** * * * * ** * *
2972 AACAAAGTCGGGCCCCGAAACGAGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAATACACGATTTCGG
258 AACTGAGTCGGGCTCCGGAACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACGATTTCGG
3037 CTAAAA
321 CTAAAA
* * ** * * * *
3043 -ATTG----ACCTGTAAAATT-TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC--ATAATATATATATA
1 TTTTGCAAAAACTG--ACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTA
* * * * * *
3100 ATTCAAGGCCAA-AAAGA-TGGAAGGGATTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCC
63 ATTCAACGCCAATAAA-ATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCC
* * * * * *
3163 TAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTATATGGAA
127 GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
** * * * * * *
3228 TGTGGCAGAGATTTCTTTCGATTAATAAAGATATTTGC-AGGAGACTTTGCGCCAAATATCGTGG
192 TGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTT-CAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGG
* * * * *
3292 AAAACTTAG-CTGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAGAACCATGATTGTTATCTCACAATTT
256 AAAACTGAGTC-G-GGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTA-GTCACGATTT
3356 CGGCTAAAA
318 CGGCTAAAA
* ** * * * * * *
3365 TTTTGTAAAGTCAGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGTCACAATCCTCTG--AAAAACATTAAATT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
* * * * * * * * *
3428 TAACACTAATAAAATTGAAA-GGTATTTTCACTCTTTTAATATTGTTTTT-CAAAATTTTCTGAA
66 CAACGCCAATAAAATTGAAAGGGT-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * ** * *
3491 TTTATTTCTAATTAAATCGCAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGA
130 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
* * * * * * * ** * *
3556 GACTGAGATTTGGTT-AGATAAATTTAGATATTTAAAGGACTCTTT-CTGTTAACAATCATGCAA
195 GGCAGAGATTTGATTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GCCAAAAATCATGGAA
* * * * ** ** * *
3619 AACTAAGTCGGGGCCCCGAAACGTCTTTTTTTTTTTTTTCCAAAAACTGTGATAGTTAATACACG
258 AACTGAGTC-GGGCTCCGGAACG-C------GTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACG
*
3684 ATTTTGGCTAAAA
314 ATTTCGGCTAAAA
* * **** * * * * *
3697 -ATTG----ATCTGAAAAAATTTTCTCAATTTTTTACTACAATACTC--ATAAAATATATATAAT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTAAT
* * * * * *
3755 TCAATGCCAA-AAAGA-TGGAAGGGTTTTTCACGCTTATAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCTGA
65 TCAACGCCAATAAA-ATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGA
* * *
3818 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATA-ATTCAATTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAGT
129 ATTTATTTCTAATTAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAAT
* * * *
3882 GTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCACCAAAAATCAAGGAA
193 GTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAA
* * * * *
3947 AATTTAGTCGGGGCTCCGGTACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGG---GCTCACGATTGCAG
258 AACTGAGTC-GGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAG-TCACGATTTCGG
4009 CTAAAA
321 CTAAAA
*
4015 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTC-ATTTCTTTACCACAATACTCTG-AAAAAATATTTAAT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTT-TTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAAT
* * *
4078 TCATCGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCG----------TTTTTCCGAA
65 TCAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * ** * *
4133 TTTAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCATTGA
130 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
* * * * * ** ** * *
4198 GACTGAGATTTGGTT-AGATGAATTTAGATATTTGAAGGAGTCTTTTTGCCAACCATTATGCAAA
195 GGCAGAGATTTGATTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAA
* * * * *** *
4262 ACTAAGTCGGAGCTCCGAAACGCATTTTTTTGCCAAAAATTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGG
259 ACTGAGTCGG-GCTCCGGAACGC-GTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACGATTTCGG
*
4327 CAAAAA
321 CTAAAA
*** * * *
4333 TTGACCTAAAAA---A--TT-TTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTC--ATAAAATATATATAA
1 TTTTGC-AAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTAA
* ** *
4390 TTCAACGCCAA-AAAGA-TGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTATATTTTTTTCCG
64 TTCAACGCCAATAAA-ATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCG
* * *
4453 AA-TTAGTTTCTAATTAAAACAAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATGGAA
128 AATTTA-TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
* * * * *
4516 TGTGGCAGAGATGTGATCCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAAAACATGG
192 TGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCC-AAAAATCATGG
* * * ** * *
4581 AAAATTGAGCCGGGAATTTGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCATGATGGTTAGGTCACGATTTG
256 AAAACTGAGTCGGG-CTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTA-GTCACGATTTC
4646 GGCTAAAA
319 GGCTAAAA
* * ** *
4654 TTTTGCAAAAATTGACCCTATTTCCTTGATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
** ** *
4719 CAACGCCAATAAAAACGAAAATGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCATATTTTTCCGAAT
66 CAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
* *
4784 TTATTTCTAATTAAATCGAAACATGAATCAAATGCTCGTTAAAAA-AAATCCTTAAATGGAATGT
131 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCG-TAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
* * * *
4848 GGCAGAGATGTGA-TCGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAAAACATGGAA
195 GGCAGAGATTTGATTC-AATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCC-AAAAATCATGGAA
* * ** * *
4912 AATTGAGCTGGGGCTTTGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCATGATGGTTAGGTCACGATTTGGG
258 AACTGAG-TCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTA-GTCACGATTTCGG
*
4977 CTTAAA
321 CTAAAA
* * ** *
4983 TTTTGCAAAAATTGACCATATTTCCT-TGTTTCTTAT-CCACAGTACTCTGAAAAAAATATTTAA
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTT-TT-TGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAA
* ** * * *
5046 TTCAACGCCAATAAAACTGAAAATGTTTCTCATGCTTCTAATATCGTTTTTTCATA-TTTTCCGA
64 TTCAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGA
* * *
5110 ATTAATTTATAATTAAAACGAAACAAGAGTT-AAATGCTCGT-AAAA-AAATCCTTAAATGGAAT
129 ATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA-TTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAAT
* * * *
5172 GTGACAGAGATTTGATCCGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTTGCGCCAAAAATACATGGA
193 GTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAAT-CATGGA
* * *
5237 AAACTGAGCCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTTAACCAAAAACCATGATGGTTATGTCACGATTT-G
257 AAACTGAGTC-GGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTA-GTCACGATTTCG
5301 AGCTAAAA
320 -GCTAAAA
* * ** * * *
5309 TTTTGCAAAAACTGGCCCTATTTCCTTGATTCTTTGCCACAATACTCTAAAAAAAATATTTAACT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
*
5374 CAACGCCAATAAAATTGAAAAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATA-TTTTCCGAAT
66 CAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
* * ** *
5438 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCATTG-G
131 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTG
* * * * *
5502 GACTGAGATTTGGTT-AGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTT-CTGCAAAAAAAATCATGC
196 G-CAGAGATTTGATTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GC--CAAAAATCATGG
* * * ** * * * ** *
5565 AAAACTAACTCGGGGCCCCAAAAAAGCGTTTTTTGCCAAATACTGTGATAGTTAGTACACGATTT
256 AAAACTGAGTC-GGGCTCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACGATTT
5630 CGGCTAAAAA
318 CGGCT-AAAA
* ** ** * * *
5640 CTTACCTAAAAA---AAATT-TTT-CTCAATATTTTGCCACAATACTC--ATAAAATATATATAA
1 TTTTGC-AAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGA-AAAAAATATTTAA
* * * *
5698 TTCAACGCCAA-AAAGA-TGGAAGGGTTTTTCCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTATTTTTTTCC
64 TTCAACGCCAATAAA-ATTGAAAGGGTTTTT-CACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCC
* * *
5761 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGTAA
127 GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAA
* * * *
5826 TGTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGGGTCTTTACGCCAAAAATCATGGA
192 TGTGGCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGA
* * * *
5891 AAATTGAGCTGGGGCACTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCG
257 AAACTGAG-TCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAG-TCACGATTTCG
*
5956 GTTAAAA
320 GCTAAAA
* *
5963 TTTTGCAAAAA-TGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGTCACAATACTCTG-AAAAAATATTTAATT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
* *
6026 CAATGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGGTTTTCCATATTTTTCCGAAT
66 CAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
* * * ** * *
6091 TTATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTTAGA-GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
131 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTG
* * * * ** *
6155 ACTGAGATTTGGTT-AGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTTTG-CAAACAATCATGCAAA
196 GCAGAGATTTGATTCA-ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAA-AATCATGGAAA
* * * * ** *
6218 ACTAAGTCGGAGCTCCGAAACACGTTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAG-T-GTACACGATTTCG
259 ACTGAGTCGG-GCTCCGGAACGCG--TTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGT-CACGATTTCG
6281 GCTAAAA
320 GCTAAAA
6288 ATCTACCTAG
Statistics
Matches: 4641, Mismatches: 932, Indels: 521
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
312 30 0.01
313 67 0.01
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TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
CAACGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTG
GCAGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAAC
TGAGTCGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTCACGATTTCGGCTAAA
A
Found at i:2810 original size:650 final size:648
Alignment explanation
Indices: 127--6329 Score: 8155
Period size: 650 Copynumber: 9.6 Consensus size: 648
117 AACGAGTTTT
*
127 TTTTGCCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAAT
1 TTTTG-CAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTG-AAAAAATATTTAAT
*
192 TCAACGTTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTCAATATC-TTATTTCCATATTTTTCCGA
64 TCAACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTCAATATCGTT-TTTCCATATTTTTCCGA
* *
256 ATTTATTTCTAATTAAATCGAAATAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATACTTAAATCCATTG
128 ATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG
* * * * *
321 AGACTGAGATTTGGTTTGACGAATTTAGACATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAAAAATCGTGCAAA
193 AGACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAA
* * * *
386 ACTATGTCAGGACCCCGAAACGCGTTTTTTTGTCAAAAACTGTGATAGCTAGTACACGATTTCGG
258 ACTAAGTC-GGGCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGG
* * ** *
451 CTAAAAACTGACCTGACAAAATTTTTCTCTTTTATTTTGCCAAAATACTCATAAAATATATATAA
322 CTAAAAATTGACCTGAAAAAATTTTTCTCAATT-TTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAA
* *
516 TTCAAAGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTCCCGAA
386 TTCAACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAA
* * * **
581 TTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTATATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAAACGAATGT
451 TTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGT
* * * * *
646 GGCAGAGATTTGATTTGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTGTTTGCACCAAAAATCAAGGAAAT
516 GGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAA
*
711 TTAGTCGGGGCTCCGGTACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAGCTA
581 TTAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAGCTA
776 AAA
646 AAA
* * *
779 TTTTGCAAAAACTTACCCTTCTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGGAAAAATATTTAATT
1 TTTTGCAAAAACTGA-CCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATT
* * *
844 CATCGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGATTTTAATA-------T-C--ATTTTTCCGAAT
65 CAACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTCAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
* *
899 TTAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCATTGAG
130 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
* * *
964 ACTGAGAATTGGTTAGATGAATTTAGATATTTGAAGGAGTCTTTCTGCCAACAATCATGCAAAAC
195 ACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAAC
* * * *
1029 TAAGTCGGAGCTCCGAAACGCGTTTTTTTCCCAAAAATTGTGATACTTAGTACACGATTTCGGCT
260 TAAGTCGG-GCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCT
* ** * *
1094 AAAAATTGATCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAACACTCATAAATTATATATAATTC
324 AAAAATTGACCTGAAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTC
** * **
1159 AACGCCAAAAAGATGGAAGGGTCATTCACGCCTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGGTTTA
389 AACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTA
1224 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGGC
454 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGGC
* * * *
1289 AGAGATTTGATTCAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCACCAAAAATCATGGAAAACTG
519 AGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAA-TT
* * * * * *
1354 AGTC-GGG-T-CGGAACGCGTTTTTAGCTAAGAACCATGGTGGTTAGCTCACCATTTCGGCAAAA
583 AGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAGCTAAA
1416 A
648 A
* ** *
1417 TTTTGCAAAAACTGACATTATTTGTTCAATTCTTTGCCACAATACTGTGAAAAAATATTTAATTC
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTC
* *
1482 AACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCTACGCTTTTAATATCGTCTTTCCATA-TTTTCCGAAT
66 AACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTC-ACGCTTTCAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
* * * * *
1546 TTATTTCTGATTAAATCGAAACAATATTCAAATTCTCGTAAAAACAAATCCTTGAATCCATTGAG
130 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
* * *
1611 ACTGAGATGTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGATTCTTTCTGCCAACAATCATGCAAAAC
195 ACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAAC
* * * * * * **
1676 TAAATCGGGGCCCGAAACACGTTTTTTTCCCAGAAACTGTGATACTTAGTACATAATTTCGGCTA
260 TAAGTCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTA
** *
1741 AAAATTGACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAACACTCATAAAATATATATAATTCA
325 AAAATTGACCTGAAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTCA
* ** *
1806 ATGAGAAAAAGATGGAAGGGTTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTA-TTTTTTCTGAATTA
390 ACGCCAAAAAGATGGAAGGG-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTA
* *
1870 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGGC
454 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGGC
* *
1935 AGAGATTTAATTCAATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAATTG
519 AGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAATT-
* * * * * *
2000 AGCCGAGGTTTCGGAACACGCTTTTAGCC-AAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTC-GTCTAA
583 AGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAG-CTAA
2063 AA
647 AA
*
2065 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTG-AAAAAATATTTAATT
* *
2130 CAATGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTCAATATCTTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
65 CAACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTCAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
* *
2195 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATGCTTAAATCCAATGAG
130 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
* * *
2260 ACTGAGATTTGGTTAGACT-AATTTAGATATTTCAAGGAGTATTTCAGCAAAAAATCATGCAAAA
195 ACTGAGATTTGGTTAGA-TGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAA
*
2324 CTAAGTCAGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGC
259 CTAAGTC-GGGCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC
* ** * *
2388 TAAAAATTGACCTGAAAAAATTTCTCTCTTTTATTTTGCCAAAATACTCATCAAATATATATAAT
323 TAAAAATTGACCTGAAAAAATTTTTCTCAATT-TTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAAT
* *
2453 TCAATGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTATTTTTTTCCGAAT
387 TCAACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAAT
* * *
2518 TAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAAAGAAATCTTTAAATGGAATGTG
452 TAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTG
*
2583 GCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGGAAAAT
517 GCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAAT
* *
2648 GTAGTCGGGGCTCCGGTACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTATCTCACGATTTCAGCTA
582 -TAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAGCTA
2713 AAA
646 AAA
2716 TTTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATT
1 -TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATT
* *
2781 CAACGCTAATAAAATTGAAAGGG-TTTTCACG-GTTCTAATATCGTTTTTCCATATTTTTCTGAA
65 CAACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTC-AATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * * *
2844 TTTATTCCTAATTAAATCGAAATAGGATTCAGATCCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGA
129 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGA
* * * *
2909 GATTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATGTTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAACAATCATGCAAAA
194 GACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAA
* * *
2974 CAAAGTCGGGCCCCGAAACGAGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAATACACGATTTCGGCT
259 CTAAGTCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCT
* * *
3039 AAAAATTGACCTGTAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAATATATATATAATTC
324 AAAAATTGACCTGAAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTC
* * * *
3104 AAGGCCAAAAAGATGGAAGGGATTTTCATGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCTAATTA
389 AACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTA
* * *
3169 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTATATGGAATGTGGC
454 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGGC
** * * * *
3234 AGAGATTTCTTTCGATTAATAAAGATATTTGC-AGGAGACTTTGCGCCAAATATCGTGGAAAACT
519 AGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTT-CAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAA-T
* * * * * *
3298 TAG-CTGAGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAGAACCATGATTGTTATCTCACAATTTCGGCTA
582 TAGTC-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAGCTA
3362 AAA
646 AAA
* ** * * * * * *
3365 TTTTGTAAAGTCAGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGTCACAATCCTCTG-AAAAACATTAAATTT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTC
* * * * * * *
3429 AACACTAATAAAATTGAAA-GGTATTTTCACTCTTTTAATATTGTTTTT-CAAAATTTTCTGAAT
66 AACGCTAATAAAATTGAAAGGGT-TTTTCACGCTTTCAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
*
3492 TTATTTCTAATTAAATCGCAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
130 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
* * * **
3557 ACTGAGATTTGGTTAGATAAATTTAGATATTTAAAGGACTCTTTCTGTTAACAATCATGCAAAAC
195 ACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAAC
* * *
3622 TAAGTCGGGGCCCCGAAACGTCTTTTTTTTTTTTTTCCAAAAACTGTGATAGTTAATACACGATT
260 TAAGTC-GGGCCCCGAAACG-C-----GTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATT
* * * *
3687 TTGGCTAAAAATTGATCTGAAAAAA-TTTTCTCAATTTTTTACTACAATACTCATAAAATATATA
318 TCGGCTAAAAATTGACCTGAAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATA
* * *
3751 TAATTCAATGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTATAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCT
383 TAATTCAACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCC
* *
3816 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATA-ATTCAATTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGA
448 GAATTAATTTATAATTAAATCGAAACA-AGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGA
* * *
3880 GTGTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCACCAAAAATCAAGG
512 ATGTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGG
* *
3945 AAAATTTAGTCGGGGCTCCGGTACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGG---GCTCACGATTGC
577 AAAA-TTAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTC
4007 AGCTAAAA
641 AGCTAAAA
* *
4015 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCATTTCTTTACCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTC
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTC
* *
4080 ATCGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATCG----------TTTTTCCGAATT
66 AACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTCAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAATT
* *
4135 TAATTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCATTGAGA
131 TATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAGA
* * * * *
4200 CTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTGAAGGAGTCTTTTTGCCAACCATTATGCAAAACT
196 CTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAACT
* * *
4265 AAGTCGGAGCTCCGAAACGCATTTTTTTGCCAAAAATTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC-A
261 AAGTCGG-GCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTA
4329 AAAATTGACCT-AAAAAATTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTC
325 AAAATTGACCTGAAAAAA-TTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTC
*
4393 AACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTATATTTTTTTCCGAATTA
389 AACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTA
* * * * *
4458 GTTTCTAATTAAAACAAAACAAGAATCAAATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATGGAATGTGGC
454 ATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGGC
* * * * *
4522 AGAGATGTGATCCGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAAAACATGGAAAATT
519 AGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCC-AAAAATCATGGAAAATT
* ** ** * * **
4587 GAGCCGGGAATTTGGAACGCGTTTTTATCCAAAAACCATGATGGTTAGGTCACGATTTGGGCTAA
583 -AGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAGCTAA
4652 AA
647 AA
* * **
4654 TTTTGCAAAAATTGACCCTATTTCCTTGATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAAATATTTAATT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTG-AAAAAATATTTAATT
* ** ** *
4719 CAACGCCAATAAAAACGAAAATGTTTTTCACGC-TTCTAATATCATTTTTCCATATTTTTCCGAA
65 CAACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTC-AATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* * * ** *
4783 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACATGAATCAAATGCTCGTTAAAAA-AAATCCTTAAATGGAATG
129 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCG-TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTG
* * * * * ** * * * *
4847 TGGCAGAGATGTGATCGGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAC-GCCAAAAAAACATGGA
193 AGACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTT-CTG-CAAACAATCATGCA
* * * *** * * ** *
4911 AAATTGAGCTGGGGCTTTGGAACGCGTTTTTAT-CCAAAAACCATGATGGTTAGGT-CACGATTT
256 AAACTAAG-TCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTA-GTACACGATTT
* * * * ** * *
4974 GGGCT-TAAATT---TTGCAAAAATTGACCATATT-TCCTTGTTTCTTATCCACAGTACTC-TGA
319 CGGCTAAAAATTGACCTGAAAAAATT-----T-TTCTCAAT-TTT-TT-GCCACAATACTCAT--
* * * ** * *
5033 AAAAAATATTTAATTCAACGCCAATAAA-ACTGAAAATGTTTCTCATGCTTCTAATATCGTTTTT
373 AAAATATATATAATTCAACGCCAA-AAAGA-TGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT
* *
5097 -TCA-TATTTTCCGAATTAATTTATAATTAAAACGAAACAAGAGTT-AAATGCTCGT-AAAA-AA
436 CT-ATTTTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGA-TTCAAATGCTCGTAAAAACAA
* * * *
5157 ATCCTTAAATGGAATGTGACAGAGATTTGATCCGATGAATATAGATATTTCAAGTAGTCTTTGCG
499 ATCCTTAAATGGAATGTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCG
* * * *
5222 CCAAAAATACATGGAAAACTGAGCCGGGGCTCCGTAACGCGTTTTTAACCAAAAACCATGATGGT
564 CCAAAAAT-CATGGAAAA-TTAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGT
*
5287 TATG-TCACGATTTGAGCTAAAA
627 TA-GCTCACGATTTCAGCTAAAA
* * ** * *
5309 TTTTGCAAAAACTGGCCCTATTTCCTTGATTCTTTGCCACAATACTCTAAAAAAAATATTTAACT
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCT-GAAAAAATATTTAATT
* *
5374 CAACGCCAATAAAATTGAAAAGGTTTTTCACGC-TTCTAATATCGTTTTTCCATA-TTTTCCGAA
65 CAACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTC-AATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAA
* *
5437 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCCTTAAATCCATTGG
129 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGA
*
5502 GACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAAAAAAATCATGCAA
194 GACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGC--AAACAATCATGCAA
* * * *
5567 AACTAACTCGGGGCCCCAAAAAAGCG-TTTTTTGCCAAATACTGTGATAGTTAGTACACGATTTC
257 AACTAAGTC-GGGCCCC-GAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTC
* *
5631 GGCTAAAAACTT-ACCTAAAAAAAATTTTTCTCAATATTTTGCCACAATACTCATAAAATATATA
320 GGCTAAAAA-TTGACCT-GAAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATA
*
5695 TAATTCAACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCCACGCTTCTAATATTGTTTTTCTATTTTTTTC
383 TAATTCAACGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTT-CACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTC
* * *
5760 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTGAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGTA
447 CGAATTAATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGA
* *
5825 ATGTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGGGTCTTTACGCCAAAAATCATGG
512 ATGTGGCAGAGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGG
* *
5890 AAAATTGAG-CTGGGGCACTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTT
577 AAAATT-AGTC-GGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTT
* *
5954 CGGTTAAAA
640 CAGCTAAAA
*
5963 TTTTGCAAAAA-TGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGTCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTC
1 TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTC
* * *
6027 AATGCCAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGC-TTCTAATATCGGTTTTCCATATTTTTCCGAAT
66 AACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTC-AATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAAT
* *
6091 TTATTTCTAATTAAATCGATACAAGATTTAGA-GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
130 TTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAG
*
6155 ACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTTTGCAAACAATCATGCAAAAC
195 ACTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAAC
* *
6220 TAAGTCGGAGCTCCGAAACACGTTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAG-T-GTACACGATTTCGGC
260 TAAGTCGG-GCCCCGAAACGCG-TTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGC
**
6283 TAAAAATCT-ACCT-AGAAATTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACT
323 TAAAAAT-TGACCTGA-AAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACT
6330 TATAGTATAG
Statistics
Matches: 4882, Mismatches: 540, Indels: 262
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
634 6 0.00
635 77 0.02
636 226 0.05
637 71 0.01
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639 62 0.01
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645 2 0.00
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652 284 0.06
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657 37 0.01
658 2 0.00
660 1 0.00
661 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (648 bp):
TTTTGCAAAAACTGACCTTATTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATTTAATTC
AACGCTAATAAAATTGAAAGGGTTTTTCACGCTTTCAATATCGTTTTTCCATATTTTTCCGAATT
TATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGAGA
CTGAGATTTGGTTAGATGAATTTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCAAACAATCATGCAAAACT
AAGTCGGGCCCCGAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAACTGTGATAGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
AAATTGACCTGAAAAAATTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAATATATATAATTCAA
CGCCAAAAAGATGGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAAT
TTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGGAATGTGGCAG
AGATTTGATTCGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGGAAAATTAGT
CGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGCTCACGATTTCAGCTAAAA
Found at i:6391 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6347--6378 Score: 55
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
6337 TAGTATAGTG
*
6347 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TT TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
6379 AGCATTGTAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 28 1.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:6799 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6792--6826 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
6782 TCACTCAACT
*
6792 TA TA TA TA GA TA -A TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
6827 ACTACATAGA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 2
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 29 0.97
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:8554 original size:23 final size:20
Alignment explanation
Indices: 8523--8569 Score: 58
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
8513 ATTAAAAATT
8523 GTTACCCCAAGAAAAAATTGTTG
1 GTTACCCC-A-AAAAAATT-TTG
*
8546 GTTATCCCAAAAAAATTTTG
1 GTTACCCCAAAAAAATTTTG
8566 GTTA
1 GTTA
8570 AGAATAAAGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.30
21 8 0.35
22 1 0.04
23 7 0.30
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (20 bp):
GTTACCCCAAAAAAATTTTG
Found at i:9618 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9580--9625 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
9570 TTGGGTTTAG
*
9580 TCAGTTTTGTTTTAGTTCAGT
1 TCAGTTTTGTTTGAGTTCAGT
9601 TCAGTTTT-TTTGAG-TCAGT
1 TCAGTTTTGTTTGAGTTCAGT
9620 T-AGTTT
1 TCAGTTT
9626 GAGTCTGAGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 5 0.21
19 6 0.25
20 5 0.21
21 8 0.33
ACGTcount: A:0.15, C:0.09, G:0.20, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
TCAGTTTTGTTTGAGTTCAGT
Found at i:12618 original size:37 final size:39
Alignment explanation
Indices: 12540--12611 Score: 96
Period size: 39 Copynumber: 1.9 Consensus size: 39
12530 CATAACGTGT
* *
12540 TAATTATTTTCTTAATCAGTTTCTTATTTGTTAAAACAA
1 TAATTAATTTCTTAATCAGTTTCTTATTTATTAAAACAA
*
12579 TAATTAATTTCTT-AT-AGTTTTTTA-TTATTAAAA
1 TAATTAATTTCTTAATCAGTTTCTTATTTATTAAAA
12612 TTAATAAGCT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
36 8 0.27
37 8 0.27
38 2 0.07
39 12 0.40
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.04, T:0.54
Consensus pattern (39 bp):
TAATTAATTTCTTAATCAGTTTCTTATTTATTAAAACAA
Done.