Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007226.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07247, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1824 AATTACCACA
1834 TTTTTCTTTTCCTCCTTT
1 TTTTTCTTTTCCTCCTTT
1852 TTTTTCTTTTCCTCCTTT
1 TTTTTCTTTTCCTCCTTT
1870 T
1 T
1871 GTGAGTAGAT
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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18 19 1.00
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TTTTTCTTTTCCTCCTTT
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11491 ATATTCCGAA
* * * *
11501 GCCCCGACTCAGTTCTGCATGATTTTTTGTGCCAAAACT-CTTCGAAATTTCTATATTCATCTAA
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTT-GAAATATCTATATTCATCTAA
* * * *
11565 CAAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTT-ATTTTACGAGCATTAGAAT-TTAAAAACCAAT
65 CCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTT--------GT
* * * * ***
11628 TTCGATTTATTTAGAAATTAAAT-A-AAAAAAA-GG-AAAATCGATATTAGGAGTGTGAAAATAA
122 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAAT-GATATTAGAAG-CTGAAAAGCC
* * * * * *
11689 CTCCAATTTTTTTTTCTGTTGAATTATATTTTTTTTACGAGTATTATTGCCAAACATTGAGAAAA
185 CTTCAATTTTTTTTGC-GTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG--AA
* ** * * *
11754 AAAAATTTATGGCCAGTTTTTGCGAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTATCCATCACGG-TTTTG
247 AAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAATCCATCACGGTTTTTG
11818 GCTAAAAACGCGTT-TCGGG
312 GCTAAAAACGCGTTCT-GGG
** * * * *
11837 GCATCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCTACGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCGTCTAAA
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* ** *
11902 CAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGCCTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
66 CAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTA
* * * *
11967 ATTAGAAATTAATTAAGAAACAATATGAAAAAATGATATTAGAAGCATCAAATGCCCTTCAATTT
131 ATTAGAAATTAATTAAGAAA-AAAATGGAAAAATGATATTAGAAGC-TGAAAAGCCCTTCAA-TT
* * *
12032 TTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTATGGCCAAAAAATGAGAATAAATTTTCGG
193 TTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTCGG
* * * *
12097 GTCAGTATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACAATTTCATCACGATTTTTGGCTAAAAACG
258 GTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAA-TCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
*
12162 CGTTTTGGG
322 CGTTCTGGG
* * *
12171 GCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCTGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* * * * * * *
12236 CAAATCACTACCACATTGG-TTGAAGGATTTGTTTCTACGACCATCAGAAAC-CGATTTCGATTT
66 CAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTG-TTTCGATTT
* * * * * *
12299 AATTAGAAATTAATT-TGGAAAAAGTAGCG-AAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAGCCCTTCAAT
130 AATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAAT-G-GAAAAATGATATTAGAAG-CTGAAAAGCCCTTCAAT
* * * * * * *
12362 CTTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGTCCAAAAACAAAAATTGAGGAAAAA
192 TTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTG-GC-----CAAAAATTGAGAAAAAA
* ** * * * *
12427 TCTTTCAGGTCAAATTTTGCAAAATTTTGGCCGAAATCGTGCA-ATATCCATCATGGTTTTTCGC
251 T-TTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACA-ATCCATCACGGTTTTTGGC
*
12491 TAAAAACGCGTTCCGGG
314 TAAAAACGCGTTCTGGG
* * ** * * *
12508 GCCCCGTCTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCGCTGAGACACTTTGAAATTTCTATATTCATCTAA-
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* * * *** * *
12572 CAAA-ATCAATGCCACATTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACGAGCATCAGAAACCAATCTCAATT
66 CAAATCTCAA--CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATT
* ** * *
12636 TATTTAGAAATTAATTCGGAAAAAGATAGG-AAAATCGATATTAGAAGCATGAAAAACCC-TCAA
129 TAATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAAT-GGAAAAAT-GATATTAGAAGC-TGAAAAGCCCTTCAA
* ***
12699 TTCTTTTTGCTGTTGAATTATATATTTTCTTACGACTTACGAGTATTGTTTTCAAAAATTGAGGA
191 TTTTTTTTGC-GTTGAATTATATA--TT-TT-----TTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-G-
* * * * * * * * *
12764 AAAAAAATTACCGG-CTAGTATTTACGAAATTTTAG-CTAATATCGTGTACTATCCATCATGGTT
245 AAAAAATTTTCGGGTC-AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA-ATCGTGTACAATCCATCACGGTT
12827 TTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGG
308 TTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGG
* *
12850 GCCCCGAC-CTAGTTTTGCATGA-TTTTTGTCGTCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTA
1 GCCCCGACTC-AGTTTTGCATGATTTTTTG-CGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
** *
12913 ACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGA-TT-TTTTTACGAGCATCAGAATCTAGTTTCGATT
64 ACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATT
* * *
12976 TTATTAGAAATTAATTCCGAA-AAATAAAATAGGAAAAATTATATTAGAAGCTGAAAAACCCTTC
129 TAATTAGAAATTAATT---AAGAAA-AAAAT-GGAAAAATGATATTAGAAGCTGAAAAGCCCTTC
* ** * * * * * *
13040 AATCTTTTCGGTGCTGAATTATATAATTTTTACGAGCATTGTTGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAA
189 AATTTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG--AAAAAAT
13105 TTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAA--TT----G---T-GTAGTA-AAT--ATCACGGTTTTTTTTTT
252 TTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-GTACAATCCATCACGG-----TTTTT
* * * * *
13157 TGTTAAAAATGTC-TTTTGGA
311 GGCTAAAAACG-CGTTCTGGG
* * * * * * **
13177 TCCCCGGCTCAG-TTTGCATTAGTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAAT-TCCTATATTCAAGTAA
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATAT-CTATATTCATCTAA
* * ** *
13240 CCAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTTTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGGTTCGATTT
65 CCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTT
* *
13305 AATTAGAAATTAATTAAGAAAACAATGGAAAAATGATATTAGAAGCTTGAAATGCCCTTCAATTT
130 AATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGC-TGAAAAGCCCTTCAATTT
* * * * *
13370 TTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGACG--AAATTTTTCGG
194 TTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GAAAAAATTTTCGG
13433 GTCAGTTTTTTGCAAAATTTTA---G----C-----C-AT-CAT---GGTTTTAT-GCTAAAAAC
258 GTCAG-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAATCCATCACGGTTTT-TGGCTAAAAAC
* *
13480 ACGTTCTCGG
321 GCGTTCTGGG
* * * * *
13490 GTCTCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCTACAG-CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAA
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGC-GCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
*** * * * ****
13554 CCAAATCTCAGTTATATTGGATTTAAGGATTTGTTTATACAAGCATCAGAAAGAGGTTTCGATTT
65 CCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTT
** ** * *
13619 AATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA-TC
130 AATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGC-TGAAAAGCCCTTCAATTT
* * * * * * * * *
13683 TTTTGGCGTTGAATTTTATA-TTTTAATGACTATTGTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCCTTCAG
194 TTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAT-TTTCGG
* * * * *
13747 GTCAATTTTTTTGCAAAATTTTAG-C-----CG-GT---ATTCATCACTGTTTTTCGCTAAAAAT
258 GTC-A-GTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC
*
13802 GCGTT-TTGG
321 GCGTTCTGGG
* * *
13811 GACCCGACTCAGTTTTGCATAAATTTTTTTTTG-GCTCTAAGACTCCTTGAAATAAT-TTTATTC
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCAT-GA---TTTTTTGCGC-C-AAGACTCCTTGAAAT-ATCTATATTC
* * * * *
13874 ATCTAATCAAATCTCAACCACATTGAATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCAGAAAC-CGATT
59 ATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTG-TT
* * ** * *
13938 TTGATTT-ATTAAGTAATTAATTCCG-AGAAAATAGG-AAAATCGATATTA-ATTAGAGTGAAAA
123 TCGATTTAATT-AGAAATTAATTAAGAAAAAAAT-GGAAAAAT-GATATTAGA--AG-CTGAAAA
* * * * **
13999 GCCCTCCGATCTTTTTGTT--ATTGAATTATATACTTTATTT--TAGTATTGTTACCAAAAATTG
182 GCCCTTCAAT-TTTTT-TTGCGTTGAATTATATA-TTT-TTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTG
** * ** ** * * * *
14060 AGAAAAAAAAATTCTGACCAGTTTTTGTGAAATTTTAGTCGAAATAGTGTATAATACATCACGGT
243 AG-AAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAATCCATCACGG-
* *
14125 TTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGG
306 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGG
* * * * * *
14150 GCCCCAACCCAGTTTTACATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTT-AAATATTTATATTCATCTAAC
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
** * ** * *
14214 CAAATCTCAGTCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTGTGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTT
66 CAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTA
* * *
14279 ATTAGAAATTAATTCCGAA-AAATAAAATAGGAAAAATTATATTAGAAGCTGAAAATCTCTTCAA
131 ATTAGAAATTAATT---AAGAAA-AAAAT-GGAAAAATGATATTAGAAGCTGAAAAGCCCTTCAA
** * * * * ** * * *
14343 TAGTTTTGGCGTTGAATTAAATAATTTTTACGAGTATTTTGGGAAAAAAAATAAGAAAAAAGTTC
191 TTTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGT-GGCCAAAAATTGAGAAAAAA-TTT
* ** * * *
14408 TCCGGTCAGTTTTTGCAAAATCGT-G--TAGA-CGTAGT--AA-CCATCACGGTTTTTGGTTAAA
254 TCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-GTACAATCCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* *
14466 AACGCGTTCCGGA
318 AACGCGTTCTGGG
* *** * * * * **
14479 ACGATGTCTCGGTTTTACATGATTTTTTGCGCTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAAAT-AC
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
*** * * **
14543 CAAAATCTCAGTAACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTAAGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTT
66 C-AAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTT
* * *
14608 AATTAGAAATTAACTAAG-AAAAAATGGAAAAATTATATTAGAAGCGTTAAATA-CCCTTCAATT
130 AATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGC-TGAAA-AGCCCTTCAATT
* * * **
14671 TTTTTT-CCTTGAATTATATATTTTGTACGAGTATTGTGGCAAAAAAAATTGACG-AAATTTTTT
193 TTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGC--CAAAAATTGA-GAAAAAATTTT
* *
14734 CGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTTTACTAA-CCATCATGGTTTTAT-GCTAA
255 CGGGTCAG-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-AATCCATCACGGTTTT-TGGCTAA
* *
14797 AAACGCGTTCTCGA
317 AAACGCGTTCTGGG
* * * ** * *
14811 GTCTCGGCTCAGTTTTGCAAAATTTTTTACGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAAC
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* * * *
14876 CACATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAAAATCCTGTTTCGATTTT
66 CAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTA
* * *
14941 ATTAGAAATTAATTCTAA-AAAAAAGA-AGAAAAATGATATTAGAAGCTGAAAATCCTTTCAA-T
131 ATTAGAAATTAA-T-TAAGAAAAAA-ATGGAAAAATGATATTAGAAGCTGAAAAGCCCTTCAATT
* * * * *
15003 CTTTTCGAGGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTCA
193 TTTTTTG-CGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTCG
* * * **
15068 GGTTAGTTTTTGCGACA--TT-------AT-GTAGT--AA-CCATCACATTTTTTGG-TGAAAAA
257 GGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-GTACAATCCATCACGGTTTTTGGCT-AAAAA
* * ** *
15119 TGGGTTCCAGA
320 CGCGTTCTGGG
* * * * * * * *
15130 GTCTCGACTCAATTTTGCATTATTTTTTGGCGCCTAGACTCCTTGAAATTTCTATATTTAT-TTA
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTT-GCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
* * * * * * * * * *
15194 CCAAAATATCAGCCACATAGGATTTAAGGATTTGTTTCTATGATCATTAAAAACATGTTTCGATT
65 CC-AAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATT
* * * * * * *
15259 TAATCATAAATTAATT-TGAAAAAAATAGAGAAAATGATACTAGAAACGTGATAAA-CCGTTCAA
129 TAATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATGGA-AAAATGATATTAGAAGC-TGA-AAAGCCCTTCAA
* * * * * * ** * *
15322 TCTTTTTGGCATTAAATTTTATATTCTTTACGAGTATTGTGGAAAAAAAATTGAGGAAAATTCTT
191 TTTTTTTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGG-CCAAAAATTGAGAAAAAAT-TT
** * *
15387 TCAAGTCTA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGT--AAT--AT----G--TAT--C----
254 TCGGGTC-AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAATCCATCACGGTTTTTGGCTAAA
*
15435 -A--CGTTCAGGG
318 AACGCGTTCTGGG
* * * * *
15445 ACCCCGACTCAATTTTGCATCATTTTTGGCGTCGAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
1 GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCG-CCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
* * ** *
15509 CCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAAAATCGGAAATC--GATTTCGAT
65 CCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAG-AATCTTG-TTTCGAT
* * * *
15572 TT-ATTAGAAATTAATTTA-AAAAATA-GGAAAATTGATATTGGAAGCGTGAAAAGCC
128 TTAATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGC-TGAAAAGCC
15627 ACATTGGATT
Statistics
Matches: 3001, Mismatches: 579, Indels: 445
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
310 3 0.00
311 20 0.01
312 28 0.01
313 65 0.02
314 222 0.07
315 56 0.02
316 1 0.00
317 2 0.00
318 16 0.01
319 72 0.02
320 130 0.04
321 48 0.02
322 57 0.02
323 13 0.00
324 29 0.01
325 145 0.05
326 210 0.07
327 72 0.02
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329 89 0.03
330 126 0.04
331 59 0.02
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335 63 0.02
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344 8 0.00
347 11 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
CAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTGTTTCGATTTA
ATTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCTGAAAAGCCCTTCAATTTTT
TTTGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTCGGGTC
AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACAATCCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
CTGGG
Found at i:15255 original size:320 final size:317
Alignment explanation
Indices: 12816--15623 Score: 1536
Period size: 314 Copynumber: 8.7 Consensus size: 317
12806 CGTGTACTAT
* * * * * * *
12816 CCATCATGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGAC-CTAGTTTTGCATGA-TTTTTGT
1 CCATCACGTTTTTTGG-TAAAAACGCGTTC-CGAGTCTCGACTC-AGTTTTGCATAATTTTTTG-
* *
12879 CGTCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGA-
62 CGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT
* * * * *
12943 TT-TTTTTACGAGCATCAGAATC-TAGTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCCGAAAAATAAAAT
127 TTGTTTTTATGAGCATCAAAATCAT-GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-C-TAAAA-AAAAG
* * * * * * *
13006 AGGAAAAATTATATTAGAAGCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTCGGTGCTGAATTATATAATTTTT
188 A-GAAAAATGATATTAGAAGCTGAAAATCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
* * ** * * *
13071 ACGAGCATTGTTGCCAAAAATTGAGAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT-GTGTAG
252 ACGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAG--AAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTGCAACATTAATGTAG
13135 TAA
315 TAA
** * * * ** * * * *
13138 ATATCACGGTTTTTTTTTTTGTTAAAAATGTCTTTTGGA-TCCCCGGCTCAG-TTTGCATTAGTT
1 CCATCAC-G-----TTTTTTGGTAAAAACG-CGTTCCGAGT-CTCGACTCAGTTTTGCATAATTT
* * * ** * *
13201 TTGGCGTCAAGACTCCTTGAAAT-TCCTATATTCAAGTAACCAAATCTCAACCACATTGAATTTA
58 TTTGCGCCAAGACTCCTTGAAATAT-TTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTA
* * *** * *
13265 AGGATTTTTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGGTTCGATTTAATTAGAAATTAA-T-TAAGAAAAC
122 AGGATTTGTTTTTATGAGCATCAAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAA-AAAA-
* * *
13328 AATG-GAAAAATGATATTAGAAGCTTG-AAATGCCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATAT
185 AA-GAGAAAAATGATATTAGAAGC-TGAAAAT-CCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
* * ** ** * *
13391 TTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTGACG--AAATTTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATT--
247 TTTTTACGAGTATTGTGGAAAAAAATTGA-GAAAAAAATTTCAGGTCAG-TTTTTGCAACATTAA
13452 T-TAG---
310 TGTAGTAA
* * * * * * * *
13456 CCATCATGGTTTTATGCTAAAAACACGTTCTCGGGTCTCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCTACA
1 CCATCA-CGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTC-CGAGTCTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGC-
* * ** *
13521 G-CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGTTATATTGGATTTAAGGATT
63 GCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATT
* ** * *
13585 TGTTTATACAAGCATCAGAAA-GAGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-TGGAAAAAAAA-AG
128 TGTTTTTATGAGCATCA-AAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCT--AAAAAAAAGAG
* * * * * *
13647 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTGGCGTTGAATTTTATA-TTTTAAT
190 AAAAATGATATTAGAAGC-TGAAAATCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAC
* ** * * * * * *
13710 GACTATTGTGGCCAAAAATTTAG-GAAAAATCCTTCAGGTCAATTTTTTTGCAAAATT-TTAGCC
254 GAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGAAAAAAAT--TTCAGGTC-A-GTTTTTGCAACATTAAT-G-T
* *
13773 GGTAT
313 AGTAA
* * * * ** * * *
13778 TCATCACTGTTTTTCGCTAAAAATGCGTTTTGGGACCCGACTCAGTTTTGCATAAATTTTTTTTT
1 CCATCAC-GTTTTTTGGTAAAAACGCGTTCCGAGTCTCGACTCAGTTTTGCAT-AA---TTTTTT
* * *
13843 G-GCTCTAAGACTCCTTGAAATAATTT-TATTCATCTAATCAAATCTCAACCACATTGAATTTAA
61 GCGC-C-AAGACTCCTTGAAAT-ATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* * * *
13906 GGATTTGTTTTTATGAGCATCAGAAACCGAT-TTT-GATTT-ATTAAGTAATTAATTCCGAGAAA
123 GGATTTGTTTTTATGAGCATCA-AAATC-ATGTTTCGATTTAATT-AGAAATTAATT-CTAAAAA
* * * * * * ***
13968 ATAG-G-AAAATCGATATTA-ATTAGAGTGAAAAGCCCTCCGATCTTTTTGTTATTGAATTATAT
184 AAAGAGAAAAAT-GATATTAGA--AG-CTGAAAATCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT
* * * * * ** *
14030 ACTTTATTT--TAGTATTGT-TACCAAAAATTGAGAAAAAAAAATTCTGACCAGTTTTTGTGAA-
245 A-TTT-TTTACGAGTATTGTGGA-AAAAAATTGAG-AAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTG-CAAC
*
14091 ATTTTAGTCGAAATAGTGTATAA
305 A--TTAAT-G---TA--G--TAA
* * * * * * * * * *
14114 TACATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCGGGGCCCCAACCCAGTTTTACATGATTTTTGG
1 -CCATCAC-GTTTTTTGG-TAAAAACGCGTTCC-GAGTCTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTG
* * *
14179 CACCAAGACTCCTT-AAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATATAAGGAT
62 CGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT
* * * * *
14243 TTGTTTTTGTGAGCATCAGAATCATGTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCCGAAAAATAAAATA
127 TTGTTTTTATGAGCATCAAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-C-TAAAA-AAAAGA
* ** * *
14308 GGAAAAATTATATTAGAAGCTGAAAAT-CTCTTCAATAGTTTTGGCGTTGAATTAAATAATTTTT
189 -GAAAAATGATATTAGAAGCTGAAAATCCT-TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
* * * * * *
14372 ACGAGTATTTTGGGAAAAAAAATAAGAAAAAAGTTCTCCGGTCAGTTTTTGCAAAATCGTGTAGA
252 ACGAGTATTGT-GGAAAAAAATTGAGAAAAAAATT-TCAGGTCAGTTTTTGC--AA-CAT-TA-A
*
14437 CGTAGTAA
310 TGTAGTAA
* * * * * *
14445 CCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCGGAACG-AT-GTCTCGGTTTTACATGATTTTTTG
1 CCATCACGTTTTTTGG-TAAAAACGCGTTCC-G-A-GTCTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTG
* * ** **
14508 CGCTAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAAAT-ACCAAAATCTCAGTAACATTGGATTTAAGGA
62 CGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA
* * ** *
14572 TTTCTTTTTAAGAGCATCTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA--CTAAGAAAAAATG-
126 TTTGTTTTTATGAGCATCAAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAA-AAAAAA-GA
* * * ** * *
14634 GAAAAATTATATTAGAAGC-GTTAAATACCCTTCAAT-TTTTTTTCCTTGAATTATATATTTTGT
189 GAAAAATGATATTAGAAGCTG-AAAAT-CCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
*** * *
14697 ACGAGTATTGTGGCAAAAAAAATTGACG-AAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTTGCAAAATTTTAGC
252 ACGAGTATTGTGG--AAAAAAATTGA-GAAAAAAATTTCAGGTCAG-TTTTTGCAACA--TT---
*
14761 CGAAATCGTTTACTAA
308 ---AAT-G--TAGTAA
* * * * * *
14777 CCATCATGGTTTTATGCTAAAAACGCGTTCTCGAGTCTCGGCTCAGTTTTGCAAAATTTTTTACG
1 CCATCA-CGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTC-CGAGTCTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCG
* *
14842 CCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCACATCTCAACCACATTGGATTTAAGGATTT
64 CCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
* * *
14907 GTTTTTACGAGCATCAAAATCCTGTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCTAAAAAAAAGAAGAAA
129 GTTTTTATGAGCATCAAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAAAAAAAAG-AGAAA
*
14972 AATGATATTAGAAGCTGAAAATCCTTTCAATCTTTTCGAG-GTTGAATTATATATTTTTTACGAG
193 AATGATATTAGAAGCTGAAAATCCTTTCAATCTTTTTG-GCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
** * *
15036 TATTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAAATTTCAGGTTAGTTTTTGCGACATT-ATGTAGTAA
257 TATTGTGGAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTGCAACATTAATGTAGTAA
* * * * *
15096 CCATCACATTTTTTGGTGAAAAATGGGTTCCAGAGTCTCGACTCAATTTTGCATTATTTTTTGGC
1 CCATCACGTTTTTTGGT-AAAAACGCGTTCC-GAGTCTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTT-GC
* * * * *
15161 GCCTAGACTCCTTGAAAT-TTCTATATTTAT-TTACCAAAATATCAGCCACATAGGATTTAAGGA
63 GCCAAGACTCCTTGAAATATT-TATATTCATCTAACC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA
* * * * * *
15224 TTTGTTTCTATGATCATTAAAAACATGTTTCGATTTAATCATAAATTAATT-TGAAAAAAATAGA
126 TTTGTTTTTATGAGCATCAAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCT-AAAAAAA-AGA
* * * * * * *
15288 G-AAAATGATACTAGAAACGTGATAAA-CCGTTCAATCTTTTTGGCATTAAATTTTATATTCTTT
189 GAAAAATGATATTAGAAGC-TGA-AAATCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT
*** * *
15351 ACGAGTATTGTGGAAAAAAAATTGAGGAAAATTCTTTCAAGTCTA-TTTTTGCAAAATT--T-TA
252 ACGAGTATTGTGG-AAAAAAATTGA-GAAAAAAATTTCAGGTC-AGTTTTTGCAACATTAATGTA
*
15412 GCCGAA
314 G--TAA
* ** * * * * * * * * * *
15418 --ATCATGTAATAT-GT---ATCACGTTCAGGGACCCCGACTCAATTTTGCATCATTTTTGGCGT
1 CCATCACGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTCCGAG-TCTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCG-
* *
15477 CGAA-ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
64 CCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTT
** ** * *
15541 GTTTTTACAAAAATCGGAAATC--GATTTCGATTT-ATTAGAAATTAATT-TAAAAAATAG-GAA
129 GTTTTTATGAGCATC-AAAATCATG-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAAAAAAAAGAGAA
* *
15601 AATTGATATTGGAAGCGTGAAAA
192 AAATGATATTAGAAGC-TGAAAA
15624 GCCACATTGG
Statistics
Matches: 1943, Mismatches: 377, Indels: 344
0.73 0.14 0.13
Matches are distributed among these distances:
310 4 0.00
311 20 0.01
312 38 0.02
313 53 0.03
314 207 0.11
315 64 0.03
316 5 0.00
317 2 0.00
318 13 0.01
319 73 0.04
320 155 0.08
321 39 0.02
322 69 0.04
323 16 0.01
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327 59 0.03
328 69 0.04
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337 24 0.01
338 20 0.01
339 18 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (317 bp):
CCATCACGTTTTTTGGTAAAAACGCGTTCCGAGTCTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTTGCGCC
AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT
TTTTATGAGCATCAAAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCTAAAAAAAAGAGAAAAAT
GATATTAGAAGCTGAAAATCCTTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
GTGGAAAAAAATTGAGAAAAAAATTTCAGGTCAGTTTTTGCAACATTAATGTAGTAA
Found at i:20993 original size:323 final size:321
Alignment explanation
Indices: 20373--22644 Score: 2660
Period size: 323 Copynumber: 7.2 Consensus size: 321
20363 CCCCGGAAGA
* * *
20373 CGTTTTTAGTC-AAAACCGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAAACTGACCCG-AAAGTTT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT
** ** *
20436 T-TCTCAATTTTTTATCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAAAGGG
66 TCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-GAGGG
** * *
20500 CTTTTCAAACTTCTAATATCGTTTTTCCA--TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAAATCGAAAC
130 CTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * *
20563 AAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAACATTTGGATCGATGAAT
195 AAGATTGAGATACTC-AAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAAT
* * * * *
20628 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAACTCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAACG
259 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGAAATG
* *
20691 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATT
* ** * *
20756 CTTC-CTCAAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCTAAAAGATTGACA
65 -TTCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-G
* * * *
20820 GACTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCAGTTTCTTTCCGAGTTAATTTCTAATTAAATCGAA
128 GGCTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * * * *
20885 ACAAGATTTATATGCTCATAAAAA-AAATCCTTATACCCAATGTGGCTAACATTTGGTTCGATAA
193 ACAAGATTGAGATACTCA-AAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGA
* * * * * *
20949 ATATAAATATTTCAAGGAGTATTTACGCCAAAAATCAAGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGAAATG
257 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGAAATG
* * * * *
21014 CGTTTTTAGCGAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAATTGAACCG-AAATTTT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT
* * * * * *
21078 TTTCTCAATTTCTTGCCACAATACATAG-AAAAATATATAATTCATCGACAAAAAGATTGACAGG
66 TCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGA-GGG
* * * *
21142 CTTTCCACGCTTCAAATATAGTTTTTCCA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCAAATTAAATCCAAAC
130 CTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * * * *
21206 AAGATTGTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATTCAATATGACTGAGATTTGGTTCGACGAAT
195 AAGATTGAGATACTC-AAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAAT
* * * * * * * *
21271 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGAGTCAAAAATCATTCAAAATTGAGTCGGGTCTCCGGAACG
259 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGAAATG
* *
21334 AGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAAATT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAAAACTGACCCGAAAAATT
*
21399 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAGGG
65 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGG
**
21464 CTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCGTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
130 CTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * *
21529 AAGATTCAGATACTCAAAAATACAAATCCTTATATCCTATGTGGCTGACATATAGTTCGATGAAT
195 AAGATTGAGATACTCAAAAA-ACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAAT
* *
21594 ATAGATATTTTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCC-AGAATT
259 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGA-AATG
* * * * * *
21657 CGTTTTTATCCAAAAGCCGTGATGGTTTGTACACCATTTCGGCTAAAAATTGACCTGAAAAATTT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT
* * * * *
21722 TCTCTGAATTTTTTGCCACAACACAAAGAAAAAA-ATATAATTCATCTG--TAAAATATTGACGG
66 TCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAAC-GCCAAAAAGATTGA-GG
* * * * *
21784 GCTTTTCACACTGCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAA
129 GCTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTT-CCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * *
21849 ACAAGATTCAGATACTCAAAAATACAAATTCTTATATCCTATGTGGCTGACATATGGTTCGATGA
193 ACAAGATTGAGATACTCAAAAA-ACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGA
* *
21914 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGAGGCT-CTAGAAT
257 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGA-AAT
*
21978 T
321 G
* *
21979 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAGATT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAAAACTGACCCGAAAAATT
* * *
22044 TTCTCTCAA-TTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAAAATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAGGG
65 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGG
* *** * *
22108 CTTTTCACGTTTCAAATATCGTTTTTTGTTTTTTCTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAA
130 CTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTT-TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* *
22173 CAAGATGGAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATATTCAA------T---A-TT-G--C--T---
194 CAAGATTGAGATACTC-AAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAA
* * *
22220 T-T-G------CAAAGAGTTTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCC-AGAATC
258 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGA-AATG
*
22276 CGTTTTTGGCCAAAAACCGTGAT-G-TAGTACACGATTTCGGCTGAAAAACTGACCCGAAAAATT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AAAAACTGACCCGAAAAATT
* * * *
22339 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAAGACAAAGGAAAAGTATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAGGG
65 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGG
* * * *** *
22404 CTTTTCACGCTTCAATTATCATTTTT-CGTTTTTTTTCCGAATTAATTAGAAATTAATTCGAAAC
130 CTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * * *
22468 TAGATTGAGATACTCAAAAAAAAAAAATCCTTATATTCAATATTGCTGAGATTTGGTTCGATGAA
195 AAGATTGAGATACTC--AAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAA
* * *
22533 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCACC-AAAATCACGCAGAATTGAGCCGGGGCTCC-AGAATT
258 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGA-AATG
* * *
22596 CGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACAATTTCGGCTAAAAA
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAA
Statistics
Matches: 1694, Mismatches: 201, Indels: 115
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
294 39 0.02
295 72 0.04
296 74 0.04
297 69 0.04
298 1 0.00
301 1 0.00
303 1 0.00
304 2 0.00
305 3 0.00
306 1 0.00
308 2 0.00
310 2 0.00
312 1 0.00
313 2 0.00
314 2 0.00
315 1 0.00
317 1 0.00
318 10 0.01
319 70 0.04
320 274 0.16
321 109 0.06
322 442 0.26
323 448 0.26
324 67 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (321 bp):
CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT
TCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAGGGC
TTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
AGATTGAGATACTCAAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAT
AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCGAAATG
Found at i:21611 original size:643 final size:638
Alignment explanation
Indices: 20373--22644 Score: 2695
Period size: 643 Copynumber: 3.6 Consensus size: 638
20363 CCCCGGAAGA
* * * *
20373 CGTTTTTAGTC-AAAACCGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAAACTGACCCG-AAAGTTT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTGAACCGAAAAATTT
** ** *
20436 T-TCTCAATTTTTTATCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT-AAAGG
66 TCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACA-G
* * * *
20499 GCTTTTCAAACTTCTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAAATCGAAAC
129 GCTTTTCACACTTCAAATATAGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTACAAATTAAATCGAAAC
* * * * *
20563 AAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTAACATTTGGATCGATGAAT
194 AAGATTGAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAAT
* * *
20628 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAACTCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCC-GAAACGC
259 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAG-AACGC
* * *
20692 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACGATTTTCGGCT-AAAAACTGACCCGAAAAGTT
323 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAAATT
** * * *
20756 CTTC-CTCAAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCTAAAAGATTGACA
387 -TTCTCTC-AATTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGA-G
* *** * *
20820 GACTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCCAGTTTCTTTCCGAGTTAATTTCTAATTAAATCGAA
449 GGCTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCGTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
* * * * * *
20885 ACAAGATTTATATGCTCATAAAAA-AAATCCTTATACCCAATGTGGCTAACATTTGGTTCGATAA
514 ACAAGATTCAGATACTCA-AAAAACAAATCCTTATA-CCTATGTGGCT-ACATATAGTTCGAT-A
* * * * *
20949 ATATAAATATTTCAAGGAGTATTTACGCCAAAAATCAAGCAAAATTGAGTCGGGGCTCC-GAAAT
575 ATATAGATATTT-AAGGAGTATTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCAG-AAT
*
21013 G
638 C
* * *
21014 CGTTTTTAGCGAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAATTGAACCG-AAATTTT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTGAACCGAAAAATTT
* * * * *
21078 TTTCTCAATTTCTTGCCACAATACATAGAAAAATATATAATTCATCGACAAAAAGATTGACAGGC
66 TCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACAGGC
* * * *
21143 TTTCCACGCTTCAAATATAGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCAAATTAAATCCAAACAA
131 TTTTCACACTTCAAATATAGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTACAAATTAAATCGAAACAA
* * * * * *
21208 GATTGTGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTATATTCAATATGACTGAGATTTGGTTCGACGAATAT
196 GATTGAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAT
* * * * * *
21273 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGAGTCAAAAATCATTCAAAATTGAGTCGGGTCTCCGGAACGAGTT
261 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGAACGCGTT
21338 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAAATTTTCT
326 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAAATTTTCT
21403 CTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAGGGCTTT
391 CTCAA-TTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAGGGCTTT
21468 TCACGCTTCAAATATCGTTTTTCGTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
455 TCACGCTTCAAATATCGTTTTTCGTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
21533 TTCAGATACTCAAAAATACAAATCCTTATATCCTATGTGGCTGACATATAGTTCGATGAATATAG
520 TTCAGATACTCAAAAA-ACAAATCCTTATA-CCTATGTGGCT-ACATATAGTTCGAT-AATATAG
* *
21598 ATATTTTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCAGAATT
581 ATA-TTTAAGGAGTATTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCAGAATC
* * * * *
21657 CGTTTTTATCCAAAAGCCGTGATGGTTTGTACACCATTTCGGCTAAAAATTG-ACCTGAAAAATT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTGAACC-GAAAAATT
* * * * * * *
21721 TTCTCTGAATTTTTTGCCACAACACAAAGAAAAAAATATAATTCATCTG--TAAAATATTGACGG
65 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAATATATAATTCAAC-GCCAAAAAGATTGACAG
* * * * * * *
21784 GCTTTTCACACTGCTAATATCGTTTTTTCATTTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATGAAATCGAA
129 GCTTTTCACACTTCAAATATAGTTTTTCCA-TTTTTTT-CCGAATTAATTACAAATTAAATCGAA
* * * * *
21849 ACAAGATTCAGATACTC-AAAAATACAAATTCTTATATCCTATGTGGCTGACATATGGTTCGATG
192 ACAAGATTGAGATACTCGAAAAA-ACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATG
* * * * *
21913 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGAGGCTCTAGAAT
256 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGAAC
* *
21978 TCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAGAT
321 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAAAT
* *
22043 TTTCTCTCAATTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAAAATATAATTCAACTCCAAAAATATTGAGGG
386 TTTCTCTCAATTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAGGG
* * * *
22108 CTTTTCACGTTTCAAATATCGTTTTTTGTTTTTTCTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAGTCGAAA
451 CTTTTCACGCTTCAAATATCGTTTTTCGTTTTTT-TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
** *
22173 CAAGATGGAGATACTCGAAAAAACAAATCC-T-TA--TA--T---T-CA-ATA-TT-GCT--T-T
515 CAAGATTCAGATACTC-AAAAAACAAATCCTTATACCTATGTGGCTACATATAGTTCGATAATAT
* *
22222 -G-CA---AA-GAGTTTTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCAGAATC
579 AGATATTTAAGGAGTATTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCAGAATC
* * *
22276 CGTTTTTGGCCAAAAACCGTGAT-G-TAGTACACGATTTCGGCTGAAAAACTGACCCGAAAAATT
1 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCT-AAAAACTGAACCGAAAAATT
* * * *
22339 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAAGACAAAGGAAAAGTATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGA-GG
65 TTCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAA-GAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACAG
* * ** * *
22403 GCTTTTCACGCTTCAATTATCA-TTTTTCGTTTTTTTTCCGAATTAATTAGAAATTAATTCGAAA
129 GCTTTTCACACTTCAAATAT-AGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTACAAATTAAATCGAAA
* * * * * *
22467 CTAGATTGAGATACTCAAAAAAAAAAAATCCTTATATTCAATATTGCTGAGATTTGGTTCGATGA
193 CAAGATTGAGATACTC-GAAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGA
* * *
22532 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCA-CC-AAAATCACGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCAGAAT
257 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTG-AGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGAAC
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22595 TCGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGGTTAGTGCACAATTTCGGCTAAAAA
321 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAA
Statistics
Matches: 1430, Mismatches: 172, Indels: 82
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
617 130 0.09
618 110 0.08
619 113 0.08
620 11 0.01
624 1 0.00
625 1 0.00
626 1 0.00
627 1 0.00
630 2 0.00
631 2 0.00
632 3 0.00
633 2 0.00
635 1 0.00
638 1 0.00
640 2 0.00
641 13 0.01
642 194 0.14
643 440 0.31
644 149 0.10
645 248 0.17
646 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (638 bp):
CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAAACTGAACCGAAAAATTT
TCTCTCAATTTTTTGCCACAATACAAAGAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGACAGGC
TTTTCACACTTCAAATATAGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTACAAATTAAATCGAAACAA
GATTGAGATACTCGAAAAAACAAATCCTTATATCCAATATGGCTGACATTTGGTTCGATGAATAT
AGATATTTCAAGGAGTCTTTGAGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCAGAACGCGTT
TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAAACTAACCCGAAAAATTTTCT
CTCAATTTTTGCCACAATACAAAGAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAGGGCTTTT
CACGCTTCAAATATCGTTTTTCGTTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
TCAGATACTCAAAAAACAAATCCTTATACCTATGTGGCTACATATAGTTCGATAATATAGATATT
TAAGGAGTATTTGCGCCAAAAATCATGCAGAATTGAGCCGGGGCTCCAGAATC
Done.