Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007304.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07325, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11939
ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.17, T:0.32
Found at i:4581 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 4563--4592 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 5.8 Consensus size: 5
4553 CTTGCTTAAA
4563 AAAAT AATAAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAA
1 AAAAT AA-AAT AAAAT AAAAT AAAAT AAAA
4593 AATATTAATT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
5 19 0.79
6 5 0.21
ACGTcount: A:0.80, C:0.00, G:0.00, T:0.20
Consensus pattern (5 bp):
AAAAT
Found at i:5897 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5858--7241 Score: 1522
Period size: 35 Copynumber: 40.4 Consensus size: 34
5848 CTTAATTACC
* *
5858 CTTACTTAATTATCCTGAATTAAGTTACTTATTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* *
5893 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGGTTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
5928 CTGACTTAATTACCCTGAATTAAG---TTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
* *
5958 CTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTAACTGA
1 C-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* * * *
5994 CTTTACTTAATTATCCTGAATCAAGTTGCTAACTGA
1 C-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6030 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* *
6064 ---ACTTAATTACCCTGAGTTAAGTTATTCACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGA
*
6096 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6131 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* * *
6166 CTCACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6201 ATTACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTGATTAC--A
1 CTTACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* * * *
6235 --GACTTAATTACCCTGAATCAAGTTGCTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6268 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
6302 ---ACTTAATTACCCTGAGTTAAGTTATTCACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGA
*
6334 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
6369 ATTACTTAATTACCCTGAAATAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6404 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6439 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
6473 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
6504 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* *
6536 ATTACTTAATTACCATGAATTAAG---TTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
6567 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
*
6602 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGATGATTACT-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
* *
6636 CTTACTTAATTACTCTTAATTAAGTTGATTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTATTACTGA
* *
6674 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6709 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
6743 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6775 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6809 CTTACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTATTACTGA
* *
6847 CTCACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* * *
6882 ATTACTTAATTACCTTGAATTTAGTTGATTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6916 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
6948 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAG---TTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
6979 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
7014 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
7048 CTTACTTAATTACTCT-AATTAAGTTGATTTTTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A---TTACTGA
*
7085 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
7120 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
7155 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
7189 CTTACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTATTACTGA
*
7227 CTCACTTAATTACCC
1 CTTACTTAATTACCC
7242 ATTAATTATA
Statistics
Matches: 1191, Mismatches: 89, Indels: 135
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 5 0.00
31 276 0.23
32 6 0.01
33 12 0.01
34 90 0.08
35 626 0.53
36 65 0.05
37 38 0.03
38 73 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (34 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
Found at i:6104 original size:66 final size:66
Alignment explanation
Indices: 5860--7219 Score: 1371
Period size: 66 Copynumber: 20.0 Consensus size: 66
5850 TAATTACCCT
* * *
5860 TACTTAATTATCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGGTTA
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
*
5924 CTAAC
64 CT--G
* * *
5929 TGACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTGCT--TTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTT-ACTAA
1 T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-T--
*
5990 CTGACTT
62 -T-ACTG
* * * * *
5997 TACTTAATTATCCTGAATCAAGTTGCTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACTTA
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTA
6061 CTG
64 CTG
*
6064 -ACTTAATTACCCTGAGTTAAGTT-ATTCACTAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT-ACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
*
6127 CTAAAT
64 CT---G
* *
6133 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
*
6198 TAAAT
65 T---G
* * * *
6203 TACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTGATTAC-A--GACTTAATTACCCTGAATCAAGTTGCTAAC
1 TACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
6265 TG
65 TG
* * * *
6267 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCT-ACT--TACTGACTTAATTACCCTGAGTTAAGTT-ATT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
6328 CACTG
63 -ACTG
* *
6333 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTACCCTGAAATAAGTTGAT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
6398 TACTG
62 TACTG
*
6403 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
1 --T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
6468 TACTG
62 TACTG
*
6473 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-T--TACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
6534 G
66 G
* *
6535 AATTACTTAATTACCATGAATTAA---G-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTAT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
6596 TACTG
62 TACTG
* * *
6601 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGATGATTACTACTTACTTAATTACTCTTAATTAAGTTGATT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---
6666 ATTACTG
60 ATTACTG
* *
6673 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
1 --T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
6738 TACTG
62 TACTG
*
6743 -ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
*
6807 TACT
65 T--G
* * *
6811 TACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATTATTACTGACTCACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGAT
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG---ATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
6876 TACTG
62 TACTG
* * * *
6881 AATTACTTAATTACCTTGAATTTAGTTGA-T--TACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGACT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
6943 ACTG
63 ACTG
*
6947 AATTACTTAATTACCCTGAATTAA---G-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTAT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
7008 TACTG
62 TACTG
*
7013 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACTCT-AATTAAGTTGATT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA--
7077 TTTACTG
61 -TTACTG
*
7084 ACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
1 --T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT
7149 TACTG
62 TACTG
*
7154 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACTCTGAATTAAGTTGATT
1 ---TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
7219 A
63 A
7220 TTACTGACTC
Statistics
Matches: 1123, Mismatches: 96, Indels: 144
0.82 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
62 33 0.03
63 5 0.00
64 1 0.00
65 7 0.01
66 419 0.37
67 61 0.05
68 14 0.01
69 104 0.09
70 240 0.21
71 93 0.08
72 88 0.08
73 58 0.05
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.10, T:0.40
Consensus pattern (66 bp):
TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
G
Found at i:6739 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 6709--6779 Score: 97
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
6699 TGATTATTGA
6709 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
6736 ATTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 A-T--T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
*
6767 ATTACTGAATTAC
1 ATTACTTAATTAC
6780 TTAATTACCC
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 8
0.81 0.02 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 10 0.26
28 2 0.05
30 2 0.05
31 25 0.64
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (27 bp):
ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
Found at i:6912 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 6882--6952 Score: 70
Period size: 31 Copynumber: 2.5 Consensus size: 27
6872 TGATTACTGA
* *
6882 ATTACTTAATTACCTTGAATTTAGTTG
1 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
6909 ATTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
1 A-T--T-ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
* *
6940 ACTACTGAATTAC
1 ATTACTTAATTAC
6953 TTAATTACCC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 8
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
27 10 0.28
28 2 0.06
30 1 0.03
31 23 0.64
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (27 bp):
ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
Found at i:10458 original size:34 final size:35
Alignment explanation
Indices: 10419--10488 Score: 115
Period size: 35 Copynumber: 2.0 Consensus size: 35
10409 CAGCTAAAGT
10419 AAATTGAA-AAAAAACGACCACCCTCGATCATTCC
1 AAATTGAATAAAAAACGACCACCCTCGATCATTCC
* *
10453 AAATTGAATAAAAAATGACCACCCTTGATCATTCC
1 AAATTGAATAAAAAACGACCACCCTCGATCATTCC
10488 A
1 A
10489 GCGCAAATTA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 8 0.24
35 25 0.76
ACGTcount: A:0.44, C:0.26, G:0.09, T:0.21
Consensus pattern (35 bp):
AAATTGAATAAAAAACGACCACCCTCGATCATTCC
Found at i:10545 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 10506--10619 Score: 120
Period size: 35 Copynumber: 3.2 Consensus size: 34
10496 TTAAAGAAAG
10506 ACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACA
1 ACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAA-AACA
* * * * * * *
10541 ACCACCCTCGATCATTCCGACATAAATTGAAATCA
1 ACCACCCTGGGTCA-ACTGAAATAAACTGAAAACA
*
10576 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAAAACG
1 -ACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTG-AAAACA
10612 ACCACCCT
1 ACCACCCT
10620 CGATCATTCT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 15, Indels: 6
0.74 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
35 33 0.54
36 28 0.46
ACGTcount: A:0.39, C:0.30, G:0.14, T:0.17
Consensus pattern (34 bp):
ACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAAACA
Found at i:10581 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 10521--10639 Score: 116
Period size: 36 Copynumber: 3.3 Consensus size: 36
10511 CCTGGGTCAA
* * *
10521 CTGAAATAAACTGAAGAACAACCACCCTCGATCATT
1 CTGACATAAACTGAAAAACGACCACCCTCGATCATT
* * * * * *
10557 CCGACATAAATTG-AAATCAGACCACCCTGGGTCA-A
1 CTGACATAAACTGAAAAAC-GACCACCCTCGATCATT
*
10592 CTGAAATAAACTGAAAAACGACCACCCTCGATCATT
1 CTGACATAAACTGAAAAACGACCACCCTCGATCATT
*
10628 CTGACACAAACT
1 CTGACATAAACT
10640 AAAGGAAAAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 18, Indels: 6
0.72 0.21 0.07
Matches are distributed among these distances:
35 26 0.42
36 36 0.58
ACGTcount: A:0.40, C:0.29, G:0.13, T:0.18
Consensus pattern (36 bp):
CTGACATAAACTGAAAAACGACCACCCTCGATCATT
Found at i:10661 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 10463--10700 Score: 239
Period size: 71 Copynumber: 3.3 Consensus size: 71
10453 AAATTGAATA
* * * *
10463 AAAAATGACCACCCTTGATCATTCC-AGCGCAAA-TTAAAGAAAGACCACCCTGGGTCAACTGAA
1 AAAAACGACCACCCTCGATCATTCCGA-CACAAACTGAAAGAAA-ACCACCCTGGGTCAACTGAA
10526 ATAAACTG
64 ATAAACTG
* * * * ** *
10534 AAGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACATAAATTGAAATCAGACCACCCTGGGTCAACTGAAAT
1 AAAAACGACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACTGAAAGAAAACCACCCTGGGTCAACTGAAAT
10599 AAACTG
66 AAACTG
* *** * **
10605 AAAAACGACCACCCTCGATCATTCTGACACAAACT-AAAGGAAAATTGCCCTAGGTCAACTGAGG
1 AAAAACGACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACTGAAA-GAAAACCACCCTGGGTCAACTGAAA
*
10669 TGAACTGG
65 TAAACT-G
10677 AAAAACGACCACCCCTCGATCATT
1 AAAAACGACCA-CCCTCGATCATT
10701 TCGGACTAAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 25, Indels: 8
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
70 3 0.02
71 104 0.76
72 18 0.13
73 12 0.09
ACGTcount: A:0.39, C:0.27, G:0.16, T:0.18
Consensus pattern (71 bp):
AAAAACGACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACTGAAAGAAAACCACCCTGGGTCAACTGAAAT
AAACTG
Found at i:10975 original size:64 final size:63
Alignment explanation
Indices: 10831--10975 Score: 170
Period size: 64 Copynumber: 2.3 Consensus size: 63
10821 TAATTAAAGA
* * *
10831 AAGATCACCCTGGATCAATTAACCTAAGATGGACCGCCTTAGGTCAGTTGAAATTCGCTGTAG
1 AAGATCACCCTGGATCAATTAACCTAAGATGGACCGCCTTAGGTCAGCTGAAAATCACTGTAG
*
10894 AGAGATCACCCTGGATCAATTAA-CTGAAGATGGACCGCCTTGGGTCTA-CTGAAAATCACT-TG
1 A-AGATCACCCTGGATCAATTAACCT-AAGATGGACCGCCTTAGGTC-AGCTGAAAATCACTGT-
10956 AG
62 AG
* *
10958 AATGATCGCCCTAGATCA
1 AA-GATCACCCTGGATCA
10976 TCATGAAAGC
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 6, Indels: 9
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
63 5 0.07
64 65 0.92
65 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.23, G:0.22, T:0.24
Consensus pattern (63 bp):
AAGATCACCCTGGATCAATTAACCTAAGATGGACCGCCTTAGGTCAGCTGAAAATCACTGTAG
Done.