Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007351.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07372, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 54388
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.16, T:0.32
Found at i:940 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 908--941 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
898 CTGGTCGTAA
* *
908 ATTTTTTTTATTTTTTT
1 ATTTTTTTGATATTTTT
925 ATTTTTTTGATATTTTT
1 ATTTTTTTGATATTTTT
942 CGATATAATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 15 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.00, G:0.03, T:0.82
Consensus pattern (17 bp):
ATTTTTTTGATATTTTT
Found at i:4099 original size:11 final size:9
Alignment explanation
Indices: 4066--4090 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 2.8 Consensus size: 9
4056 CTAGTCGAAT
4066 TTTTTTTTA
1 TTTTTTTTA
4075 TTTTTTTTA
1 TTTTTTTTA
4084 TTTTTTT
1 TTTTTTT
4091 GATATTTTTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
9 16 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.00, G:0.00, T:0.92
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTTTA
Found at i:12124 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12104--12137 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
12094 GATATCTCTC
*
12104 TTAGTTA-ATTTACTT
1 TTAGTTAGATTTAATT
12119 TTAGTTAGATTTAATT
1 TTAGTTAGATTTAATT
12135 TTA
1 TTA
12138 ATTCTTCTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.41
16 10 0.59
ACGTcount: A:0.29, C:0.03, G:0.09, T:0.59
Consensus pattern (16 bp):
TTAGTTAGATTTAATT
Found at i:24673 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 24619--25396 Score: 695
Period size: 35 Copynumber: 22.7 Consensus size: 35
24609 TTCTTACTAA
* * * * *
24619 ACTTAATTA-CCTGAATTAAGTCGGTCAATAACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
24653 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTT
* *
24688 ACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTGATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * *
24724 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTTATTACTTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
24759 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTGA-TT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
24793 GACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGAC-T
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTT
* *
24829 -C------A--CTCAATTAAGTTTATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
24855 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
*
24889 GACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGAC-T
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTT
* *
24925 -C------A--CTCAATTAAGTTTATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
24951 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
** *
24985 GACTTAATTACTTTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTC
1 -ACTTAATTAC-CCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTT
* * *
25023 ACTCAATTACCCAGAATCAAGTTG-TATACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT-TACTGACTT
*
25058 ACTTAAGTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA-TT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * * *
25092 GACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGAATGCTGACTC
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTT
*
25129 ACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* *
25164 ACATAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTT
* * * *
25199 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTCATTATTGACTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * *
25234 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A--CCT-AATG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * * * *
25265 GCTTAGTTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
* * * * *
25300 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAATTGAAAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG---ACTT
* * *
25338 ACTTAATTACCCT-AACTTAAGCTAATTACTGACTG
1 ACTTAATTACCCTGAA-TTAAGTTGATTACTGACTT
*
25373 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
25397 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 612, Mismatches: 82, Indels: 99
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 28 0.05
26 12 0.02
27 2 0.00
28 2 0.00
31 23 0.04
32 2 0.00
33 2 0.00
34 24 0.04
35 359 0.59
36 102 0.17
37 27 0.04
38 29 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTT
Found at i:24729 original size:71 final size:69
Alignment explanation
Indices: 24619--25396 Score: 635
Period size: 71 Copynumber: 11.3 Consensus size: 69
24609 TTCTTACTAA
* * * * * * *
24619 ACTTAATTA-CCTGAATTAAGTCGGTCAATAACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACT
24683 GACTT
65 GACTT
* *
24688 ACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTAAATTAAGTTTATTAC
1 ACTTAATTACCCT-GAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTAC
*
24753 TTACTT
64 TGACTT
* * * *
24759 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTAC
24824 TGAC-T
64 TGACTT
* * *
24829 -C------A--CTCAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACT
24885 GA-TT
65 GACTT
*
24889 GACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCAC-----T---C--AATTAAGTTTATTA
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTA
24944 CTGACTT
63 CTGACTT
* * **
24951 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTACTTTTGAATTAAAGTTGATTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTAC-CCTGAATT-AAGTT-ATTA
*
25016 CTGACTC
63 CTGACTT
* * * * *
25023 ACTCAATTACCCAGAATCAAGTTG-TATACTGACTTACTTAAGTACCCTGAATTAAGTTGATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGAT-TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTAC
25087 TGA-TT
64 TGACTT
* * * *
25092 GACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGAATGCTGACTCACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGATTA
1 -ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTA
25157 CTGACTT
63 CTGACTT
* * * * *
25164 ACATAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAACTGACTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTCATTAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTAC
*
25228 TGACTA
64 TGACTT
* * ** *
25234 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-A--CCT-AATGGCTTAGTTACCCTGAATTAAGTTAATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACT
* *
25295 AAATT
65 GACTT
* * * * * * *
25300 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAATTGAAAAATTACTTAATTACCCT-AACTTAAGCTAAT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG---ACTCACTTAATTACCCTGAA-TTAAG-TTAT
*
25364 TACTGACTG
61 TACTGACTT
*
25373 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
25397 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 577, Mismatches: 85, Indels: 90
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
60 32 0.06
61 69 0.12
62 5 0.01
63 2 0.00
65 1 0.00
66 52 0.09
67 3 0.01
68 1 0.00
69 13 0.02
70 137 0.24
71 156 0.27
72 57 0.10
73 48 0.08
74 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (69 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTG
ACTT
Found at i:24841 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 24808--24863 Score: 76
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
24798 AATTACCTTG
24808 AATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
1 AATT-AAGTTGATTACTGACTCACTC
* * *
24834 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTT
1 AATTAAGTTGATTACTGACTCACTC
24859 AATTA
1 AATTA
24864 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 23 0.85
26 4 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (25 bp):
AATTAAGTTGATTACTGACTCACTC
Found at i:24844 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 24738--25242 Score: 638
Period size: 96 Copynumber: 5.1 Consensus size: 96
24728 AATTACCCTA
* *
24738 AATTAAGTTTATTACTTACTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
24803 CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
66 CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
24834 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
24899 CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
66 CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
24930 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
1 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
*
24995 CTTTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
66 C-CTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
* *
25027 AATTACCCAGAATCAAGTTGTATACTGACTTACTTAAGTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
1 AATTA---AG--T----TTAT-TACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATT
* *
25092 GACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGAATGCTGACTCACTCAATTACCCTG
56 GACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTG-AT--T-ACTGACTC----A--CTC
* * *
25143 AATTAAGTTGATTACTGACTTACATAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTAACTGACTT-ACTTAAT
1 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGA-TTGACTTAAT
* * * * * *
25206 TACCCTAAATT-AAGTTCATTATTGACTAACTT
64 TACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
25238 AATTA
1 AATTA
25243 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 366, Mismatches: 20, Indels: 47
0.85 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
95 7 0.02
96 160 0.44
97 35 0.10
100 2 0.01
101 5 0.01
102 2 0.01
104 2 0.01
105 6 0.02
106 69 0.19
107 59 0.16
109 1 0.00
110 7 0.02
111 1 0.00
113 2 0.01
114 1 0.00
116 7 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (96 bp):
AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTA
CCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
Found at i:24848 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 24773--24886 Score: 185
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
24763 AATTACCCTA
*
24773 AATTAAGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
1 AATTAAGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTCACTC
*
24834 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
24887 TTGACTTAAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 3
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
60 14 0.28
61 34 0.68
62 2 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (60 bp):
AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTC
Found at i:24937 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 24904--24959 Score: 76
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
24894 AATTACCTTG
24904 AATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
1 AATT-AAGTTGATTACTGACTCACTC
* * *
24930 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTT
1 AATTAAGTTGATTACTGACTCACTC
24955 AATTA
1 AATTA
24960 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 1
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
25 23 0.85
26 4 0.15
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.09, T:0.41
Consensus pattern (25 bp):
AATTAAGTTGATTACTGACTCACTC
Found at i:24946 original size:61 final size:60
Alignment explanation
Indices: 24869--24982 Score: 185
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
24859 AATTACCCTG
*
24869 AATTAAGTTGATTACTGA-TTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTC
1 AATTAAGTTGATTACTGACTT-ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTCACTC
*
24930 AATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
1 AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGA
24983 TTGACTTAAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 3
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
60 14 0.28
61 34 0.68
62 2 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (60 bp):
AATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTCACTC
Found at i:25331 original size:101 final size:101
Alignment explanation
Indices: 24656--25331 Score: 379
Period size: 96 Copynumber: 6.6 Consensus size: 101
24646 ATAACTTACT
* * * * * * *
24656 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTGACTTACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTGATTACTGA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT-AATTACTTAATTACCCT-GAATTAAATT-AATATTGA
* * * * * * *
24721 CTCACTTAATTACCCTAAATTAAGTTTATTACTTACTTA
63 CTAACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGACTAATGACTTA
* * * * *
24760 CTTAATTACCCTAAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTT--GATT-
1 --TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAATT-ACTTAATTACCCTGAATTAAA-TTAATATTG
* * * * *
24822 ACTGACTC----A--CTCAATTAAGTTTATTACTGACTTA
62 ACTAACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGACTAATGACTTA
* * * *
24856 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTT--GATT-
1 --TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAATT-ACTTAATTACCCTGAATTAAA-TTAATATTG
* * * * *
24918 ACTGACTC----A--CTCAATTAAGTTTATTACTGACTTA
62 ACTAACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGACTAATGACTTA
* * ** * *
24952 CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTACTTTTGAATTAAAGTTGATTAC
1 --TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAATT-ACTTAATTAC-CCTGAATTAAA-TT-AATAT
* * * *
25017 TGACTCACTCAATTACCCAGAATCAAGTTGTA-TACTGACTTA
60 TGACTAACTCAATTACCCTGAATTAAGTTG-ACTAATGACTTA
* * * * **
25059 CTTAAGTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGATTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGAATGCT
1 --TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAATT-ACTTAATTACCCTGAATTAAA-TT-AATATT
* * *
25124 GACTCACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACA
61 GACTAACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGACTAATGACTT--A
* * * * * *
25167 TAATTACCCTGAATTAAGTTACTAACTGACTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTTCATTATTGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT-AATTACTTAATTACCCTGAATTAAATT-AATATTGAC
* *
25232 TAACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACCTAATGGC-T-
64 TAACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGA-CTAATGACTTA
*
25268 TAGTTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAATTGA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACT-AATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTAAT-ATTGA
25332 AAAATTACTT
Statistics
Matches: 494, Mismatches: 56, Indels: 45
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
96 162 0.33
97 13 0.03
98 1 0.00
100 4 0.01
101 60 0.12
102 6 0.01
103 2 0.00
104 2 0.00
105 46 0.09
106 132 0.27
107 64 0.13
108 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (101 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATATTGACTA
ACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGACTAATGACTTA
Found at i:29038 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 28795--29201 Score: 349
Period size: 71 Copynumber: 5.7 Consensus size: 71
28785 AACCATCCTC
* * * * * *
28795 GACCACCCTGGGTCCACTCAAATAAATTGAAGGACGACCACCCTCGATCGTTCCGAACTAAACTG
1 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATTCCGAAATAAACTG
*
28860 AAGAACA
66 ATGAA-A
* * * * * * * * * * * * * *
28867 -ACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACAGAAGAAAGACCGCCTTGGGTCA-ACTGAAATAAACT
1 GACCACCCTGGGTCA-ACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATTCCGAAATAAACT
*
28930 GA-AAAA
65 GATGAAA
** * * * * * * * *
28936 CGACCACCCCCGATC-ATTCCAAACTGAACTGAAGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAG
1 -GACCACCCTGGGTCAACT-GAAA-TAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATTCCGAAATAAA
29000 CTGATGAAA
63 CTGATGAAA
*
29009 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATATACTGAAGAACGACCACCCTCGATCA-TCCTGAAATAAACT
1 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATTCC-GAAATAAACT
*
29073 GATGGAA
65 GATGAAA
* * *
29080 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAATGACCACCCTCGATCATTCTGAAATAAATTG
1 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATTCCGAAATAAACTG
*
29145 AAT-AAT
66 -ATGAAA
* *
29151 GACCACCCTAGGTCAACTGATATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCAT
1 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCAT
29202 CCCGGACTGA
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 63, Indels: 23
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
69 1 0.00
70 7 0.03
71 199 0.76
72 49 0.19
73 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.29, G:0.16, T:0.17
Consensus pattern (71 bp):
GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATTCCGAAATAAACTG
ATGAAA
Found at i:29051 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 28794--29196 Score: 270
Period size: 36 Copynumber: 11.3 Consensus size: 35
28784 CAACCATCCT
* * * * *
28794 CGACCACCCTGGGTCCACTCAAATAAATTGAAGGA
1 CGACCACCCTCGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAA
* ** * *
28829 CGACCACCCTCGATCGTTCCGAACTAAACTGAAGAA
1 CGACCACCCTCGGTC-AACTGAAATAAACTGAAGAA
* * * * * * *
28865 CAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACAGAAGAA
1 CGACCACCCTCGGTCA-ACTGAAATAAACTGAAGAA
* * * * *
28901 AGACCGCCTTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAAAA
1 CGACCACCCTCGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAA
* * * * *
28936 CGACCACCCCCGATC-ATTCCAAACTGAACTGAAGAA
1 CGACCACCCTCGGTCAACT-GAAA-TAAACTGAAGAA
* * * * * * * *
28972 CAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAGCTGATGAA
1 CGACCACCCTCGGTCA-ACTGAAATAAACTGAAGAA
* * *
29008 AGACCACCCTGGGTCAACTGAAATATACTGAAGAA
1 CGACCACCCTCGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAA
* * *
29043 CGACCACCCTCGATCATCCTGAAATAAACTGATGGAA
1 CGACCACCCTCGGTCA-ACTGAAATAAACTGA-AGAA
*
29080 -GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAA
1 CGACCACCCTCGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAA
* * * * *
29114 TGACCACCCTCGATCATTCTGAAATAAATTGAATAA
1 CGACCACCCTCGGTCA-ACTGAAATAAACTGAAGAA
* * *
29150 TGACCACCCTAGGTCAACTGATATAAACTGAAGAA
1 CGACCACCCTCGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAA
29185 CGACCACCCTCG
1 CGACCACCCTCG
29197 ATCATCCCGG
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 82, Indels: 20
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.02
35 115 0.42
36 151 0.55
37 5 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.29, G:0.16, T:0.17
Consensus pattern (35 bp):
CGACCACCCTCGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAA
Found at i:29073 original size:107 final size:106
Alignment explanation
Indices: 28795--29201 Score: 415
Period size: 107 Copynumber: 3.8 Consensus size: 106
28785 AACCATCCTC
* * * * * *
28795 GACCACCCTGGGTCCACTCAAATAAATTGAAGGACGACCACCCTCGATCGTTCCGAACTAAACTG
1 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATC-ATCCGAAATAAACTG
*
28860 AAGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACAGAAGAAA
65 AAGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACTGAAGAAA
* * * * *
28902 GACCGCCTTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAAAACGACCACCCCCGATCATTCC-AAACTGAACT
1 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCA-TCCGAAA-TAAACT
* *
28966 GAAGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAGCTGATGAAA
64 GAAGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACTGAAGAAA
*
29009 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATATACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATCCTGAAATAAACTG
1 GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATCC-GAAATAAACTG
* * * * * * * * *
29074 ATGGAA-GACCACCCTGGGTCA-ACTGAAATAAACTGAAGAAT
65 A-AGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACTGAAGAAA
* * * * * * * * * * *
29115 GACCACCCTCGATCATTCTGAAATAAATTGAATAATGACCACCCTAGGTCAACTGATATAAACTG
1 GACCACCCTGGGTCA-ACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATCCGAAATAAACTG
*
29180 AAGAACGACCACCCTCGATCAT
65 AAGAACAACCACCCTCGATCAT
29202 CCCGGACTGA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 46, Indels: 16
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
105 3 0.01
106 55 0.22
107 182 0.74
108 6 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.29, G:0.16, T:0.17
Consensus pattern (106 bp):
GACCACCCTGGGTCAACTGAAATAAACTGAAGAACGACCACCCTCGATCATCCGAAATAAACTGA
AGAACAACCACCCTCGATCATTCCGACACAAACTGAAGAAA
Found at i:30320 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 30299--30339 Score: 57
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
30289 CTAGAGCTTC
30299 TTTTTTATTCTTCT-TCTT
1 TTTTTTATTCTTCTCTCTT
* *
30317 TTTTTTCTTTTTCTCTCTT
1 TTTTTTATTCTTCTCTCTT
30336 TTTT
1 TTTT
30340 ATGCACTTGA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.60
19 8 0.40
ACGTcount: A:0.02, C:0.17, G:0.00, T:0.80
Consensus pattern (19 bp):
TTTTTTATTCTTCTCTCTT
Found at i:30324 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 30295--30330 Score: 56
Period size: 16 Copynumber: 2.3 Consensus size: 16
30285 CACCCTAGAG
30295 CTTCTTTTTTATTCTT
1 CTTCTTTTTTATTCTT
30311 CTTCTTTTTT-TTCTT
1 CTTCTTTTTTATTCTT
*
30326 TTTCT
1 CTTCT
30331 CTCTTTTTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.47
16 10 0.53
ACGTcount: A:0.03, C:0.19, G:0.00, T:0.78
Consensus pattern (16 bp):
CTTCTTTTTTATTCTT
Found at i:31386 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 31379--31405 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
31369 GAACAGCAGA
31379 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
31406 CAAAAAGCAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:34882 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 34864--34894 Score: 53
Period size: 10 Copynumber: 3.1 Consensus size: 10
34854 TAGATGAGGA
*
34864 TTCTAGAATT
1 TTCTGGAATT
34874 TTCTGGAATT
1 TTCTGGAATT
34884 TTCTGGAATT
1 TTCTGGAATT
34894 T
1 T
34895 GGCAGCAACT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 20 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.10, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (10 bp):
TTCTGGAATT
Found at i:39042 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 38979--39043 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.5 Consensus size: 25
38969 AAAACGGAAA
38979 AAACTTTTCTTTTTTTTTTATCGACGC
1 AAAC-TTT-TTTTTTTTTTATCGACGC
*****
39006 AAAAACAATTTTTTTTTATCGACGC
1 AAACTTTTTTTTTTTTTATCGACGC
39031 AAACTTTTTTTTT
1 AAACTTTTTTTTT
39044 ATAGAAAAAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 10, Indels: 2
0.70 0.25 0.05
Matches are distributed among these distances:
25 25 0.89
27 3 0.11
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (25 bp):
AAACTTTTTTTTTTTTTATCGACGC
Found at i:49924 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 49909--49963 Score: 110
Period size: 10 Copynumber: 5.5 Consensus size: 10
49899 GTTGCTGCAC
49909 AATTCCAGAA
1 AATTCCAGAA
49919 AATTCCAGAA
1 AATTCCAGAA
49929 AATTCCAGAA
1 AATTCCAGAA
49939 AATTCCAGAA
1 AATTCCAGAA
49949 AATTCCAGAA
1 AATTCCAGAA
49959 AATTC
1 AATTC
49964 TAGAGTCCTC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 45 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.20, G:0.09, T:0.22
Consensus pattern (10 bp):
AATTCCAGAA
Found at i:50766 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 50741--50774 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 13
50731 ATAATTATTG
50741 TTTGCTTTATTAA
1 TTTGCTTTATTAA
50754 TTTGCTTTA-TAA
1 TTTGCTTTATTAA
*
50766 TCTGCTTTA
1 TTTGCTTTA
50775 GATTTAAGAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.55
13 9 0.45
ACGTcount: A:0.21, C:0.12, G:0.09, T:0.59
Consensus pattern (13 bp):
TTTGCTTTATTAA
Found at i:50790 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 50771--50810 Score: 62
Period size: 6 Copynumber: 6.5 Consensus size: 6
50761 TATAATCTGC
*
50771 TTTAGA TTTAAGA TTTAGA TTGAGA TTTAGA TTTAGA TTT
1 TTTAGA TTT-AGA TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTTAGA TTT
50811 GTCTGGTATC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
6 25 0.81
7 6 0.19
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.17, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
TTTAGA
Done.