Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007418.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07439, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 904
Length: 1507
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Found at i:662 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 2--1507 Score: 2319
Period size: 333 Copynumber: 4.5 Consensus size: 332
1 G
* *
2 CTCGTAAAAACAAAT-ACTTAAATGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
1 CTCGTAAAAACAAATCA-TTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
** * * * * * *
66 AAAAACTTTCGACACCGAAA-ATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAA
65 AAGGAGTCTCGACGCC-AAATATCAAGCAAAACTGAGACGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAA
*
130 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTCAAAAAATGTC-CTGGAAAATTTT
129 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCTC-GAAAAATTTT
* * *
193 TCTTCATTTTTTTGGCTAAAATACTCATTAAAAATATATAATTTAACAACAAAAAATTTGAAGGA
193 TCTTCA-ATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGA
258 CTTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAC
257 CTTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATAC-TTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAAC
323 AAGATTCAGATC
321 AAGATTCAGATC
* *
335 CTCGTAAAAATAAATCATTAATTGCATTCTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCATTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * *
400 AGGAGTCTCGATGCCAAATATCAAGCAAAACTAAGACGGAGCCCCGAAACGCGTTTTTAGTAAAA
66 AGGAGTCTCGACGCCAAATATCAAGCAAAACTGAGACGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAG-CAAA
* *
465 AAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCTCGAAAAATTTTTC
130 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCTCGAAAAATTTTTC
* *
530 TTCAATTTTTGGCTAAATTACTCATTAAATATATATAATTTAACACCAAAAAATTTAAAGGACTT
195 TTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGACTT
595 TTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGA
260 TTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGA
*
660 TTCAGATG
325 TTCAGATC
* *
668 CTCGTAAAAACAAATCCTTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA-TTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCATTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * * *
732 AGGAGTTTCGACACCGAAA-ATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
66 AGGAGTCTCGACGCC-AAATATCAAGCAAAACTGAGACGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
*
796 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTTCAAAAAATGTCTCGAAAAATTTTTC
130 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCTCGAAAAATTTTTC
* * *
861 TTCAGTTCTTTGGCTAAAATACTCATTAAACATATATAATTTAACACCAAAAAATTTAAAGGACT
195 TTCAATT-TTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGACT
* * *
926 TTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCAAATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCAAAACAAG
259 TTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAG
*
991 ATTCTA-ATA
324 ATTC-AGATC
* *
1000 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCATTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * * * * *
1065 AGGAGTCTCGAAGCCAAATATCAAGGAAAACTTAAACGGAGCCCCGAAACGCTTTTTTAGTAAAA
66 AGGAGTCTCGACGCCAAATATCAAGCAAAACTGAGACGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAA
* *
1130 AATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAAATGTCACGAAAAATTTTTC
131 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTC-AAAAAATGTCTCGAAAAATTTTTC
1195 TTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGACTT
195 TTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGACTT
1260 TTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGA
260 TTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGA
1325 TTCAGATC
325 TTCAGATC
* * * *
1333 CTCGTAAAAATAAATCATTAATTGTATTCTGGCTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
1 CTCGTAAAAACAAATCATTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* * * *
1398 AGGAGTCTAGATGCCAAATATCAAGCAAAACTGCGACGGAGCACCGAAATGCGTTTTTAGCAAAA
66 AGGAGTCTCGACGCCAAATATCAAGCAAAACTGAGACGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAA
*
1463 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGT-AAA-TTTTCAAAAAAT
131 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAAT
Statistics
Matches: 1071, Mismatches: 90, Indels: 27
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
330 7 0.01
331 76 0.07
332 243 0.23
333 564 0.53
334 150 0.14
335 30 0.03
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
CTCGTAAAAACAAATCATTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
AGGAGTCTCGACGCCAAATATCAAGCAAAACTGAGACGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAAA
AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCTCGAAAAATTTTTCT
TCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGACTTT
TCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGAT
TCAGATC
Found at i:1272 original size:665 final size:666
Alignment explanation
Indices: 1--1507 Score: 2517
Period size: 665 Copynumber: 2.3 Consensus size: 666
* *
1 GCTCGTAAAAACAAATACTTAAATGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
1 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
** *
66 AAAAACTTTCGACACCGAAAATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
66 AAGGAGTTTCGACACCGAAAATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
*
131 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTCAAAAAATGTCCTGGAAAATTTTTCT
131 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTCAAAAAATGTCCTGAAAAATTTTTCT
* * *
196 TCATTTTTTTGGCTAAAATACTCATTAAAAATATATAATTTAACAACAAAAAATTTGAAGGACTT
196 TCAGTTCTTTGGCTAAAATACTCATTAAAAATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGACTT
* *
261 TTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAG
261 TTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATAATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCAAAACAAG
* * *
326 ATTCAGATCCTCGTAAAAATAAATCATTAATTGCATTCTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
326 ATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCATTAAATGCATTCTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
*
391 GATATTTCAAGGAGTCTCGATGCCAAATATCAAGCAAAACTAAGACGGAGCCCCGAAACGCGTTT
391 GATATTTCAAGGAGTCTCGAAGCCAAATATCAAGCAAAACTAAGACGGAGCCCCGAAACGCGTTT
*
456 TTAGTAAAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCTCGAA
456 TTAGTAAAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCACGAA
* *
521 AAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAATTACTCATTAAATATATATAATTTAACACCAAAAAATTT
521 AAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTT
586 AAAGGACTTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATC
586 AAAGGACTTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATC
651 GAAACAAGATTCAGAT
651 GAAACAAGATTCAGAT
667 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATA-TTC
1 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
731 AAGGAGTTTCGACACCGAAAATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
66 AAGGAGTTTCGACACCGAAAATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
*
796 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACTAAAATTTTTCAAAAAATGT-CTCGAAAAATTTTT
131 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTTCAAAAAATGTCCT-GAAAAATTTTT
* *
860 CTTCAGTTCTTTGGCTAAAATACTCATTAAACATATATAATTTAACACCAAAAAATTTAAAGGAC
194 CTTCAGTTCTTTGGCTAAAATACTCATTAAAAATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGAC
925 TTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCA-AATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCAAAACA
259 TTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATAATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCAAAACA
* *
989 AGATTCTA-ATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
324 AGATTC-AGATACTCGTAAAAACAAATCATTAAATGCATTCTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
*
1053 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGAAGCCAAATATCAAGGAAAACTTAA-ACGGAGCCCCGAAACGC
388 ATAGATATTTCAAGGAGTCTCGAAGCCAAATATCAAGCAAAAC-TAAGACGGAGCCCCGAAACGC
* *
1117 TTTTTTAGT-AAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAAATGTC
452 GTTTTTAGTAAAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTTC-AAAAAATGTC
1181 ACGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAA
516 ACGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAA
1246 AATTTAAAGGACTTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATT
581 AATTTAAAGGACTTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATT
1311 AAATCGAAACAAGATTCAGAT
646 AAATCGAAACAAGATTCAGAT
* * * * * * *
1332 CCTCGTAAAAATAAATCATTAATTGTATTCTGGCTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
1 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
* * ** * * * * *
1397 AAGGAGTCTAGATGCC-AAATATCAAGCAAAACTGCGACGGAGCACCGAAATGCGTTTTTAGCAA
66 AAGGAGTTTCGACACCGAAA-ATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAA
*
1461 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGGT-AAATTTTCAAAAAAT
130 AAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTCAAAAAAT
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 44, Indels: 16
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
664 55 0.07
665 477 0.60
666 258 0.33
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (666 bp):
GCTCGTAAAAACAAATCCTTAATTGCATTGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTC
AAGGAGTTTCGACACCGAAAATCATGCAAAATTGAGGCGGAGCCCCGAAATGCGTTTTTAGCAAA
AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTCAAAAAATGTCCTGAAAAATTTTTCT
TCAGTTCTTTGGCTAAAATACTCATTAAAAATATATAATTTAACAACAAAAAATTTAAAGGACTT
TTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATAATTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCAAAACAAG
ATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCATTAAATGCATTCTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
GATATTTCAAGGAGTCTCGAAGCCAAATATCAAGCAAAACTAAGACGGAGCCCCGAAACGCGTTT
TTAGTAAAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTTCAAAAAATGTCACGAA
AAATTTTTCTTCAATTTTTGGCTAAAATACTCATTAAATATATATAATTTAACAACAAAAAATTT
AAAGGACTTTTCGAGCTTTTCATATCCTTTTTCATACTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATC
GAAACAAGATTCAGAT
Done.