Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007439.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07460, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15365
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.19, T:0.32
Found at i:3796 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3758--3798 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
3748 CCTTGGCTTA
**
3758 TGATCTTCAATATTCTTCAAT
1 TGATCTTCAATAGACTTCAAT
*
3779 TGATCTTCAATGGACTTCAA
1 TGATCTTCAATAGACTTCAA
3799 GCCTTCAAGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TGATCTTCAATAGACTTCAAT
Found at i:7936 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 7785--7949 Score: 242
Period size: 41 Copynumber: 4.1 Consensus size: 40
7775 TCATTTGCAT
* * *
7785 AAGTAAACACAGT-CAGTCTTAGTTCAGTGTAATTAAGAA
1 AAGTAAACACAGTAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAA
* *
7824 AAGTACACACAGTTAAAGTCTTAATTCAGAGTAATTAAGAA
1 AAGTAAACACAG-TAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAA
7865 AAGTAAACACAGTAAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAA
1 AAGTAAACACAGT-AAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAA
*
7906 AAGTAAACACAGTAGAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAA
1 AAGTAAACACAGTAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAG-AA
7947 AAG
1 AAG
7950 CAGTTAAAGG
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 7, Indels: 6
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
39 11 0.10
40 26 0.23
41 78 0.68
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (40 bp):
AAGTAAACACAGTAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAA
Found at i:7978 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 7924--8729 Score: 906
Period size: 37 Copynumber: 21.6 Consensus size: 37
7914 ACAGTAGAGT
*
7924 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* * *
7961 CTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAACCAG-TAAAAGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
7997 CTTAATTCA-GGATAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* * * * *
8034 TTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAAGTAGGTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* *
8071 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* * *** *
8108 CTTAATTCAGGGAACTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAATGA
1 CTTAATTCAGGGAA----ATT-AAGTAAAAGCAGT-TAA--AG------GA
* *
8159 CTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGG-
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
**
8195 CTTAATTCAGGTTAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
*
8231 CTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* *
8268 CTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGG-
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* * *
8304 CTTAATTCAGGGTAATTAACTAAAAGCAATTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* **
8341 CTTAATTCA-AGATAATTAAGTAAAAGCA-ACAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
*
8377 CTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
*
8414 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAAAACAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGT--AAAAGCAGTTAAAGGA
* *
8453 CTTGATTTAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
*
8490 CTTAATTCAGGGAAATTAAATAAAAATGCAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAA-GCAGTTAAAGGA
8529 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
*
8566 CTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGCA-TTCAAA-GA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTT-AAAGGA
*
8602 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-TAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* *
8638 CTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAACAG----A-GA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* * * *
8670 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAAGTAG-TCAAGGA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
* *
8706 CTTAATTCAGGGTAATTAAATAAA
1 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAA
8730 GACAAGCAGA
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 76, Indels: 69
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 26 0.04
33 1 0.00
35 12 0.02
36 226 0.34
37 273 0.41
38 10 0.02
39 66 0.10
41 3 0.00
42 8 0.01
43 4 0.01
45 4 0.01
46 8 0.01
47 3 0.00
51 15 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGA
Found at i:8013 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 7924--8729 Score: 827
Period size: 73 Copynumber: 10.8 Consensus size: 72
7914 ACAGTAGAGT
* * *
7924 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAACCA
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCA
7989 GTAAAAGA
65 GTAAAAGA
* * * *
7997 CTTAATTCAGGATAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGATTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAAGTA
1 CTTAATTCAGGA-AATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCA
*
8062 GGTAAAGGA
65 -GTAAAAGA
* *
8071 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAATTCAGGGAACTTGATTCAGGGAA
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAA----ATT------A
* * *
8136 ATTAAGTAAAAGCAGTTAAATGA
55 AGTAA--AAG--CAG-TAAAAGA
* * **
8159 CTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGG-CTTAATTCAGGTTAATTAAGTAAAAGCA
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCA
*
8223 GTAAAGGA
65 GTAAAAGA
*
8231 CTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAGCA
1 CTTAATTCAG-GAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCA
* *
8296 GTCAAAGG
65 GTAAAAGA
* * * *
8304 CTTAATTCAGGGTAATTAACTAAAAGCAATTAAAGGACTTAATTCA-AGATAATTAAGTAAAAGC
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAAGC
** *
8368 AACAAAGGA
64 AGTAAAAGA
* *
8377 CTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAAAA
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT--AAAAG
*
8442 CAGTTAAAGGA
63 CAG-TAAAAGA
* * *
8453 CTTGATTTAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAATAAAAATG
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAA-G
*
8518 CAGTTAAAGGA
63 CAG-TAAAAGA
*
8529 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGCA
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCA
* *
8594 TTCAAAGA
65 GTAAAAGA
* * *
8602 CTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAG-TAAAGGACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAACA
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCA
8666 G----AGA
65 GTAAAAGA
* * * * * *
8670 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAAGTAG-TCAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAATAAA
1 CTTAATTCA-GGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAA
8730 GACAAGCAGA
Statistics
Matches: 633, Mismatches: 73, Indels: 59
0.83 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
68 55 0.09
71 1 0.00
72 74 0.12
73 229 0.36
74 57 0.09
75 19 0.03
76 127 0.20
77 5 0.01
78 3 0.00
83 3 0.00
84 4 0.01
86 2 0.00
87 13 0.02
88 41 0.06
ACGTcount: A:0.46, C:0.09, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (72 bp):
CTTAATTCAGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG
TAAAAGA
Found at i:8129 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 8107--8140 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
8097 CAGTCAAAGG
8107 ACTTAATTCAGGGA
1 ACTTAATTCAGGGA
*
8121 ACTTGATTCAGGGA
1 ACTTAATTCAGGGA
*
8135 AATTAA
1 ACTTAA
8141 GTAAAAGCAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 3, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.21, T:0.29
Consensus pattern (14 bp):
ACTTAATTCAGGGA
Found at i:8151 original size:51 final size:51
Alignment explanation
Indices: 8070--8177 Score: 162
Period size: 51 Copynumber: 2.1 Consensus size: 51
8060 TAGGTAAAGG
* *
8070 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTTAATTCAGGGA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTCAATTCAGGGA
* * *
8121 ACTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAATGACTCAATTCAGGGA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTCAATTCAGGGA
*
8172 AATTAA
1 ACTTAA
8178 GTAAAAGCAG
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 7, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
51 50 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (51 bp):
ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGACTCAATTCAGGGA
Found at i:8187 original size:88 final size:87
Alignment explanation
Indices: 8038--8205 Score: 264
Period size: 88 Copynumber: 1.9 Consensus size: 87
8028 AAAGGATTTA
* * * * *
8038 ATTCAGGGTAATTAAGTAGAAGTAGGTAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAGTCA
1 ATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGGTAAAGGACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCA
8103 AAGGACTTAATTCAGGGAACTTG
66 AAGG-CTTAATTCAGGGAACTTG
* *
8126 ATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAATGACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCA
1 ATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGGTAAAGGACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCA
8191 AAGGCTTAATTCAGG
66 AAGGCTTAATTCAGG
8206 TTAATTAAGT
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 7, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
87 11 0.15
88 62 0.85
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (87 bp):
ATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGGTAAAGGACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCA
AAGGCTTAATTCAGGGAACTTG
Found at i:8708 original size:68 final size:69
Alignment explanation
Indices: 8121--9082 Score: 578
Period size: 73 Copynumber: 13.3 Consensus size: 69
8111 AATTCAGGGA
* * * *
8121 ACTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAATGACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGC
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAA-CA-TCAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAGT
8186 AGTCAAAGG
62 AGT-AAAGG
** * *
8195 -CTTAATTCAGGTTAATTAAGTAAAAGCAGT-AAAGGACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGC
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAA-CA-TCAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAGT
8258 AGTTAAAGG
62 AG-TAAAGG
* * * * *
8267 ACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGGCTTAATTCAGGGTAATTAACTAAAAGCA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAA-CA-TCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAG-T
*
8332 ATTAAAGG
62 AGTAAAGG
* * * *
8340 ACTTAATTCA-AGATAATTAAGTAAAAGCAACAAAGGACTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGC
1 ACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAA-CATCAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAGT
8404 AGTTAAAGG
62 AG-TAAAGG
* * *
8413 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAAAACAGTTAAAGGACTTGATTTAGGGAAATTAAGTAAAA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGT---AAAACA-TCAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAA
*
8478 GCAGTTAAAGG
60 GTAG-TAAAGG
* *
8489 ACTTAATTCAGGGAAATTAAATAAAAATGCAGTTAAAGGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAA--CA-TCAAA-GACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAA
*
8554 GCAGTTAAAGG
60 GTAG-TAAAGG
* *
8565 ACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGCATTCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAA-CA-TCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGT-A
8630 GTAAAGG
63 GTAAAGG
* * *
8637 ACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAA-A-CAGAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAAGTAGT
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAACATCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAGTAGT
*
8700 CAAGG
65 AAAGG
* * * * * *
8705 ACTTAATTCAGGGTAATTAAATAAAGACAAGCAGAA-ACTTACTTTCAAGGAAATTAGGTAAGGA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAA-AC-ATCA-AAGACTTA-ATTCAGGGAAATTAAGTAA--A
** * *
8769 CAAGGACA-G
60 GTAGTAAAGG
* * * * * *
8778 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAATACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAGA
1 ACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAA-AC-ATCAAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAAG-
* * *
8843 CAAGCACA-G
61 -TAGTAAAGG
* * * * *
8852 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAGTCCAGT-AATGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACA-
1 ACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAA--ACA-TCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAA-AG
* *
8915 TCAGCAAA-T
61 T-AGTAAAGG
* * * * ** *
8924 ACTTAATTTAGGGTAATTATGTAAAATCAGCAAAAGACTTAATTTCAAAGAAATTAAGTAAAATC
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAA-CATC-AAAGACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAAGT-
* *
8989 GGCAAA-G
62 AGTAAAGG
** * *
8996 ACTTAACCCAATGGG--ATTAAGTAAAGA-A--AATGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT--AG-A
1 ACTTAATTC-A-GGGAAATTAAGTAAA-ACATCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGTA
*
9053 GTCAAGG
63 GTAAAGG
*
9060 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
9083 GAGTCAAAAA
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 101, Indels: 98
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
62 3 0.00
63 4 0.01
64 16 0.02
65 1 0.00
67 13 0.02
68 63 0.08
69 5 0.01
70 3 0.00
71 27 0.04
72 135 0.18
73 221 0.30
74 113 0.15
75 8 0.01
76 131 0.18
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (69 bp):
ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAACATCAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAGTAGTA
AAGG
Found at i:8717 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 8121--9082 Score: 780
Period size: 37 Copynumber: 26.6 Consensus size: 36
8111 AATTCAGGGA
* *
8121 ACTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAATG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAGG
*
8158 ACTCAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGT-AAAGG
**
8195 -CTTAATTCAGGTTAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
*
8230 ACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAGG
*
8267 ACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTCAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGT-AAAGG
* * *
8304 -CTTAATTCAGGGTAATTAACTAAAAGCAATTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGC-AGTAAAGG
* **
8340 ACTTAATTCA-AGATAATTAAGTAAAAGCAACAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGA-AATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
*
8376 ACTTGATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAGG
*
8413 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAAAACAGTTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGT--AAAAGCAG-TAAAGG
* *
8452 ACTTGATTTAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAGG
*
8489 ACTTAATTCAGGGAAATTAAATAAAAATGCAGTTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGT-AAAA-GCAG-TAAAGG
8528 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAGG
* *
8565 ACTTAATTCAGAGAAATTAAGTAAAAGCATTCAAA-G
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGT-AAAGG
*
8601 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAATCAGTAAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
* *
8637 ACTTAATTTAGGGAAATTAAGTAAAAACAG---A-G
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
* * * *
8669 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAAAGTAGTCAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
* * *
8705 ACTTAATTCAGGGTAATTAAAT-AAAGACAAGCAGAA--
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAG-C-AGTA-AAGG
* * * * * *
8741 ACTTACTTTCAAGGAAATTAGGT-AAGGACAAGGACA-G
1 ACTTA-ATTCAGGGAAATTAAGTAAAAG-C-AGTAAAGG
* * * *
8778 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAATA-CAAGCACA-G
1 ACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAA-AGC-AGTAAAGG
* * * *
8815 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGT-AAAGACAAGCACA-G
1 ACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAAAG-C-AGTAAAGG
* * *
8852 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGT-AAAGTCCAGT-AATG
1 ACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAAAG--CAGTAAAGG
* * * * *
8889 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAACATCAGCAAA-T
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
* * * * * *
8924 ACTTAATTTAGGGTAATTATGTAAAATCAGCAAAAG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
** * * *
8960 ACTTAATTTCAAAGAAATTAAGTAAAATCGGCAAA-G
1 ACTTAA-TTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
** *
8996 ACTTAACCCAATGGG--ATTAAGT-AAAG-A--AAATG
1 ACTTAATTC-A-GGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
* *
9028 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGT---AG-AGTCAAGG
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
*
9060 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTA
1 ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTA
9083 GAGTCAAAAA
Statistics
Matches: 792, Mismatches: 90, Indels: 90
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 6 0.01
31 4 0.01
32 66 0.08
33 1 0.00
34 3 0.00
35 56 0.07
36 234 0.30
37 343 0.43
38 13 0.02
39 66 0.08
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (36 bp):
ACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCAGTAAAGG
Found at i:8792 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 8769--8829 Score: 50
Period size: 18 Copynumber: 3.3 Consensus size: 18
8759 TAGGTAAGGA
8769 CAAGGACAGACTTAATTT
1 CAAGGACAGACTTAATTT
* * ** * *
8787 CAAGGAAATTAGGTAAATA
1 CAAGGACA-GACTTAATTT
*
8806 CAAGCACAGACTTAATTT
1 CAAGGACAGACTTAATTT
8824 CAAGGA
1 CAAGGA
8830 AATTAGGTAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 14, Indels: 2
0.64 0.32 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 17 0.61
19 11 0.39
ACGTcount: A:0.44, C:0.15, G:0.18, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
CAAGGACAGACTTAATTT
Found at i:9047 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 9011--9118 Score: 108
Period size: 32 Copynumber: 3.2 Consensus size: 32
9001 ACCCAATGGG
*
9011 ATTAAGTAAAGAAAATGACTTAATTCAGGGTA
1 ATTAAGTAAAGAAAAGGACTTAATTCAGGGTA
* **
9043 ATTAAGTAGAGTCAAGGACTTAATTCAGGGTA
1 ATTAAGTAAAGAAAAGGACTTAATTCAGGGTA
* * * *
9075 ATTAAGTAGAGTCAAAAAAGGGCTTAATTTAGGGTG
1 ATTAAGTA-A---AGAAAAGGACTTAATTCAGGGTA
9111 ATTAAGTA
1 ATTAAGTA
9119 GAGTAAATAA
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 4
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
32 36 0.59
36 25 0.41
ACGTcount: A:0.42, C:0.06, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (32 bp):
ATTAAGTAAAGAAAAGGACTTAATTCAGGGTA
Found at i:9109 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 9022--9143 Score: 146
Period size: 36 Copynumber: 3.5 Consensus size: 36
9012 TTAAGTAAAG
*
9022 AAAATGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTC--
1 AAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAA
9056 --AAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAA
1 AAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAA
* * *
9090 AAAAGGGCTTAATTTAGGGTGATTAAGTAGAGT-AA
1 AAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAA
* *
9125 ATAAAGAATTTAATTCAGG
1 A-AAAGGACTTAATTCAGG
9144 ACAATTAAAT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 8, Indels: 8
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 31 0.41
35 3 0.04
36 41 0.55
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.23, T:0.29
Consensus pattern (36 bp):
AAAAGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAA
Found at i:9151 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 9028--9174 Score: 133
Period size: 36 Copynumber: 4.2 Consensus size: 36
9018 AAAGAAAATG
* *
9028 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAG----TCAAGG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTAAATAAAGA
*
9060 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAAA-AAAGG
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGT-AAATAAAGA
* * *
9096 GCTTAATTTAGGGTGATTAAGTAGAGTAAATAAAGA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTAAATAAAGA
* ** * * * *
9132 ATTTAATTCAGGACAATTAAATGGAATCAATAAAGA
1 ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTAAATAAAGA
9168 ACTTAAT
1 ACTTAAT
9175 CTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 16, Indels: 8
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
32 26 0.28
35 3 0.03
36 64 0.69
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (36 bp):
ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTAAATAAAGA
Found at i:10641 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 10605--10662 Score: 89
Period size: 15 Copynumber: 3.8 Consensus size: 15
10595 ATTGGGCAGG
* *
10605 TTCGGGTTCGGTTAC
1 TTCGGGTTCGGGTAT
10620 TTCGGGTTCGGGTATT
1 TTCGGGTTCGGGTA-T
10636 TTCGGGTTCGGGTAT
1 TTCGGGTTCGGGTAT
10651 TTCGGGTTCGGG
1 TTCGGGTTCGGG
10663 CTCGGATCGG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
15 26 0.65
16 14 0.35
ACGTcount: A:0.05, C:0.16, G:0.40, T:0.40
Consensus pattern (15 bp):
TTCGGGTTCGGGTAT
Found at i:10645 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 10636--10699 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 10.5 Consensus size: 6
10626 TTCGGGTATT
* * **
10636 TTCGGG TTCGGG TATTTCGGG TTCGGG CTC-GG ATCGGG TTCGGG GCCGGG
1 TTCGGG TTCGGG ---TTCGGG TTCGGG TTCGGG TTCGGG TTCGGG TTCGGG
10686 -TCGGG TTCGGG TTC
1 TTCGGG TTCGGG TTC
10700 ACTTTCGATA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 10
0.75 0.10 0.16
Matches are distributed among these distances:
5 8 0.17
6 33 0.70
9 6 0.13
ACGTcount: A:0.03, C:0.20, G:0.47, T:0.30
Consensus pattern (6 bp):
TTCGGG
Found at i:10674 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 10652--10696 Score: 63
Period size: 17 Copynumber: 2.7 Consensus size: 16
10642 TTCGGGTATT
10652 TCGGGTTCGGGCTCGGA
1 TCGGGTTCGGGC-CGGA
*
10669 TCGGGTTCGGGGCCGGG
1 TCGGGTTC-GGGCCGGA
10686 TCGGGTTCGGG
1 TCGGGTTCGGG
10697 TTCACTTTCG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.12
17 19 0.73
18 4 0.15
ACGTcount: A:0.02, C:0.22, G:0.53, T:0.22
Consensus pattern (16 bp):
TCGGGTTCGGGCCGGA
Done.