Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01000750.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig00750, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 601

Length: 1002
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.21, T:0.32


Found at i:945 original size:134 final size:133

Alignment explanation


    Indices: 691--952  Score: 336
    Period size: 134  Copynumber: 1.9  Consensus size: 133

        681 GCGGCAACAC

                             *      *  *      *    *                         
        691 TTATGCAGGTGTTGCCGGTTATGGTGGTGCTTATGGCCCTGTAAATGGTGTAATTAACCGTTATT
          1 TTATGCAGGTGTTGCCGATTATGGCGGCGCTTATAGCCCCGTAAATGGTGTAATTAACC--TATT

               *          *                                                  
        756 ATATCCCCAAGTGATTATTACAATTATGGCGGCACTTTTGGCACAAGTGCTTCCAATTATGGCCG
         64 ATAGCCCCAAGTGACTA-TACAATTATGGCGGCACTTTTGGCACAAGTGCTTCCAATTATGGCCG

                  
        821 CGGCAG
        128 CGGCAG

                                                                             
        827 TTATGCAGGTGTTGCCGATTATGGCGGCGC-TATAGCCCCGTAAATGGTGTAGTACTTAACC-AT
          1 TTATGCAGGTGTTGCCGATTATGGCGGCGCTTATAGCCCCGTAAATGGTGTA--A-TTAACCTAT

                                             *                               
        890 TAT-GCCCCAAGTG-CTA-ACAATTATGGCGGCGCTTTTGGCACCACAAGTGCTTCCAATTATGG
         63 TATAGCCCCAAGTGACTATACAATTATGGCGGCACTTTTGG---CACAAGTGCTTCCAATTATGG

             
        952 C
        125 C

        953 GGCATTTCTT


Statistics
Matches: 112,  Mismatches: 8, Indels: 14
        0.84            0.06        0.10

Matches are distributed among these distances:
 131   21  0.19
 133    2  0.02
 134   31  0.28
 135   24  0.21
 136   27  0.24
 137    1  0.01
 138    6  0.05

ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.25, T:0.31


Consensus pattern (133 bp):   
TTATGCAGGTGTTGCCGATTATGGCGGCGCTTATAGCCCCGTAAATGGTGTAATTAACCTATTAT
AGCCCCAAGTGACTATACAATTATGGCGGCACTTTTGGCACAAGTGCTTCCAATTATGGCCGCGG
CAG
Done.