Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007531.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07552, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3607
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.14, T:0.38
Found at i:995 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 974--1011 Score: 60
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
964 GGAAAGGATG
*
974 TGCATGGAG-GCATGGAGA
1 TGCATGGAGACCATGGAGA
992 TGCATGGAGACCATGGAGA
1 TGCATGGAGACCATGGAGA
1011 T
1 T
1012 AACAATGGAC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.50
19 9 0.50
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.39, T:0.18
Consensus pattern (19 bp):
TGCATGGAGACCATGGAGA
Found at i:1823 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1781--1931 Score: 223
Period size: 36 Copynumber: 4.2 Consensus size: 36
1771 CTCTTCTTAG
* *
1781 ATTAAG-CTCTTTATTGACTCCACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGCCT-TTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
*
1817 ATTAAGCCTTTTATTGACGTTACTTAATTACCCTGA
1 ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
*
1853 ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACTCTGA
1 ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
* *
1889 ATTAAGTCCCTTTATTGACGCTACTTAATTACCCCGA
1 ATTAAG-CCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
1926 ATTAAG
1 ATTAAG
1932 TCCCTAACTT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 8, Indels: 3
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
36 70 0.67
37 35 0.33
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (36 bp):
ATTAAGCCTTTTATTGACGCTACTTAATTACCCTGA
Found at i:2048 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 2024--2082 Score: 59
Period size: 19 Copynumber: 3.2 Consensus size: 19
2014 TCTACTTAAT
2024 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
* * * *
2043 TCCCTTACTCT--ACTTAAT
1 TCCCTTCCT-TGGAATCAAG
2061 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
1 TCCCTTCCTTGGAATCAAG
2080 TCC
1 TCC
2083 TTTGCTCTAC
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 8, Indels: 6
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.03
18 12 0.41
19 15 0.52
20 1 0.03
ACGTcount: A:0.20, C:0.34, G:0.10, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
TCCCTTCCTTGGAATCAAG
Found at i:2139 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 1954--2166 Score: 291
Period size: 69 Copynumber: 3.0 Consensus size: 69
1944 CTTAATTTCC
* * * *
1954 TTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTCTACTCTAC
1 TTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTAC
2019 TTAA
66 TTAA
* *
2023 TTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCCTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTGC
1 -----TTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTAC
2088 TCTACTTAA
61 TCTACTTAA
* * * *
2097 TTCCTTGGAATCAAGTCCTTTGCTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTTTCTTTAC
1 TTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTAC
2162 TTAA
66 TTAA
2166 T
1 T
2167 CCCTGGAGGT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 11, Indels: 5
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
69 65 0.51
74 63 0.49
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (69 bp):
TTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCTAC
TTAA
Found at i:2152 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 1943--2170 Score: 315
Period size: 37 Copynumber: 6.3 Consensus size: 37
1933 CCCTAACTTG
* * * *
1943 ACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCCTTAACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
1980 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTCTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
2017 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCCTTACTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
2054 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTGCTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
*
2091 ACTTAA-----TTCCTTGGAATCAAGTCCTTTGCTCT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
* * *
2123 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAACCAAGTCCTTTTCTTT
1 ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
2160 ACTTAA-TCCCT
1 ACTTAATTCCCT
2171 GGAGGTTAAG
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 12, Indels: 11
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
32 32 0.18
36 5 0.03
37 137 0.79
ACGTcount: A:0.22, C:0.29, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (37 bp):
ACTTAATTCCCTTCCTTGGAATCAAGTCCTTTACTCT
Found at i:2415 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 2322--2604 Score: 523
Period size: 76 Copynumber: 3.7 Consensus size: 76
2312 CCTTCCTTGA
*
2322 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCAC-TGAAATTAAGTCTGTACTTACTTTAC
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTC-CTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTAC
2386 TTAATTACCCTG
65 TTAATTACCCTG
* *
2398 AATTAAGTCTATACTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
2463 TAATTACCCTG
66 TAATTACCCTG
2474 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
2539 TAATTACCCTG
66 TAATTACCCTG
2550 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
1 AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC
2605 CTATCCTTAC
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 5, Indels: 2
0.97 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
76 201 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (76 bp):
AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTACTTTACT
TAATTACCCTG
Found at i:2616 original size:41 final size:40
Alignment explanation
Indices: 2277--2604 Score: 346
Period size: 41 Copynumber: 8.5 Consensus size: 40
2267 ACTTAATTAC
*
2277 CCTG-AATTAAGTATGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
*
2316 CCTTGAAATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CC-TGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
* * * *
2357 CACTGAAATTAAGTCTGTACTT-ACTTTACTTAA-TTAC--
1 C-CTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
* *
2394 CCTG-AATTAAGTCTATACTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
* * * *
2433 CATTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC--
1 C-CTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
*
2470 CCTG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
* * *
2509 CCTTGAAATTAAGTCTGTGCTT-ACTTTACTTAA-TTAC--
1 CC-TGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
*
2546 CCTG-AATTAAGTCTATGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
1 CCTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
2585 CCTTGAAATTAAGTCTGTGC
1 CC-TGAAATTAAGTCTGTGC
2605 CTATCCTTAC
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 31, Indels: 40
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
35 45 0.19
36 34 0.14
37 13 0.05
39 16 0.07
40 35 0.15
41 93 0.39
42 1 0.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (40 bp):
CCTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACCTAATTTCCTT
Found at i:2670 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 2617--2919 Score: 190
Period size: 37 Copynumber: 7.9 Consensus size: 37
2607 ATCCTTACCT
* *
2617 TTTAACTGTTTTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTCC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
* * *
2654 TTCAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
* *
2691 TTTGAC--CATGTTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGCTCC
1 TTTAACTGC-T-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCC
* * * *
2729 TTTGACTGCTTTTACCTT-ATTTCCTTGAATGAAGAT--
1 TTTAACTGCTTTTA-CTTAATTACCCTGAATTAAG-TCC
* *
2765 TTTGACTGACTATGTTTACTTTTCTTAATTGCCCTGAATTAAGAT--
1 TTTAACTG-C--T-TTTA-----CTTAATTACCCTGAATTAAG-TCC
* * * *
2810 TTTGACTGTTTTTACTTAATTGCCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
* * * *
2847 -TCAACTGCTCCTTCACTTAACTACCCTGAATTAAGTTC
1 TTTAACTGCT--TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
* *
2885 TTTACCTGCTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGT
1 TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
2920 TCTCTTACTC
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 29, Indels: 40
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
35 2 0.01
36 35 0.16
37 81 0.37
38 51 0.24
39 12 0.06
40 5 0.02
41 4 0.02
42 1 0.00
44 3 0.01
45 23 0.11
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (37 bp):
TTTAACTGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCC
Found at i:3115 original size:70 final size:71
Alignment explanation
Indices: 2893--3119 Score: 348
Period size: 71 Copynumber: 3.2 Consensus size: 71
2883 TCTTTACCTG
* * * *
2893 CTTTTACTTAATTACCCAGAATTAAGTTCTCTTACTCTTCTTAATTGTCCAGCTTAGGACCTTGA
1 CTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGAT-T-TTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGA
2958 CTATACTTT
63 CTATACTTT
* * *
2967 CTTTTCTTAATTACCATGAATTAAGAGTTTACCCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
3032 TACTTT
66 TACTTT
*
3038 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTC-TCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
3102 TACTTT
66 TACTTT
3108 CTTTTCTTAATT
1 CTTTTCTTAATT
3120 CTTTTTAATC
Statistics
Matches: 142, Mismatches: 11, Indels: 4
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
70 47 0.33
71 71 0.50
72 1 0.01
73 18 0.13
74 5 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (71 bp):
CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTACTCTTCTTAATTGCCCAACTTAGGACCTTGACTA
TACTTT
Done.