Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007536.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07557, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6941
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.16, T:0.35
Found at i:5448 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 5397--5714 Score: 386
Period size: 35 Copynumber: 9.3 Consensus size: 35
5387 CTTAATTACC
* * * *
5397 CTTACTTGATTGCCCTGAATCAAGTTACTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
*
5432 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
*
5466 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA-TTA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
* * *
5497 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
* *
5532 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
*
5567 CTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAC---CT-A
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
* *
5598 CTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTGA
* * *
5633 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
*
5668 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
*
5703 CTGACTTAATTA
1 CTTACTTAATTA
5715 AGTTACCTAC
Statistics
Matches: 245, Mismatches: 27, Indels: 22
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 54 0.22
32 3 0.01
34 28 0.11
35 159 0.65
ACGTcount: A:0.35, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTGA
Found at i:5473 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 5435--6351 Score: 647
Period size: 35 Copynumber: 27.6 Consensus size: 31
5425 TAACTGACTT
*
5435 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
*
5466 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTATTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAC---TTACTG
* * *
5500 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
*
5531 AATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTG
1 ----ACTTAATTACCCTGAATTAAG----TTACTTACTG
*
5570 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
*
5601 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTAC----TG
* *
5636 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACT---T-ACTG
*
5671 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
* * *
5702 AC----TGA--CTTAATTAAGTTACCTACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
*
5727 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTAAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTAC----TG
* *
5762 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
*
5793 ACTAACATAATTACCCTGAATTAAGCTAATTACTGACTG
1 ACT----TAATTACCCTGAATTAAG----TTACTTACTG
*
5832 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
* *
5863 ACTTACTGAACTGCCCTGAATTAAGTCGATTA-TTGACTTG
1 AC-T--T-AATTACCCTGAATTAA---G-TTACTT-AC-TG
*
5903 -CTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTATTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTACTG
*
5933 AATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAC-TACCTT
1 ----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTA-CTG
* * *
5968 ACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTAAG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACT--G
*
6001 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG
1 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
* *
6035 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTA-TTCACTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTT-ACTG
*
6066 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTTTTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-C--TTACTG
* ** *
6100 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCCGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
* *
6131 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTTAATTACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
* *
6162 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAATTA-TTCACTA
1 ----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTT-ACTG
*
6197 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTTTTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-C--TTACTG
* ** *
6231 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCCGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
* *
6262 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATTACTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
* *
6293 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTATTG
1 ----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
6328 ATTAGCTTAATTACCCTGAATTAA
1 ---A-CTTAATTACCCTGAATTAA
6352 ATTGATTACT
Statistics
Matches: 723, Mismatches: 79, Indels: 164
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
25 19 0.03
27 2 0.00
29 2 0.00
30 4 0.01
31 252 0.35
32 9 0.01
33 2 0.00
34 92 0.13
35 280 0.39
36 27 0.04
38 4 0.01
39 28 0.04
40 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACTTACTG
Found at i:5533 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 5511--5566 Score: 51
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
5501 CTTAATTACC
5511 CTGAATTAAATTAATAA
1 CTGAATTAAATTAATAA
* *
5528 CTGAATT-ACTTAATTACC
1 CTGAATTAAATTAA-TA-A
* *
5546 CTGAATTAAGTTAATTA
1 CTGAATTAAATTAATAA
5563 CTGA
1 CTGA
5567 CTGACTTAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 6
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.16
17 13 0.42
18 8 0.26
19 5 0.16
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
CTGAATTAAATTAATAA
Found at i:5589 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 5567--5620 Score: 63
Period size: 14 Copynumber: 3.6 Consensus size: 14
5557 TAATTACTGA
*
5567 CTGACTTAATTACC
1 CTGAATTAATTACC
5581 CTGAATTAAGTTACC
1 CTGAATTAA-TTACC
*
5596 TACTGACTTAATTACC
1 --CTGAATTAATTACC
5612 CTGAATTAA
1 CTGAATTAA
5621 GTTGATTACT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 6
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 16 0.47
15 5 0.15
16 5 0.15
17 8 0.24
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (14 bp):
CTGAATTAATTACC
Found at i:5711 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 5650--5735 Score: 84
Period size: 21 Copynumber: 4.3 Consensus size: 19
5640 AATTACCCTG
5650 AATTAAATTACTAACTGACTT
1 AATT-AATTACT-ACTGACTT
* * *
5671 ACTTAATTAC-CCTGAATT
1 AATTAATTACTACTGACTT
5689 AAGTTAATTACTGACTGACTT
1 AA-TTAATTACT-ACTGACTT
5710 AATTAAGTTACCTACTGACTT
1 AATTAA-TTA-CTACTGACTT
5731 AATTA
1 AATTA
5736 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 10
0.77 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.13
19 8 0.15
20 10 0.19
21 27 0.50
22 2 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (19 bp):
AATTAATTACTACTGACTT
Found at i:5724 original size:126 final size:126
Alignment explanation
Indices: 5449--5840 Score: 590
Period size: 126 Copynumber: 3.0 Consensus size: 126
5439 AATTACCCTG
* * * *
5449 AATTAAGCTACTTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTA-TTACTTACTTAATTACCC
1 AATTAAGTTACCTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTAAATTACTTAATTACCC
* *
5512 TGAATTAAATTAATAACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTTAAT
65 TGAATTAAATTACTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGAC-----
5577 TACCCT
125 T----T
5583 GAATTAAGTTACCTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTACCC
1 -AATTAAGTTACCTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTACCC
5648 TGAATTAAATTACTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTT
65 TGAATTAAATTACTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTT
5710 AATTAAGTTACCTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTACCCT
1 AATTAAGTTACCTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTACCCT
* * *
5775 GAATTAAATTACTAACTGACTAACATAATTACCCTGAATTAAGCTAATTACTGACTGACTT
66 GAATTAAATTACTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTT
5836 AATTA
1 AATTA
5841 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 246, Mismatches: 9, Indels: 13
0.92 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
126 128 0.52
127 1 0.00
131 1 0.00
135 41 0.17
136 75 0.30
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (126 bp):
AATTAAGTTACCTACTGACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTACCCT
GAATTAAATTACTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTGACTT
Found at i:5732 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 5636--5805 Score: 243
Period size: 91 Copynumber: 1.9 Consensus size: 91
5626 TTACTAAATT
* * * *
5636 ACTTAATTACCCTGAATTAAATT-ACTAACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGA-TAACTAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAAC
* *
5700 TGACTGACTTAATTAAGTTACCTACTG
65 TGACTAACATAATTAAGTTACCTACTG
* * *
5727 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTACTAACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGATAACTAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAACT
5792 GACTAACATAATTA
66 GACTAACATAATTA
5806 CCCTGAATTA
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 9, Indels: 2
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
91 68 0.99
92 1 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.18, G:0.08, T:0.37
Consensus pattern (91 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAATTGATAACTAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTAATAACT
GACTAACATAATTAAGTTACCTACTG
Done.