Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007545.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07566, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1925
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Found at i:705 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3--1898 Score: 1938
Period size: 331 Copynumber: 5.6 Consensus size: 331
1 GT
* * * * * *
3 AGAATTTTAGCTGAAATCGTATACTAAACATCACGGTTTTTTGCTAAATACCCGCTCTGGGGCCC
1 AGAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCTGCTCCGGGGCCT
* **
68 CGACGGAATTTTGTGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACCAA
66 CGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACCAA
*
133 ATCCCAGCTA-ATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
131 ATCCCAGCCACATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
** * *
197 TTAAAATTTATTTTAAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAACGTGAAAAAACCTTCAATCTTTTT
196 TTAAAATTTATTAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
262 GGCGTTGAATTATATATTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAGTAAAATTATTTCTGGTCAA
261 GGCGTTGAATTATATATTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAGTAAAATTATTTC-GGTCAA
*
327 TTTTTGT
325 TTTTTGC
* *
334 AGAATTTTAGCTGCAACCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCTGCTCCGGGGCCT
1 AGAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCTGCTCCGGGGCCT
** * *
399 CGACGCAATTTTGTGTGATTTTTGGCGCCAAGATTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAAGCAA
66 CGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACCAA
464 ATCCCAGCCA-ATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
131 ATCCCAGCCACATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
528 TTAAAATTTATTAAAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTT
196 TTAAAATTTATT--AAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTT
593 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAGTAAAATTATTTCTGGTC
259 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAGTAAAATTATTTC-GGTC
658 AATTTTTGC
323 AATTTTTGC
* * * * * ***
667 AGAATTTTAGCTGCAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTAGG-GAAA-ACGTG-TAC-TAACCA
1 AGAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCTGCTCCGGGGCC-
* ** ** * ** * *
727 TC-A--CAGTTTTTGGCTAAAT-ACCCGCTCCGGGGCCCCGACTCAATTTTG-CGTGATTTTCGG
65 TCGACGCA-ATTTT-GC---ATGA---TTTTTGGCGCCAAGACTC---CTTGAAGT-A---T---
* * * ** * * * * * * *** * * *
787 CGCCAAGACTTCTTGAAATATCTATTATTCATCTAACCAAATCCAAGCCACATT-A-GATTTAAG
112 ---C--TA-TTATTCATCTAACCA--AATC--CCAGCCACAT-TTTG-GA-TTTAAGGA-TT--C
* * **
850 GATACTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTGGGAAAAAAAAGGA
161 G-T--TTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAATTT-ATT-AAAAAAAAAAGGA
* *
915 AAAACGATATTAGAAACTTGAAAAACCCTTCAATCTTTTCGGCGTTGAATTATATATTATTTATT
221 AAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTATT
* ** *
980 ACTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAATTTATTCCGGGTCAATTTTTGC
285 AGTATTTTGACTAAAAATTGAGTAAAA-TTATTTC-GGTCAATTTTTGC
* * *
1029 AGAATTTTAGCCGGAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA-AACTCGCTCCGGGGCC
1 AGAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCT-GCTCCGGGGCC
* **
1093 CCGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTTAAGACTTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACC
65 TCGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAC-TCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACC
* *
1158 AAATGCCAGCCA-ATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
129 AAATCCCAGCCACATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* * * * *
1222 AATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGCAAAACGATATTAGAAATGTGAAAAAAAAACCCCCTT
194 AATTA-AAATTTATT-AAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAACGTG----AAAAA--CCCTT
* * * * *
1287 CAATATTTTTGGTGTTGAATTATATTTTTTTTTATTAGTGTTTTGACTAAAAATTGAGTAAAATC
251 CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATA--TATTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAGTAAAATT
1352 ATTTCGCGTCAATTTTTGC
314 ATTTCG-GTCAATTTTTGC
* * * **
1371 AGAATTTTAGGC-GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAATACCCGCTCAGGGTTC
1 AGAATTTTA-GCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCTGCTCCGGGGCC
* ** * *
1435 -CGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTAAAATATCTATTATTCATCTAACCA
65 TCGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACCA
* * * *
1499 AATCCCAGACACA--TTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
130 AATCCCAGCCACATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* *** * ***
1562 ATTAGAA---ATTAATCCAGAAA--AAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAAAATTTCAATCTTTT
195 ATTAAAATTTATTAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTT
** * * *
1622 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAAAATGTTTCGACT
260 TGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTG-AGTAAAATTATTTCG-GT
1687 CAATTTTTGC
322 CAATTTTTGC
* * *
1697 ATAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAATACCTGCTCCGGGGCCT
1 AGAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCTGCTCCGGGGCCT
* *
1762 CGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAGGTATCTATTATTCATCTAACCAA
66 CGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACCAA
* * * *
1827 ATCCCAGCCACA--TTGGATTTAAGAATTTGTTTTTGCGGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
131 ATCCCAGCCACATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
1890 TTAGAAATT
196 TTA-AAATT
1899 AATTTGGAAA
Statistics
Matches: 1305, Mismatches: 183, Indels: 155
0.79 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
324 1 0.00
325 29 0.02
326 101 0.08
327 126 0.10
328 11 0.01
329 4 0.00
330 5 0.00
331 198 0.15
332 24 0.02
333 165 0.13
334 4 0.00
335 5 0.00
336 71 0.05
337 4 0.00
338 3 0.00
339 54 0.04
340 44 0.03
341 35 0.03
342 97 0.07
343 35 0.03
344 8 0.01
345 1 0.00
346 2 0.00
347 1 0.00
348 17 0.01
349 1 0.00
350 3 0.00
351 1 0.00
352 5 0.00
353 2 0.00
354 3 0.00
355 4 0.00
356 2 0.00
357 2 0.00
358 1 0.00
360 111 0.09
361 35 0.03
362 60 0.05
363 7 0.01
364 7 0.01
365 2 0.00
366 3 0.00
367 5 0.00
368 4 0.00
369 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
AGAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAATACCTGCTCCGGGGCCT
CGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAGTATCTATTATTCATCTAACCAA
ATCCCAGCCACATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACAGGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
TTAAAATTTATTAAAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT
GGCGTTGAATTATATATTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAGTAAAATTATTTCGGTCAAT
TTTTGC
Found at i:1911 original size:327 final size:327
Alignment explanation
Indices: 955--1913 Score: 1264
Period size: 327 Copynumber: 2.9 Consensus size: 327
945 CAATCTTTTC
* * ** * *
955 GGCGTTGAATTATATATTATTTATTACTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAATTTATTCCGGGTC
1 GGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAAAATATTTC-GCTC
* * * *
1020 AATTTTTGCAGAATTTTAGCCGGAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACTCGCT
65 AATTTTTGCAGAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAATACCCGCT
* ** *
1085 CCGGGGCCCCGACGCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTTAAGACTTCCTTGAAGTATCTATTATTC
130 CCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGAC-TCCTTGAAATATCTATTATTC
* *
1150 ATCTAACCAAATGCCAGCCA-ATTTTGGATTTAAGGATTCGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGT
194 ATCTAACCAAATCCCAGCCACA--TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGT
* * *
1214 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGCAAAACGATATTAGAAATGTGAAAAAAAA
257 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG----GAA-A-GAAAAACGATATTAGAAACGTG--AAAAAA
*
1279 ACCCCCTTCAATATTTTT
314 A----CTTCAATCTTTTT
* * * **
1297 GGTGTTGAATTATATTTTTTTTTATTAGTGTTTTGACTAAAAATTG--AGTAAAATCATTTCGCG
1 GGCGTTGAATTATA-TATTTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAAAAT-ATTTCGC-
*
1360 TCAATTTTTGCAGAATTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAATACCCG
63 TCAATTTTTGCAGAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAATACCCG
* ** ** *
1425 CT-CAGGGTTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGTACCAAGACTCCTTAAAATATCTATTATT
128 CTCCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTATT
* *
1489 CATCTAACCAAATCCCAGACACATTGGATTTATGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTT
193 CATCTAACCAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTT
* * *
1554 TCGATTTAATTAGAAATTAATCCAGAAA-AAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAAAATTTCAATC
258 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAAAACTTCAATC
1618 TTTTT
323 TTTTT
*
1623 GGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAAAATGTTTCGACTC
1 GGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAAAATATTTCG-CTC
* * * *
1688 AATTTTTGCATAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAATACCTGCT
65 AATTTTTGCAGAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAATACCCGCT
* **
1753 CCGGGGCCTCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAGGTATCTATTATTCA
130 CCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTATTCA
* *
1818 TCTAACCAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGAATTTGTTTTTGCGGGCATCTGAATCTTGTTTC
195 TCTAACCAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTTC
*
1883 GATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAA-AAAAA
260 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAAAA
1914 TATGAAAAAA
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 64, Indels: 31
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
325 29 0.05
326 91 0.17
327 151 0.28
330 7 0.01
332 19 0.03
334 1 0.00
335 2 0.00
339 62 0.11
340 37 0.07
341 40 0.07
342 79 0.14
343 27 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (327 bp):
GGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTGACTAAAAATTGAAAAAAAAATATTTCGCTCA
ATTTTTGCAGAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAATACCCGCTC
CGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATTATTCAT
CTAACCAAATCCCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGGGCATCTGAATCTTGTTTCG
ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAAAACTTCAATCTTT
TT
Done.