Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007588.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07609, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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239 TTTTGGAGTT
* *
249 GAAAAAAAAATAAGGAAAAATTTTTCGGGTCATATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
1 GAAAAAAAATTAAGG-AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * * *
314 AACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGCCCCCAGATCAGTTTTACATTATTTTTGG
65 AACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGG
* * *
379 CGTCGAGAGTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTGGATTTAAGGAT
130 CGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATTTAAGGAT
* **
444 TTGTTTTTACGTGCATCTAAAAATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAA
195 TTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAA
* **
509 AACGATATGAAAAGCGTTAAAGTCCTAAAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTCATGAGT
260 AACGATATGAAAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTCATGAGT
574 ATTTT-
325 ATTTTA
*** * * * * *
579 GGCCAAAAATTGAAGAAAAAATTTTCGGGTCTTTTTTTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATG
1 GAAAAAAAATT-AAGGAAAATTTTTCGGGTC----ATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * *
644 TACTAACCATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGGACCCGGCTTAGTTTTGCATTATT
61 TACTAACCATCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTATT
* * * * *** *
708 TTTGGCGTCGAGACT-CT-GTAAATTATCTATATCCATCTAATCAAATCTTAGCGACATTGCATT
125 TTTGGCGTCGAGACTCCTAG-AAA-TATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATT
* * *
771 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTAAATCTTGTTTCGATTTAATAATAAATTAATTCAGAAAAA
188 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
* *
836 TATG----A--A-A-G----GCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGTGTCAAATTATATCTATT
253 TATGAAAAACGATATGAAAAGCGTG-AAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATT
889 TCATGAGTATTTTA
317 TCATGAGTATTTTA
* * * *
903 G-CAAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGAGTCATTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
1 GAAAAAAAATTAAGG-AAAATTTTTCGGGTCA--TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * * * *
967 CTAACCATCACGGGTTTTTTTTTGCTAAAAACACGTTTCGGGACCCGA-CTTAGTTTTACATGAT
63 CTAACCATCAC-GG---TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTAT
* * * * * * * * * ** *
1031 TTTTAGTGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCCATTTAATTAAATCTCAGACACATTACG-TT
124 TTTTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATT-GGATT
* *
1095 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCGTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
188 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
* * *
1160 TATGAAAAACGATATTG-AAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATT
253 TATGAAAAACGATA-TGAAAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATT
*
1224 TTATGAGTATTTTA
317 TCATGAGTATTTTA
1238 GAAAAAAAATAATTAAGGAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
1 G--AAAAAA-AATTAAGGAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * *
1303 CTAACTATCACGGTTTTTTTTTTCTAAAAACG-TTTTCGGGGCCCCATCTCAGTTTTGCATTATT
63 CTAACCATCACGG---TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTATT
* * *
1367 TTTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTACTGGATTT
125 TTTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATC-TTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATTT
* * *
1432 AAGGATTTGTTTTTACGTGAATCTAAATGTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAA
189 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AA
* ** * * * *
1497 TATGAAACACGATATGAAAAAAGTGAAATATCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATATATT
253 TATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATT
* *
1562 TGATGAATATTTTA
317 TCATGAGTATTTTA
** ** * *
1576 G-CGAAAAATTAAGGAAAATTTTTTTTGGTCATTTTTTTTGGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTTT
1 GAAAAAAAATTAAGGAAAA-TTTTTCGGGTCA--TTTTTT-GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
* * * * *
1640 ACTAACCATCACGGTTTTATGCTAAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCATTTTTGCATGATTT
62 ACTAACCATCACGGTTTTTTGCT-AAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTATTT
* ** * * * * * ** **
1705 TTGGCGTCGATACTGGTTGAAATATCTATATCCATCTAATCAAATCTTAGCCCCATTTCATTTAA
126 TTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATTTAA
* * * ** *
1770 GGATTTATTTTTACCAGCATTTAAAAATTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATA
191 GGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATA
* * *
1835 TGAAAAAGGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCAAATGTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTC
255 TGAAAAACGATATGAAAAGCGTG-AAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTC
1900 ATGAGTATTTTA
319 ATGAGTATTTTA
** * * ** *
1912 G-CCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGGGATTTTTTTTTTTTTTGCATAATTTTAGCCGAAA
1 GAAAAAAAATTAAGG--AAAATTTTTC--GGG------TCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * * * * * *
1976 TCGTCTACTAACCGTCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTTTGGGACCCGA-CTTAGTTTTGCAA
56 TCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCAT
* * * * * * ** *
2040 GATTTTTGGGGTCGAGACTCCTTA-TAATATC-TATATCAATCTAATCAAATCTCAGACACATTA
121 TATTTTTGGCGTCGAGACTCC-TAGAAATATCTTTTTTC-ATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTG
* * * *
2103 CATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCGTGTTTCGA-TTAATTAGAAATTAATACAGA
184 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGA
* * * * * *
2167 AAAATATGAAAAGCGCTATTAAAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATAT
249 AAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCT
*
2232 ATTTTATGAGTATTTTA
314 ATTTCATGAGTATTTTA
2249 GAAAAAAAAATTAAGGAAAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
1 G-AAAAAAAATTAAGG-AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * *
2314 TAACTATCACGGTTTTTTTTTTTTTCTAAAAACG-TTTTCGGGGCCCCATCTCAGTTTTGCATTA
64 TAACCATCACGG------TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTA
* * * *
2378 TTTTTGGCATCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATTTAGTCAAACCTCAGCCTTATTGGATT
123 TTTTTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATT
* * * * *
2443 TAAGAATTTGTTTTTACGTGCCTCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTATTTCAGAAATA
188 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-A
* * * * *
2508 ATATGAAACACGATATGAAAAGAGTGAATTGTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTAT
252 ATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAA-AGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTAT
* *
2573 TTGC-CGAATATTTTA
316 TT-CATGAGTATTTTA
** ** * *
2588 G-CGAAAAATTAAGGAAACATTTTTTTGGT-ATTTTTTTTTTTTTGCAAAATGTTAGGCGAAATC
1 GAAAAAAAATTAAGGAAA-ATTTTTCGGGTCA-------TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * * * *
2651 GTGTACTAACCATTACGGTTTTCTGCTAAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGGCTCATTTTTGCATG
58 GTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCT-AAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATT
* * * * * * * * ** **
2716 ATTTTTGGCGTCGATACTGCTTGAAATATCTATATCCATCTAATTAAATCTTAGCCACATTTCAT
122 ATTTTTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGAT
* * * **
2781 TTAAGGATTTATTTTTACCAACATCTAAAAATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA
187 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAA
* * * *
2846 AATATGAAAAAGGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCAAATATTTTTGGTGTTAAATTATATCGA
251 AATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTG-AAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTA
2911 TTTCATGAGTATTTTA
315 TTTCATGAGTATTTTA
** * * *
2927 G-CCAAAAATTGAGGAATAAAAATTTTCGGGTCTTTTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT--
1 GAAAAAAAATTAAGG---AAAATTTTTCGGGTC----ATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * * * *
2989 T-T--TAACCGTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTACGGGACCCGA-CTTAGTTTTGCATAAT
59 TGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTAT
* * ** * * ** ** *
3050 TTTTGGTGTCGAGACTCCTTA-TAATATC-CATATCAATCTAATCAAATCTCAGTCACATTTCAC
124 TTTTGGCGTCGAGACTCC-TAGAAATATCTTTTTTC-ATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGAT
* * * *
3113 TTAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCGTGTTTCGA-ATAATTAGAAATTAATTCAGAAAA
187 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA
* * * * *
3177 ATATGAAAAGCGATATTG-AAAGCGTGAAAGTCCTCCAATATTTTTGGAGTTGAATTATATATAT
252 ATATGAAAAACGATA-TGAAAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTAT
*
3241 TTTATGAGTATTTTA
316 TTCATGAGTATTTTA
* *
3256 GAAAAAAAATTAAGGAAAATATTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTAAT
1 GAAAAAAAATTAAGGAAAAT-TTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
* * * * *
3321 AACTATCACGATTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAATATTTTTG
65 AACCATCACG-GTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATTATTTTTG
* * * *
3386 GCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAGTCATACCTCAGACTTATTGGATTTAAGGA
129 GCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATTTAAGGA
* * * * *
3451 TTTGTTTTTACGTGTATCTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAGATATTAATTCACAAAAA-ATGTA
194 TTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG-A
* * * * * *
3515 AAACACGATATGAAAAACGTGAAAAGTCTTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAAA
258 AAA-ACGATATGAAAAGCGTG-AAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTCAT
*
3580 GACTATTTTA
321 GAGTATTTTA
* ** *
3590 G-CAAAAAATTAAGGAAAAGTTTTTTTGGTCATTTTTTTGCAAAATGTTAGCC---ATC--G---
1 GAAAAAAAATTAAGGAAAA-TTTTTCGGGTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
* * * *
3646 ---------CGGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCTCCGGCTCA-TTATTGCATGT-TTTT
64 TAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCAGCTCAGTT-TTGCAT-TATTTT
* * * * * * ** *
3700 GGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCCATCTAATCAAATCTCAGTCACATTGCATTTAAG
127 TGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATTTAAG
3765 GATTTGTTTTTACGAGCATCT
192 GATTTGTTTTTACGAGCATCT
3786 GATAAGTGTA
Statistics
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0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
315 2 0.00
316 113 0.04
317 3 0.00
321 40 0.02
322 8 0.00
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GTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAATCAAATCTCAGCCTTATTGGATTTAAGGATT
TGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAA
ACGATATGAAAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTCATGAGTA
TTTTA
Found at i:4708 original size:18 final size:19
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Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
4675 TTATGTGATA
*
4685 GCTTAATTAA-TTGATTGG
1 GCTTAATGAATTTGATTGG
4703 GCTTAATGAATTTGATTGG
1 GCTTAATGAATTTGATTGG
4722 G
1 G
4723 TGAGTGAAGT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
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18 9 0.50
19 9 0.50
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GCTTAATGAATTTGATTGG
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4904 TCCAATTAAT
4914 TTAGTTTAA-TTAG
1 TTAGTTTAATTTAG
4927 TTAGTTTAATTTAG
1 TTAGTTTAATTTAG
4941 TT
1 TT
4943 TATTAGTTAA
Statistics
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0.94 0.00 0.06
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4899 AATTGTCCAA
4909 TTAATTTAGTTTAATTAGTTAGT
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1 TTAATTTAGTTTATTAGTTA
4952 ATTGAAACAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
22 8 0.40
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TTAATTTAGTTTATTAGTTAGT
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5088 CGTCGATCAA
** *
5098 CATCTAAAAATTGTTTCGATTTCATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
* * * * * * * *
5163 GCGTGAAAAGTCCTCAAATCTTTTTGGTGATAAATTATATCTATTTCATGAGTATTTTATCCAAA
63 GCGTG-AAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAAA
** * *
5228 AATTA-AGGAAAAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTA
127 AATTATAGG---AAAAATTTTTTGGTCA-TTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTA
* * *
5292 ACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGG-GACCCAGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGT
188 ACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * *
5356 GTCCAGACTCCCTGGAATATCTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATT
253 GTCGAGACTCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATT
5421 TGTTTTTACGAG
318 TGTTTTTACGAG
* * *
5433 CATCTAAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAAATAATTCAGAAAAATATGAAAAATGATATTG-AA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA-TGAAA
* * * * *
5497 AGCATGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAG-AAAA
62 AGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAAA
** * * * *
5561 AAAAATTAGGTAAAATTTTTCGGGTCA--TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
127 AATTA-TAGGAAAAATTTTT-TGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * ** * *
5624 TATCACGGTTATTTTGCTAAAAACGCATTTCGG-GGCCCAAATCAGTTTTGCATTATTTTTGGCT
190 CATCACGGTT-TTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * * * * * **
5688 TCGAGACTCCTAGAAAAATCTTTTTTCATCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTAG-ATTTTTGG
254 TCGAGACTCCTTGAAATAT-TTATATC--CATCTAATCAAATCTCAGCCATATT-GCATTTAAGG
*
5752 ATTTGTTTTTACGTG
315 ATTTGTTTTTACGAG
* * * *
5767 CATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATT-ATTAATTCAGAAATACTATGAAACAA-GATATGAGAAG
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAATTCAGAAA-AATATGAAA-AACGATATGAAAAG
* * * *
5830 CGTGAAATGTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAT
64 CGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAAAA
*
5895 ATTATAGGAAAAATTTGTTTAGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
128 ATTATAGGAAAAATTT-TTTGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* * *
5960 TCACGGTTTTCTGCTTAAAAAACGTGTTTCGGAGCCCCGGCTCA-TTTTGCATGATTTTTGGCGT
192 TCACGGTTTTTTGC-T-AAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGT
*
6024 CGAGACTCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATTAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATTTG
255 CGAGACTCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATTTG
* *
6089 CTTTCACGAG
320 TTTTTACGAG
*
6099 CATCTAAATCTTGTTTCGA-TTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAATATGAAAAGCGATATTG-AA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATA-TGAAA
* * * * **
6161 AGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTTTAT-AAGTA-TTTAAAAAA
62 AGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAA-TATTTTAGCAAA
* * *
6224 AAATTA-AGGAAAAAATTTTCGGTTCA--TTTTTTGCAAAACT-TTAGCCGAAATTGTGTACTAA
126 AAATTATAGGAAAAATTTTTTGG-TCATTTTTTTTGCAAAA-TGTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
* * * * * * *
6285 CTATCATGGTTTTTTTGCTAAAAACGTGATTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTTCATTATTTTTGGC
189 CCATCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * * * * * * * * *
6350 GTCAAGACCCCTAGAACTATCTT-TTTTCATCTAGTCACACCTCAGCCTTATTGGATTTAAGCAT
253 GTCGAGACTCCTTGAAATAT-TTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGAT
* *
6414 TTGTTTTTATGTG
317 TTGTTTTTACGAG
* * * * *
6427 CATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAGTAAGAAACACGATATGAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAA
* * * *
6492 AGCGCGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAA
62 AGCGTG-AAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAA
* * *
6557 AAATTA-AGGAAAATTTTTTTTGGTAATTTTTTTTGGAAAATGTTAG-C-----C--G----AA-
126 AAATTATAGGAAAA-ATTTTTTGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * *
6608 -A-CA--GTTTTCTGCTAAAAAATGCGTTTCGAAGCCCCGGCTCA-TTATTGCATGATTTTTGGC
190 CATCACGGTTTTTTGCT-AAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTT-TTGCATGATTTTTGGC
* * * *
6668 GTCGAGACTCCTTGTAATATCTATATCCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATT
253 GTCGAGACTCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATT
*
6733 TGTTTTTACGGG
318 TGTTTTTACGAG
** * * *
6745 TTTCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTATAAAAATATGAAAAACGATATTAAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
* * * *
6810 GCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGAAAAAA
63 GCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAG-CAAAA
* * * *
6875 AATT-TAGGAAAAATTTTTCGGATCA--TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACT
127 AATTATAGGAAAAATTTTTTGG-TCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACC
* * * * *
6937 ATCACGGTTTTTTTGATAAAAACGCATTTCAGG-GCTCCAGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCT
191 ATCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * * * * * *
7001 TCGAGACTCCTAGAAAAATCTT-TTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTAG-ATTCAAGGAT
254 TCGAGACTCCTTGAAATAT-TTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATT-GCATTTAAGGAT
*
7064 TTG-TTTTACGTG
317 TTGTTTTTACGAG
* * * *
7076 CATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATACTATGAAACACGATATGAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAA
* * * *
7141 AGCGTGAAATGTCCTCCAATCTTTTTTGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAA
62 AGCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAA
* ** * *
7206 ATATTAT-GGAAAAATTTGTTTGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGTTGAAATCCTATACTAAC
126 AAATTATAGGAAAAATTT-TTTGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * ** * *
7270 CATCACGGTTTTCTGCTTTAAAAACGCGTTTCGGAGCCTCGGCTCTTTTTTGCAAGAATTTTGGC
190 CATCACGGTTTTTTGC--TAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * * * *
7335 GTCGAGACTCGTTGAAATATTTTTATCCATCTAATGAAATCTCGGCCACATTGCATTTATGGATT
253 GTCGAGACTCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATT
7400 TGTTTTTACGAG
318 TGTTTTTACGAG
* *
7412 TATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAATATGAAAAACGATATGAAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
* *
7476 GCGTGAAATGTCCTCCAATATTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCGAAA
63 GCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAAA
* * * * **
7541 TATTAT-GGTAAAAAATTTTTAGTCATTTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGTAATATTGTACTAAC
127 AATTATAGG-AAAAATTTTTTGGTCA-TTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * * * * *
7605 CATCACGGTTTTTTACTGAGAACGCGTTTCAGGA-CACGA-CTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTG
190 CATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * * * *
7668 TTGAGACTCCCTGAAATATCTATATCAATGTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
254 TCGAGACTCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATTT
7733 GTTTTTACGAG
319 GTTTTTACGAG
* * *
7744 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAATATGAAAAACGATATTAAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
* * * * *
7809 GCGTGAAACTCCTCCAATCTTTTT-GATGTTGAATTATATATATTTTATGAGTA-TTTAGAAAAA
63 GCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCG-TGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAG-CAAA
* * *
7872 AAATT-TAGGAAAAATTTTTCGGGTCA--TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
126 AAATTATAGGAAAAATTTTT-TGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* * * *
7934 TATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTTAGTTTTGCATAATTTTTGGCTT
190 CATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGT
* * * * * * **
7999 CGA-ACTCCTAGAAAAATCTT-TTTTCATCTAATCAAACCTCAGCCTTATTAAATTTAAGGATTT
255 CGAGACTCCTTGAAATAT-TTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATTT
8062 GTTTTTAC-ATG
319 GTTTTTACGA-G
* * * * *
8073 CATCTGAATCTTTTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATACTATGAAACACGATATGAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAA
* *
8138 AGCGTGAAATGTCCTCCAATCTTTTTTGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCGAA
62 AGCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAA
* * * * *
8203 ATATTAT-GGTAAAATTTTTTTAGTCAATTTTTTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGTAATAGTGTA
126 AAATTATAGG-AAAAATTTTTTGGTC-A----TTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTA
* * * * * * *
8267 TTAACCATCACGGTTTTTTACTGAAAACGCGTTTCAGGA-CACGA-TTTAGTTTTGCATGATTTT
185 CTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * * * *
8330 TGGTGTCGAGACTCCCTGGAATATCTATATCCATGTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAG
249 TGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAG
8395 GATTTGTTTTTACGAG
314 GATTTGTTTTTACGAG
* *
8411 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTATTTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
* * * * *
8476 GCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATATTTTATGATTA-TTTAGAAAAAA
63 GCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAAAA
* * * * * * *
8540 AGT-TAGGAAAAGTTTTTCGGGTGA--TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTA
128 ATTATAGGAAAAATTTTT-TGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
* *
8602 TCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTC-GAGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCTTC
192 TCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGA-GCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTC
* * * * * * * * **
8666 GAGACTCCTAGAAAAATCTT-TTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTTTTAAATTTAAGGATTTG
256 GAGACTCCTTGAAATAT-TTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATTTG
8730 TTTTTACGTA-
320 TTTTTACG-AG
* * * * * *
8740 CATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAGTTAGAAATTAAATCAGAAATACTATGAAACACGATATGAAA
1 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT---AATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAA
* *
8805 AGCGTGAAATGTCCTCTAGTCTTTTTC
62 AGCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTC
Statistics
Matches: 2810, Mismatches: 467, Indels: 248
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
315 15 0.01
316 57 0.02
317 49 0.02
318 130 0.05
320 2 0.00
321 2 0.00
323 3 0.00
326 2 0.00
327 27 0.01
328 195 0.07
329 301 0.11
330 157 0.06
331 244 0.09
332 528 0.19
333 181 0.06
334 325 0.12
335 288 0.10
336 94 0.03
337 52 0.02
338 154 0.05
339 4 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (329 bp):
CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCG
TGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCAAAAAATT
ATAGGAAAAATTTTTTGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
GGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGAC
TCCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTA
CGAG
Found at i:6586 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6568--6592 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
6558 AATTAAGGAA
6568 AATTTTTTTTGGT
1 AATTTTTTTTGGT
6581 AATTTTTTTTGG
1 AATTTTTTTTGG
6593 AAAATGTTAG
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.00, G:0.16, T:0.68
Consensus pattern (13 bp):
AATTTTTTTTGGT
Found at i:7653 original size:667 final size:659
Alignment explanation
Indices: 5108--8831 Score: 3966
Period size: 667 Copynumber: 5.6 Consensus size: 659
5098 CATCTAAAAA
*
5108 TTGTTTCGATTTCATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAG
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTG-AAAG
* * * * * * * * *
5173 TCCTCAAATCTTTTTGGTGATAAATTATATCTATTTCATGAGTATTTTATCCAAAAATTAAGGAA
65 TCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTATGG--
* * *
5238 AAAAAATTTTCGGGTCATTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGT
128 -AAAAATTTTTGGGTCA-TTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * * *
5303 TTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGG-GACCCAGCT-TAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCCAGACTC
191 TTTCTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCT-GTTTTGCAAGATTTTTGGCGTCGAGACTC
* * *
5366 CCTGGAATATCTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACG
255 CTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * *
5431 AGCATCTAAATCTTGTTTCTATTTAATTAGAAAATAATTCAGAAAAATATGAAAAATGATATTG-
320 AGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAATATGAAAAACGATA-TGA
* * *
5495 AAAGCATGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGAAA
383 AAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAATATTTTAG--A
* * * *
5560 AAAAAATTA-GGT--AAAATTTTTCGGGTCA-TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
446 AAAAAATTATGGTAAAAAATTTTT--AGTCATTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATAGTGTACT
* * * * *
5621 AACTATCACGGTTATTTTGCTAAAAACGCATTTCGGGGC-CCAAATCAGTTTTGCATTATTTTTG
509 AACTATCACGGTT-TTTTACTAAAAACGCGTTTCAGGGCACC-ACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
* **
5685 GCTTCGAGACTCCTAGAAAAATCTTTTTTCATCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTAGATTTTT
572 GCTTCGAGACTCCTAGAAATATC-TTTTT--TCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATT-GATTTAA
5750 GGATTTGTTTTTACGTGCATCTGAATC
633 GGATTTGTTTTTACGTGCATCTGAATC
* * *
5777 TTGTTTCGGTTTAATT----ATTAATTCAGAAATACTATGAAACAA-GATATGAGAAGCGTGAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AATATGAAA-AACGATATGAAAAGCGTGAAA
*
5837 TGTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAATATTATAG
64 -GTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTAT-G
**
5902 GAAAAATTTGTTTAGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
127 GAAAAATTT-TTGGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * *
5967 TTTCTGCTTAAAAAACGTGTTTCGGAGCCCCGGCTC-ATTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACT
191 TTTCTGC-T-AAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCTGTTTTGCAAGATTTTTGGCGTCGAGACT
* * * *
6031 CCTTGAAATATTTATATCCATCTAATTAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGGATTTGCTTTCAC
254 CCTTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTAC
*
6096 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGA-TTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATATGAAAAGCGATATTG-
319 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATATGAAAAACGATA-TGA
* * *
6159 AAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTGAATTATATATATTTTAT-AAGTA-TTTAAAA
383 AAAGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAA-TATTTTAGAA
* ** *
6222 AAAAATTAAGG-AAAAAATTTTCGGTTCA-TTTTTTGCAAAACT-TTAGCCGAAATTGTGTACTA
447 AAAAATTATGGTAAAAAATTTTTAG-TCATTTTTTTGCAAAA-TGTTAGCCGAAATAGTGTACTA
* * * * * * * *
6284 ACTATCATGGTTTTTTTGCTAAAAACGTGATTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTTCATTATTTTTGG
510 ACTATCACGG-TTTTTTACTAAAAACGCGTTTCAGGGCACCA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * * * *
6349 CGTCAAGACCCCTAGAACTATCTTTTTTCATCTAGTCACACCTCAGCCTTATTGGATTTAAGCAT
573 CTTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATT-GATTTAAGGAT
*
6414 TTGTTTTTATGTGCATCTGAATC
637 TTGTTTTTACGTGCATCTGAATC
* * * * *
6437 TTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAGTAAGAAACACGATATGAAAAGCGCGAAAA
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTG-AAA
*
6502 GTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTAAGGA
64 GTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTATGGA
* * * *
6567 AAATTTTTTTTGGTAATTTTTTTTGGAAAATGTTAG-C-----C--G----AA--A-CA--GTTT
129 AAA-ATTTTTGGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
* * * * *
6615 TCTGCTAAAAAATGCGTTTCGAAGCCCCGGCTCAT-TATTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCC
193 TCTGCT-AAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTC-TGTTTTGCAAGATTTTTGGCGTCGAGACTCC
* * * *
6679 TTGTAATATCTATATCCATCTAATCAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGG
256 TTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
** * * *
6744 GTTTCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTATAAAAATATGAAAAACGATATTAAA
321 GCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-GAAAATATGAAAAACGATATGAAA
*
6809 AGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTTTAGAAAAA
385 AGCGTGAAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAATATTTTAG-AAAA
* * * *
6874 AAATT-TAGG--AAAAATTTTTCGGATCA-TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA
449 AAATTAT-GGTAAAAAATTTTT-AG-TCATTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATAGTGTACTAA
* * *
6935 CTATCACGGTTTTTTTGA-TAAAAACGCATTTCAGGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATAATTTTTGG
511 CTATCACGG-TTTTTT-ACTAAAAACGCGTTTCAGGGCACCA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* *
6999 CTTCGAGACTCCTAGAAAAATCTTTTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTAGATTCAAGGAT
573 CTTCGAGACTCCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATT-GATTTAAGGAT
7064 TTG-TTTTACGTGCATCTGAATC
637 TTGTTTTTACGTGCATCTGAATC
* * *
7086 TTGTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATACTATGAAACACGATATGAAAAGCGTGAAAT
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAA-
* *
7151 GTCCTCCAATCTTTTTTGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAATATTATGGA
64 GTCCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTATGGA
* ** * *
7216 AAAATTTGTTTGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGTTGAAATCCTATACTAACCATCACGGTTT
129 AAAATTT-TTGGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
* * * * *
7281 TCTGCTTTAAAAACGCGTTTCGGAGCCTCGGCTCTTTTTTGCAAGAATTTTGGCGTCGAGACTCG
193 TCTGC--TAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCTGTTTTGCAAGATTTTTGGCGTCGAGACTCC
* * * *
7346 TTGAAATATTTTTATCCATCTAATGAAATCTCGGCCACATTGCATTTATGGATTTGTTTTTACGA
256 TTGAAATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
* *
7411 GTATCTAAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
321 GCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATATGAAAAACGATATGAAAA
* * * **
7476 GCGTGAAATGTCCTCCAATATTTTTCGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAGCGAAA
386 GCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAATATTTTAGAAAAA
* * * *
7541 TATTATGGTAAAAAATTTTTAGTCATTTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGTAATATTGTACTAACC
450 AATTATGGTAAAAAATTTTTAGTCA--TTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATAGTGTACTAACT
* * * * * *
7606 ATCACGGTTTTTTACTGAGAACGCGTTTCAGGACACGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGG-TGTT
513 ATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTTCAGGGCACCACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCT-TC
* * * * * **
7670 GAGACTCCCT-GAAATATC-TATATCAATGTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTT
577 GAGACT-CCTAGAAATATCTTTTTTC-ATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTG-ATTTAAGGATTT
* *
7733 GTTTTTACGAGCATCTAAATC
639 GTTTTTACGTGCATCTGAATC
* * * *
7754 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAACT
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAGT
* * * * * **
7819 CCTCCAATCTTTTT-GATGTTGAATTATATATATTTTATGAGTA-TTTAGAAAAAAAATT-TAGG
66 CCTCCAATCTTTTTCG-CGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAG-CGAAAAATTAT-GG
* * *
7881 AAAAATTTTTCGGGTCA--TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTT
128 AAAAATTTTT-GGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* *
7944 TTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCT-TAGTTTTGCATA-ATTTTTGGCTTCGA-ACTC
192 TTCTGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCT-GTTTTGCA-AGATTTTTGGCGTCGAGACTC
* * * * * ** **
8006 CTAGAAAAATCTT-TTTTCATCTAATCAAACCTCAGCCTTATTAAATTTAAGGATTTGTTTTTAC
255 CTTGAAATAT-TTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * *
8070 -ATGCATCTGAATCTTTTTTCGGTTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATACTATGAAACACGATAT
319 GA-GCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-A-TATGAAAAACGATAT
* * *
8134 GAAAAGCGTGAAATGTCCTCCAATCTTTTTTGTGTTAAATTATATATATTTAATGAATATTTTAG
381 GAAAAGCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAATATTTTAG
** * ** *
8199 CGAAATATTATGGTAAAATTTTTTTAGTCAATTTTTTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGTAATAGT
445 AAAAAAATTATGGTAAAAAATTTTTAGTC-A-----TTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATAGT
* * * * * * *
8264 GTATTAACCATCACGGTTTTTTACTGAAAACGCGTTTCAGGACACGATTTAGTTTTGCATGATTT
504 GTACTAACTATCACGGTTTTTTACTAAAAACGCGTTTCAGGGCACCACTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * * * * **
8329 TTGG-TGTCGAGACTCCCT-GGAATATCTATATCCATGTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTT
569 TTGGCT-TCGAGACT-CCTAGAAATATCTTTTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTG-ATTT
* *
8392 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATC
631 AAGGATTTGTTTTTACGTGCATCTGAATC
* *
8421 TTGTTTCGATTTATTTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAGT
1 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAGT
* * * * * * **
8486 CCTCCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATATATTTTATGATTA-TTTAGAAAAAAAGTTA-GGAA
66 CCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAA-TTATGGAA
* * * * *
8549 AAGTTTTTCGGGTGA--TATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTT
130 AAATTTTT-GGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * *
8612 TTGCTAAAAACGCGTTTC-GAGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATA-ATTTTTGGCTTCGAGACTCCT
194 CTGCTAAAAACGCGTTTCGGA-GCCCCAGCTCTGTTTTGCA-AGATTTTTGGCGTCGAGACTCCT
* * * * * * *** **
8675 AGAAAAATCTT-TTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTTTTAAATTTAAGGATTTGTTTTTACGT
257 TGAAATAT-TTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACG-
* * * * *
8739 A-CATCTGAATCTTGTTTCGGTTTAGTTAGAAATTAAATCAGAAATACTATGAAACACGATATGA
320 AGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-A-TATGAAAAACGATATGA
* *
8803 AAAGCGTGAAATGTCCTCTAGTCTTTTTC
383 AAAGCGTGAAA-GTCCTCCAATCTTTTTC
Statistics
Matches: 2694, Mismatches: 266, Indels: 192
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
645 25 0.01
646 112 0.04
647 19 0.01
648 76 0.03
649 181 0.07
650 160 0.06
651 2 0.00
655 2 0.00
657 1 0.00
660 70 0.03
661 106 0.04
662 119 0.04
663 193 0.07
664 273 0.10
665 55 0.02
666 431 0.16
667 730 0.27
668 86 0.03
669 53 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (659 bp):
TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAGT
CCTCCAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTATGGAAA
AATTTTTGGGTCATTTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTCT
GCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCAGCTCTGTTTTGCAAGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAA
ATATTTATATCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
TAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTG
AAAGTCCTCCAATCTTTTTCGTGTTGAATTATATATATTTTATGAATATTTTAGAAAAAAATTAT
GGTAAAAAATTTTTAGTCATTTTTTTGCAAAATGTTAGCCGAAATAGTGTACTAACTATCACGGT
TTTTTACTAAAAACGCGTTTCAGGGCACCACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTTCGAGACTCCT
AGAAATATCTTTTTTCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTGATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGC
ATCTGAATC
Done.