Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007589.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07610, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:109 original size:12 final size:13
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Indices: 82--109 Score: 56
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72 ATTATATATA
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1 TTTTATGAGTATT
108 TT
1 TT
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Statistics
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TTTTATGAGTATT
Found at i:1184 original size:12 final size:13
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Indices: 1157--1184 Score: 56
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1147 ATTATATATA
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1 TTTTATGAGTATT
1170 TTTTATGAGTATT
1 TTTTATGAGTATT
1183 TT
1 TT
1185 AGCAAAAAAA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 15 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
TTTTATGAGTATT
Found at i:2129 original size:336 final size:331
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1280 TGTTAGNCAA
*
1290 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGAACTAATCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
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* * * * * * *
1355 TTTAGGA-CCCGACTTAGTTTTGCATGCTTTTTGGTGTCGAGACTCCCTGAAATATCTATATCCA
64 TTTCGGAGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCTA
* * * * *
1419 TGTGATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATATAAATTTTGTTTC
129 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTC
* *
1484 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG-AAAGTCC-GAC
194 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCA-
* * **
1547 AATCTTTTT-GCAGTTGAATTATA--TATTTTATGAGTATTTTAGAAAAAAAATATTAAGGAAAA
258 AATCTTTTTCGC-GTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAG--CGAAAA-ATTAAGGAAAA
*
1609 ATTTTTCAGGTCA-
319 ATTTTT-GGGTCAT
* * * *
1622 --TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACTATCACGATTTTTTGCTAAAAATG-AT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * *
1684 TTCCGG-GCCGCAGCTCAGTTTTGCAAT-ATTTTTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCT-TCTT
65 TT-CGGAGCC-CGGCTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATC
* * ** * * *
1746 TCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGCATCTGAATCTTGT
127 T-ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
* *
1811 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAATATGAAACACGATATGAAAAGCGTGAAATGTCC
191 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCC
*
1876 TCAAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTAAGGAAAAA
255 TCAAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGCGAAAAATTAAGGAAAAA
*
1941 TTTTTTGGTCAT
320 TTTTTGGGTCAT
** *
1953 TTTTTTTTGCAAAATGTTT-GCAAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTCTGCTAAAAAAACG
1 TTTTTTTTGCAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTTGCT--AAAAACG
* *
2017 CGTTTCGGAGCCTCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
62 CGTTTCGGAGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * **
2082 CTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTCATTTAAGTATTTATTTTTACTAGCATCTAAAAATTGT
126 CTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
* * *
2147 TTCGATATAATGAGAAATTAATTCAGAAAATATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAGAGTCC
191 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAA-ATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * *
2212 TCAAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTCATGAGTATTTTAGAC-AAAAATTTAGGAAGA
255 TCAAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAG-CGAAAAATTAAGGAA-A
*
2276 AATTTTTGGTTCATTTT
318 AATTTTTGGGTCA---T
* * *
2293 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAGTACTAACCATCACGATCTTTTGCTGAAA
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--G---T-GTACTAA-CATCACGGTTTTTTGCTAAAA
* * * **
2358 ACGCGTTTCGGAACCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCCCGAAATATCTAT
59 ACGCGTTTCGGAGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTAT
* * *
2423 AT-TCATCTAATCAAATCCCACCCACATTGCGTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCT
124 ATCT-ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCT
* ** * *
2487 TGTTTCGAGTTAATTAGAAATTAATTCA-AGAAAATATGAAAAGTGATATTAAAAGTGTG-AAAG
188 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGA-AAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAG
* * * * * * **
2550 TCCTCCAATATTTTTGGAGTTGAATTATATATATATATATATATATTATGTGTATTTTAGAAAAA
252 TCCTCAAATCTTTTTCGCGTT--A--A-AT-TATATCTAT-T-TA--ATGAGTATTTTAGCGAAA
* *
2615 AAATAAGGAAAAAATTTTCGGGTCA-
307 AATTAAGG-AAAAATTTTTGGGTCAT
* * *
2640 --TTTTTTGTAAAATTTTAGACGAAATCGTTTACTAACTATCACGGTTTTTTTTTTTTTTGCTAA
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGG--------TTTTTTGCTAA
** * * *
2703 AAACGCGTTTCTGG-GTTACGACTCAGTTTTGCATTATTTTTGGTGTCGAGACTCCTTGAAATAT
57 AAACGCGTTTC-GGAG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATAT
* * * * * * * *
2767 CT-TTTTTCATCTAGTCAAAGCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGTATCTAA
120 CTATATCT-ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
** * * * * *
2831 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGATTTTAATTCAGAAAAATGT-AAATCACGATAAGAAAAACGTCA
184 ATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAA-AACGATATGAAAAGCGTGA
* * * * * * *
2895 AAAGTCCTCCAATATTTTTCGCGTTTAATTATATCTAATAAATGAATATTTTAGCCAAAAATTAA
248 AAAGTCCTCAAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGCGAAAAATTAA
* *
2960 GGAAAAGTTTTTTTGGTCA-
313 GGAAAA-ATTTTTGGGTCAT
*** * * *
2979 -TTTTTTAAAAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTCTGCTAAAAAACGCG
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACATCACGGTTTTTTGCT-AAAAACGCG
* * *
3043 TTTCGGAGCCCCGGCTAATTTTTGCATGATTTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATC
64 TTTCGGAG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATC
* * **
3108 TATCTAATCAAATCTCATCCAAATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAAAATTGTT
127 TATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTT
* *
3173 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCATGAAAAGTTCT
192 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCT
*
3238 -ACAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTTAATGAATATTTTAGCGAAAAATTAAGGAAAA
256 CA-AATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTA-TTTAATGAGTATTTTAGCGAAAAATTAAGGAAAA
* * *
3302 GTTTTTTTGGTCTTT
319 -ATTTTTGGGTC-AT
* * *
3317 TTTTTTTTGCAAAATGTTT-GCCGAAATCGTGTACTAATCATAACGGTTTTATGTTAAAAAAACG
1 TTTTTTTTGCAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTTGCT--AAAAACG
* *
3381 CGTTTCGGAGCCTCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT
62 CGTTTCGGAGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * * **
3446 CCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTCATTTAAGTATTTATTTTTACCAGCATCTAAAAATTGT
126 CTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
* * * **
3511 TTCGATATAATGAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGTAAAGCGTGAAGTGTCC
191 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCC
* * * * * *
3576 TCAAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTAATTCATGATTATTTTAGAC-AAAAATTGAGGAATA
255 TCAAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAG-CGAAAAATTAAGGAA-A
3640 AATTTTTGGGTCATT
318 AATTTTTGGGTCA-T
*
3655 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * * * * *
3720 TTCGAAACCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCCTGAAATATCTATAT-TCC
65 TTCGGAGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCT-A
*
3784 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTC
129 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTC
* ** *
3849 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAATATGAAACACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTCC
194 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAA-AATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCA
* * *
3914 AATCTTTTTCGCATTAAATTATATCTATTTAAAGAATATTTTAGCGAAAAATTAAGGAAAAAATT
258 AATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGCGAAAAATTAAGG-AAAAATT
*
3979 TTTTGGTCAT
322 TTTGGGTCAT
* * * *
3989 TTTTTTTTTCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTCTGCTAAAAAACGCG
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAA-CATCACGGTTTTTTGCT-AAAAACGCG
* * *
4054 TTTCGGAGCGCCGGCTCATTTTTGCGTGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCC
64 TTTCGGAGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCT
* * **
4119 ATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGAATTTG-TTTTACGAGCATCTAAAAATTGTTT
128 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTT
*
4183 CGATTTAATTAGAAATTAATTCTGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCA
193 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCA
* * * * * *
4248 AATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGGAAAAAATT
258 AATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGCGAAAAATTAAGG-AAAAATT
*
4313 TTCGGGTC-T
322 TTTGGGTCAT
* * *
4322 TTTTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC--GCGTCA--GTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
* * * * * *
4383 TC-GAGACCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGATTTCTTGAAATATCTATATCTAA
66 TCGGAG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCTAT
*
4447 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-TTCGTTTC
130 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTT-GTTTC
* *** * * *
4511 GA-TTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATTTGAAAGGTGATATTAAAAGCGTG-AAAGTCTTCCA
194 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCAA
* * *
4574 ATCGTTTTT-GAGTTGAATT-TA--TATTTTATGAGTATTTTAG-GAAAAAGAAATTGAA-GAAA
259 ATC-TTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGCG---AA-AAATT-AAGGAAA
*
4633 AACTTTTCGGGT-A-
318 AA-TTTTTGGGTCAT
* ** * *
4646 -ATTTTTTGCAAAA--AAAGCTGAAATCGTGTACTAACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * * * * * * *
4708 TTC-GAGGCCCCGACTCAATTTTGCATTATTTTTGACGTCAAGAGTCCTAGAAATATCT-TTTTT
65 TTCGGA-G-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCT
* * ** * * *
4771 CATCTAGTCAAATCTCAACCTTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGCATCTGAATCTTGTT
128 -ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTT
* * * *
4836 TCGATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAACACAATATGAAAAGCGTGAAAAATCCT
192 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * * * * * *
4901 CCAGTCTTTTTCGCGTTAAACTATATTTATTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAAATTGAGAAAAAA
256 CAAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAG-CGAAAAATTAAG-GAAAA
*
4966 ATTTTCGGGTCA-
319 ATTTTTGGGTCAT
** * * *
4978 --TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTTTTAACTATCACAGTTTTTTGCTTAAAACGTGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-ATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * *
5041 TTCAGG-GCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGACACAT--TTCAAATATCTACATCT
65 TTC-GGAGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGAC-TCCTTGAAATATCTATATCT
* * * * *
5103 ATCTAATCAAATCCCAGCCACATTGCACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCGTGTTT
128 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTT
5168 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAT
193 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAT
5198 GATTGTTTTG
Statistics
Matches: 3014, Mismatches: 430, Indels: 266
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 14 0.00
322 18 0.01
323 13 0.00
324 12 0.00
325 35 0.01
326 165 0.05
327 137 0.05
328 33 0.01
329 36 0.01
330 206 0.07
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332 77 0.03
333 168 0.06
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335 351 0.12
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337 19 0.01
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340 95 0.03
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344 19 0.01
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352 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
TCGGAGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCTATC
TAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGA
TTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCAAAT
CTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGCGAAAAATTAAGGAAAAATTTTTG
GGTCAT
Found at i:3848 original size:335 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1290--5196 Score: 4068
Period size: 335 Copynumber: 11.7 Consensus size: 332
1280 TGTTAGNCAA
* *
1290 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGAACTAATCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * * *
1355 TT-TAGGACCCGACTTAGTTTTGCATGCTTTTTGGTGTCGAGACTCCCTGAAATATCTATATCCA
66 TTCGAGG-CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT-CA
* * * * *
1419 TGTGATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATATAAATTTTGTTTC
129 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTC
* *
1484 GATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTG-AAAGTCC-GA
194 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCA
* * *
1546 CAATCTTTTT-GCAGTTGAATTATA--TATTTTATGAGTATTTTAGAAAAAAAATATTAAGGAAA
259 -AATCTTTTTGGC-GTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAG--ACAAAA-ATTAAGGAAA
*
1608 AATTTTTCAGGTCA-
319 AATTTTT-GGGTCAT
* * * * *
1622 --TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTCTACTAACTATCACGATTTTTTGCTAAAAATG-AT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * *
1684 TTCCG-GG-CCGCAGCTCAGTTTTGCAAT-ATTTTTGGCGTCGAGACTCCTAGAAATATCTTCTT
66 TT-CGAGGCCCG-A-CTCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATC-TATA
* * ** * * *
1746 TCATCTAGTCAAACCTCAGCCTTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGCATCTGAATCTTGT
126 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
* * *
1811 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAATATGAAACACGATATGAAAAGCGTGAAATGTCC
191 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCC
* *
1876 TCAAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAATATTTTAG-CGAAAAATTAAGGAAAA
256 TCAAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGAC-AAAAATTAAGGAAAA
*
1940 ATTTTTTGGTCAT
320 ATTTTTGGGTCAT
** * *
1953 TTTTTTTTGCAAAATGTTT-GCAAAAATCGTGTACTAATCATCACGGTTTTCTGCTAAAAAAACG
1 TTTTTTTTGCAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCT--AAAAACG
* * *
2017 CGTTTCG-GAGCCTCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATA
63 CGTTTCGAG-GCC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * * * **
2081 TCTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTCATTTAAGTATTTATTTTTACTAGCATCTAAAAATTG
126 TC-ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTG
* * * *
2146 TTTCGATATAATGAGAAATTAATTCAGAAAATATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAGAGTC
190 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTC
* * *
2211 CTCAAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTCATGAGTATTTTAGACAAAAATTTAGGAAGA
255 CTCAAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGGAA-A
*
2276 AATTTTTGGTTCATTTT
319 AATTTTTGGGTCA---T
* * *
2293 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAGTACTAACCATCACGATCTTTTGCTGAAA
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--G---T-GTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAA
* * * * **
2358 ACGCGTTTCG-GAACCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCCCGAAATATCTA
60 ACGCGTTTCGAG-GCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTA
* * *
2422 TATTCATCTAATCAAATCCCACCCACATTGCGTTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCT
124 TA-TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCT
* * ** * *
2487 TGTTTCGAGTTAATTAGAAATTAATTCA-AGAAAATATGAAAAGTGATATTAAAAGTGTG-AAAG
188 TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAG
* * * * * *
2550 TCCTCCAATATTTTTGGAGTTGAATTATATATATATATATATATATTATGTGTATTTTAGAAAAA
253 TCCTCAAATCTTTTTGGCGTT--A--A-AT-TATATCTAT-T-TA--ATGAGTATTTTAGACAAA
* *
2615 AAATAAGGAAAAAATTTTCGGGTCA-
308 AATTAAGG-AAAAATTTTTGGGTCAT
* * * *
2640 --TTTTTTGTAAAATTTTAGACGAAATCGTTTACTAACTATCACGGTTTTTTTTTTTTTTGCTAA
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG--------TTTTTTGCTAA
** * *
2703 AAACGCGTTTCTG-GGTTACGACTCAGTTTTGCATTATTTTTGGTGTCGAGACTCCTTGAAATAT
58 AAACGCGTTTC-GAGG-CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATAT
* * * * * * * *
2767 CTTTTTTCATCTAGTCAAAGCTCAGCCATATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGTATCTAAA
121 C-TATATCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAA
** * * * * *
2832 TCTTGTTTCGATTTAATTAGATTTTAATTCAG-AAAAATGT-AAATCACGATAAGAAAAACGTCA
185 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAA-AACGATATGAAAAGCGTGA
* * * * * * * *
2895 AAAGTCCTCCAATATTTTTCGCGTTTAATTATATCTAATAAATGAATATTTTAGCCAAAAATTAA
249 AAAGTCCTCAAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGACAAAAATTAA
* *
2960 GGAAAAGTTTTTTTGGTCA-
314 GGAAAA-ATTTTTGGGTCAT
*** * * *
2979 -TTTTTTAAAAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTTACCATCACGGTTTTCTGCTAAAAAACGCG
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCT-AAAAACGCG
* * * * *
3043 TTTCGGAGCCCCGGCTAATTTTTGCATGATTTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATC
65 TTTC-GAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATC
* * **
3108 TATCTAATCAAATCTCATCCAAATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAAAATTGTT
128 -ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTT
* *
3173 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCATGAAAAGTTCT
192 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* *
3238 -ACAATCTTTTTCGCGTTAAATTATATCTATTTTAATGAATATTTTAG-CGAAAAATTAAGGAAA
257 CA-AATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTA-TTTAATGAGTATTTTAGAC-AAAAATTAAGGAAA
* * *
3301 AGTTTTTTTGGTCTTT
319 A-ATTTTTGGGTC-AT
* * * *
3317 TTTTTTTTGCAAAATGTTT-GCCGAAATCGTGTACTAATCATAACGGTTTTATGTTAAAAAAACG
1 TTTTTTTTGCAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCT--AAAAACG
* * *
3381 CGTTTCG-GAGCCTCGGCTCATTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATA
63 CGTTTCGAG-GCC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * * * **
3445 TCCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTTCATTTAAGTATTTATTTTTACCAGCATCTAAAAATTG
126 T-CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTG
* * * **
3510 TTTCGATATAATGAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGTAAAGCGTGAAGTGTC
190 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTC
* * * * *
3575 CTCAAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTAATTCATGATTATTTTAGACAAAAATTGAGGAATA
255 CTCAAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGGAA-A
3640 AATTTTTGGGTCATT
319 AATTTTTGGGTCA-T
*
3655 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGGCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
** * * * *
3720 TTCGAAACCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGACTCCCTGAAATATCTATATTCCT
66 TTCGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATA-TCAT
*
3785 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCG
130 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCG
* * ** *
3850 ATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAATAATATGAAACACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTCCA
195 ATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCAA
* * * *
3915 ATCTTTTTCGCATTAAATTATATCTATTTAAAGAATATTTTAG-CGAAAAATTAAGGAAAAAATT
260 ATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGAC-AAAAATTAAGG-AAAAATT
*
3979 TTTTGGTCAT
323 TTTGGGTCAT
* * * *
3989 TTTTTTTTTCAAAATGTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTCTGCTAAAAAACGCG
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCT-AAAAACGCG
* * *
4054 TTTCG-GAGCGCCGGCTCATTTTTGCGTGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATC
65 TTTCGAG-GC-CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATAT-
* * **
4118 CATCTAATCAAATCTCAGCCATATTGCATTTAAGAATTTG-TTTTACGAGCATCTAAAAATTGTT
127 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTT
*
4182 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCTG-AAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCT
192 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * ** *
4246 CAAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATCTATTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTGAGGAAAAAA
257 CAAATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGG-AAAAA
*
4311 TTTTCGGGTC-T
321 TTTTTGGGTCAT
* * *
4322 TTTTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAC---GCGTCA--GTTTTTTGCTAAAAACGCGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * * * *
4382 TTCGAGACCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGTGTCGAGATTTCTTGAAATATCTATATCTAA
66 TTCGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATC-AT
*
4447 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-TTCGTTTC
130 CTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTT-GTTTC
* *** * * *
4511 GA-TTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATTTGAAAGGTGATATTAAAAGCGTG-AAAGTCTTCC
194 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCA
* * * *
4573 AATCGTTTTT-GAGTTGAATT-TA--TATTTTATGAGTATTTTAGGAAAAAGAAATTGAA-GAAA
259 AATC-TTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTA-G-ACAA-AAATT-AAGGAAA
*
4633 AACTTTTCGGGT-A-
319 AA-TTTTTGGGTCAT
* ** * * *
4646 -ATTTTTTGCAAAA--AAAGCTGAAATCGTGTACTAACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * * * * * *
4708 TTCGAGGCCCCGACTCAATTTTGCATTATTTTTGACGTCAAGAGTCCTAGAAATATCTTTTTTCA
66 TTCGAGG-CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATC-TATATCA
* * ** * * *
4773 TCTAGTCAAATCTCAACCTTATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGTGCATCTGAATCTTGTTTC
129 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTC
* * * * *
4838 GATTTGATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAACACAATATGAAAAGCGTGAAAAATCCTCC
194 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCA
* * * * * * *
4903 AGTCTTTTTCGCGTTAAACTATATTTATTTAATGAGTATTTTAGCCAAAAAATTGAGAAAAAAAT
259 AATCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGAC-AAAAATTAAG-GAAAAAT
*
4968 TTTCGGGTCA-
322 TTTTGGGTCAT
** * * * *
4978 --TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTTTTAACTATCACAGTTTTTTGCTTAAAACGTGT
1 TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
* * * * *
5041 TTC-AGGGCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGACACAT--TTCAAATATCTACATCT
66 TTCGA-GGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGAC-TCCTTGAAATATCTATATC-
* * * * *
5103 ATCTAATCAAATCCCAGCCACATTGCACTTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATCGTGTTT
128 ATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTT
5168 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
193 CGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA
5197 TGATTGTTTT
Statistics
Matches: 3003, Mismatches: 441, Indels: 263
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
321 14 0.00
322 18 0.01
323 12 0.00
324 12 0.00
325 36 0.01
326 159 0.05
327 136 0.05
328 38 0.01
329 33 0.01
330 201 0.07
331 168 0.06
332 75 0.02
333 172 0.06
334 275 0.09
335 352 0.12
336 352 0.12
337 17 0.01
338 89 0.03
339 267 0.09
340 95 0.03
341 22 0.01
342 27 0.01
343 130 0.04
344 21 0.01
345 27 0.01
346 23 0.01
347 31 0.01
348 139 0.05
349 26 0.01
351 34 0.01
352 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (332 bp):
TTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGT
TTCGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATCATC
TAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGA
TTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCAAA
TCTTTTTGGCGTTAAATTATATCTATTTAATGAGTATTTTAGACAAAAATTAAGGAAAAATTTTT
GGGTCAT
Done.