Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007677.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07698, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8699
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.21, T:0.27
Found at i:521 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 499--533 Score: 52
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
489 GAAAAAGTGC
499 ATTCTTGGTGGCACATT
1 ATTCTTGGTGGCACATT
* *
516 ATTCTTGTTGGCATATT
1 ATTCTTGGTGGCACATT
533 A
1 A
534 ACATTATGCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.14, G:0.20, T:0.46
Consensus pattern (17 bp):
ATTCTTGGTGGCACATT
Found at i:2229 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 2202--2269 Score: 75
Period size: 24 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
2192 CTAAATGGTA
*
2202 GCGTCTAGACGCCACTATTT-CGCG
1 GCGTCTAGACGCCACTATTTAAG-G
* *
2226 GCGTCTCGACGCCACCATTTAAGG
1 GCGTCTAGACGCCACTATTTAAGG
* *
2250 GCGTCTGGACGCCGCTATTT
1 GCGTCTAGACGCCACTATTT
2270 GCAATTTAAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 6, Indels: 2
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 36 0.97
25 1 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.32, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (24 bp):
GCGTCTAGACGCCACTATTTAAGG
Found at i:5582 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5521--5751 Score: 284
Period size: 41 Copynumber: 5.6 Consensus size: 41
5511 CATGCATCCA
* * * *
5521 TAAACACGGCCAAAGCCTTAATTCAGGGTAATTAAGAGAAG
1 TAAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
* * *
5562 TAAACGCACTCAGAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
1 TAAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
* *
5603 CAAATACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAG
1 TAAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAAG
*
5645 CAAACAC-GATCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
1 TAAACACAG-TCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
* * *
5686 TAAACACAGTTAAGGTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAG
1 TAAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
* * **
5727 TAAACAAAATCAAAAACTTAATTCA
1 TAAACACAGTCAAAGTCTTAATTCA
5752 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 23, Indels: 6
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 125 0.76
42 39 0.24
ACGTcount: A:0.46, C:0.14, G:0.16, T:0.24
Consensus pattern (41 bp):
TAAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
Found at i:5683 original size:83 final size:81
Alignment explanation
Indices: 5522--6175 Score: 295
Period size: 73 Copynumber: 8.5 Consensus size: 81
5512 ATGCATCCAT
* * * * * *
5522 AAACACGGCCAAAGCCTTAATTCAGGGTAATTAAGAGAAGTAAACGCACTCAGAGTCTTAATTCA
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACA-TCAAAGTCTTAATTCA
5587 GGGTAATTAAGAAAAGC
65 GGGTAATTAAGAAAAGC
* *
5604 AAATACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAGCAAACACGATCAAAGTCTTAATTC
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAAGTAAACAC-ATCAAAGTCTTAATTC
*
5669 AGGGTAATTAAGAAAAGT
64 AGGGTAATTAAGAAAAGC
* * * * **
5687 AAACACAGTTAAGGTCTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAGTAAACAAAATCAAAAACTTAATTCA
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAAC-ACATCAAAGTCTTAATTCA
*** *
5752 AAATAATTAAG-TAAG-
65 GGGTAATTAAGAAAAGC
* * * * * * * *
5767 --A-GCAGTAAAAGACTTAATTCATGGTAATTAAG-TAA--AAACA-GTTAAAGGACTTAATTCA
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACATCAAA-GTCTTAATTCA
*
5825 GGGTAATTAAG-TAAG-
65 GGGTAATTAAGAAAAGC
* * * * * * *
5840 --A-GCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAG-TAA--AAACA-ATTAAAGGACTTAATTCA
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACATCAAA-GTCTTAATTCA
*
5898 GGGTAATTAAG-TAAG-
65 GGGTAATTAAGAAAAGC
* * * * ** * *
5913 --A-GCAGTTAAATGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAG----C-GGTAAAAGAACTTAATT
1 AAACACAGTCAAA-GTCTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAAGTAAACACATCAAAG-TCTTAATT
**
5970 CAGGAAAATTAAGTAAAAGC
63 CAGGGTAATTAAG-AAAAGC
** * * * * * * *
5990 -AGTA-A---AAAGACTTAATTCAGGGCAATTAAG-TAA--AAACA-GTTAAAGGACTAAATTCA
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACATCAAA-GTCTTAATTCA
6046 GGGTAATTAAGTAAAAG-
65 GGGTAATTAAG-AAAAGC
* * * *
6063 -----CAGTTAAGGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACGATTAAGGTCTTAATTCA
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACAC-ATCAAAGTCTTAATTCA
*
6123 TGGTAATTAAG-AAA--
65 GGGTAATTAAGAAAAGC
* * *
6137 AAA-ACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAAG
1 AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAG
6176 ACAAGCACAG
Statistics
Matches: 475, Mismatches: 64, Indels: 70
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
70 1 0.00
72 6 0.01
73 125 0.26
74 103 0.22
75 7 0.01
76 12 0.03
77 46 0.10
78 36 0.08
81 3 0.01
82 63 0.13
83 72 0.15
84 1 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (81 bp):
AAACACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACATCAAAGTCTTAATTCAG
GGTAATTAAGAAAAGC
Found at i:5747 original size:124 final size:124
Alignment explanation
Indices: 5522--5751 Score: 318
Period size: 124 Copynumber: 1.9 Consensus size: 124
5512 ATGCATCCAT
* * * *
5522 AAACACGGCCAAAGCCTTAATTCAGGGTAATTAAGAGAAGTAAACGCACTCAGAGTCTTAATTCA
1 AAACACGACCAAAGCCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACACTAAGAGTCTTAATTCA
* * * **
5587 GGGTAATTAAGAAAAGCAAATACAGTCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAGC
66 GGGTAATTAAGAAAAGCAAACAAAATCAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAGC
* * *
5646 AAACACGATCAAAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTTAAG-GTCTTAATTC
1 AAACACGACCAAAGCCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACA-CTAAGAGTCTTAATTC
* *
5710 ATGGTAATTAAGAAAAGTAAACAAAATCAAAAACTTAATTCA
65 AGGGTAATTAAGAAAAGCAAACAAAATCAAAAACTTAATTCA
5752 AAATAATTAA
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 14, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
124 88 0.97
125 3 0.03
ACGTcount: A:0.46, C:0.14, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (124 bp):
AAACACGACCAAAGCCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACACTAAGAGTCTTAATTCA
GGGTAATTAAGAAAAGCAAACAAAATCAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAGC
Found at i:5824 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 5755--6174 Score: 463
Period size: 37 Copynumber: 11.3 Consensus size: 37
5745 TAATTCAAAA
* * * *
5755 TAATTAAGTAAGAGCAG-TAAAAGACTTAATTCATGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
5791 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* * *
5828 TAATTAAGTAAGAGCAG-TAAAAGACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* *
5864 AAATTAAGTAAAAACAATTAAAGGACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* * *
5901 TAATTAAGTAAGAGCAGTTAAATGACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* * * * * *
5938 AAATTAAGTAAAAGCGGTAAAAGAACTTAATTCAGGA
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* * * *
5975 AAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAAGACTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* *
6012 CAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTAAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* *
6049 TAATTAAGTAAAAGCAGTT-AAGGTCTTAATTCAGGG
1 TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
* * *
6085 TAATTAAGAAAAGTAAACACGATT-AAGGTCTTAATTCATGG
1 TAATTAAG-TAA--AAACA-G-TTAAAGGACTTAATTCAGGG
* * *
6126 TAATTAAGAAAAAAACAGTCAAA-GACTTAATTCAAGG
1 TAATTAAG-TAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
6163 TAATTAAGTAAA
1 TAATTAAGTAAA
6175 GACAAGCACA
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 44, Indels: 16
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
36 72 0.22
37 217 0.65
38 3 0.01
39 9 0.03
40 1 0.00
41 30 0.09
ACGTcount: A:0.47, C:0.09, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (37 bp):
TAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTAATTCAGGG
Found at i:5842 original size:73 final size:73
Alignment explanation
Indices: 5755--6174 Score: 527
Period size: 74 Copynumber: 5.7 Consensus size: 73
5745 TAATTCAAAA
* *
5755 TAATTAAGTAAGAGCAGTAAAAGACTTAATTCATGGTAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTA
1 TAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTA
5820 ATTCAGGG
66 ATTCAGGG
* * *
5828 TAATTAAGTAAGAGCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAACAATTAAAGGACTTA
1 TAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTA
5893 ATTCAGGG
66 ATTCAGGG
* * * * * * *
5901 TAATTAAGTAAGAGCAGTTAAATGACTTAATTCAGGGAAATTAAGTAAAAGCGGTAAAAGAACTT
1 TAATTAAGTAAAAGCAG-TAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTT
*
5966 AATTCAGGA
65 AATTCAGGG
* * *
5975 AAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAAGACTTAATTCAGGGCAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTA
1 TAATTAAGTAAAAGCAGT-AAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTT
6040 AATTCAGGG
65 AATTCAGGG
* * * *
6049 TAATTAAGTAAAAGCAGTTAAGGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACGATT-AAGG
1 TAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAG-TAA--AAACA-G-TTAAAGG
* *
6113 TCTTAATTCATGG
61 ACTTAATTCAGGG
* * * *
6126 TAATTAAGAAAAAAACAGTCAAAGACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAA
1 TAATTAAG-TAAAAGCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
6175 GACAAGCACA
Statistics
Matches: 303, Mismatches: 36, Indels: 14
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
73 110 0.36
74 130 0.43
75 1 0.00
76 5 0.02
77 25 0.08
78 32 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.09, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (73 bp):
TAATTAAGTAAAAGCAGTAAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAACAGTTAAAGGACTTA
ATTCAGGG
Found at i:6101 original size:41 final size:39
Alignment explanation
Indices: 5537--6175 Score: 304
Period size: 37 Copynumber: 16.6 Consensus size: 39
5527 CGGCCAAAGC
* * * *
5537 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAGAAGTAAACGCA-CTCAGAGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGA-AAGTAAA-ACAGTTAAG-GA
* * * *
5578 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGCAAATACAGTCAAAGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAGTAAA-ACAGTTAAGGA
* * * *
5619 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAAG-CAAACACGATCAAAGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG--AAAGTAAAACA-G-TTAAGGA
*
5661 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGTAAACACAGTTAAGGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAGTAAA-ACAGTTAAGGA
* * * * **
5702 CTTAATTCATGGTAATTAAGAAAAGTAAACAAAATCAAAAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAGTAAA-ACAGTTAAGGA
*** * * * *
5743 CTTAATTCAAAATAATTAAGTAAG---AGCAGTAAAAGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTTAAGGA
* *
5779 CTTAATTCATGGTAATTAAG-TA--AAAACAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTT-AAGGA
* * * *
5816 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG---AGCAGTAAAAGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTTAAGGA
* * *
5852 CTTAATTCAGGGAAATTAAG-TA--AAAACAATTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTT-AAGGA
* * *
5889 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAG---AGCAGTTAAATGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTT-AAGGA
* * * *
5926 CTTAATTCAGGGAAATT----AAGTAAAAGCGGTAAAAGAA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAA-CAGT-TAAGGA
** * *
5963 CTTAATTCA-GG-AA--AATTAAGTAAAAGCAGTAAAAAGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAA-CAGT-TAAGGA
* *
6000 CTTAATTCAGGGCAATTAAG-TA--AAAACAGTTAAAGGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTT-AAGGA
* *
6037 CTAAATTCAGGGTAATT----AAGTAAAAGCAGTTAAGGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAA-CAGTTAAGGA
*
6073 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAAGT-AAACACGATTAAGGT
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAGTAAAACA-G-TTAAGGA
* * *
6114 CTTAATTCATGGTAATTAAGAAA--AAAACAGTCAAAGA
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTTAAGGA
*
6151 CTTAATTCAAGGTAATTAAGTAAAG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAG-AAAG
6176 ACAAGCACAG
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 73, Indels: 90
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
33 3 0.01
34 1 0.00
35 4 0.01
36 82 0.17
37 170 0.35
38 12 0.02
39 9 0.02
40 14 0.03
41 146 0.30
42 37 0.08
43 3 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.18, T:0.25
Consensus pattern (39 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGAAAGTAAAACAGTTAAGGA
Found at i:6247 original size:78 final size:78
Alignment explanation
Indices: 6159--6332 Score: 285
Period size: 78 Copynumber: 2.2 Consensus size: 78
6149 GACTTAATTC
*
6159 AAGGTAATTAAGTAAAGACAAGCACAGAATTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAA
1 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGAATTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAA
6224 CTTAATTTCAAGG
66 CTTAATTTCAAGG
* * * * *
6237 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAATTTGGTAAAGACATGCATAGA
1 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGAATTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAA
6302 CTTAATTTCAAGG
66 CTTAATTTCAAGG
*
6315 AAGGAAATTAGGTAAAGA
1 AAGGAAATTAAGTAAAGA
6333 TAAGGACTTA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 7, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
78 89 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.10, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (78 bp):
AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGAATTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAA
CTTAATTTCAAGG
Found at i:6253 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 6159--6360 Score: 239
Period size: 37 Copynumber: 5.2 Consensus size: 41
6149 GACTTAATTC
* * *
6159 AAGGTAATTAAGTAAAGACAAGCACAGAATTAATTTC----
1 AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
*
6196 AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAACTTAATTTCAAGG
1 AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
*
6237 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTC----
1 AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
* * *
6274 AAGGAAATTTGGTAAAGACATGCATAGACTTAATTTCAAGG
1 AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
*
6315 AAGGAAATTAGGTAAAGATAAG----GACTTAATTTCAAGG
1 AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
6352 AAGGAAATT
1 AAGGAAATT
6361 TAGTCAAGTT
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 13, Indels: 16
0.83 0.08 0.09
Matches are distributed among these distances:
37 90 0.62
41 54 0.38
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.20, T:0.23
Consensus pattern (41 bp):
AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGG
Found at i:6341 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 6196--6382 Score: 134
Period size: 37 Copynumber: 4.8 Consensus size: 37
6186 AATTAATTTC
* *
6196 AAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAACTTAATTTCAAGG
1 AAGGAAATTAGGTAAAGATAAG----GACTTAATTTCAAGG
* *
6237 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTC----
1 AAGGAAATTAGGTAAAGATAAG----GACTTAATTTCAAGG
*
6274 AAGGAAATTTGGTAAAGACATGCATA-GACTTAATTTCAAGG
1 AAGGAAATTAGGTAAAG--AT--A-AGGACTTAATTTCAAGG
6315 AAGGAAATTAGGTAAAGATAAGGACTTAATTTCAAGG
1 AAGGAAATTAGGTAAAGATAAGGACTTAATTTCAAGG
* * *
6352 AAGGAAATTTA-GTCAAGTTAGGGACTTAATT
1 AAGGAAA-TTAGGTAAAGATAAGGACTTAATT
6383 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 9, Indels: 26
0.78 0.06 0.16
Matches are distributed among these distances:
36 1 0.01
37 66 0.52
38 3 0.02
39 3 0.02
41 52 0.41
42 1 0.01
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.21, T:0.25
Consensus pattern (37 bp):
AAGGAAATTAGGTAAAGATAAGGACTTAATTTCAAGG
Found at i:6361 original size:78 final size:75
Alignment explanation
Indices: 6159--6353 Score: 257
Period size: 78 Copynumber: 2.5 Consensus size: 75
6149 GACTTAATTC
* * *
6159 AAGGTAATTAAGTAAAGACAAGCACAGAATTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAGACAAGCACAAA
1 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAG---AGACTTAATTTCAAGGAAATTTGGTAAAGACAAGCACAAA
6224 CTTAATTTCAAGG
63 CTTAATTTCAAGG
* * *
6237 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGCACAGACTTAATTTCAAGGAAATTTGGTAAAGACATGCATAGA
1 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAG---AGACTTAATTTCAAGGAAATTTGGTAAAGACAAGCACAAA
6302 CTTAATTTCAAGG
63 CTTAATTTCAAGG
* *
6315 AAGGAAATTAGGTAAAGATAAG-GACTTAATTTCAAGGAA
1 AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGAGACTTAATTTCAAGGAA
6354 GGAAATTTAG
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 8, Indels: 4
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
74 17 0.16
78 92 0.84
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.19, T:0.23
Consensus pattern (75 bp):
AAGGAAATTAAGTAAAGACAAGAGACTTAATTTCAAGGAAATTTGGTAAAGACAAGCACAAACTT
AATTTCAAGG
Found at i:6420 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 6376--6525 Score: 169
Period size: 36 Copynumber: 4.2 Consensus size: 36
6366 AAGTTAGGGA
*
6376 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAAAAG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAAAG
* * **
6412 CTTCATTCAGGGTAATTAAGTGGAGTCAATAAAGGG
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAAAG
*
6448 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTCGAGTCAATAAAGAA-
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAA-AAG
* * * * *
6484 CTTAGTTTATGGTAATTAAGTGGAATCAATAAAGAA-
1 CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAA-AAG
6520 CTTAAT
1 CTTAAT
6526 CTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 15, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
36 98 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.21, T:0.30
Consensus pattern (36 bp):
CTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAAAG
Found at i:6461 original size:72 final size:73
Alignment explanation
Indices: 6371--6525 Score: 210
Period size: 72 Copynumber: 2.2 Consensus size: 73
6361 TAGTCAAGTT
*
6371 AGGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGCGTCAATAAA-AAGCTTCA-TTCAGGGTAATTAAGTG
1 AGGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAGAA-CTT-AGTTCAGGGTAATTAAGTG
*
6434 GAGTCAATAA
64 GAATCAATAA
* * *
6444 AGGG-CTTAATTCAGGGTAATTAAGTCGAGTCAATAAAGAACTTAGTTTATGGTAATTAAGTGGA
1 AGGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAGAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGGA
6508 ATCAATAA
66 ATCAATAA
*
6516 A-GAACTTAAT
1 AGGGACTTAAT
6526 CTAAAAAGAG
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 7
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
71 2 0.03
72 65 0.89
73 6 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.22, T:0.29
Consensus pattern (73 bp):
AGGGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAGAGTCAATAAAGAACTTAGTTCAGGGTAATTAAGTGGA
ATCAATAA
Found at i:8276 original size:5 final size:6
Alignment explanation
Indices: 8248--8283 Score: 54
Period size: 6 Copynumber: 5.7 Consensus size: 6
8238 GATCAAGTGT
8248 AAAAGTA AAAAGGA AAAAGA AAAAGA AAAAGA AAAA
1 AAAAG-A AAAA-GA AAAAGA AAAAGA AAAAGA AAAA
8284 CAACTATGTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 3
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
6 18 0.64
7 9 0.32
8 1 0.04
ACGTcount: A:0.81, C:0.00, G:0.17, T:0.03
Consensus pattern (6 bp):
AAAAGA
Done.