Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007707.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07728, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7756
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.35
Found at i:1458 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1451--1477 Score: 54
Period size: 2 Copynumber: 13.5 Consensus size: 2
1441 CATTAGCTAG
1451 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1478 GTGTGTGTGT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:2007 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2002--2030 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
1992 CCGACCTTAT
2002 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
2031 CGCTTTGGAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:4475 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 4446--4495 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
4436 CCGACTAAAG
*
4446 ATAT-TTATATATGTTTTA-T
1 ATATATTATATAT-TTATATT
4465 ATATATTATATATTTATATT
1 ATATATTATATATTTATATT
*
4485 TTATATTATAT
1 ATATATTATAT
4496 TTAATTTGGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.30
20 19 0.70
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.02, T:0.62
Consensus pattern (20 bp):
ATATATTATATATTTATATT
Found at i:6340 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 6298--6936 Score: 709
Period size: 35 Copynumber: 18.7 Consensus size: 35
6288 CAGTAATAAG
**
6298 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGCCAGTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
6333 TAACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAATTCAG---T
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * * * *
6365 T-A-TTGATTCAGGGTAATCAAGTAATTTACTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * * * *
6398 CAGCTTAATTCAGGGTAATTAAGTCAGTCAATAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
6433 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGCAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
6468 CAACTTAATTCAGGGTGATTAAGTAAGTCAGCAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * * *
6503 CAACTTAATTCAGGTTAATTAAGTAAGTCGGCAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
6538 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * * *
6573 GAACTTAATT----G------AGTTAGTCAATAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
6598 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
6633 CAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * *
6668 CAACTTAATTCAAGGTAATTAAGTAATTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
*
6703 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
6738 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCGGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
6773 TAACTTAATTCAGGATAATTAAGTGAGTCAGTAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
** * *
6808 CGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAAG
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* *
6843 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTTAATAAT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
* * **
6878 CAACTTAATTCAGGG-AAGTTAAGT-AGTTCAATAGG
1 TAACTTAATTCAGGGTAA-TTAAGTAAG-TCAGTAAT
*
6913 TAACTTAATTCAGGGAAATTAAGT
1 TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
6937 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 73, Indels: 36
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 20 0.04
29 1 0.00
30 22 0.04
31 2 0.00
32 2 0.00
33 1 0.00
34 4 0.01
35 459 0.89
36 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (35 bp):
TAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAT
Found at i:6581 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 6553--6607 Score: 67
Period size: 25 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
6543 TAATTCAGGG
*
6553 TAATTAAGTAAGTCAGTAA-TGAACT
1 TAATTAAGTAAGTCAATAAGT-AACT
* *
6578 TAATTGAGTTAGTCAATAAGTAACT
1 TAATTAAGTAAGTCAATAAGTAACT
6603 TAATT
1 TAATT
6608 CAGGGTAATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
25 25 0.96
26 1 0.04
ACGTcount: A:0.42, C:0.07, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (25 bp):
TAATTAAGTAAGTCAATAAGTAACT
Done.