Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007709.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07730, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3423
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Found at i:2310 original size:671 final size:665
Alignment explanation
Indices: 1--2581 Score: 3658
Period size: 671 Copynumber: 3.9 Consensus size: 665
* *
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAAGATTAATGGGCTTTTCCCGTTTCTAATATCATTTATCCT
1 AAAATATAGAATTCAATGCC-AAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCT
* * *
66 ATTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGACGCTTATAAAATGAAATCAT
65 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCT
* * * **
131 TAAATCCCATGTGGCTTAGATTTTGTTAGATGAATACAGGTATTTCAACGAGTCTTGGCACCAAA
130 TAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAA
* * * *
196 AATCATGCAAAAATGAGTCGGCACCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC----T-G-T-G-ACA
195 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTATATGGTTAGTACA
*
253 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTTAA-TTTTTACCATAATA
260 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTTAATTTTTTACCACAATA
* * * * *
317 CTAAAAAAATATATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCA
325 CTCATAAAA-A-ATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCATTTCACGTTTCTAATATCA
382 TTTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAAT
388 TTTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAAT
* * * *
447 GACATCAGTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATACAGTTATTTCAACGAGTATTT
453 GAAATCAGTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATTG
* *
512 GTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCTGAATCGTGATTTTAGCCAAAAACTGTGAT
518 GTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGAT
* *
577 GGTTGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTCCCTTAATT
583 AG-T-TTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATT
642 TTTTGCCAATATACTCATAA
646 TTTTGCCAATATACTCATAA
* * * *
662 AAAATAAAGAAATCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAAAATCAGTTATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* *
727 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATAAAAACATGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
66 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
* * *
792 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATAGTTCAACGAGTCTTTGTGCAAAAA
131 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAA
* * * * *
857 ATTATGCAAAACTTAGTCGGGACCCGGAATCACGATTTTAGCCAAAAACTGTATTGGTTATTAGT
196 ATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTATA-TGG---TTAGT
* * *
922 ACACGATTTCGACTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATCTT-TTCTTAATTTTTTGCCAC
257 ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATAT-TTCTCCTTAATTTTTTACCAC
* *
986 AATACTCATAAAAAATATAGAATTCAATGTCAAAAAGGTTGATGGGCATTTCACGTTTCTAATAT
321 AATACTCATAAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCATTTCACGTTTCTAATAT
* *
1051 TATTTATCCTATTTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAA
386 CATTTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAA
* * * * *
1116 ATGACATCAGTAAATCCCATGTGACTGAGATTTGGTTTGATGAATACAGTTATTTCAACAAGTAT
451 ATGAAATCAGTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTAT
* **
1181 TTGTGCCAAAAATCATGTGAAACTGAGTCGGGACCCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTG
516 TGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTG
* ** *
1246 GTAG-TTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACTTGAAATA-TTTTCCCTAATT
581 ATAGTTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATT
1309 TTTTGCCAATATACTCATAA
646 TTTTGCCAATATACTCATAA
* *
1329 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* * *
1394 TTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCC-
66 -TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCT
* * *
1458 ---ATACCATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAAATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAA
130 TAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAA
* *
1520 AATCATGC-AAACTGAGTCGGGACACCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAAAAACTATGTTGGTTAG
195 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCC---AAAAACTAT-ATGGTTAG
* * *
1584 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTTACCCGAAATATTTGTCCTTAATTTTTTGCCAC
256 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTTAATTTTTTACCAC
* ** *
1649 AATACTCATTAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGAACATTTCACGTTTCTAATAC
321 AATACTCATAAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCATTTCACGTTTCTAATAT
* ** *
1714 CATTTATCCTATTTTTTCCAAATTAGGTTCTAATTAAATCAAAACAAAATTCTGATGCTTATAAA
386 CATTTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAA
** * * *
1779 ATGAAATCCTTAAATCCCATTTGGCTTACTGGCTTAGATTTTGTCAGATGAATACAGATATTTCA
451 ATGAAATCAGTAAATCCCA--T-G-----TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCA
* * * * * *
1844 ACGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCA-CCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAA
508 ACGAGTATTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCCGAATCGCGATTTTAGCCAA
* * * *
1908 AAATTGTGAT-GTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTATACGAAAATTGACCCGAAATATTTTT
573 AAACTGTGATAGTTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTT
1972 CCTTAATTTTTTGCCACA-ATACTCATAA
638 CCTTAATTTTTTGCCA-ATATACTCATAA
* * *
2000 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATAGACTTTTCACGTTTCTAATATCATTCATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* * * *
2065 TTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGAGTCTGATGCTTATAAAATAAAATCCTT
66 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
* *
2130 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAA
131 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAA
* * *
2195 CTCATGTAAAACTGAATCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACA
196 ATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTAT-ATGGTTAGTACA
* * *
2260 CTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTT-TTCTTAATTTTTTACCATAATA
260 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTTAATTTTTTACCACAATA
*
2324 CTCATAAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTTCACGTTTCTAATATCAT
325 CTCATAAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGC-ATTTCACGTTTCTAATATCAT
* * *
2389 TTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAATATTCTGATGCTTATAAAATG
389 TTATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATG
** * *
2454 AAATCCTTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATAATTCAACGAGTCTTGG
454 AAATCAGTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATTGG
* ** *
2519 TGTCTGAAATCATGCAAAACTGAGTCGTGA-CCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGAT
519 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGAT
2582 GCTCGTGAAA
Statistics
Matches: 1715, Mismatches: 168, Indels: 71
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
660 199 0.12
661 18 0.01
662 2 0.00
663 228 0.13
664 159 0.09
665 2 0.00
666 13 0.01
667 89 0.05
668 103 0.06
669 2 0.00
670 130 0.08
671 448 0.26
672 205 0.12
673 21 0.01
674 63 0.04
675 33 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (665 bp):
AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAA
ATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTATATGGTTAGTACAC
GATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTTAATTTTTTACCACAATAC
TCATAAAAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCATTTCACGTTTCTAATATCATTT
ATCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAA
ATCAGTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTATTGGTG
CCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATAGT
TTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTTG
CCAATATACTCATAA
Found at i:2374 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1--2582 Score: 3634
Period size: 332 Copynumber: 7.8 Consensus size: 331
* *
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAAGATTAATGGGCTTTTCCCGTTTCTAATATCATTTATCCT
1 AAAATATAGAATTCAATGCC-AAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCT
* * *
66 ATTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGACGCTTATAAAATGAAATCAT
65 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCT
* * * **
131 TAAATCCCATGTGGCTTAGATTTTGTTAGATGAATACAGGTATTTCAACGAGTCTTGGCACCAAA
130 TAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAA
* * * *
196 AATCATGCAAAAATGAGTCGGCACCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-----T-G-T-G-AC
195 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTAC
* *
252 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTCTCCTTAA-TTTTTACCATAAT
260 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTT-TCCTTAATTTTTTGCCACAAT
* *
316 ACTAAAAA
324 ACTCATAA
* *
324 AATATATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCC
1 AA-A-ATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCC
* *
389 TATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGACATCA
64 TATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCC
* * * * *
454 GTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATACAGTTATTTCAACGAGTATTTGTGCCAA
129 TTAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAA
*
519 AAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCTGAATCGTGATTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTGTT
194 AAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCC-GAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G--GTT
*
584 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTCCCTTAATTTTTTGCC
255 AGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTT-CCTTAATTTTTTGCC
649 A-ATATACTCATAA
319 ACA-ATACTCATAA
* * * *
662 AAAATAAAGAAATCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAAAATCAGTTATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* *
727 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATAAAAACATGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
66 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
* * *
792 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATAGTTCAACGAGTCTTTGTGCAAAAA
131 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAA
* * * *
857 ATTATGCAAAACTTAGTCGGGACCCGGAATCACGATTTTAGCCAAAAACTGT-ATTGGTTATTAG
196 ATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGA-TGG---TTAG
* *
921 TACACGATTTCGACTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATCTTTTCTTAATTTTTTGCCAC
257 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATAT-TTTCCTTAATTTTTTGCCAC
986 AATACTCATAA
321 AATACTCATAA
* * * *
997 AAAATATAGAATTCAATGTCAAAAAGGTTGATGGGCATTTCACGTTTCTAATATTATTTATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* * **
1062 TTTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGACATCAGT
66 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
* * * * * *
1127 AAATCCCATGTGACTGAGATTTGGTTTGATGAATACAGTTATTTCAACAAGTATTTGTGCCAAAA
131 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAA
** * *
1192 ATCATGTGAAACTGAGTCGGGACCCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGGTAGTTAGTAC
196 ATCATGCAAAACTGAGTCGGGA-CCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTAC
* ** *
1257 ACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGACTTGAAATATTTTCCCTAATTTTTTGCCA-ATAT
260 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTCCTTAATTTTTTGCCACA-AT
1321 ACTCATAA
324 ACTCATAA
* *
1329 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCATTTATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* * *
1394 TTTTTTTTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCC-
66 -TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCT
* * *
1458 ---ATACCATTTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAAATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAA
130 TAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAA
* * *
1520 AATCATGC-AAACTGAGTCGGGACACCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAAAAACTATGTTGGTTAG
195 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCC---AAAAACTGTGATGGTTAG
*
1584 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTTACCCGAAATATTTGTCCTTAATTTTTTGCCAC
257 TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTT-TCCTTAATTTTTTGCCAC
*
1649 AATACTCATTA
321 AATACTCATAA
** * *
1660 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGAACATTTCACGTTTCTAATACCATTTATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* ** *
1725 TTTTTTCCAAATTAGGTTCTAATTAAATCAAAACAAAATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
66 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
* * *
1790 AAATCCCATTTGGCTTACTGGCTTAGATTTTGTCAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGG
131 AAATCCCA--T-G-----TGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGG
* * * * * * *
1855 CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGCACCCGGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGT
188 TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATGG
* *
1920 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTATACGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCCTTAATTTTTTG
253 TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATA-TTTTCCTTAATTTTTTG
1985 CCACAATACTCATAA
317 CCACAATACTCATAA
* * *
2000 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATAGACTTTTCACGTTTCTAATATCATTCATCCTA
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
* * * *
2065 TTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGAGTCTGATGCTTATAAAATAAAATCCTT
66 TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
* *
2130 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGATAGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCAAAA
131 AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAA
* * * *
2195 CTCATGTAAAACTGAATCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTATGATGGTTAGTACA
196 ATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACA
* * * *
2260 CTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTAATTTTTTACCATAATAC
261 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTCCTTAATTTTTTGCCACAATAC
2325 TCATAA
326 TCATAA
2331 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCT
1 AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGC-TTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCT
* * *
2396 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATAATATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCT
65 ATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCT
* * **
2461 TAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATAATTCAACGAGTCTTGGTGTCTGA
130 TAAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAA
*
2526 AATCATGCAAAACTGAGTCGTGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATG
195 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATG
2583 CTCGTGAAAA
Statistics
Matches: 2010, Mismatches: 201, Indels: 87
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
323 2 0.00
324 185 0.09
325 36 0.02
327 20 0.01
328 14 0.01
329 60 0.03
330 116 0.06
331 148 0.07
332 426 0.21
333 101 0.05
334 8 0.00
335 289 0.14
336 236 0.12
337 53 0.03
338 19 0.01
340 207 0.10
341 3 0.00
342 57 0.03
343 30 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AAAATATAGAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGTTTCTAATATCATTTATCCTA
TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCTGATGCTTATAAAATGAAATCCTT
AAATCCCATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATACAGATATTTCAACGAGTCTTGGTGCCAAAA
ATCATGCAAAACTGAGTCGGGACCCCGAATCGCGATTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACA
CGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATATTTTCCTTAATTTTTTGCCACAATAC
TCATAA
Done.