Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007782.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07803, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:1307 original size:667 final size:658
Alignment explanation
Indices: 26--1977 Score: 2803
Period size: 667 Copynumber: 2.9 Consensus size: 658
16 ACCGTGATGG
* *
26 CACGATTTCGGCTAAAATTTTG-AAAAATTTGAGCC-AAAATTTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAG
1 CACGATTTC-GCTAAAATTTTGCAAAAA-TTGA-CCTAAAA-TTTTTTCCTCAATTTTTGGCTAG
89 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
62 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* * * *
154 CGATTTTTTCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATCCTCATGCTAGTC
127 CGA-TTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATAAAATCGACACATGAT-CTCATGCTCGTC
219 AAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT-GAC
190 AAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAGA-
* * * *
283 TCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAATCGGAGCACTGAAACACATTTTTAGTCAAAAACCG
254 -C-TGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACCG
* *
348 TGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-AAAATTTTTTTTCCTCAA
317 TGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAA--ATTTTTCCTCAA
* * * * *
412 TCTCTGGCCAGAATACTAATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCAC
380 TTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCAC
* *
477 GCTTCTAATATTGATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCT
445 GCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTCATTCT
541 CATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATAT
510 CATGCTCGT-AAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTTGTTAGAT-AATATAGATAT
* *
606 TTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
573 TTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCAACGGAACGCATTTGTAGC
671 CAAAAACCGTGATGGTTAGTA
638 CAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* * *
692 CATGAATTT-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGGAAATTTTTTCCTCAATTCTTGGCTAGAA
1 CACG-ATTTCGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCT-AAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCTAGAA
** * * * *
756 TACTCATAAAAGGTATATAATTTAACGCCAAAAACATTTATGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCG
64 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
*
821 ATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGACTCTCATGCTCGTCAAA
129 ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATAAAATCGACACATGA-TCTCATGCTCGTCAAA
* *
885 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTG
193 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT-AGACTG
* * *
950 AGACGCAAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTTTTGCCAAAAACCG
257 -G-CGC-AAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGAAACGCA--TTTTTAGCCAAAAACCG
* * *
1015 TGATAGTTAGTACACGATTTGGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGGAAAAATTTTTCCACAAT
317 TGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-GAAAAATTTTTCCTCAAT
* * * **
1080 TTTTGGCTAGAATACTCGTAAAAAATATAGAATT-AACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTGAACG
381 TTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACG
* *
1144 CTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTTATTCTC
446 CTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTCATTCTC
** * *
1209 ATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGACTGCGATTTTGTTAGATATATATAGATACT
511 ATGCTCGT-AAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTTGTTAGATA-ATATAGATATT
* * * * *
1274 TCAATGAGTCTTGGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCAACGGGACGCATTTGTAGTC
574 TCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCAACGGAACGCATTTGTAGCC
*
1339 AAAAACTGTGATGGTTAGTA
639 AAAAACCGTGATGGTTAGTA
* * *
1359 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGTCAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTG-TCAGA
1 CACGATTTC-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCTAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCT-AGA
1423 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
63 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
*
1488 GATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATAAAATCGACACATGATTCTCATACTCGTCAA
128 GATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATAAAATCGACACATGA-TCTCATGCTCGTCAA
* *
1553 ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTAGTTACATGAATATAGATATTTCAAT-GACTG
192 ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAGAC--
* * *
1617 TTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCAGAGTACCGTAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
255 -TGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
* * * **
1682 ATGGTTAGTATACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCAGAAAAAATTTTATTCAATTT
319 ATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
* * *
1747 TTGGCCAGACTACTCATAAAAGATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCT
383 TTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCT
1812 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTCATTCTCAT
448 TCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTCATTCTCAT
* * * * *
1877 GCTCGT--GTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTCGTCACATGGATATAGATATTTCA
513 GCTCGTAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTTGTTAGAT-AATATAGATATTTCA
*
1940 ATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
577 ATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
1978 CAAAAAGATT
Statistics
Matches: 1149, Mismatches: 110, Indels: 57
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
662 2 0.00
663 188 0.16
664 15 0.01
665 233 0.20
666 163 0.14
667 316 0.28
668 119 0.10
669 111 0.10
670 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (658 bp):
CACGATTTCGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCTAGAATA
CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGAT
TTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATAAAATCGACACATGATCTCATGCTCGTCAAATCA
AATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAGACTGGCGC
AAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA
GTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAG
AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
CGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGTAA
ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTTGTTAGATAATATAGATATTTCAATGACTCTT
GGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCAACGGAACGCATTTGTAGCCAAAAACCGTGAT
GGTTAGTA
Found at i:1542 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 26--1977 Score: 2837
Period size: 333 Copynumber: 5.9 Consensus size: 331
16 ACCGTGATGG
* *
26 CACGATTTCGGCTAAAATTTTG-AAAAATTTGAGCCAAAATTTTTTTCCTAAATTTTTGGCCAGA
1 CACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAA-TTGA-CCAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGA
90 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
63 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* * *
155 GATTTTTTCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATCCTCATGCTAGTCA
128 GA-TTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCA
220 AATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTC
192 AATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTC
* * * * *
285 TTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAATCGGAGCACTGAAACACATTTTTAGTCAAAAACCGTG
257 TTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
*
350 ATGGCTAGTA
322 ATGGTTAGTA
* * *
360 CACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAAAATTTTTTTTCCTCAATCTCTGGCCAGAA
1 CACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAAAA-ATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAA
* * * *
425 TACTAATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTG
64 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
*
490 ATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTAAAA
129 ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAA
*
554 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTT
194 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTT
619 GGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT
259 GGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT
684 GGTTAGTA
324 GGTTAGTA
* ** * *
692 CATGAATTT-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGGAAATTTTTTCCTCAATTCTTGGCTAGAA
1 CACG-ATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-AAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAA
** * * * *
756 TACTCATAAAAGGTATATAATTTAACGCCAAAAACATTTATGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCG
64 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * *
821 ATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACATGACTCTCATGCTCGTCAAA
129 ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAA
* * **
885 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGACTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGC-T
194 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTT
* *
949 GAGACGCAAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTTTTGCCAAAAACC
259 G-G-CGC-AAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCA--TTTTTAGCCAAAAACC
*
1014 GTGATAGTTAGTA
319 GTGATGGTTAGTA
* *
1027 CACGATTTGGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGGAAAAA-TTTTTCCACAATTTTTGGCTAGA
1 CACGATTTGG-CTAAAATTTTGCAAAAATTGACC--AAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGA
* * **
1091 ATACTCGTAAAAAATATAGAATT-AACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTGAACGCTTCTAATATC
63 ATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATC
* *
1155 GATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTTATTCTCATGCTCGTCAA
128 GATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAA
* * * *
1220 ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGACTGCGATTTTGTTAGAT-ATATATAGATACTTCAATGAGTC
193 ATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGA-ATATAGATATTTCAATGACTC
* * * * * * *
1284 TTGGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCAACGGGACGCATTTGTAGTCAAAAACTGTG
257 TTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTG
1349 ATGGTTAGTA
322 ATGGTTAGTA
* * *
1359 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGTCAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTTGTCAGAA
1 CACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAA
1424 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
64 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* * *
1489 ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATAAAATCGACACATGATTCTCATACTCGTCAAA
129 ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAA
* * *
1554 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTAGTTACATGAATATAGATATTTCAATGACTGTT
194 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTT
* * *
1619 GGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCAGAGTACCGTAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT
259 GGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT
1684 GGTTAGTA
324 GGTTAGTA
* * ** ** *
1692 TACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCAGAAAAAATTTTATTCAATTTTTGGCCAGAC
1 CACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCA-AAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAA
* *
1757 TACTCATAAAAGATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
64 TACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG
* *
1822 ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGT---G
129 ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAA
* * * * * *
1884 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATTTCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTT
194 TCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTT
1949 GGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
259 GGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
1978 CAAAAAGATT
Statistics
Matches: 1468, Mismatches: 129, Indels: 46
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
330 90 0.06
331 224 0.15
332 285 0.19
333 452 0.31
334 152 0.10
335 89 0.06
336 171 0.12
337 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
CACGATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCAAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATA
CTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGAT
TTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATC
AAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGG
CGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
TTAGTA
Found at i:2114 original size:193 final size:193
Alignment explanation
Indices: 1785--2170 Score: 772
Period size: 193 Copynumber: 2.0 Consensus size: 193
1775 AATTCAATGC
1785 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
1850 CTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGTGTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATT
66 CTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGTGTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATT
1915 TCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
131 TCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
1978 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
2043 CTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGTGTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATT
66 CTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGTGTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATT
2108 TCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
131 TCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
2171 GAGCACCGGA
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
193 193 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (193 bp):
CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
CTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGTGTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGATT
TCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCG
Found at i:2818 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1978--5349 Score: 4872
Period size: 332 Copynumber: 10.2 Consensus size: 333
1968 AACTGAACCG
1978 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
* * * *
2043 CTCATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGT---GTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAG
66 CTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG
* * * * * *** * *
2105 ATTTCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACC
131 ATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACC
* *
2170 GGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCATGATGGGTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
196 GGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
* *
2235 TGCAAAAATTAACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAATAATATATAA
261 TGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAA
2300 TTCAACGGT
326 TTCAAC-GT
* * *
2309 --AAAA-ATTGATAGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
* * *
2371 CTCATTAAATAGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTATGGCTGAA
66 CTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG
* *
2436 ATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGAAAAACTGAACC
131 ATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACC
* *
2501 GGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
196 GGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
* * *
2566 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGATTACTCATAAAAAATATATAA
261 TGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAA
2631 TTCAACGT
326 TTCAACGT
* * * * *
2639 CAAAAAGATTGATGGGCTTTCCACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATATTTTTTCGAGTTAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
*
2704 CTCATTAAATCGACACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG
66 CTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG
* * *
2769 ATTTTGTTAGATGAATACAGATATTTCAATGAGGCTCGGCGCAAAAAATCATTCAAAACTGAACC
131 ATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACC
* * *
2834 GGAGCACCGGAGCGCAGTTTTAGCCAAAAACGGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
196 GGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
* * * * **
2899 TGCCAAAATTGACCCGAAATA-TTTTCCTCAATTTTTGGCTAGAATACTCATAAAAGGTATATAA
261 TGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAA
*
2963 TTTAACG-
326 TTCAACGT
* * * *
2970 CAAAAAACATTTATGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCGATTTTTCTATATTTTTCCGAATTAATT
1 C-AAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
*
3035 TCTCATTAAATCGACACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
65 TCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
*
3100 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
130 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
* * * * *
3165 CGGAGCACCAGAACGCTTTTTTA-CTCAAAAACCGTGAT-G---G--CAAGATTTCGCCTAAAA-
195 CGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAAT
3222 -TTG-----A--G---CAAAAAATTTTATCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATA
259 TTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT-TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATA
*
3276 TAATTCAACGC
323 TAATTCAACGT
* *
3287 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAGTTAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
* *
3352 CTCATGAAAT-GCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
66 CTCATTAAATCG-ACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
* ** * * * *
3416 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTGAAC
130 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
* * *
3481 CGGAGCACCGGAACACATTTTTAGACAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAATT
195 CGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATT
*
3546 TTGCAAAAATTGA-CCAAAAGAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATAT
260 TTGCAAAAATTGACCCAAAA-AATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATAT
*
3610 AATTCAACGC
324 AATTCAACGT
* * *
3620 CAAAGAGATTGA-AGG-TTATTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTTCGAATTAATT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTT-TTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
* * * *
3683 TCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATGCATTGTGGTTGA
65 TCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
* ** * *
3748 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAAC
130 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
* * *
3813 CGGAGCACCGGAACACATTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATT
195 CGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATT
** * *
3878 TTGCAAAAATTGACCCAAAATTTTTTTCCTCAATTGTTGGCCAGAATACTCATAAATAATATATA
260 TTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATA
3943 ATTCAACAGT
325 ATTCAAC-GT
*
3953 --AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAAT-TACGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
* * *
4015 TCTCATTAAATCGACACTTGATTCTCATGCTCGTCAAGTCAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGA
65 TCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
*
4080 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
130 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
* * *
4145 CGGAGCACCAGAACGCTTTTTTA-CTCAAAAACCGTGAT-G---G--CACGATTTCGGCTAAAAT
195 CGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAAT
* * *
4203 TTTGTAAAAATTGA-GCTAAAAATTTTATCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATA
259 TTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT-TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATA
*
4267 TAATTCAACGC
323 TAATTCAACGT
*
4278 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAATTAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
* *
4343 CTCATGAAAT-GCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
66 CTCATTAAATCG-ACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
* * ** * * * *
4407 GATTTTGTTAGATGAATATAGGTATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTGAAC
130 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
* * *
4472 CGGAGCACCGGAACACATTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAATT
195 CGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATT
* * *
4537 TTGCAAAAATTGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTGTTGGCCAGAATACTCATAAATAATATAT
260 TTGCAAAAATTGACCCAAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATAT
4602 AATTCAACAGT
324 AATTCAAC-GT
* *
4613 --AAAAGATTGATGGGTTTTTCAAGCTTCTAAT-TACGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
* * *
4675 TCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATTCTTAAATCTATTCTGGCTGA
65 TCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
*
4740 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAAC
130 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAAC
* *
4805 TGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATT
195 CGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATT
* * * * *
4870 TTGCAAAAATTAACCCAAAAAAGTTTTCCTCTATTTTTGGCCAGAATACTCATAAATACTATATA
260 TTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATA
4935 ATTCAACAGT
325 ATTCAAC-GT
* *
4945 --AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAAT-TGTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATT
5007 TCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
65 TCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
*
5072 GATTTTGTTAGATGAATACAGATATTTCAATAAGGCTCGGAC-CAAAAAATCATGCAAAACTGAA
130 GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGG-CGCAAAAAATCATGCAAAACTGAA
5136 CCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTGGGCTAAAAT
194 CCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAAT
* *
5197 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATAT
259 TTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATAT
5262 AATTCAACGT
324 AATTCAACGT
* * *
5272 CAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCATCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATCAATTT
1 CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
*
5337 CTCATGAAATCGA
66 CTCATTAAATCGA
5350 TTTTCCATTG
Statistics
Matches: 2744, Mismatches: 237, Indels: 122
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
314 5 0.00
315 4 0.00
316 250 0.09
317 3 0.00
319 1 0.00
320 1 0.00
322 14 0.01
324 6 0.00
325 9 0.00
326 89 0.03
327 207 0.08
328 177 0.06
329 73 0.03
330 3 0.00
331 226 0.08
332 1009 0.37
333 606 0.22
334 56 0.02
335 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTT
CTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG
ATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACC
GGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
TGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAA
TTCAACGT
Found at i:4973 original size:992 final size:989
Alignment explanation
Indices: 1980--5573 Score: 5153
Period size: 992 Copynumber: 3.7 Consensus size: 989
1970 CTGAACCGCA
1980 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * *
2045 CATGAAATCGACACCTCATTCTCATGCTCGT---GTCAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTGAGAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * * *** ** *
2107 TTCGTCACATGGATATAGATATTTCAATGACTTTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
* * *
2172 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCATGATGGGTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTG
196 AGCACCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT--G--G-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
* *
2237 CAAAAATTAACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAATAATATATAATT
256 CAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATT
** * * * *
2302 CAACG-GTAAAA-ATTGATAGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCCGAAT
321 CAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAAT
* * *
2365 TAATTTCTCATTAAATAG-ACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTAT
386 TAATTTCTCATGAAAT-GCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGT
* * * ** * * * * *
2429 GGCTGAAATTTAGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGAAAAA
450 GGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAA
* * * **
2494 CTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTGGGCT
515 CTGAACCGGAGCACCGGAACACATTTTTA-ACAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCT
* * * *
2559 AAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGATTACTCATAAAAA
579 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAA
* * * *
2623 ATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTGATGGGCTTTCCACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATAT
644 ATATATAATTCAACGT--AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATAT
* *
2688 TTTTTCGAGTTAATTTCTCATTAAATCGACACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAA
707 TTTTTCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAA
*
2753 ATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATACAGATATTTCAATGAGGCTCGGCGCAAAAAAT
772 AT-CATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGGCTCGGCGCAAAAAAT
* * * *
2818 CATTCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAGCGCAGTTTTAGCCAAAAACGGTGATGGTTAGTACACG
836 CATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * *
2883 ATTTGGGCTAAAATTTTGCCAAAATTGACCCGAAATATTTTCCTCAATTTTTGGCTAGAATACTC
901 ATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTC
* * *
2948 ATAAA-AGGTATATAATTTAAC-GCAA
966 ATAAATA-ATATATAATTCAACAG--T
* * * *
2973 AAAACATTTATGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCGATTTTTCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
*
3038 CATTAAATCGACACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
3103 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
* * *
3168 AGCACCAGAACGCTTTTTTA-CTCAAAAACCGTGATGG-CAAGATTTCGCCTAAAA--TTG----
196 AGCACCAGAACGCATTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
3225 -A--G---CAAAAAATTTTATCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
260 AATTGACCCAAAAAATTTT-TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAA
*
3284 CGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAGTTAA
324 CGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAATTAA
3349 TTTCTCATGAAATGCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCT
389 TTTCTCATGAAATGCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCT
3414 GAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTGA
454 GAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTGA
3479 ACCGGAGCACCGGAACACATTTTTAGACAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAA
519 ACCGGAGCACCGGAACACATTTTTA-ACAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAA
*
3544 TTTTGCAAAAATTGA-CCAAAAGAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATAT
583 TTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATAT
* * *
3608 ATAATTCAACGCCAAAGAGATTGA-AGGTTATTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTT
648 ATAATTCAACG-TAAA-AGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTT
* *
3672 TCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATGC
711 TCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAAT-C
* ** * *
3737 ATTGTGGTTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATG
775 ATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGGCTCGGCGCAAAAAATCATG
* *
3802 CAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACACATTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
840 CAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT
* * *
3867 AGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATTTTTTTCCTCAATTGTTGGCCAGAATACTCATA
905 GGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAA-TATTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATA
3932 AATAATATATAATTCAACAGT
969 AATAATATATAATTCAACAGT
*
3953 AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAAT-TACGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTC
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTC
* * *
4017 TCATTAAATCGACACTTGATTCTCATGCTCGTCAAGTCAAATCCTTCAATCCATTGTGGCTGAGA
65 TCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
4082 TTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
130 TTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
* *
4147 GAGCACCAGAACGCTTTTTTA-CTCAAAAACCGTGATGG-CACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAA
195 GAGCACCAGAACGCATTTTTAGC-CAAAAACCGTGATGGACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* *
4210 AAATTGA-GCTAAAAATTTTATCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCA
259 AAATTGACCCAAAAAATTTT-TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCA
4274 ACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAATTA
323 ACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAATTA
4339 ATTTCTCATGAAATGCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
388 ATTTCTCATGAAATGCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
*
4404 TGAGATTTTGTTAGATGAATATAGGTATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTG
453 TGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTG
* *
4469 AACCGGAGCACCGGAACACATTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAA
518 AACCGGAGCACCGGAACACATTTTTAA-CAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAA
** * * *
4534 ATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAATTTTTTTCCTCAATTGTTGGCCAGAATACTCATAAATAATA
582 ATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATA
*
4599 TATAATTCAACAGTAAAAGATTGATGGGTTTTTCAAGCTTCTAAT-TACGATTTTCCTATATTTT
647 TATAATTCAAC-GTAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATAT-CGATTTTCCTATATTTT
* *
4663 TCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATTCTTAAATC
710 TTCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATC
* *
4728 TATTCTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCAT
775 -ATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGGCTCGGCGCAAAAAATCAT
* * *
4793 GCAAAACTAAACTGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATT
839 GCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATT
* * *
4858 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAACCCAAAAAAGTTTTCCTCTATTTTTGGCCAGAATACTCAT
904 TGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATA-TTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAT
*
4923 AAATACTATATAATTCAACAGT
968 AAATAATATATAATTCAACAGT
* *
4945 AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAAT-TGTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTC
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT-CGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTC
5009 TCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
65 TCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
* *
5074 TTTTGTTAGATGAATACAGATATTTCAATAAGGCTCGGAC-CAAAAAATCATGCAAAACTGAACC
130 TTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAG-CGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACC
* *
5138 GGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCA
194 GGAGCACCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* *
5203 AAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCA
258 AAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCA
* * *
5268 ACGTCAGAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCATCTAATATCGATTTTCC--TA-------T-ATT-
323 ACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAATTA
*
5322 -TTTC-C--G-AAT-CA-A---T-TTCTCA---T-G--AAATC-GAT--TT---TCCATTGTGGC
388 ATTTCTCATGAAATGCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
* * *
5364 TGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAATCTTGGAGTAAAAAGTCATGCAAAACTG
453 TGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTG
* *
5429 AACCGGAGCACCGGAACACATTTTTGA-AAAAACCATGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAA
518 AACCGGAGCACCGGAACACATTTTTAACAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAA
**
5493 TTTTGCAAAAAATTAGACCCAAAAAAAAAATTTCCTCAATTTTTGGGCCAAAATACTCATAAAAA
583 TTTTGC-AAAAATT-GACCC-AAAAAAATTTTTCCTCAATTTTT-GGCCAAAATACTCATAAAAA
*
5558 AGTACATAATTCAACG
644 A-TATATAATTCAACG
5574 CCAAAAGAGA
Statistics
Matches: 2385, Mismatches: 173, Indels: 117
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
958 40 0.02
959 7 0.00
960 103 0.04
961 18 0.01
962 20 0.01
963 14 0.01
965 2 0.00
966 5 0.00
968 1 0.00
969 1 0.00
972 6 0.00
973 1 0.00
976 1 0.00
977 2 0.00
978 14 0.01
979 48 0.02
980 487 0.20
981 344 0.14
982 9 0.00
983 1 0.00
984 3 0.00
985 1 0.00
987 1 0.00
988 3 0.00
989 1 0.00
990 15 0.01
991 334 0.14
992 568 0.24
993 92 0.04
994 119 0.05
995 11 0.00
996 113 0.05
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (989 bp):
AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGCTCAGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
AGCACCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
ATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG
CCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCTAATTAATT
TCTCATGAAATGCACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
GATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGAGCAAAAAGTCAAGCAAAACTGAAC
CGGAGCACCGGAACACATTTTTAACAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
TGCAAAAATTGACCCAAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATA
ATTCAACGTAAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTTCGAA
TTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCATTGTG
GCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAAC
TGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTA
AAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAATAATA
TATAATTCAACAGT
Done.