Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007783.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07804, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2907
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Found at i:766 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 8--2907 Score: 3687
Period size: 332 Copynumber: 8.8 Consensus size: 331
1 CAACAGT
* * *
8 AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCATATATTTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* ** *
73 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCATATTATTAAATCCATTGTGGTTGAGAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * * *
138 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGT-TCGGCCCAATAGATCATGAAAAACTGAACCG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA-GTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
* * *
202 GAGCACAGGAACGTATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGGTTAGTACATGATTTGGGCTAAAATTT
195 GAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTT
267 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAA
258 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCA-AATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAA
*
332 TTCAACACCA
322 TTCAACGCCA
342 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * * *
407 TATGAAATCAACACCTGATTATCATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * * *
472 TTTTTTAGATGAATATAGATATTTGAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
*
537 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGACGGTTAGTACACGAATTT-GCTAAAATTTTG
196 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG-ATTTGGCTAAAATTTTG
* * ***
601 CAAAAATTGACCCGAAAATTTTTTCACAAATTTTTGGCTAGAATACTCATAAAGGGTATATAATT
260 CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTC-CAAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATT
*
666 TAACGCCA
324 CAACGCCA
* * * *
674 AAAACATTTATGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTATTTTC-
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* *
738 CAATTAAATCGACACCTTATTCTCATGCTCGTTAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
66 C-ATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
* * *
803 TTTTGTTAGATGTATACAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
130 TTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
* * *
868 GAGCACCGTAACACATTTTTCGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTT
195 GAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTT
* * * * *
933 GCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACCCAAAAAAAAATATACAA
259 GCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCC-AAATTTTTGGCCAGAATACTC-ATAAAAAATATATAA
998 TTCAACGCCA
322 TTCAACGCCA
* * * *
1008 AAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAGTATCGATTTTCCTATATTTTTCTGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * * * *
1073 CATGAAATCGACATCTGATTCTCATGCTCATAAAATCAAATCCTTAAATCCATTATGGTTGAGAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * * *
1138 TTCGTCACATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGTAAAACTGAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
1203 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTG
196 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTG
* * * * *
1268 CAAAATTTGACCCGAAAATTTTTTTCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAGATATATATAATT
260 CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCA-AATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATT
* *
1333 CAATGCTA
324 CAACGCCA
* *
1341 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGATTCTAATATTGATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * *
1405 CATTAAATGGACACATGATTCTCATGTTCGTCAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* *
1470 TTTGTTAGATGTATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
* * * ** *
1535 AACACCGGAACACATTTTTA-ACAAAAACCGTGATATTTAGTACACGATTTGGGCTAAATTTTTG
196 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTG
* *** * * *
1599 CAAAAATTGACCCGAAATATTTTT-CATCAATTTTTTTACGGAATACTCGTAAAAAGTATATAAT
260 CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCA--AATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAAT
*
1663 TCAACGCTTA
323 TCAACGC-CA
*
1673 AAAA-ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * *
1736 CATTAAATCAACACATGATTCTCATGCTCGACAAATCAAATCTTTAAATCCATTGTGGCTGAGA-
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * *
1800 TTTGTTAGATGTATATAGATACTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAATTAAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
* * *
1865 AGCACCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G--AGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTG
196 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTG
* * *
1927 CAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATATTCATTAAAAAATATAT-AT
260 CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCC-AAATTTTTGGCCAGAATACTCA-TAAAAAATATATAAT
1991 CTCAACGCCA
323 -TCAACGCCA
* * *
2001 AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCG----------ATTTTTCCGAAGTCATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* *
2056 CATTAAATCGACACTTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTATGGCTGAGAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * *
2121 TTTGTTAGATGACTATAGATATATT-AATGATTCTTGGCG-AAAAGAGTCATGCAAAACTGAACC
131 TTTGTTAGATGAATATAGATAT-TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAA-AATCATGCAAAACTGAACC
* * *
2184 GAAGCACCGGAACGTATTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATT
194 GGAGCACCGGAACGCA-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTGGCTAAAATT
* * * * *
2249 TTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTATCTTC-AATTTTTGGCAAGACTACTCATAACAAACATAT
257 TTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT-T-TCCAAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATAT
2313 AATTCAACGCCA
320 AATTCAACGCCA
* * *
2325 AAAAGATTGATGGGCTTTTAACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * * * * *
2389 CATGAAATCGACACATGATTCTCATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCCATTGTGCCTGACAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * * ** * * *
2454 TGTGTTAGGTGATTGTAGATATTTCAATAAGTCAAGGCTCAAAAAGTCATGCAAAACTAAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
* * *
2519 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAATAACCATGATGGTTAGCACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
196 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTG
** * * * * *
2584 CAAAAATTGTGCCAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCCGAATTCTCATAAAAAAATATATAAT
260 CAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCC-AAATTTTTGGCCAGAATACTCAT-AAAAAATATATAAT
2649 TCAACGCCA
323 TCAACGCCA
* * * *
2658 AAAATATTGATGGGCTTTTAACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* * * * * * *
2722 CATGAAATCGACACATGATTCTCATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCCATTGTGCCTGACAT
66 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * * * ** * *
2787 TGTGTTAGGTGATTGTAGATATTTTAATAAGTCAAGGCTCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGG
131 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
* * *
2852 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAATAACCATGATGGTTAGCACACGATTTCGGCT
196 AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCT
Statistics
Matches: 2269, Mismatches: 251, Indels: 93
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
319 1 0.00
320 79 0.03
321 60 0.03
322 22 0.01
323 1 0.00
324 50 0.02
325 61 0.03
326 4 0.00
327 2 0.00
328 66 0.03
329 47 0.02
330 83 0.04
331 233 0.10
332 527 0.23
333 527 0.23
334 505 0.22
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCT
CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGG
AGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGCTAAAATTTTGC
AAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCAAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCA
ACGCCA
Found at i:1393 original size:666 final size:662
Alignment explanation
Indices: 8--2907 Score: 3787
Period size: 666 Copynumber: 4.4 Consensus size: 662
1 CAACAGT
* *
8 AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCATATATTTTTCCGAATTAATTTCT
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCT
* ** *
73 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCATATTATTAAATCCATTGTGGTTGAGAT
65 CATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * * * *
138 TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGGT-TCGGCCCAATAGATCATGAAAAACTGAACCG
130 TTTGTTAGATG-ATATAGATACTTCAATGA-GTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
* * *
202 GAGCACAGGAACGTATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGGTTAGTACATGATTTGGGCTAAAATTT
193 GAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
* *
267 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAA
257 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAAAAAAAATATATAA
*
332 TTCAACACCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGA
322 TTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATA-TTTTCCGA
* * *
397 ATTAATTTCTTATGAAATCAACACCTGATTATCATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTG
386 ATTAATTTCTCATGAAATCAACACATGATTCTCATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTG
* * * *
462 TGGCTGAGATTTTTTTAGATGAATATAGATATTTGAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAA
451 TGGCTGAGA-TTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAA
*
527 ACTAAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGACGGTTAGTACACGAATTT--G
515 ACTAAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG-ATTTCGG
* * *
590 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-GAAAATTTTTTCACAAATTTTTGGCTAGAATACTCATAAA
579 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCAC-AATTTTTGGCCAGAATACTCATAAA
*** *
654 GGGTATATAATTTAACGCCA
643 AAATATATAATTCAACGCCA
* * * * *
674 AAAACATTTATGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTATTTTC-
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCT
* *
738 CAATTAAATCGACACCTTATTCTCATGCTCGTTAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
65 C-ATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA
*
803 TTTTGTTAGATGTATACAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
129 TTTTGTTAGATG-ATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCG
* * *
868 GAGCACCGTAACACATTTTTCGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTT
193 GAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTT
* * *
933 GCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACCCAAAAAAAAATATACAA
258 GCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTC-AAAAAAAATATATAA
* * * *
998 TTCAACGCCAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAGTATCGATTTTCCTATATTTTTCTGA
322 TTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATA-TTTTCCGA
* *
1063 ATTAATTTCTCATGAAATCGACATC-TGATTCTCATGCTCATAAAATCAAATCCTTAAATCCATT
386 ATTAATTTCTCATGAAATCAACA-CATGATTCTCATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATT
* * * * * * * *
1127 ATGGTTGAGATTTCGTCACATGAATATAGATATTTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGTAA
450 GTGGCTGAGATTT-GTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAA
* *
1192 AACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGG
514 AACTAAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * * * *
1257 CTAAAATTTTGCAAAATTTGACCCGAAAATTTTTTTCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAGA
579 CTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAA
* * *
1322 TATATATAATTCAATGCTA
644 AATATATAATTCAACGCCA
*
1341 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGATTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTCCGAATTAATTTCTC
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTCCGAATTAATTTCTC
* * * *
1406 ATTAAATGGACACATGATTCTCATGTTCGTCAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
66 ATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
1471 TTGTTAGATGTATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGA
131 TTGTTAGATG-ATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGA
* * * ** *
1536 ACACCGGAACACATTTTTA-ACAAAAACCGTGATATTTAGTACACGATTTGGGCTAAATTTTTGC
195 GCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGC
* * *** * ** *
1600 AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCATCAATTTTTTTACGGAATACTCGTAAAAAGTATATAATTC
260 AAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAAAAAAAATATATAATTC
* *
1665 AACGCTTAAAAA-ATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTCCGAATT
325 AACGC-CAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTCCGAATT
* *
1729 AATTTCTCATTAAATCAACACATGATTCTCATGCTCGA-CAAATCAAATCTTTAAATCCATTGTG
389 AATTTCTCATGAAATCAACACATGATTCTCATGCTC-ATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTG
* * * * *
1793 GCTGAGATTTGTTAGATGTATATAGATACTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAATT
453 GCTGAGATTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACT
* * *
1858 AAACCGGAGCACCGGAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G--AGTACATGATTTCAGCTAA
518 AAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
* *
1920 AATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATATTCATTAAAAAAT
583 AATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCA-TAAAAAAT
1985 ATAT-ATCTCAACGCCA
647 ATATAAT-TCAACGCCA
* * * *
2001 AAAAGATTGATGGGTTTTTCACGCTTCT-A-A-T-A---T-CGAT-TTTTCCGAAGTCATTTCTC
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTCCGAATTAATTTCTC
* *
2057 ATTAAATCGACACTTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTATGGCTGAGATT
66 ATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
* * *
2122 TTGTTAGATGACTATAGATA-TATTAATGATTCTTGGCG-AAAAGAGTCATGCAAAACTGAACCG
131 TTGTTAGATGA-TATAGATACT-TCAATGAGTCTTGGCGCAAAA-AATCATGCAAAACTGAACCG
* * * *
2185 AAGCACCGGAACGTATTTTTTTGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTT
193 GAGCACCGGAACGCA-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTT
* * * * * * *
2250 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTATCTTCAATTTTTGGCAAGACTACTCATAACAAACATATAA
257 TGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAAAAAAAATATATAA
* * *
2315 TTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTAACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATATTTTCCGAA
322 TTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTCCGAA
* * * * *
2380 TTAATTTCTCATGAAATCGACACATGATTCTCATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCCATTGT
387 TTAATTTCTCATGAAATCAACACATGATTCTCATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGT
* * * * * ** * *
2445 GCCTGACATTGTGTTAGGTGATTGTAGATATTTCAATAAGTCAAGGCTCAAAAAGTCATGCAAAA
452 GGCTGAGATT-TGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAA
* * *
2510 CTAAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAATAACCATGATGGTTAGCACACGATTTCGGCT
516 CTAAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT
** * * * *
2575 AAAATTTTGCAAAAATTGTGCCAAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCCGAATTCTCATAAAAAA
581 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCAT-AAAAA
2640 ATATATAATTCAACGCCA
645 ATATATAATTCAACGCCA
* * * **
2658 AAAATATTGATGGGCTTTTAACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATATTTTCCGAATTAATTTCTC
1 AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTCCGAATTAATTTCTC
* * * * * * *
2723 ATGAAATCGACACATGATTCTCATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCCATTGTGCCTGACATT
66 ATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
* * * * * * ** * *
2788 GTGTTAGGTGATTGTAGATATTTTAATAAGTCAAGGCTCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGA
131 TTGTTAGATGA-TATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGA
* * * *
2853 GCACCGGAACGCATTTTTAGCCAATAACCATGATGGTTAGCACACGATTTCGGCT
195 GCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCT
Statistics
Matches: 1955, Mismatches: 241, Indels: 77
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
650 6 0.00
651 139 0.07
652 13 0.01
653 209 0.11
654 83 0.04
655 1 0.00
656 2 0.00
657 111 0.06
658 4 0.00
659 70 0.04
660 43 0.02
661 2 0.00
662 87 0.04
663 74 0.04
664 59 0.03
665 208 0.11
666 723 0.37
667 109 0.06
668 12 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (662 bp):
AAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTCCGAATTAATTTCTC
ATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
TTGTTAGATGATATAGATACTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAG
CACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCA
AAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAAAAAAAATATATAATTCA
ACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTCCGAATTAA
TTTCTCATGAAATCAACACATGATTCTCATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCT
GAGATTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAA
CCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
TTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATAT
AATTCAACGCCA
Done.