Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007784.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07805, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8981
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Found at i:1975 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 421--2195 Score: 2506
Period size: 332 Copynumber: 5.4 Consensus size: 333
411 CTTGATTTCT
* * * *
421 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCAGGATATTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAA
* * *
486 AAATATATATTTAAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTACTAT
66 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
* * * * *
551 ATTTTTCCGAATTAATTTCTTATGAAATCAACACCTGATTATCATGCTCATCAAATCAAATCCTT
131 ATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTT
* * * *
616 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTCGTTACATG-----A-ATATTTCAATGACTCTTGGCACAAAAA
196 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAA
* * * * *
675 GTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGAAACGCATTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTTAATACA
261 ATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
740 CGATTTGG
326 CGATTTGG
* * *
748 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGTCCC-AAAACATTATTCCTCAATTTTTTGCCAGAATACTCATAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAA
* * ** * *
812 ATAATATATAATTTAACG-GTAAAATATTGATGGG-TTATTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCT
65 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTT-TTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCT
875 ATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCC
129 ATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCC
* * *
940 TTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTTGTTAGATGTATATAGATACTACAATGAGTCTTGGCGCAA
194 TTAAATCCATTGTGGCTGAGA-TTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAA
* * * **
1005 AAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACTAGG-ACGCATTTTTGGTCAAAAACAATGATGGTTAG
258 AAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCAC-CGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
*
1069 TACACGATTTCG
322 TACACGATTTGG
***
1081 GCTAAAATTTTGCAAAAAGTTTTGCC-AAAAATTTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAA-TTGACCCGAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAT-
* *
1145 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGTTGGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGATTTTCC
63 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCC
* * **
1210 TATATTTATCCGAATCTAATTTCTCATGAAATCGACTTCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAAT
128 TATATTTTTCCGAAT-TAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAAT
* *
1275 CCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAGTGAGTCTTGACGCA
192 CCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCA
* * *
1340 AAAAATCATGCGAAACTGAACCGGAGCACCGAAATGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
257 AAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
1405 TACACGATTTGG
322 TACACGATTTGG
* * * * *
1417 GCTAAGATTTTGCAAAAATTTATCCGAAAATTTTTTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCAT-A
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAA-ATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAA
*
1481 AAAA-A-ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTA
65 AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTA
* *
1544 TATTTTTCCGAATTAATTTTTCATTAAATCGACACCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCT
130 TATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCT
* * * * *
1609 TAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATACAGATATTTCAATAAGGCTCGGCCCAAAA
195 TAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAA
1674 AATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
260 AATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
1739 ACGATTTGG
325 ACGATTTGG
*
1748 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCTATTTTTGGCCAGAATACTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAA
* * ** ** **
1813 TAATATATAATTCAATG-GTAAAAGATTGATGGATTTTTCACGCTTCTAATATTTATTTTCCTAT
66 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
*
1877 ATTTTTCCGAATTAATTTCACATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTT
131 ATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTT
* * * * *
1942 AAATCCATTGTGGCTGAAATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATAAGACTCGGCGCAGAAA
196 AAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAA
* * * * *
2007 ATTATGCAAAACTGAATCCGGAGCACCGGAACGCATATTTAGCAAAAAATCGTAATGG-T--TAC
261 ATCATGCAAAACTGAA-CCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
2069 ACGATTTGG
325 ACGATTTGG
* * * *
2078 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTCCCACTATTTTTTGCCAGAATACTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAA
* *
2143 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAATGGGATTTTCACGCTTCTAATAT
66 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
2196 TAATTTATCA
Statistics
Matches: 1298, Mismatches: 126, Indels: 44
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
325 2 0.00
326 122 0.09
327 78 0.06
330 118 0.09
331 237 0.18
332 247 0.19
333 152 0.12
334 44 0.03
335 24 0.02
336 203 0.16
337 71 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAA
AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTAT
ATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTT
AAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAA
ATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
CGATTTGG
Found at i:5645 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4--8981 Score: 11693
Period size: 333 Copynumber: 27.2 Consensus size: 331
1 TAC
* * *
4 TTCAATGAGTCTTGGCTCAAAAAATCATGACAAAACTGAACCGGAGCACCAGG-ACACATTTTTG
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATG-CAAAACTGAACCGGAGCACC-GGAACGCATTTTTA
** * * **
68 GTTAAAAACCGTGACGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATTT
64 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAT
* * * *
133 TTTTTCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAATGCTAAAAAGATTGATG
128 TTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGATG
* * * * *
198 GGCTTTTCACGATTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCTGAATTAATTTCTCATTAAAACGAC
192 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC
* * * *
263 ACATGATTATCATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAATCCATTGCGGCTGAGATTTTGTTAGATGT
257 ACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGA
*
328 ATATAGATAAC
322 ATATAGAT-AT
* * * * *
339 TTCAATGAGTCTTGACGCAAATAATCATGCAAAACTGAACCAGAGCACCGTAATGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
*
404 CAAAAACC-T--TGATT--T---C----T-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT
* * * * *
456 TCCTCAATTTTCGGCCAGGATATTCATAAAAAATATATATTTAAACGCCAAAAAGATTGATGGGC
131 TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGGGC
* * * *
521 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTACTATATTTTTCCGAATTAATTTCTTATGAAATCAACACC
195 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACA
* * * *
586 TGATTATCATGCTCATCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTCGTTACATG----
260 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATA
647 -A-ATAT
325 TAGATAT
* * * *
652 TTCAATGACTCTTGGCACAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGAAACGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * * * * *
717 CAAAAACCATGATAGTTAATACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGTCCCAAAACATTA
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * ** *
782 TTCCTCAATTTTTTGCCAGAATACTCATAAATAATATATAATTTAACGGTAAAATATTGATGGG-
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAGATTGATGGGC
* *
846 TTATTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACAC
195 TT-TTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* *
911 CTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTTGTTAGATGTA
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGA-TTTTGTTAGATGAA
*
976 TATAGATAC
323 TATAGATAT
* * *
985 TACAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACTAGG-ACGCATTTTTGG
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCAC-CGGAACGCATTTTTAG
* ** *** *
1049 TCAAAAACAATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAGTTTTGCCAAAAATT
65 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAA-TTGACCCAAAAAAT
*
1114 TTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGTT
128 TTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGAT
* *
1179 GGGCTTTTCACGCTTCTTATATCGATTTTCCTATATTTATCCGAATCTAATTTCTCATGAAATCG
191 GGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAAT-TAATTTCTCATGAAATCG
*
1244 ACTTC-TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGA
255 AC-ACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGA
1308 TGAATATAGATAT
319 TGAATATAGATAT
* * * * *
1321 TTCAGTGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCGAAACTGAACCGGAGCACCGAAATGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * * **
1386 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAGATTTTGCAAAAATTTATCCGAAAATTTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCCAAAAAATT
*
1451 TTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCAT-AAAAA-A-ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGG
129 TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGG
* * *
1513 GCTTTGCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTTTCATTAAATCGACA
193 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACA
* *
1578 CCTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
258 CATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
*
1643 TACAGATAT
323 TATAGATAT
* * * *
1652 TTCAATAAGGCTCGGCCCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
*
1717 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * ** **
1782 TTCCTCTATTTTTGGCCAGAATACTCATAAATAATATATAATTCAATGGTAAAAGATTGATGGAT
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAGATTGATGGGC
** * * *
1847 TTTTCACGCTTCTAATATTTATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCACATTAAATCGACACC
195 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACA
*
1912 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAAATTTTGTTAGATGAATA
260 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATA
1977 TAGATAT
325 TAGATAT
* * * * * *
1984 TTCAATAAGACTCGGCGCAGAAAATTATGCAAAACTGAATCCGGAGCACCGGAACGCATATTTAG
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAA-CCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAG
* * * *
2049 CAAAAAATCGTAATGG-T--TACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATT
65 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATT
* * * * *
2111 TTCCCACTATTTTTTGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTAATGG
129 TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGG
* *
2176 GATTTTCACGCTTCT-A-AT--A---T--TA-A----T-----TT-A----TCATGAAATTGACA
193 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACA
* * * * * *
2217 CCTGATTCTCATGCTCGTAAAATCAAATCCTGAAATACATTGTGGCTGAGATTTCGTTACATGAA
258 CATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
*
2282 TATCGATAT
323 TATAGATAT
* * * * *
2291 TTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAAATGAACCGGAGCACCGTAATGCA-TTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * *
2355 CAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCAAAAATTTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * *
2420 TTCTTCAATTTTTGGCCAGACTACTCATAAAAGATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGGG
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGGG
* * * * *
2485 CTTTCCACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATATTTTTTCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACAC
194 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* * * * *
2550 CTGAATCTCATGCTCCTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTCGTTACATGAAT
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAAT
2615 ATAGATAT
324 ATAGATAT
* * * * * *
2623 TTCAATGACTCTTGGTGCAAAAAGTCATGCAATACTGAACCGGAGTACCGTAACGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* *
2688 CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATA
66 C-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTG-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATT
* *
2753 TTTCCACAACTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATG
129 TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCAT-AAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATG
* * * *
2818 GGCTTTGCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCTGAATTAATTTCTCATTAAACCGAC
192 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC
* *
2883 A-ACTTATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATG
257 ACA-TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATG
* *
2947 TATATAGATAC
321 AATATAGATAT
* * * *
2958 TTCAATGACTCTTGGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGGACGCATTTTTAGT
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * *
3023 CAAAAACAGTGATGGTTAGTACTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCC-A
66 CAAAAACCGTGAT-G---G---TTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAA
* * * *
3087 AAAGTTTTTCCTTAATTTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAC
123 AAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGAT
** * ** * *
3152 TGATGGAAATTTTCACGATTCTAATATTAATTTTCCTATATTTTTCCAAATTAATTTCTCATTAA
187 TGATGG-GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAA
3217 ATCGACACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTT
251 ATCGACACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTT
* *
3282 GGATGTATATAGAT-T
316 AGATGAATATAGATAT
* * * * * *
3297 CTTAAATGAGTCTTGACACAAAAAATCATCCAAAACTGAACCGGAGGACCGGAATGCATTTTTAG
1 -TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAG
* * * * *
3362 CCAAAAACCGAGATAGTTAGTACACGATTTCTGTTAAAATTTTACAAAAATTGACCCAAAAAATT
65 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATT
* * *
3427 TTTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGGCAAAAGGATTGATGT
129 TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-GCAAAAAGATTGATGG
* * * *
3492 GCCTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAAGTAATTTCTTATGAAATAGACA
193 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACA
*
3557 CCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
258 CATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
3622 TATAGATAT
323 TATAGATAT
* ** *
3631 TTCAGTGAGTCTTAACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAATGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* *
3696 CAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC-AAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * **
3760 TATTCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAATTCTAAAAAGATTGATGG
130 T-TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGATGG
* * *
3825 GCTTTTCACGATTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACA
193 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACA
*
3890 CATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGTA
258 CATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
3955 TATAGATAT
323 TATAGATAT
* * * *
3964 TTCAGTGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCTCCGGAATGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * **
4029 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAAATTTTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * *
4094 TTTCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTCAATGCTAAAAAGATTGATGGG
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGATGGG
* * *
4159 CTTTTCACGATTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACAC
194 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* *
4224 ATGATTCTCATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGTAT
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAAT
*
4289 ATAGATAC
324 ATAGATAT
* * * ** * *
4297 TTCAATGAGTTTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTTAAATGGAGCACCGTAATGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
*
4362 CAAAAACCGTGA---TT--T---C----T-GCTAAAATTTTGCAAAAATT-ACCCAAAAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT
* * * * *
4413 TCCTCAATTTTCGGCCAGAATATTCATAAAAAATATATATTTCAACACCAAAAAGATTGATGGGT
131 TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-GCAAAAAGATTGATGGGC
* * *
4478 TTTTCACGCTTCTAAAATCGATTTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTATCAAGAAATCGACAC
195 TTTTCACGCTTCTAATATCGA-TTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* * ** *
4543 TTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCTATTGTGGCTGAGATTTCATTACATGAAT
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAAT
*
4608 ATAGATGT
324 ATAGATAT
* * * * * * *
4616 TTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCTTGCAAAACTGAACCGGAGAACCGTAACGTATTTTTAGG
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * * *
4681 CAAAAACCGCGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTATCCGAAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * ** *
4746 TTCTCACAATTTTTGGCCAGACTACTCATAAATGATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGATGG
130 TTC-CTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGG
* * * *
4811 GCTTTCCAGGCTTCTAATATTC-ATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTGTCATTAAATCGAC
193 GCTTTTCACGCTTCTAATA-TCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC
* *
4875 ACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAAACCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGT
257 ACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGA
*
4940 ATATAGATAC
322 ATATAGATAT
*
4950 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCAGG-ACGCATTTTTGG
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACC-GGAACGCATTTTTAG
* * *
5014 TCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCAAAAATTT
65 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATT
5079 TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGG
129 TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGG
5144 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACA
193 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACA
* * *
5209 CCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTCGTTACATGAA
258 CATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
5274 TATAGATAT
323 TATAGATAT
* *
5283 TTCAATGACTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
5348 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTG-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * ** *
5413 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAATACTATATAATTCAACGGTAAAAGATTGATGGGT
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAGATTGATGGGC
* * *
5478 TTTTCACGCTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATTAAATCGACACC
195 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACA
* *
5543 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCTATTCTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATA
260 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATA
*
5608 TGGATAT
325 TAGATAT
* * * * *
5615 TTCAATAAGGCTCGGCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAACTGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* *
5680 CAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTGAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTAAAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTG-GCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* *
5745 TTCCTCAATTTTTGACCAGAATACTCATAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGG
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGGG
* *
5810 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAAGTAATTTCTCATTAAATCGACAC
194 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* * *
5875 CTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTATGGCTGAGATTTTGTTAGAGGAAT
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAAT
*
5940 AAAGATAT
324 ATAGATAT
* * *
5948 TTCAATGATTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGAAGCACCGGAACGCATTTTT-GC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* *
6012 CAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * *
6077 TTCTTCAATTTTTGGCCAGACTACTCATAACAAACATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGG
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGGG
* * *
6142 CTTTTAACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
194 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* * * * * * ** *
6206 ATAATTCTCATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCCATTGTGCCTGAGATTGTGTTAGGGGATT
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAAT
*
6271 GTAGATAT
324 ATAGATAT
** ** *
6279 TTCAAAAAGTCAAGGCTC-AAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * * * * *
6343 CAATAACCATGATGGTTAGCACACGATTTCGGCTTAAATTTTGCAAAAATTGTCCCAAAAAAATT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* *
6408 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATTCTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGATGGG
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-GCAAAAAGATTGATGGG
* * * *
6473 CTTTTAACGCTTCAAATATCCATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAAAC
194 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* * * * * * * * * *
6537 ATGATTCTTATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCTATTGTGCCTGAGACTGTGTTAGGTGATT
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAAT
*
6602 GTAGATAT
324 ATAGATAT
* ** * * *
6610 TTCAATAAGTCACGGCTCAAAAAAT-ATGCAAAACTGAACAGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGT
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * * *
6674 CAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTGT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * *
6739 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAATAATATATAATTTAACGCCAAAAGATTGATGGGC
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAGATTGATGGGC
* *
6804 TTTTCAGGCTTCTAATATTGATTTTCCTATA-TTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACA
195 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACA
* * * * * * * *
6868 TGATTCTCATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCCATTGTGCCTGAGATTGTGTTAGGTGATTG
260 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATA
6933 TAGATAT
325 TAGATAT
* ** * *
6940 TTCAATAAGTCAAGGCTCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * * * * * *
7005 CTATAACCATGATGGTTAGCACACGATTTCGGCTAAAATGTTGCAAAAATTGTCCC-GAAAATAT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAT-T
* * *
7069 TTTCCTCAATTTTTAGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATCCAACGCCAAAATGATTGATGG
129 TTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGG
* * *
7134 GCTTTTCACGCTTGTTATATCAATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACT
193 GCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC-
* * * * * * * *
7199 TC-TGATTCTCATGTTCGTCAAATGAAATCCCTAAATCTATTGTGCCTGAGATTGTGTTAGGTGA
257 ACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGA
* *
7263 TTGTAGATAT
322 ATATAGATAT
* ** * * *
7273 TTCAATAAGTCACGGCTCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGTATTTTTAGT
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
*
7338 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAATTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * *
7403 TTCCTCAATTTTTGGCTACAATACTCATAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAGATTGATGGGC
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAGATTGATGGGC
* * ** * *
7468 TTTTTA-GACTTCTAATATTGATTTTCCTATATTTTTCAAAATTAATTTTTCATAAAATCGACAC
195 TTTTCACG-CTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
* * * ** * *
7532 ATGATTCTCATACTCGTCAAAACAAATCCTTGAAA-CCAATGTGAATGAGATTTTATTAGATGTA
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTT-AAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAA
* *
7596 TATAAATAC
323 TATAGATAT
* *
7605 TTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAAACTGAACCGGAGCACCAGG-ACGCATTTTTG
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGC-AAAACTGAACCGGAGCACC-GGAACGCATTTTTA
* *** *
7669 GTCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTTGCCAAAAATT
64 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAAT
*
7734 TTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATACAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATG
128 TTTTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATG
* *
7799 GGCTTTTCACACTTCTTATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC
192 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC
*
7864 ACCTGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGA
257 ACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGA
7929 ATATAGATAT
322 ATATAGATAT
* * * * *
7939 TTCAGTGAGTCTTGACGCAAAGAATCATGC-AAACTTGAACCGGAGCACCGGAATGCAATTTTAG
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAAC-TGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAG
* * *
8003 CCAAAACCCGTGATGGTAAGTACACGATTTGGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAGAAAATT
65 CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTT-GGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATT
* *
8068 TTTCCTC-ATTTTATGGCCAGAATACTCATAAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAGATGGATG
129 TTTCCTCAATTTT-TGGCCAGAATACTCATAAAAAA-TATATAATTCAACGCAAAAAGATTGATG
* * * *
8132 GGCTTTTCACGCTTCAAATATCCATTTTCCAAT-TTTTTCGGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC
192 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGAC
* * * *
8196 ACATGATTCTGATGCTCGTCAAATCAAATCCCTAAATCCATTGT-GCTTGAGATTTGGTTAGGTG
257 ACATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGC-TGAGATTTTGTTAGATG
* *
8260 AATGTAAATAT
321 AATATAGATAT
* ** * * * * * ** *
8271 TTCAATAAGTCAAGACGCAAAAAATCATGCAAAACTAAACCGGATCACCGAAACCCAAGTTGAGC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* **
8336 AAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAA-TTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT
* * * * * *
8400 TCCTCAATTTTCGGCCAGGATATTCATAAAAAATATATATTTAAACGCCAAAAAGATTGATGGGT
131 TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAAGATTGATGGGC
* ** * *
8465 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTACTATATTTTTCCGAAGAAATTTCTCATTAAATCGACACC
195 TTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACA
* *
8530 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTATGGCTGAGATTTTGTTAGATGACTA
260 TGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATA
*
8595 GAGATAT
325 TAGATAT
* * * * *
8602 TCCAATGATTCTTGGCGCAAAAAGTCATGCAAAACTGAACCGAAGCACCGGAATGCATTTTT-GC
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
* * * * **
8666 CAAAAATCGTGATGGTTAGTATAGGATTTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAATTTTT
66 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTT
* * * *
8730 TTCCACAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAATATATATAATTGAACACTAAAAAGATTGATGGG
130 TTCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGC-AAAAAGATTGATGGG
* * *
8795 CTTTTCACGATTCTAATATTGA-TTTCCTATA-TTTTCCGAATTAA-TTCTCATTAAATCGACAC
194 CTTTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACAC
** * * *
8857 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGCAGCTGAGATTTTGATAGTTGTAT
259 ATGATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAAT
*
8922 ATAAATAT
324 ATAGATAT
8930 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGA
1 TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGA
Statistics
Matches: 7667, Mismatches: 831, Indels: 297
0.87 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
305 18 0.00
306 17 0.00
307 109 0.01
308 110 0.01
309 1 0.00
310 2 0.00
311 1 0.00
312 3 0.00
313 66 0.01
314 3 0.00
315 2 0.00
316 3 0.00
317 3 0.00
318 84 0.01
319 188 0.02
320 198 0.03
321 4 0.00
322 6 0.00
324 2 0.00
325 4 0.00
326 119 0.02
327 86 0.01
328 131 0.02
329 26 0.00
330 446 0.06
331 1133 0.15
332 1220 0.16
333 2118 0.28
334 656 0.09
335 335 0.04
336 208 0.03
337 70 0.01
338 2 0.00
339 35 0.00
340 219 0.03
341 39 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAACCGGAGCACCGGAACGCATTTTTAGC
CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAAATTTT
TCCTCAATTTTTGGCCAGAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAGATTGATGGGCT
TTTCACGCTTCTAATATCGATTTTCCTATATTTTTCCGAATTAATTTCTCATGAAATCGACACAT
GATTCTCATGCTCGTCAAATCAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTTGTTAGATGAATAT
AGATAT
Found at i:7721 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 7705--7735 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12
7695 GATTTCGGCT
7705 AAAATTTTG-CA
1 AAAATTTTGCCA
7716 AAAATTTTGCCA
1 AAAATTTTGCCA
7728 AAAATTTT
1 AAAATTTT
7736 TTCCTCAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
11 9 0.47
12 10 0.53
ACGTcount: A:0.45, C:0.10, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (12 bp):
AAAATTTTGCCA
Done.