Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007853.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07874, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21986
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.18, T:0.34
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2284 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 2093--2774 Score: 586
Period size: 66 Copynumber: 10.0 Consensus size: 65
2083 TTCTTACTAA
* *
2093 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTATTGAAC-TACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTCT-CA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTG-ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG---CTAC-
2156 TTAACTC-
60 TT-AC-CG
* * *
2163 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGATTTGCTCAATTACCCTGAATTAAGCTACTTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTAC
2228 CG
64 CG
* * * * *
2230 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATTAACTGACTCACTTAATTACCCTGGATTAAGCTATTTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACC
2295 G
65 G
* * *
2296 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTCGCTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAA---G-CTACT
* *
2361 GACCC
61 TACCG
*
2366 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTA-T
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAA---GC-TACT
*
2430 TACTG
61 TACCG
* * *
2435 ACTCGCTTAATTACCCTGAATTAAGTCGATTACTGAATTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAC-
1 A----CTTAATTACCCTGAATTAAGT-TATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACT
* *
2499 TGCCTT
61 TACC-G
* * *
2505 ACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGAC-TTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTAC
*
2570 TG
64 CG
* * **
2572 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TTACTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTGTTGAC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTT-AC
**
2635 TT
64 CG
* *
2637 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCGGCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTA----CT
*
2702 TACTAACTT
61 TAC---C-G
* * * *
2711 ACATAATTATCCTGAATTAAGTTATTCACTGACCTACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTACTTA
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATT-ACTGACTTACTTAA-TTACCCTGAATTAAGCTACTTA
2775 TTACTGATTC
Statistics
Matches: 515, Mismatches: 62, Indels: 69
0.80 0.10 0.11
Matches are distributed among these distances:
64 3 0.01
65 56 0.11
66 141 0.27
67 71 0.14
68 6 0.01
69 10 0.02
70 81 0.16
71 39 0.08
72 1 0.00
73 54 0.10
74 35 0.07
75 18 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (65 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACCG
Found at i:2591 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 2543--2597 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 3.7 Consensus size: 15
2533 CTGACTTTAC
2543 TTAA-TTACCCTGAA
1 TTAAGTTACCCTGAA
* * *
2557 TTAAGCTACTTACTGAC
1 TTAAGTTAC--CCTGAA
2574 TTAA-TTACCCTGAA
1 TTAAGTTACCCTGAA
2588 TTAAGTTACC
1 TTAAGTTACC
2598 TATTACTTAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 6, Indels: 7
0.70 0.14 0.16
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.39
15 8 0.26
16 3 0.10
17 8 0.26
ACGTcount: A:0.33, C:0.22, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (15 bp):
TTAAGTTACCCTGAA
Found at i:2718 original size:74 final size:75
Alignment explanation
Indices: 2633--2771 Score: 226
Period size: 74 Copynumber: 1.9 Consensus size: 75
2623 TAAGTTGTTG
* * * *
2633 ACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTTTCTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTAC
1 ACTTACATAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACCTACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTAC
2697 CGGCTTACTA
66 CGGCTTACTA
*
2707 ACTTACATAATTATCCTGAATTAAGTTATTCACTGACCTACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTAC
1 ACTTACATAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACCTACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTAC
2772 TTATTACTGA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 5, Indels: 1
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
74 40 0.68
75 19 0.32
ACGTcount: A:0.32, C:0.20, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (75 bp):
ACTTACATAATTACCCTGAATTAAGTTATTCACTGACCTACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTAC
CGGCTTACTA
Found at i:2781 original size:39 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2093--2770 Score: 600
Period size: 35 Copynumber: 19.7 Consensus size: 35
2083 TTCTTACTAA
* * *
2093 ACTTAATTTCCCTGAATTAAGTTACTTATTGAAC-T
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTG-ACTT
* * * *
2128 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-TCTCATTAACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAT-TTACTGACTT
*
2163 ACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGA-TTACTGATTT
1 ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTTACTGACTT
* * * * *
2199 GCTCAATTACCCTGAATTAAGCTACTTAC---C-G
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
* * *
2230 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATTAACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
* *
2265 ACTTAATTACCCTGGATTAAGCTATTTACTG----
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
** *
2296 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTCGCTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
**
2331 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGACCC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTTACTGACTT
*
2366 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTTACTGACTT
* *
2401 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGCTTATTACTGACTC
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT--AT-TTACTGACTT
* * *
2439 GCTTAATTACCCTGAATTAAGTCGA-TTACTGAATT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGT-TATTTACTGACTT
*
2474 ACTTAATTACCCTGAATTAAG----TTACTGCCTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
* * * *
2505 ACTTAATTTCCCTGAACTAAGTTACTAACTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGAC-TT
* *
2541 ACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG----
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
** *
2572 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCTA-TTACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
*
2606 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-T-TGT--TGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
2637 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
* * *
2672 TCTTAATTACCCTGAATTAAGTTACCGGCTTACTAACTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA----TTTACTGACTT
* * * *
2711 ACATAATTATCCTGAATTAAGTTATTCACTGACCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
2746 ACTTAATTTACCCTGAATTAAGTTA
1 ACTTAA-TTACCCTGAATTAAGTTA
2771 CTTATTACTG
Statistics
Matches: 531, Mismatches: 75, Indels: 73
0.78 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.00
31 129 0.24
32 2 0.00
33 3 0.01
34 25 0.05
35 239 0.45
36 73 0.14
38 29 0.05
39 30 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTTACTGACTT
Found at i:6967 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6932--7025 Score: 66
Period size: 13 Copynumber: 6.9 Consensus size: 13
6922 CAGAGACATG
*
6932 TTTGTAA-TTATT
1 TTTGTAAGTAATT
* *
6944 ATTGTATGTAATT
1 TTTGTAAGTAATT
6957 TTTGTAAGTAATT
1 TTTGTAAGTAATT
*
6970 TTT-TATGTTAATTAT
1 TTTGTAAG-TAA-T-T
*
6985 TATTGTATGTAATT
1 T-TTGTAAGTAATT
6999 TTTGTAAGTAATATT
1 TTTGTAAGT-A-ATT
*
7014 TTTTTAAGTAAT
1 TTTGTAAGTAAT
7026 ATTACAACAA
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 15
0.74 0.09 0.17
Matches are distributed among these distances:
12 8 0.12
13 30 0.45
14 5 0.08
15 14 0.21
16 5 0.08
17 4 0.06
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.12, T:0.59
Consensus pattern (13 bp):
TTTGTAAGTAATT
Found at i:6983 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 6936--7016 Score: 155
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 43
6926 GACATGTTTG
6936 TAATTATTATTGTATGTAATTTTTGTAAGTAAT-TTTTTATGT
1 TAATTATTATTGTATGTAATTTTTGTAAGTAATATTTTTATGT
6978 TAATTATTATTGTATGTAATTTTTGTAAGTAATATTTTT
1 TAATTATTATTGTATGTAATTTTTGTAAGTAATATTTTT
7017 TTAAGTAATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 1
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 33 0.87
43 5 0.13
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.11, T:0.59
Consensus pattern (43 bp):
TAATTATTATTGTATGTAATTTTTGTAAGTAATATTTTTATGT
Found at i:7465 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7427--7467 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
7417 GCAAAAGTGT
* *
7427 AAAAAGTGGGGCGGTGTTTAAC
1 AAAAAGTGGGACGATGTTTAAC
7449 AAAAAG-GGGACGATGTTTA
1 AAAAAGTGGGACGATGTTTA
7468 GCAACACCCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 11 0.65
22 6 0.35
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (22 bp):
AAAAAGTGGGACGATGTTTAAC
Found at i:9577 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 9551--9610 Score: 77
Period size: 24 Copynumber: 2.5 Consensus size: 24
9541 TAATATTATA
9551 AATTTTAATT-AAACAATATTTCG
1 AATTTTAATTGAAACAATATTTCG
** **
9574 AATTTTTTTTGGTACAATATTTCG
1 AATTTTAATTGAAACAATATTTCG
9598 AATTTTAATTGAA
1 AATTTTAATTGAA
9611 TATATAAATT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 8, Indels: 1
0.76 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 8 0.29
24 20 0.71
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.08, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
AATTTTAATTGAAACAATATTTCG
Found at i:11711 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 11693--11744 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
11683 ATGGTAATGA
*
11693 TGGTTTTGGTGGATT
1 TGGTTTTGGTGGTTT
11708 TGGTGATTATGGTGGTTT
1 TGGT--TT-TGGTGGTTT
**
11726 TGGTGGTGGTGGTTT
1 TGGTTTTGGTGGTTT
11741 TGGT
1 TGGT
11745 CCTGCTCCGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 17 0.55
17 2 0.06
18 12 0.39
ACGTcount: A:0.06, C:0.00, G:0.44, T:0.50
Consensus pattern (15 bp):
TGGTTTTGGTGGTTT
Found at i:11732 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 11693--11744 Score: 56
Period size: 9 Copynumber: 6.1 Consensus size: 9
11683 ATGGTAATGA
11693 TGGTTTTGG
1 TGGTTTTGG
*
11702 TGGATTTGG
1 TGGTTTTGG
* *
11711 TGATTATGG
1 TGGTTTTGG
11720 TGGTTTTGG
1 TGGTTTTGG
11729 TGG---TGG
1 TGGTTTTGG
11735 TGGTTTTGG
1 TGGTTTTGG
11744 T
1 T
11745 CCTGCTCCGT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 6
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.18
9 28 0.82
ACGTcount: A:0.06, C:0.00, G:0.44, T:0.50
Consensus pattern (9 bp):
TGGTTTTGG
Found at i:11865 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 11795--11867 Score: 65
Period size: 21 Copynumber: 3.5 Consensus size: 21
11785 TTGGTGATTA
*
11795 TGGTGGGTATGGTGGTGGTGC
1 TGGTGGGTTTGGTGGTGGTGC
** ** **
11816 TGCAGATTTTGGTGGTGGTTA
1 TGGTGGGTTTGGTGGTGGTGC
* *
11837 TGGGGGGTTTGGTGCTGGTGC
1 TGGTGGGTTTGGTGGTGGTGC
11858 TGGTGGGTTT
1 TGGTGGGTTT
11868 TCTGGTTATC
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 15, Indels: 0
0.71 0.29 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 37 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.05, G:0.51, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
TGGTGGGTTTGGTGGTGGTGC
Found at i:13781 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 13724--13812 Score: 178
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
13714 CTCAAAATCC
13724 AAACCAAGTTAAACTAGAATAGAAGAAACATTTCATATTTCCA
1 AAACCAAGTTAAACTAGAATAGAAGAAACATTTCATATTTCCA
13767 AAACCAAGTTAAACTAGAATAGAAGAAACATTTCATATTTCCA
1 AAACCAAGTTAAACTAGAATAGAAGAAACATTTCATATTTCCA
13810 AAA
1 AAA
13813 GGAAAAAAAG
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 46 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.16, G:0.09, T:0.25
Consensus pattern (43 bp):
AAACCAAGTTAAACTAGAATAGAAGAAACATTTCATATTTCCA
Found at i:21050 original size:265 final size:265
Alignment explanation
Indices: 20569--21087 Score: 975
Period size: 265 Copynumber: 2.0 Consensus size: 265
20559 AAAAAAGAAA
20569 AAAACCCCAAAAAGATAGGCAAGTGTAGAAATGATCATTTGTCCTTGACAGTTAATACGGTCCAT
1 AAAACCCCAAAAAGATAGGCAAGTGTAGAAATGATCATTTGTCCTTGACAGTTAATACGGTCCAT
20634 TAAAACACACTAATGTGTGTGAACATAGTTAATCATCTAAAAAATAGTCAACACAACTGAAATTT
66 TAAAACACACTAATGTGTGTGAACATAGTTAATCATCTAAAAAATAGTCAACACAACTGAAATTT
20699 ACTTTCACAATCCAACACAAACCATATAGAACATAAGGATTATTAAGTAATTAGCAAGTGGACAA
131 ACTTTCACAATCCAACACAAACCATATAGAACATAAGGATTATTAAGTAATTAGCAAGTGGACAA
*
20764 AAGACCAAATAGGACGAAAAGGTTATCCCAGGTGAAAAGTTGAAAAGAGCTTTCAGCAATACGGT
196 AAGACCAAACAGGACGAAAAGGTTATCCCAGGTGAAAAGTTGAAAAGAGCTTTCAGCAATACGGT
20829 CCATT
261 CCATT
* *
20834 AAAACCCCAAAAAGATAGGCAAGTGTAGAAATGATCATTTGTCTTTGACAGTTAATATGGTCCAT
1 AAAACCCCAAAAAGATAGGCAAGTGTAGAAATGATCATTTGTCCTTGACAGTTAATACGGTCCAT
20899 TAAAACACACTAATGTGTGTGAACATAGTTAATCATCTAAAAAATAGTCAACACAACTGAAATTT
66 TAAAACACACTAATGTGTGTGAACATAGTTAATCATCTAAAAAATAGTCAACACAACTGAAATTT
20964 ACTTTCACAATCCAACACAAACCATATAGAACATAAGGATTATTAAGTAATTAGCAAGTGGACAA
131 ACTTTCACAATCCAACACAAACCATATAGAACATAAGGATTATTAAGTAATTAGCAAGTGGACAA
* * * *
21029 AAGACCAAACGGGATGAAAAGGTTGTCCCAGGTGAAAAGTTGAAAGGAGCTTTCAGCAA
196 AAGACCAAACAGGACGAAAAGGTTATCCCAGGTGAAAAGTTGAAAAGAGCTTTCAGCAA
21088 GCACCGTCTT
Statistics
Matches: 247, Mismatches: 7, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
265 247 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.17, G:0.17, T:0.24
Consensus pattern (265 bp):
AAAACCCCAAAAAGATAGGCAAGTGTAGAAATGATCATTTGTCCTTGACAGTTAATACGGTCCAT
TAAAACACACTAATGTGTGTGAACATAGTTAATCATCTAAAAAATAGTCAACACAACTGAAATTT
ACTTTCACAATCCAACACAAACCATATAGAACATAAGGATTATTAAGTAATTAGCAAGTGGACAA
AAGACCAAACAGGACGAAAAGGTTATCCCAGGTGAAAAGTTGAAAAGAGCTTTCAGCAATACGGT
CCATT
Done.