Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007868.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07889, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6606
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.20, T:0.33
Found at i:16 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10--58 Score: 98
Period size: 2 Copynumber: 24.5 Consensus size: 2
1 ATTCTTACT
10 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC
1 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC
52 TC TC TC T
1 TC TC TC T
59 TTTATAACTT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 47 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.49, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TC
Found at i:2862 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2823--3226 Score: 413
Period size: 35 Copynumber: 11.2 Consensus size: 35
2813 AGAAGTAAGA
2823 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
2858 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
* * * *
2893 TGGTAATCAACTCAGTTCGGTGCAATTAAGTAAAT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
* * * *
2928 TGGAAATTAAATTAATTAAATCGGTAATTAAATTAAGTAATT
1 TGGTAATCAACTTAA-T---TCGGT--GT-AATTAAGTAATT
2970 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
3005 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
* * * *
3040 TGGTAATCAACTCAATTTGGTGCAATTAAGTAAAT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
* * * * *
3075 TGGAAATTAAATTAATTAAATCAGTAATTAAATTAAGTAATT
1 TGGTAATCAACTTAA-T---TCGGT--GT-AATTAAGTAATT
* * *
3117 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAAGTAAGTAAAT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
* *
3152 TGG--A--AA-TTAAATCGGTAATTAAATTAAGTAATT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGT--GT-AATTAAGTAATT
*
3185 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAAT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
3220 TGGTAAT
1 TGGTAAT
3227 TAAATTAAGT
Statistics
Matches: 302, Mismatches: 45, Indels: 44
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 9 0.03
31 2 0.01
33 14 0.05
35 197 0.65
36 4 0.01
37 2 0.01
38 18 0.06
39 8 0.03
41 2 0.01
42 46 0.15
ACGTcount: A:0.39, C:0.08, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (35 bp):
TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATT
Found at i:2974 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2916--2976 Score: 86
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 21
2906 AGTTCGGTGC
*
2916 AATTAAGTAAATTGGAAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
2937 AATTAATTAAATCGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
2958 AATTAAGTAATTTGGTAAT
1 AATTAAGTAAATTGGTAAT
2977 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 34 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:2984 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2916--2984 Score: 66
Period size: 21 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
2906 AGTTCGGTGC
* * *
2916 AATTAAGTAAATTGGAAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
* * * *
2937 AATTAATTAAATCGGTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
2958 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
*
2979 ACTTAA
1 AATTAA
2985 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 40 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCA
Found at i:3020 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 2881--3163 Score: 409
Period size: 77 Copynumber: 3.8 Consensus size: 77
2871 AATTCGGTGT
* *
2881 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTCAGTTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTA
2946 AATCGGTAATTA
66 AATCGGTAATTA
* * * * *
2958 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAA-T-
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTA
*
3021 --TCGGT--GT-
66 AATCGGTAATTA
* *
3028 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTCAATTTGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTA
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTA
*
3093 AATCAGTAATTA
66 AATCGGTAATTA
*
3105 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAAGTAAGTAAATTGGAAATTAAAT
1 AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAAT
3164 CGGTAATTAA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 20, Indels: 14
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
70 55 0.31
71 2 0.01
73 5 0.03
74 4 0.02
76 2 0.01
77 111 0.62
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (77 bp):
AATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTA
AATCGGTAATTA
Found at i:3082 original size:147 final size:147
Alignment explanation
Indices: 2823--3255 Score: 669
Period size: 147 Copynumber: 3.0 Consensus size: 147
2813 AGAAGTAAGA
2823 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
*
2888 TAATTTGGTAATCAACTCAGTTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTAAATCGGT
66 TAATTTGGTAATCAACTCAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTAAATCGGT
2953 AATTAAATTAAGTAATT
131 AATTAAATTAAGTAATT
2970 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
* *
3035 TAATTTGGTAATCAACTCAATTTGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTAAATCAGT
66 TAATTTGGTAATCAACTCAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTAAATCGGT
3100 AATTAAATTAAGTAATT
131 AATTAAATTAAGTAATT
* * * * *
3117 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAAGTAAGTAAATTGG--A--AA-TTAAATCGGTAATTAAATT
1 TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGT--GT-AATT
* * * * * *
3177 AAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTT
63 AAGTAATTTGGTAATCAACTCAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTAAATC
*
3242 GGTAATTAACTTAA
128 GGTAATTAAATTAA
3256 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 17, Indels: 8
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
142 9 0.03
143 2 0.01
144 1 0.00
145 75 0.28
147 179 0.67
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (147 bp):
TGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
TAATTTGGTAATCAACTCAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGAAATTAAATTAATTAAATCGGT
AATTAAATTAAGTAATT
Found at i:3122 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3063--3255 Score: 87
Period size: 21 Copynumber: 9.3 Consensus size: 21
3053 AATTTGGTGC
*
3063 AATTAAGTAAATTGGAAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* **
3084 AATTAATTAAATCAGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* *
3105 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* **** *
3126 ACTTAA-TTCGGTGCAAGTAAGTA
1 AATTAAGTAAATTG---GTAATTA
* *
3149 AATTGGAAATTAAATCGGTAATTA
1 AATT---AAGTAAATTGGTAATTA
* *
3173 AATTAAGTAATTTGGTAATCA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
3194 ACTTAA-T---TCGGT--GT-
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
3208 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
3229 AATTAAGTAATTTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
3250 ACTTAA
1 AATTAA
3256 TTCGGTGTAA
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 36, Indels: 28
0.66 0.19 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.04
15 1 0.01
17 4 0.03
18 4 0.03
20 5 0.04
21 81 0.66
23 8 0.07
24 10 0.08
26 2 0.02
27 2 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.05, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (21 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:3160 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 3100--3262 Score: 173
Period size: 68 Copynumber: 2.7 Consensus size: 56
3090 TTAAATCAGT
3100 AATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAAGTAAGTAAATTGGA
1 AATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAAGTAAGTAAATTGGA
* * *
3156 AATTAAATCGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATT
1 AATT--A-----AATT-AAGTAA-T--T-TGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAAGTAAGTAAATT
*
3221 GGT
54 GGA
*
3224 AATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTG
1 AATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTG
3263 TAATTAAGAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 6, Indels: 24
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
56 25 0.28
57 1 0.01
58 1 0.01
59 1 0.01
60 5 0.06
61 4 0.04
63 4 0.04
64 5 0.06
65 1 0.01
66 1 0.01
67 1 0.01
68 40 0.45
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGCAAGTAAGTAAATTGGA
Found at i:3250 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3173--3229 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.4 Consensus size: 16
3163 TCGGTAATTA
3173 AATTAAGTAATTTGGT
1 AATTAAGTAATTTGGT
* * *
3189 AATCAACTTAATTCGGTGT
1 AATTAA-GTAATT-TG-GT
*
3208 AATTAAGTAAATTGGT
1 AATTAAGTAATTTGGT
3224 AATTAA
1 AATTAA
3230 ATTAAGTAAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 7, Indels: 6
0.70 0.16 0.14
Matches are distributed among these distances:
16 13 0.42
17 6 0.19
18 5 0.16
19 7 0.23
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
AATTAAGTAATTTGGT
Found at i:3263 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 3159--3283 Score: 214
Period size: 56 Copynumber: 2.2 Consensus size: 56
3149 AATTGGAAAT
3159 TAAATCGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAAATCGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
* *
3215 TAAATTGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
1 TAAATCGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
* *
3271 AAAATCAGTAATT
1 TAAATCGGTAATT
3284 GGCTTAATTT
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 5, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 64 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.06, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (56 bp):
TAAATCGGTAATTAAATTAAGTAATTTGGTAATCAACTTAATTCGGTGTAATTAAG
Found at i:3282 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3243--3310 Score: 91
Period size: 35 Copynumber: 1.9 Consensus size: 35
3233 AAGTAATTTG
*
3243 GTAATTAACTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATCA
1 GTAATTAACTTAATTCAGTGTAATTAAGAAAATCA
** * *
3278 GTAATTGGCTTAATTTAGTGTAATTAAGTAAAT
1 GTAATTAACTTAATTCAGTGTAATTAAGAAAAT
3311 AAATGGCTTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 28 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.06, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
GTAATTAACTTAATTCAGTGTAATTAAGAAAATCA
Found at i:3321 original size:31 final size:34
Alignment explanation
Indices: 3251--3322 Score: 87
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 34
3241 TGGTAATTAA
*
3251 CTTAATTCGGTGTAATTAAGAAAATCAGTAATTGG
1 CTTAATTCAGTGTAATTAAGAAAATCAG-AATTGG
* *
3286 CTTAATTTAGTGTAATTAAGTAAAT-A-AA-TGG
1 CTTAATTCAGTGTAATTAAGAAAATCAGAATTGG
3317 CTTAAT
1 CTTAAT
3323 CTAGGAGTCA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 4
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
31 9 0.26
32 2 0.06
34 1 0.03
35 22 0.65
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
CTTAATTCAGTGTAATTAAGAAAATCAGAATTGG
Done.