Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01007973.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig07994, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7296
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Found at i:6720 original size:312 final size:320
Alignment explanation
Indices: 5631--7115 Score: 1302
Period size: 312 Copynumber: 4.6 Consensus size: 320
5621 GACCGTAATG
* * * * *
5631 GTTAATACACGATTTCGGTTAAAGTTTTGCAAAAATTTATCCGAAAGAATTTTCC-CAAATTTTT
1 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGA-CCGAAA-AATTTTCCTC-AATTTTT
* * *
5695 TGCCACGATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTC
63 CGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTTC
* * *
5760 TAATATTGGTTTTCCTATTTTTATTTCGAATTACTTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATG
128 TAATATCGGTTTTCCTA-TTTT-TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATG
* * * * ** *
5825 CTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCA
191 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGATAAGATTTCGTTAAATAAATATAGTTATTTCA
*
5890 ATGAGACTTG-C-C-AAAAATCATGCAAAACGGAGCCAGGA--CTCAAAAACGCATTTTTAGTCA
256 ATGAGACTTGACGCAAAAAATCATGCAAAAC--AG-C-GGAGTCTC-AGAAC-C----TTA--CA
**** *
5950 AAAATTGTGATG
309 AAAAACCAGATA
** *
5962 GTTAGTACACGACTTT-TACTAAAATTTTGCAAAAATTGACAC-AAAACATTTCTCCTCAA-TTT
1 GTTAGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGAC-CGAAAA-ATTT-TCCTCAATTTT
* * * *
6024 CCAGCCACCATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTG-AAGAGCTTTTCACGC
62 TC-GCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAG-GATTTTCACGC
*** * ** *
6088 TTCTAATATTTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGAT
125 TTCTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGAT
* * *
6153 GCTCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATGTGGCT--GA----G----ATAAATATAGATATTTC
190 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGATAAGATTTCGTTAAATAAATATAGTTATTTC
* * * ** * * *
6207 AATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGAGTCCCGGAACACATTTTTTAGCCA
255 AATGAGACTTGACGCAAAAAATCATGCAAAAC--AG-CGGAGTCTCAGAAC-C-----TTA-CAA
*
6272 AAAACCGTGA-A
310 AAAACC-AGATA
* * * **
6283 ATGACCGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAACCCGATTGAATTTTCCTCAATTTT
1 GTTA--GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGA-CCGA-AAAATTTTCCTCAATTTT
* *
6348 TGGGCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTT
62 TCGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTT
*
6413 CTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATG
127 CTAATATCGGTTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATG
* * * * * * **
6478 TTCGTAAAAACAAATCTTTGAATTCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGGATATA-TATATTTC
191 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGATAAGATTTCGTTAAATAAATATAGT-TATTTC
* *
6542 AATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGC-AAA-A-CGGAG-C-C-GAGA-C-T-C-AAAAACGC-G
255 AATGAGACTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACAGCGGAGTCTCAGA-ACCTTACAAAAAAC-CAG
*
6596 -TT
318 ATA
* *
6598 TTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACAC-AAAACATTTCTCCTCAA-TTTC
1 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGAC-CGAAAA-ATTT-TCCTCAATTTTT
* *
6661 CGCCACCATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG-AAGAGTTTTTCACGCTT
63 CGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAG-GATTTTCACGCTT
* * * * ** *
6725 CTAATATTGTTTTTTTCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATG
127 CTAATATCG-GTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATG
* *
6790 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGATGATATTTCGTTAAATAAATATAGTTATTTCA
191 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGATAAGATTTCGTTAAATAAATATAGTTATTTCA
* *
6855 ATGAGTCTTGACTCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGTCTCAGAACGCGTTTTTAGCCAAA
256 ATGAGACTTGACGCAAAAAATCATGCAAAAC--AG-CGGAGTCTCAGAAC-C----TTA--CAAA
6920 AAACCATGATA
311 AAACCA-GATA
* *
6931 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATCGACCTGAAATAATTTTCCTCAATTTTTT
1 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACC-GAAA-AATTTTCCTCAATTTTTC
* * * *
6996 GCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGAAAGGCTATTCACGCTTCT
64 GCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTTCT
* * * *
7061 AATATC-GTATTTCCTATTTTTTCTGAATTAATTCCTAATTGAATTGAAACATGAT
129 AATATCGGT-TTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGAT
7116 CATACGCTCT
Statistics
Matches: 955, Mismatches: 126, Indels: 144
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
311 4 0.00
312 189 0.20
313 53 0.06
315 3 0.00
316 7 0.01
317 2 0.00
318 30 0.03
319 3 0.00
320 6 0.01
321 31 0.03
322 16 0.02
323 104 0.11
324 63 0.07
325 21 0.02
326 4 0.00
327 5 0.01
328 21 0.02
329 53 0.06
330 20 0.02
331 114 0.12
332 7 0.01
333 84 0.09
334 74 0.08
335 41 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (320 bp):
GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCGAAAAATTTTCCTCAATTTTTCGC
CACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTTCTAA
TATCGGTTTTCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGT
AAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGATAAGATTTCGTTAAATAAATATAGTTATTTCAATGAG
ACTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACAGCGGAGTCTCAGAACCTTACAAAAAACCAGATA
Found at i:7060 original size:646 final size:635
Alignment explanation
Indices: 5631--7115 Score: 2042
Period size: 646 Copynumber: 2.3 Consensus size: 635
5621 GACCGTAATG
* * * * * *
5631 GTTAATACACGATTTCGGTTAAAGTTTTGCAAAAATTTATCCGAAAGAATTTTCC-CAAATTTTT
1 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAA-TTAACCGAAATAATTTTCCTC-AATTTTT
*
5695 TGCCACGATACTCACAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTC
64 TGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTC
* * *
5760 TAATATTGGTTTTCCTATTTTTATTTCGAATTACTTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATG
129 TAATATCGGTTTTCCTATTTTT-TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATG
5825 CTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCA
193 CTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCA
5890 ATGAGACTTGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCAGGACTCAAAAACGCATTTTTAGTCAAAAAT
258 ATGAGACTTGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCAGGACTCAAAAACGC-----T-G------A-
*
5955 TGTGATGGTTAGTACACGACTTTTACTAAAATTTTGCAAAAATTGACACAAAACATTTCTCCTCA
310 TGT-AT-GTTAGTACACGACTTTGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACACAAAACATTTCTCCTCA
*
6020 ATTTCCAGCCACCATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCA
373 ATTTCCAGCCACCATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCA
*
6085 CGCTTCTAATATTTTTTTTTCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGA
438 CGCTTCTAATATTTTTTTTTCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGA
*
6150 GATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTC
503 GATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTC
* * * * * *
6215 TTGGCGCCAAAAATCATATAAAACTAAGCCGGAGTCCCGGAACACATTTTTTAGCCAAAAACCGT
568 TTGACGCAAAAAATCATACAAAACTAAGCCGGAGTCCCAGAACACAGTTTTTAGCCAAAAACCAT
6280 GAA
633 GAA
* * *
6283 ATGACCGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAACCCG-ATTGAATTTTCCTCAATTT
1 GTTA--GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAA-CCGAAAT-AATTTTCCTCAATTT
* * *
6347 TTGGGCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCT
62 TTTGCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCT
*
6412 TCTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGAT
127 TCTAATATCGGTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGAT
* * *
6477 GTTCGTAAAAACAAATCTTTGAATTCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGGATATATATATTTC
192 GCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTC
6542 AATGAGACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCC-GAGACTCAAAAACGC-G-T-T-T-TT
257 AATGAGACTT---GCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCAG-GACTCAAAAACGCTGATGTATGTT
* *
6601 AGTACACGA-TTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACACAAAACATTTCTCCTCAATTTCC-GC
318 AGTACACGACTTT-GACTAAAATTTTGCAAAAATTGACACAAAACATTTCTCCTCAATTTCCAGC
*
6664 CACCATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTAA
382 CACCATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAA
6729 TATTGTTTTTTTCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCG
447 TATT-TTTTTTTCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCG
* *
6794 TAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTGGATGATATTTCGTTAAATAAATATAGTTATTTCAATGA
511 TAAAAA-AAATCCTTAAATCCAATGTGGATG--A----G----ATAAATATAGATATTTCAATGA
* * * * * *
6859 GTCTTGACTCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGTCTCAGAACGC-GTTTTTAGCCAAAAAA
565 GTCTTGACGCAAAAAATCATACAAAACTAAGCCGGAGTCCCAGAACACAGTTTTTAGCC-AAAAA
6923 CCATGATA
629 CCATGA-A
**
6931 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATCGACCTGAAATAATTTTCCTCAATTTTTT
1 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAACC-GAAATAATTTTCCTCAATTTTTT
* * *
6996 GCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGAAAGGCTATTCACGCTTCT
65 GCCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCT
* * * *
7061 AATATC-GTATTTCCTA-TTTTTTCTGAATTAATTCCTAATTGAATTGAAACATGAT
130 AATATCGGT-TTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGAT
7116 CATACGCTCT
Statistics
Matches: 749, Mismatches: 57, Indels: 61
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
635 72 0.10
636 121 0.16
637 22 0.03
638 1 0.00
639 1 0.00
640 1 0.00
641 1 0.00
643 1 0.00
645 38 0.05
646 133 0.18
647 71 0.09
648 3 0.00
649 1 0.00
652 2 0.00
653 114 0.15
654 127 0.17
655 2 0.00
656 38 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (635 bp):
GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTAACCGAAATAATTTTCCTCAATTTTTTG
CCACGATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTCACGCTTCTA
ATATCGGTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTC
GTAAAAACAAATCTTTAAATTCAATGTGGTTAAGATTTGGTTAGATGGATATAGATATTTCAATG
AGACTTGCCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCAGGACTCAAAAACGCTGATGTATGTTAGTACACG
ACTTTGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACACAAAACATTTCTCCTCAATTTCCAGCCACCATACT
CATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATTTTTTT
TTCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGATTGAGATGCTCGTAAAAAAAAT
CCTTAAATCCAATGTGGATGAGATAAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATA
CAAAACTAAGCCGGAGTCCCAGAACACAGTTTTTAGCCAAAAACCATGAA
Done.