Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008021.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08042, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5256
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.22, T:0.29
Found at i:101 original size:49 final size:49
Alignment explanation
Indices: 1--995 Score: 583
Period size: 49 Copynumber: 18.9 Consensus size: 49
* * * *
1 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGATGT-AAAGAATGAAGATTAGTAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
*
49 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
* *
98 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGT
* ** * * * *
151 TTAATTCAAAGTAATTAAATTAAAAAGGGTAAAAG-ACGGAGTAAACAGTCGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAA--GTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGT
* * * * *
207 TTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAATAA-GGTGTAATCAGTAATTAGG
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT---T-AGTAGT
** * * ** ** *
262 TTAATTCAGAGTAATTAAAAGAAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAGTAATCGGTTGATT
1 TTAATTCAGAGTAATT--AAGCTAAGA-AGTAAAAGAATGGAG--ATTAG-T-AGT
* * * *
317 GTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGT
1 -TTAATTC-AGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
*
367 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
*
416 TTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGT
** *
469 TTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG---AT--TAG-TAGT
525 TTAATAT-AGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGT
1 TTAAT-TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGT
* * * *
578 TTAATTCAGAGTAATTAAAG-TAAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATT-AAGCTAAG-A-AGTAAAAGAA--TG--GAGATTAG-TAGT
* * * *
634 TTCATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAA-GGTGTAATCAGTAATTAGG
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT---T-AGTAGT
** * * ** *
688 TTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAA-AAAGTAATCGGTTGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG--AT---TAG-TAGT
* *
744 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
* * *
792 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAAAAGTAAAGGAATGGAGATTAGTAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
* *
841 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGT
** * *
894 TTAATTCAGAGTAATTAAATTATAAAGAGTAGAAGAA-GGAGTAAATAGTAGATAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTA-AGA-AGTAAAAGAATGGAG---AT--TAG-TAGT
* * **
950 TTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAATAAAGATTAG
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAG
996 CAGATAGTTC
Statistics
Matches: 763, Mismatches: 114, Indels: 137
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
48 77 0.10
49 181 0.24
50 5 0.01
51 6 0.01
52 17 0.02
53 111 0.15
54 74 0.10
55 97 0.13
56 158 0.21
57 34 0.04
59 3 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (49 bp):
TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
Found at i:529 original size:56 final size:54
Alignment explanation
Indices: 45--1108 Score: 824
Period size: 56 Copynumber: 20.0 Consensus size: 54
35 TGAAGATTAG
*
45 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT--TAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
* * *
94 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
* ** * * *
147 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAATTAAA-AAGGGTAAAAGACGGAGTAAACAGTCGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAA--GTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGA
* * *
203 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAATAAGGTGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAAT-AGTAGA
* * * * ** * *
257 TTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAAG-AAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATT--AAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAAT-AGTAGA
* * *
315 TTGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT--TAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
*
363 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--AT--TAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
* *
412 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
** *
465 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGA
*
521 TAGTTTAATAT-AGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGA
1 TAGTTTAAT-TCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
* * *
574 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAG-T-AAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATT-AAGCTAAAG-A-AGTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGA
* *
630 TAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAGGTGTAATCAGTA-A
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAAT-AGTAGA
* ** * * ** * *
683 TTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
1 -TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGTAAT-AGTAGA
* *
740 TAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-AAAGAATGGAG--AT--TAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
* *
788 TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAA-AAGTAAAGGAATGGAG--AT--TAG-
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
* * *
837 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG-ATTAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
** *
890 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAA-AGAGTAGAAGAAGGAGTAAATAGTAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTA-AAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGA
* * ** * *
946 TAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAATAAAG-ATTAGCAGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAGTAATAGTAGA
* * ** * * *
1000 TAGTTCAATTTAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGA-AGTAAAAGAAGGAGT-AATAGTAGA
* *
1056 TAGTTTAATTTAAAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATCAGTA
1 TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAAT-AGTA
1109 ATGTAATACC
Statistics
Matches: 840, Mismatches: 115, Indels: 114
0.79 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
48 60 0.07
49 161 0.19
50 3 0.00
52 14 0.02
53 110 0.13
54 125 0.15
55 132 0.16
56 195 0.23
57 39 0.05
58 1 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (54 bp):
TAGTTTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGTAATAGTAGA
Found at i:859 original size:316 final size:324
Alignment explanation
Indices: 94--1099 Score: 971
Period size: 316 Copynumber: 3.1 Consensus size: 324
84 TGGAGATTAG
*
94 TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCA
* * * * * * * * * *
159 AAGTAATTAAATTAAAAAGGGTAAAAGACGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTA
65 GAGCAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAG--AATA-TAGATAGTTTAATATAAAGCAATTA
* * * * * *
224 AGCTAAAGAAGTAAAATAA-GGTGTAATCAGTA-ATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAAGAAAA
127 AGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAGAGTAATT-AAAGTATA
* * * * * * *
287 AAGAGTAAAGGAAAA--AGTAATCGGTTGATTGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGT-A
187 AAGAGTAAA--AAAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAA
** * * * ** *
348 AAGAATGGAGAT---TAG-TAGTTTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAG---AA-T
250 AAGAATAAAGATCAGCAGATAGTTCAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAAGAAAAAGT
** * * *
403 GGAGATTAG-
315 AAACAGTCGA
412 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCA
1 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTA-TAGATAGTTTAATTCA
* * * *
477 GAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATATAGAGTAATTA
65 GAGCAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAG--AATA-TAGATAGTTTAATATAAAGCAATTA
542 AGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAGTA-AGAAGA
127 AGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAGTATA-AAGA
* * *
606 GTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAG
191 GTAAAAAAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAA-
** * *
670 GTGTA-ATCAGTA-ATTAGGTT-AATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAA
255 -TAAAGATCAGCAGA-TA-GTTCAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAAGAAAAAGTAA
* * *
732 TCGGTTGA
317 ACAGTCGA
* * *
740 TAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T-TAG-TAGTTTAATTCAG
1 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAG
* *
801 AGCAATTAAGCT-AAAA-AGTAAAGGAATGGAG-AT-TAG-TAGTTTAAT-TCAAAGCAATTAAG
66 AGCAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGAATATAGATAGTTTAATAT-AAAGCAATTAAG
*
860 CTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTATAAAGAGTA
129 CTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAGTATAAAGAGTA
* * * *
925 GAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAATAAA
194 AAAAAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAATAAA
* * * **
990 GATTAGCAGATAGTTCAATTTAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCG
259 GATCAGCAGATAGTTCAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAAGAAAAAGTAAACAGTCG
1055 A
324 A
*
1056 TAGTTTAATTTAAAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAG
1 TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG
1100 TAATCAGTAA
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 65, Indels: 61
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
313 4 0.01
314 1 0.00
315 57 0.10
316 222 0.37
317 46 0.08
318 139 0.23
319 2 0.00
320 2 0.00
321 27 0.05
322 14 0.02
323 29 0.05
324 3 0.01
326 3 0.01
327 15 0.03
328 29 0.05
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (324 bp):
TAGTTTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTATAGATAGTTTAATTCAG
AGCAATTAAACTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGAATATAGATAGTTTAATATAAAGCAATTAAGCT
AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAGTATAAAGAGTAAA
AAAAGGAGTAAACAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAATAAAGA
TCAGCAGATAGTTCAATTCAGAGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAAGAAAAAGTAAACAGTCGA
Found at i:886 original size:425 final size:426
Alignment explanation
Indices: 1--1110 Score: 1746
Period size: 425 Copynumber: 2.6 Consensus size: 426
* * * * *
1 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGATGT-AAAGAATGAAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGC
1 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
** * * *
61 AATTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG---AT--TAG-TAGTTTAATTCAAAGCAATTAAGC
66 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATT-AGAGTAATTAAGC
* *
118 TAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAAAGTAATTAAATTAAAAAGGGTAA
129 TAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAA
* *
183 AAGACGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAATAAGGTGT
194 AAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGTGT
248 AATCAGTAATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAAGAAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTT
259 AATCAGTAATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAAGAAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTT
*
313 GATTGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAG
324 GATAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAG
*
378 CAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
389 CAATTAAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
*
416 TTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
1 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
481 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATATAGAGTAATTAAGCT
66 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAAT-TAGAGTAATTAAGCT
* *
546 AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAAGTAAGAAGAGTAAA
130 AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAA
* * * * *
611 AAAAGGTGTAAACAGTAGATAGTTTCATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAAGGTGTA
195 AGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGTGTA
*
675 ATCAGTAATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAA-TAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTG
260 ATCAGTAATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAAGAAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTG
739 ATAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGC
325 ATAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGC
*
804 AATTAAGCTAAAAAGTAAAGGAATGGAGATTAGTAGT
390 AATTAAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
841 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
1 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
* * *
906 AATTAAATTATAAAGAGTAGAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAACT
66 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAA-TTAGAGTAATTAAGCT
** * * *
971 AAAGAAGTAAAAGAATAAAGATTAGCAGATAGTTCAATTTAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAA
130 -AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAA
* *
1036 AAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAAAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGAGT
194 AAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGTGT
1101 AATCAGTAAT
259 AATCAGTAAT
1111 GTAATACCAT
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 44, Indels: 22
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
415 24 0.04
416 11 0.02
417 1 0.00
419 3 0.00
420 22 0.03
421 7 0.01
422 10 0.02
424 2 0.00
425 253 0.40
426 152 0.24
427 148 0.23
428 1 0.00
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (426 bp):
TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGTTTAATTAGAGTAATTAAGCTA
AGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAA
GAAGGAGTAAACAGTCGATAGTTTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAAGGTGTAA
TCAGTAATTAGGTTAATTCAGAGTAATTAAAAGAAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGA
TAGTTTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAGAATGGAGATTAGTAGTTTAATTCAGAGCA
ATTAAGCTAAAAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGT
Found at i:920 original size:97 final size:103
Alignment explanation
Indices: 1--1099 Score: 745
Period size: 109 Copynumber: 10.4 Consensus size: 103
* * * *
1 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGATGT-AAAGAATGAAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGC
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
** *
61 AATTAAGCTA-AGAAGTAAAAGAATGGAG-AT-TAG-TAGT
66 AATTAAATTATA-AAG-AGAAGAA-GGAGAATATAGATAGT
* *
98 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAAAGT
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
* * * * *
163 AATTAAATTAAAAAGGGTAAAAGACGGAGTAAACAGTCGATAGT
66 AATTAAATTATAAA--G-AGAAGAAGGAG--AATA-TAGATAGT
* * * * * *
207 TTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAATAA-GGTGTAATCAGTA-ATTAGGTTAATTCA
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTTTAATTCA
** * ** * * *
270 GAGTAATTAAAAGAAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATTGT
62 GAGTAATT-AAATTATAAAGAG--AA-GAAGGAG-AAT--ATAGATAGT
* *
319 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGC
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
** *
379 AATTAAGCTA-AGAAGTAAAAGAATGGAG-AT-TAG-TAGT
66 AATTAAATTATA-AAG-AGAAGAA-GGAGAATATAGATAGT
* *
416 TTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
*
481 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGT
66 AATTAAATTATAAAGAG---AAGAAGGAG--AATA-TAGATAGT
*
525 TTAATAT-AGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
1 TTAAT-TCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
* * * *
589 TAATTAAAGTA-AGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGT
65 TAATTAAATTATA-AAGAG---AAGAAGGAG--AATA-TAGATAGT
* * * * *
634 TTCATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAA-GGTGTAATCAGTA-ATTAGGTTAATTCAG
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAGA-TAGTTTAATTCAG
* * ** * *
697 AGTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGT
63 AGTAATTAAATTATAAAGAG--AA-GAAGGAG-AAT--ATAGATAGT
* *
744 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGA-T--TAG-TAGTTTAATTCAGAGC
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
** *
804 AATTAAGCTAAAAAGTA-AAGGAATGGAG-AT-TAG-TAGT
66 AATTAAATTATAAAG-AGAA-GAA-GGAGAATATAGATAGT
*
841 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
906 AATTAAATTATAAAGAGTAGAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGT
66 AATTAAATTAT-AA-AG-AGAAGAAGGAG--AATA-TAGATAGT
* * * ** * * *
950 TTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAATAAAGATTAGCAGATAGTTCAATTTAGAG
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
* * *
1015 TAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGT
65 TAATTAAATTATAAAGAG---AAGAAGGAG--AATA-TAGATAGT
* * *
1060 TTAATTTAAAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAG
1 TTAATTCAGAGCAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG
1100 TAATCAGTAA
Statistics
Matches: 821, Mismatches: 105, Indels: 140
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
97 83 0.10
98 39 0.05
99 3 0.00
101 14 0.02
102 82 0.10
103 23 0.03
104 53 0.06
105 24 0.03
106 7 0.01
107 2 0.00
108 16 0.02
109 200 0.24
110 199 0.24
111 39 0.05
112 37 0.05
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (103 bp):
TTAATTCAGAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
AATTAAATTATAAAGAGAAGAAGGAGAATATAGATAGT
Found at i:1130 original size:110 final size:107
Alignment explanation
Indices: 1--1099 Score: 1030
Period size: 110 Copynumber: 10.4 Consensus size: 107
* * * * * *
1 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGATGT-AAAGAATGAAGATTAGTAGT--TTAATTCAGAGCAA
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAATAGTTAATTCAGAGTAA
** * *
63 TTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGT
66 TTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGT
* * *
98 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAAAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTA-ATAG-TTAATTCAGAGT
* * *
163 AATTAAATTAAAAAGGGTAAAAGACGGAGTAAACAGTCGATAGT
64 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
* * * *
207 TTAATTTAGAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAATAA-GGTGTAATCAGTAATTAGGTTAATTCAG
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAA-TA-GTTAATTCAG
** * ** * * * *
271 AGTAATTAAAAGAAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATTGT
61 AGTAATT-AAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
* * * *
319 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGT--TTAATTCAGAGCAA
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAATAGTTAATTCAGAGTAA
** * *
381 TTAAGCT-AAGA-AGTAAAAGAATGGAG-----ATTAG-TAGT
66 TTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGT
*
416 TTAATTCAAAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTA-ATAG-TTAATTCAGAGT
*
481 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGT
64 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
525 TTAATAT-AGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAG
1 TTAAT-TCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTA-ATAG-TTAATTCAGAG
* * * *
589 TAATTAAAGTAAGAAGAGTAAAAAAAGGTGTAAACAGTAGATAGT
63 TAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
* * *
634 TTCATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAA-GGTGTAATCAGTAATTAGGTTAATTCAGA
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAG--ATTAGTAA-TA-GTTAATTCAGA
* * ** * * *
698 GTAATTAAAATAAAAAGAGTAAAGGAAAAAGTAATCGGTTGATAGT
62 GTAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
* * * *
744 TTAATTGAGAGCAATTAAGCTAAGAAGT-AAAGAATGGAGATTAGTAGT--TTAATTCAGAGCAA
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAATAGTTAATTCAGAGTAA
** * *
806 TTAAGCT-AAAA-AGTAAAGGAATGGAG-----ATTAG-TAGT
66 TTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAA-GGAGTAAACAGTAGATAGT
* *
841 TTAATTCAAAGCAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAGATAGTTTAATTCAGAGT
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTA-ATAG-TTAATTCAGAGT
* * *
906 AATTAAATTATAAAGAGTAGAAGAAGGAGTAAATAGTAGATAGT
64 AATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
* * ** * *
950 TTAATTTAGAGTAATTAAACTAAAGAAGTAAAAGAATAAAGATTAGCAGATAGTTCAATTTAGAG
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTA-ATAGTT-AATTCAGAG
*
1015 TAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTCGATAGT
63 TAATTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
* *
1060 TTAATTTAAAGTAATTAAGCTAAAGAAGTAAAAGAA-GGAG
1 TTAATTCAGAGTAATTAAGCT-AAGAAGTAAAAGAATGGAG
1100 TAATCAGTAA
Statistics
Matches: 827, Mismatches: 118, Indels: 102
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
97 83 0.10
98 57 0.07
99 3 0.00
102 72 0.09
103 32 0.04
104 46 0.06
105 15 0.02
107 1 0.00
108 22 0.03
109 200 0.24
110 213 0.26
111 34 0.04
112 49 0.06
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (107 bp):
TTAATTCAGAGTAATTAAGCTAAGAAGTAAAAGAATGGAGATTAGTAATAGTTAATTCAGAGTAA
TTAAATTAAAAAGAGTAAAAGAAGGAGTAAACAGTAGATAGT
Found at i:2244 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 2171--2311 Score: 131
Period size: 33 Copynumber: 4.3 Consensus size: 32
2161 AGCATAAGTG
* *
2171 ACCGGCCACGCGACTTGGAGATGCCCGTGCAAC
1 ACCGGCCACGCGACATGGAGATGCCCG-GCCAC
* *
2204 ACAGGCCATGCGACATGGAGATGCCCGGCCATC
1 ACCGGCCACGCGACATGGAGATGCCCGGCCA-C
**
2237 ACCGGCCACGCGACATGGCCATGCCCGGCCAC
1 ACCGGCCACGCGACATGGAGATGCCCGGCCAC
* ** * *
2269 ACCCGACCACATGAC-TCGACCATGCCCGGCCAC
1 A-CCGGCCACGCGACATGGA-GATGCCCGGCCAC
2302 AACCGGCCAC
1 -ACCGGCCAC
2312 ATGACCCTTT
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 14, Indels: 8
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
32 7 0.08
33 82 0.91
34 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.42, G:0.26, T:0.09
Consensus pattern (32 bp):
ACCGGCCACGCGACATGGAGATGCCCGGCCAC
Found at i:3226 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 3213--3246 Score: 50
Period size: 8 Copynumber: 4.1 Consensus size: 8
3203 ACCTTCTTGA
3213 AAAAATTC
1 AAAAATTC
3221 AAAAATTC
1 AAAAATTC
*
3229 AGAAACTTC
1 A-AAAATTC
3238 AAAAATTC
1 AAAAATTC
3246 A
1 A
3247 TAGCCGATTC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 16 0.70
9 7 0.30
ACGTcount: A:0.59, C:0.15, G:0.03, T:0.24
Consensus pattern (8 bp):
AAAAATTC
Found at i:3341 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 3325--3353 Score: 51
Period size: 5 Copynumber: 6.0 Consensus size: 5
3315 ATCGAAAAAT
3325 ATAAA A-AAA ATAAA ATAAA ATAAA ATAAA
1 ATAAA ATAAA ATAAA ATAAA ATAAA ATAAA
3354 TTTCGACCAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
4 4 0.17
5 19 0.83
ACGTcount: A:0.83, C:0.00, G:0.00, T:0.17
Consensus pattern (5 bp):
ATAAA
Done.