Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008037.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08058, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1288--3340 Score: 2494
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1278 TTGGTACAAA
* * *
1288 AACTTCTTAACCCGCTTATAGTGTCCAAATTTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAA-TC-A-A
* * * * *
1353 TATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGCTTAGCAGACTGCACGTGCGGAGTTTAACT
63 TA-AA-AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGG-G-----GT
* * *
1418 TTAAGGGTTAACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAAATA--T--TTAATTATGAA
120 TTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAA
*
1479 ATGGGGTATGTGTC
185 ATAGGGTATGTGTC
* * * * *
1493 AACTTCTTAACCCGATTATGGAATCCACAATTTACACTGATAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC-AATA
* * * * * * * ** * ** *
1558 AGAAAAATTATACAGTTC-CCGTTAGTGAATTTTAGCAGACTGCATGTACAGTATTTAAAGGTTG
65 AAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTG
* *
1622 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GCGGTGT
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAG-GGTAT
1686 GTGTC
194 GTGTC
* * * * *
1691 AACTTCTTAACCCACCTATGGAGTCCAAAATTTATACTAACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC-AATA
* * ** * *
1756 AGAAAAATTA-AGCAATACACTGTCAGTGGAG--TAGCAGACTGCACATGCGGGGTTCAGGGGTT
65 AAAAAAATTATA-CAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTT
*
1818 GACATGTGTCCCCTTAGGGAATACGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GTGGTA
129 GACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAG-GGTA
1882 TGTGTC
193 TGTGTC
* *
1888 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC-ATAT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCAATAA
* * ** *
1952 AAAATATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGGGCTTTAAGGGTTGA
66 AAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGA
* * ** *
2017 TATGTGTTCCCTTAGGGAATATATGTATTAATATTTTATATTTTAATTAATTGTGAAATAGGGTA
131 CATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATATGTATTAATATTAAATA-TTTAATTAATTATGAAATAGGGTA
*
2082 TCTGTC
193 TGTGTC
* * * *
2088 AACTTCTTAACCCGCTTAT-GATGTCCAAAATTTATACTAACGGTGTA-TG--TAA-CAT--ATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGA-GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCAATA
* *
2146 AAAAAAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGTTG
65 AAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTG
** * *
2211 ACATGTGTTTCCTTAGGGAATATGTATTATTATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAATAGGGT
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAA---ATATTTAATTAATTATGAAATAGGGT
2276 ATGTGTC
192 ATGTGTC
* * * *
2283 AACTTCTTAACCCACTTATGGAGTTCAAGATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCAATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT-CAATA
* * * * ** *
2348 AAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGATTTTAGCTGACTGCACGTGCATGGTTTAAGCGTTG
65 AAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTG
* *
2413 ACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATG
2478 TGTC
195 TGTC
* * * * *
2482 AACTTCTTAACCCACATATGGAGTCTAAAATTTACATTGATAGTGTATTGTATAATAATCATATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCA-ATA
* * * *
2547 AAAATAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGAGTTG
65 AAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTG
* * ** *
2612 ACATGTGCCCCCTTAGGGAGTATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATG
2677 TGTC
195 TGTC
* *
2681 AACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCA-ATA
* *
2746 AAAAGAATTATACAATACACGGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTG
65 AAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTG
* ***
2811 ACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTGTATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATG
2876 TGTC
195 TGTC
*
2880 AACTTCTTAACCCGCTTAT-GATGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATATTCATAT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGA-GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCA-AT
* * * * * *
2944 AAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAATGGAGTTTAGCAAATTACACGCACGCACGTGGTTTAAG
64 AAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC--A-GAC-TGCACGCGCGGGGTTTAAG
* * ** * *
3009 GGTTAACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGA
125 GGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGG
*
3074 GCATGTGTC
190 GTATGTGTC
* * *
3083 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCTAAGATTTACACTTACAGTGTATTGTATAATAATC-ATAT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCAATA-
* * *
3147 AAAAAAATTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGCACGGGGTTTAAGGGTTG
65 AAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTG
*
3212 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTTAA-ATCAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GAGGTA
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA-TTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAG-GGTA
3275 TGTGTC
193 TGTGTC
* * * *
3281 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCTAAGATTTACACTGACAATATATTGTATAATAATC
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC
3341 CTTATTTTAA
Statistics
Matches: 1619, Mismatches: 193, Indels: 79
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
193 14 0.01
194 46 0.03
195 167 0.10
196 11 0.01
197 194 0.12
198 232 0.14
199 519 0.32
200 94 0.06
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205 51 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (198 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCAATAA
AAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGA
CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGT
GTC
Found at i:3214 original size:600 final size:592
Alignment explanation
Indices: 1288--3340 Score: 2532
Period size: 600 Copynumber: 3.4 Consensus size: 592
1278 TTGGTACAAA
* * *
1288 AACTTCTTAACCCGCTTATAGTGTCCAAATTTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAA-TC-ATA
* * **
1353 TATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGCTTAGCAGACTGCACGTGCGGAGTTTAACT
64 TA-AA-AAAA-TTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGG-G-----CT
* * * * *
1418 TTAAGGGTTAACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATA--TTA-A-ATATTTAATTATGAA
120 TTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAA
* * * *
1479 ATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGATTATGGAA-TCCACAATTTACACTGATAGTGTATTG
185 ATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTG
* * * * * * * **
1543 TATAATAATCTTATAAGAAAAATTATACAGTTC-CCGTTAGTGAATTTTAGCAGACTGCATGTAC
249 TATAATAATCATAT-A-AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGC
* ** * ***
1607 AGTATTTAAAGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATT
312 GGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATT
* * * *
1672 ATGAAAT-GCGGTGTGTGTCAACTTCTTAACCCACCTATGGAGTCCAAAATTTATACTAACAGTG
377 ATGAAATAG-GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTG
* * * * * * *
1736 TATTGTATAATAATCTTATAAGAAAAATTAAGCAATACACTGTCAGTGGAG--TAGCAGACTGCA
441 TATTGTATAATATTCATATAAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCA-ATTACA
* * * * * *
1799 -CATGCGGGGTTCAGGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATACGTATTAATATTAAATATTTAA
505 GCACGCGTGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAA
1863 TTAATTATGAAATGTGGTATGTGTC
570 TTAATTATG-AAT-TGGTATGTGTC
*
1888 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT-
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATA
* * ***
1952 AAAATATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACATGCGGGCTTTAAGGGTTGA
66 AAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGCTTTAAGGGTTGA
* * *
2017 TATGTGTTCCCTTAGGGAATATATGTATTAATATTTTATATTTTAATTAATTGTGAAATAGGGTA
131 CATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATATGTATTAATATTTTATA-TTTAATTAATTATGAAATAGGGTA
* * * * *
2082 TCTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGATGTCCAAAATTTATACTAACGGTGTA-TGTA-ACAT-A
193 TGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA-ATAA
* *
2144 T-A-A-AAAAAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAG
257 TCATATAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAG
** * *
2206 GGTTGACATGTGTTTCCTTAGGGAATATGTATTATTATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAAT
322 GGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTA--A-TATTTTATATTTAATTAATTATGAAAT
* * *
2271 AGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTTCAAGATTTACATTGACAGTGTATTGTAT
384 AGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTAT
* * * * * *
2336 AATAATCCA-ATAAAAAAAATTATACAATACACCATCAGTGGATTTTAGC--TGACTGCACGTGC
449 AAT-ATTCATATAAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAATTACAGCAC--GC
* *
2398 ATGGTTTAAGCGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATT
511 GTGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATT
*
2463 ATGAAATGGGGTATGTGTC
576 ATG-AAT-TGGTATGTGTC
* * * * *
2482 AACTTCTTAACCCACATATGGAGTCTAAAATTTACATTGATAGTGTATTGTATAATAATCATATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATA
* * *
2547 AAAATAATTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGAGTTG
66 AAAA-AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGCTTTAAGGGTTG
* * *
2612 ACATGTGCCCCCTTAGGGAGTATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATG
2677 TGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCA
195 TGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCA
*
2742 TATTAAAAGAATTATACAATACACGGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGG
260 TA-TAAAA-AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGG
* *
2807 GTTGACATGTATCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTGTATTTAATTAATTATGAAATAGGG
323 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGG
*
2872 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GATGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
388 TATGTGTCAACTTCTTAACCCACTTATGGA-GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT
*
2936 ATTCATATAAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAATGGAGTTTAGCAAATTACACGCACGCACGT
452 ATTCATATAAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC-AATTACA-GCACG--CGT
* **
3001 GGTTTAAGGGTTAACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTAT
513 GGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTAT
*
3066 GAATTAGAGCATGTGTC
578 GAATT-G-GTATGTGTC
* * *
3083 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCTAAGATTTACACTTACAGTGTATTGTATAATAATCATATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATA
* * *
3148 AAAAAATTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGCAGACTACACGCACGGGGTTTAAGGGTTGA
66 AAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGCTTTAAGGGTTGA
***
3213 CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTTAA-ATCAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GAGGTAT
131 CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA-TTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAG-GGTAT
* * * * *
3276 GTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCTAAGATTTACACTGACAATATATTGTATAATAATC
194 GTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC
3341 CTTATTTTAA
Statistics
Matches: 1263, Mismatches: 148, Indels: 84
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
588 41 0.03
589 64 0.05
590 12 0.01
591 3 0.00
592 114 0.09
593 78 0.06
594 214 0.17
595 72 0.06
596 76 0.06
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598 5 0.00
599 8 0.01
600 311 0.25
601 143 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (592 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATA
AAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGCTTTAAGGGTTGA
CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGT
GTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCAT
ATAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTT
GACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTAT
GTGTCAACTTCTTAACCCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATATTC
ATATAAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAATTACAGCACGCGTGGTTTAAG
GGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAATTGGT
ATGTGTC
Found at i:18929 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 18885--18968 Score: 89
Period size: 33 Copynumber: 2.6 Consensus size: 32
18875 AATTGCTCAT
* * *
18885 GCCGCCCTAGGGGGCGG-TTGAGCCATGGTAGG
1 GCCGCCCCAGGGGGCGGCCT-AGCCATGGTAAG
*
18917 GCCGCCCCAGGGGAGCGGCCTAGCCATGGTAAT
1 GCCGCCCCAGGGG-GCGGCCTAGCCATGGTAAG
*
18950 GCCGCACCAGGGGGACGGC
1 GCCGCCCCAGGGGG-CGGC
18969 ACGCCATGGC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 5, Indels: 5
0.81 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 13 0.30
33 30 0.68
34 1 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.43, T:0.11
Consensus pattern (32 bp):
GCCGCCCCAGGGGGCGGCCTAGCCATGGTAAG
Found at i:19081 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 19049--19105 Score: 105
Period size: 24 Copynumber: 2.4 Consensus size: 24
19039 TACTAAACCC
*
19049 ATTTTTTTTTTTTAAAAATAGCTA
1 ATTTTTTTTTTTAAAAAATAGCTA
19073 ATTTTTTTTTTTAAAAAATAGCTA
1 ATTTTTTTTTTTAAAAAATAGCTA
19097 ATTTTTTTT
1 ATTTTTTTT
19106 AAAAAAAATA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 32 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.04, T:0.61
Consensus pattern (24 bp):
ATTTTTTTTTTTAAAAAATAGCTA
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Indices: 19062--19113 Score: 77
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 24
19052 TTTTTTTTTT
***
19062 AAAAATAGCTAATTTTTTTTTTTA
1 AAAAATAGCTAATTTTTTTTAAAA
19086 AAAAATAGCTAATTTTTTTTAAAA
1 AAAAATAGCTAATTTTTTTTAAAA
19110 AAAA
1 AAAA
19114 TAACCTTACC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 25 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.04, G:0.04, T:0.44
Consensus pattern (24 bp):
AAAAATAGCTAATTTTTTTTAAAA
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19112 AATAACCTTA
* *
19122 CCGTCCTAGTGGGGCGGCT-AGCCGTGGCAGAG
1 CCGTCCTAGTGGGGAGGCTCCGCCGTGGCAGAG
*
19154 CCGTCCTAGTGGGGCGGCTCCGCCGTGGCAGAG
1 CCGTCCTAGTGGGGAGGCTCCGCCGTGGCAGAG
* *
19187 CCGCCCTAGTGGGGAGGCTCCGCTGTGGCAGAG
1 CCGTCCTAGTGGGGAGGCTCCGCCGTGGCAGAG
*
19220 CCGTCCTAGTGGGGAGGCTCCGTCGTG
1 CCGTCCTAGTGGGGAGGCTCCGCCGTG
19247 ACTAAGGGCA
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 7, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
32 19 0.22
33 66 0.78
ACGTcount: A:0.10, C:0.30, G:0.42, T:0.17
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CCGTCCTAGTGGGGAGGCTCCGCCGTGGCAGAG
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Alignment explanation
Indices: 21814--21861 Score: 87
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
21804 GTTTCTTTGA
*
21814 TTTTGTTAATTGCTGCCAATATAT
1 TTTTGTTAATTGCTGCCAAAATAT
21838 TTTTGTTAATTGCTGCCAAAATAT
1 TTTTGTTAATTGCTGCCAAAATAT
21862 ATATCTAACT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.12, G:0.12, T:0.48
Consensus pattern (24 bp):
TTTTGTTAATTGCTGCCAAAATAT
Found at i:24713 original size:53 final size:53
Alignment explanation
Indices: 24628--24730 Score: 152
Period size: 53 Copynumber: 1.9 Consensus size: 53
24618 GACGTGGCAC
* **
24628 GCCACGTGTACCAAAAAGTGACATGTGGCACGCCACATATACCAAAAAGTCGT
1 GCCACATGTACCAAAAAGTGACACATGGCACGCCACATATACCAAAAAGTCGT
* * *
24681 GCCACATGTACCAAAAAGTGACACATGTCACGCCACGTGTACCAAAAAGT
1 GCCACATGTACCAAAAAGTGACACATGGCACGCCACATATACCAAAAAGT
24731 GACACGTGGC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
53 44 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.27, G:0.19, T:0.17
Consensus pattern (53 bp):
GCCACATGTACCAAAAAGTGACACATGGCACGCCACATATACCAAAAAGTCGT
Found at i:24747 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 24680--24780 Score: 116
Period size: 31 Copynumber: 3.3 Consensus size: 31
24670 CAAAAAGTCG
* * *
24680 TGCCACATGTACCAAAAAGTGACACATGTCA
1 TGCCACGTGTACCAAAAAGTGACACGTGGCA
*
24711 CGCCACGTGTACCAAAAAGTGACACGTGGCA
1 TGCCACGTGTACCAAAAAGTGACACGTGGCA
* *
24742 TGCCACATGTTTA-CAAAAA-TGGCACGTGGCA
1 TGCCAC--GTGTACCAAAAAGTGACACGTGGCA
24773 TGCCACGT
1 TGCCACGT
24781 AGCACAAAAG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 7, Indels: 6
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 2 0.03
31 49 0.80
32 6 0.10
33 4 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.27, G:0.22, T:0.19
Consensus pattern (31 bp):
TGCCACGTGTACCAAAAAGTGACACGTGGCA
Done.