Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008054.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08075, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 23591
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.21, T:0.32
Found at i:867 original size:50 final size:51
Alignment explanation
Indices: 661--934 Score: 224
Period size: 51 Copynumber: 5.5 Consensus size: 51
651 AAAGTTTAAG
* * * *
661 CTTTTAAGTAATTTGTATATAAAGATTGAATTTTTAAGTAAAAGATTGAAT
1 CTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTGAAAGATTGAAT
* * * * *
712 TTTTAAAGTGATTTGTAAATAAA-AGTGGGATTTTTAATT-AGAAGA-TGACT
1 CTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGA-TTGAATTTTTAATTGA-AAGATTGAAT
* * * *
762 CTTTCAAGTAATTTGTAAATAGAGA-TGAACTTTTAATTGAAAGATT-AAG
1 CTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTGAAAGATTGAAT
* * * *
811 CTTTTAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAGTTTTTAGTTGGAAA-ATTAAAT
1 CTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATT-GAAAGATTGAAT
* * * * *
862 CTTTAAAGTATTTTGTGAATAAAGATTAAATCTTTTAAGTAAAAGA-TGAAAT
1 CTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAAT-TTTTAATTGAAAGATTG-AAT
* *
914 CTTTGAA-TAATATG-AAATAAA
1 CTTTAAAGTAATTTGTAAATAAA
935 AATGAAATCT
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 36, Indels: 23
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
49 38 0.22
50 46 0.26
51 76 0.43
52 16 0.09
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (51 bp):
CTTTAAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAATTGAAAGATTGAAT
Found at i:932 original size:150 final size:150
Alignment explanation
Indices: 651--932 Score: 333
Period size: 150 Copynumber: 1.9 Consensus size: 150
641 AATCTGGTAC
* * * *
651 AAAGTTTAAGCTTTTAAGTAATTTGTATATAAAGATTGAATTTTTAAGTAAAAGATTGAATTTTT
1 AAAGATTAAGCTTTTAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAAGTAAAAGATTAAATCTTT
** * * * *
716 AAAGTGATTTGTAAATAAAAGTGGGATTTTTAATTAGAAGATGACTCTTTCAAGTAATTTGTAAA
66 AAAGTGATTTGTAAATAAAAGTGAAATTTTTAAGTAAAAGATGAATCTTTCAAGTAATATGTAAA
781 TAGAGATGAACTTTTAATTG
131 TAGAGATGAACTTTTAATTG
* *
801 AAAGATTAAGCTTTTAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAGTTTTT-AGTTGGAAA-ATTAAATCT
1 AAAGATTAAGCTTTTAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAAG-T-AAAAGATTAAATCT
* * *
864 TTAAAGT-ATTTTGTGAAT-AAAGATTAAATCTTTTAAGTAAAAGATGAAATCTTTGAA-TAATA
64 TTAAAGTGA-TTTGTAAATAAAAG-TGAAAT-TTTTAAGTAAAAGATG-AATCTTTCAAGTAATA
926 TG-AAATA
125 TGTAAATA
933 AAAATGAAAT
Statistics
Matches: 111, Mismatches: 15, Indels: 12
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
149 7 0.06
150 73 0.66
151 23 0.21
152 8 0.07
ACGTcount: A:0.41, C:0.03, G:0.16, T:0.40
Consensus pattern (150 bp):
AAAGATTAAGCTTTTAAGTAATTTGTAAATAAAGATTGAATTTTTAAGTAAAAGATTAAATCTTT
AAAGTGATTTGTAAATAAAAGTGAAATTTTTAAGTAAAAGATGAATCTTTCAAGTAATATGTAAA
TAGAGATGAACTTTTAATTG
Found at i:1472 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1430--2107 Score: 815
Period size: 35 Copynumber: 19.7 Consensus size: 35
1420 AGTAATAAGA
1430 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
*
1465 AACTTAATTCAGGGTAATTAAG---TT-AGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * *
1496 AACTTAATTCAGGGTCATTAGGTAATTCAGTGATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * *
1531 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
1566 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * * *
1601 AACTTAAGTCAGGGTAATTAAGTGAGTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* *
1636 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGTCAGTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * * * * *
1671 ACCTTAATTCAGAGTAATTAAGTGAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * *
1706 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAGTCAGTTAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAGTAATT
1742 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
*
1777 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
*
1812 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * * *
1847 AACTTAATTCAGGGCAATTAAATGATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
*
1882 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * **
1917 AACTTAATTCAGGGTAATT-A--AA-TGAGTCAGC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * **
1948 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAGT-AATAGGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* *
1982 AACTTAATTTAGGGTAATTAAGTGAA-TCAGTAATC
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AATTCAGTAATT
* * * *
2017 AACTTTAATTCAGGGCAATTAAGTGAGTC-G--AGT
1 AAC-TTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
* * * *
2050 AACTTAATTTAGGGTAATTAAGTAGTTCAATAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
2085 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
1 AACTTAATTCAGGGTAATTAAGT
2108 TTAGTAAGAA
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 63, Indels: 32
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
31 51 0.09
32 25 0.04
33 4 0.01
34 31 0.05
35 399 0.71
36 54 0.10
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (35 bp):
AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAATTCAGTAATT
Found at i:1768 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 1755--1845 Score: 56
Period size: 8 Copynumber: 10.6 Consensus size: 8
1745 TTAATTCAGG
1755 GTAATTAA
1 GTAATTAA
*
1763 GTAATTCA
1 GTAATTAA
1771 GTAATTAA
1 GTAATTAA
* *
1779 CTTAATTCAGG
1 -GTAATT-A-A
1790 GTAATTAA
1 GTAATTAA
*
1798 GTAATTCA
1 GTAATTAA
*
1806 GTAATCAA
1 GTAATTAA
* *
1814 CTTAATTCAGG
1 -GTAATT-A-A
1825 GTAATTAA
1 GTAATTAA
*
1833 GTAATTCA
1 GTAATTAA
1841 GTAAT
1 GTAAT
1846 CAACTTAATT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 15, Indels: 12
0.70 0.17 0.13
Matches are distributed among these distances:
8 39 0.63
9 11 0.18
10 12 0.19
ACGTcount: A:0.41, C:0.09, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (8 bp):
GTAATTAA
Found at i:5515 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 5490--5530 Score: 64
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
5480 TCTTGAATGC
*
5490 TTGAAGTCTATTGAAGATCAA
1 TTGAAGACTATTGAAGATCAA
*
5511 TTGAAGAGTATTGAAGATCA
1 TTGAAGACTATTGAAGATCA
5531 TAAGCTAAGG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (21 bp):
TTGAAGACTATTGAAGATCAA
Found at i:11444 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 11419--11492 Score: 87
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 22
11409 TGCATGGGCA
11419 TGGCCGGGTCATGTGGCCGGTG
1 TGGCCGGGTCATGTGGCCGGTG
* **
11441 TGGCAGGG-CATGTGCGACCGGCA
1 TGGCCGGGTCATGTG-G-CCGGTG
*
11464 TGGCCGGGTCATGTAGCCGGTG
1 TGGCCGGGTCATGTGGCCGGTG
11486 TGGCCGG
1 TGGCCGG
11493 TCAAGTGCTT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 6
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
21 6 0.14
22 19 0.45
23 12 0.29
24 5 0.12
ACGTcount: A:0.09, C:0.24, G:0.47, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
TGGCCGGGTCATGTGGCCGGTG
Found at i:13840 original size:9 final size:10
Alignment explanation
Indices: 13814--13839 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 2.6 Consensus size: 10
13804 GAAAAATATT
13814 AAAAAAATAA
1 AAAAAAATAA
13824 AAAAAAATAA
1 AAAAAAATAA
13834 AAAAAA
1 AAAAAA
13840 TTTTCAACCA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 16 1.00
ACGTcount: A:0.92, C:0.00, G:0.00, T:0.08
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAAATAA
Found at i:19203 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19163--19204 Score: 70
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
19153 AATGGAGCTA
19163 ATGGAGATCATGTCCGGATAAAC
1 ATGGAGATCATGTCCGGATAAAC
19186 ATGGAGAT-ATGT-CGGATAA
1 ATGGAGATCATGTCCGGATAA
19205 TCAAGAAGAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.37
22 4 0.21
23 8 0.42
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.29, T:0.24
Consensus pattern (23 bp):
ATGGAGATCATGTCCGGATAAAC
Found at i:19214 original size:21 final size:23
Alignment explanation
Indices: 19167--19214 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 23
19157 GAGCTAATGG
* *
19167 AGATCATGTCCGGATAAACATGG
1 AGATCATGTCCGGATAAACAAGA
*
19190 AGAT-ATGT-CGGATAATCAAGA
1 AGATCATGTCCGGATAAACAAGA
19211 AGAT
1 AGAT
19215 GCCAAGGTTG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.64
22 4 0.18
23 4 0.18
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (23 bp):
AGATCATGTCCGGATAAACAAGA
Found at i:22479 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 22408--22481 Score: 69
Period size: 22 Copynumber: 3.3 Consensus size: 21
22398 TGCATGGGCA
22408 TGGCCGGGTCATGTGTCCGGTG
1 TGGCCGGGTCATGTG-CCGGTG
* **
22430 TGGTCGGG-CATGTGCGATCGGCA
1 TGGCCGGGTCATGTGC---CGGTG
22453 TGGCCGGGTCATGTAGCCGGTG
1 TGGCCGGGTCATGT-GCCGGTG
22475 TGGCCGG
1 TGGCCGG
22482 TCAAGTGAAG
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 6, Indels: 10
0.72 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.02
21 6 0.15
22 17 0.41
23 10 0.24
24 5 0.12
25 2 0.05
ACGTcount: A:0.08, C:0.23, G:0.46, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
TGGCCGGGTCATGTGCCGGTG
Done.