Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01008067.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig08088, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 1--5200 Score: 5934
Period size: 663 Copynumber: 7.9 Consensus size: 663
**
1 AACTGGATTCTGATGCTCGTAACAAAAAATCCTTAATTTTAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATG
1 AACTGGATTCTGATGCTCGTAA-AAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATG
* * * * ** * * *
66 CATATAGATATTTC-AGTAAATCTTGATGTCAGAAATCCTGCAAAATTGAGCCGCGGCCCCGGAA
65 CATATAGATATTTCAAG-GAGTCTTGA-GCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAA
** ** * * * *
130 CGTGTTTTTAGCCAATAAAAGGTGAAGTAACATACACAATTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-T
128 CGCATTTTTAGCCAA-AAATCGTGAAGTAACGTACACGATTTT-GGTTGAAATTTTGCAAAAATT
* * *** * * * * *
194 GACCCAAAA-CTTTCCACTCAATTTTTAGG-CACAATACTTATAAAAAATAAAT-ACTTCAACAC
191 GCCCCAAAAGATTTTTTCTTAATTTTT-GGTCACAATACTCATAAAAATTATATAAC-TCAACGC
* * * * * * * *
256 AAAAAAAGATGGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTTTTCTTTTTGTTTCTAAATT
254 -CAAAAAGATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTC--TT-TTTTT-TTTC-GAATT
* ** *
321 AATTTCTATTTAAATCGAAACAT-GATTC-AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
313 AATTTCTAATTAAATAAAAAC-TGGATTCTA-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATAT
384 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATGCAAAA
376 GGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATGCAAAA
*
449 CTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTTGTATTCGATTTCGGTT
441 CTGAGTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTT
* *
514 AAAATTTTGCAAAATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTCTTAGCCACAATACTTATAAAAAA
505 AAAATTTTGCAAAATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAA
* * * *
579 AGGATATAATTCAACGCAAAAGAGATTTAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTACTTTTCCTCAT
570 A-AATATAATTCAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTT
644 TTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAAACGA
634 TTTTTCCGAATTAATTTATAATTAAAACGA
674 AACTGGATTCTGATGCTCGTAACAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGAT
1 AACTGGATTCTGATGCTCGT-A-AAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGAT
* **
739 GCATATAGATATTCCAAGGAGTCTTGCAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAAACCCCGGAA
64 GCATATAGATATTTCAAGGAGTCTTG-AGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAA
* * *
804 CGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTA-GTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAATTTG
128 CGCATTTTTAGCCAAAAATCGTGA-AGTAACGTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAAATTG
* * *
868 CCCCGAAAGATTTTTTCTTAGTTTTTGGTCACAATACTCATATAAATTATATAACTCAACGCCAA
192 CCCCAAAAGATTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCCAA
*
933 AAAGATTGAAGGGATTTCCATGCCTCTAATGTCGTTTTTC-TTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAA
257 AAAGATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAA
** * * *
997 TTAAAGCAAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATTCTTATATCCAATATGGCTGAGATCT
322 TTAAATAAAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTT
* * *
1062 GGTTAGATTAATATACATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGG
387 GGTTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGG
* * *
1127 TCCCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAATCGTAATGGTTTGTATTCGATTTCGGTTAAAATTTTGCA
452 TCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTAAAATTTTGCA
*
1192 AATTTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAGAATATAATT
516 AAATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAA-AATATAATT
* *
1257 CAACGCAAAAGTGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAAATTTATTTTTCCTCTTTTTTTCCGAAT
580 CAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCCGAAT
1322 TAATTTATAATTAAAACGA
645 TAATTTATAATTAAAACGA
* * *
1341 AACTAGATTCTGATGCTCATAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTAAGATGC
1 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGC
*
1406 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGTCGAGGCCCCGGAACG
66 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-GAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACG
* * *
1471 CATTTTTAGCCAAGAATCGTGATGGTTA-GTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGC-AAAATT-CC
130 CATTTTTAGCCAAAAATCGTGA-AGTAACGTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAAATTGCC
*
1533 CCAAAAGATTTTTTCTTAGTTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCCAAAA
194 CCAAAAGATTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCCAAAA
*
1598 AGATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTGGAATTAATTTCTAATT
259 AGATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATT
* * * *
1663 AAA-AAAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATTCTTATATCCAAAATGGCTAAGATTTGG
324 AAATAAAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGG
** * * * *
1727 TTAGATGAATATAGATATTACAAGGAGTCTTG-ACGCCAAACATCATGCAAAACTGAG-CCGAGT
389 TTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCA-GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGT
* * * *
1790 CCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGTTAAAATTTTGCA
453 CCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-GTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTAAAATTTTGCA
** * * * *
1855 AAACATGACCCGAAAATTTTTTCCTCAAA-TTTTAGCTACAATACTCATAAAAAAATATATAATT
516 AAATTTTACCCGAAAAATTTTTCCT-AAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAAATATAATT
* ** * ** * **
1919 TAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTCTTT-CT-TTTTTTTCTAAAT
580 CAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCCGAAT
*
1982 TAATTTCTAATTAAAACGA
645 TAATTTATAATTAAAACGA
* ** * * * ** *
2001 ACCTGGATTCTTTTGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATG
1 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATG
* * * * * ** * * * *
2066 AATATAGATATTTCAATGAATCTTGATGTCAGAAATCCTGCAAAATTGAGCCGCGGACCCGGAAC
65 CATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGA-GCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAAC
** ** * * * * *
2131 GTGTTTTTAGCCAATAAAAGGTGAAGTAACATACACAATTTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-TG
129 GCATTTTTAGCCAA-AAATCGTGAAGTAACGTACACGATTT-TGGTTGAAATTTTGCAAAAATTG
* ** * * * * ** * *
2195 ACCCAAAAG-TTTTCACTCAATTTTTAGCCACAATACTTATAAAAAACAAAT-ACTTCAAC-ACA
192 CCCCAAAAGATTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAAC-TCAACGCCA
* * * * * * * * *
2257 AAAAAATATGGAATGGCTTTTCACGCTTCTAATATC------ATTTTTTTTCT-AAATTAATTTC
256 AAAAGAT-T-GAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTC
* ** * *
2315 TATTTAAATCGAAACAT-GATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
319 TAATTAAATAAAAAC-TGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAG
* *
2379 ATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTC
383 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
*
2444 GGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTTGTATACGATTTCAGTTAAAATTT
448 GGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTAAAATTT
* *
2509 TCCAAAATTTTACCCGATAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAAGATAT
512 TGCAAAATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAA-ATAT
*
2574 AATTCAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTATAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCC
576 AATTCAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCC
**
2639 GAATTAATAAATAATTAAAACGA
641 GAATTAATTTATAATTAAAACGA
2662 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGC
1 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGC
*
2727 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGACCCCGGAACG
66 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-GAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACG
* *
2792 TATTTTTAGCCAAAAATCGTG-A-TAACGTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAATTTGCCC
130 CATTTTTAGCCAAAAATCGTGAAGTAACGTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAAATTGCCC
* * *
2855 CTAAAGA-TTTTTCTTAGTTTTTGGTCACAATACTCATATAAATTATATAACTCAACGCCAAAAA
195 CAAAAGATTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCCAAAAA
2919 GATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTA
260 GATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTA
* *
2984 AA-ACAATACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGG
325 AATA-AAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGG
* *
3048 TTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTACAGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGGTC
389 TTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTC
*
3113 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAGCCGTGA-----TG-----G---T---TTAAAATTTTGCAAA
454 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAA-ACGTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAA
*
3162 ATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAAATTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAAGATATAATTCA
518 ATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAA-ATATAATTCA
*
3227 ACGCAAAAGAGATTGAAGTGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCCGAATTA
582 ACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCCGAATTA
*
3292 ATTTATAATGAAAACGA
647 ATTTATAATTAAAACGA
*
3309 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAATTACAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGC
1 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGC
*
3374 ATATAGATATTTCAAGGAGCCTTGGAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACG
66 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTT-GAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACG
* *
3439 CATTTTTAGCCAAAAATCGTG-A-T--GGT--ACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAATTTGCCC
130 CATTTTTAGCCAAAAATCGTGAAGTAACGTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAAATTGCCC
* ** *
3498 CGAAAGATTTTTTCTTAGGTTTTGGTCACAATACTCATATAAATTATATAACTCAACGCC-----
195 CAAAAGATTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCCAAAAA
* *
3558 -A---AAGGGATTTCCGTCCTTCTAATGTCGTTTTTC--TTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTA
260 GATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTA
** *
3617 AA-ACAAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATTTTTATATCCAATATGGCTGAGATTTGG
325 AATA-AAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGG
* ** * * * *
3681 TTAGATTAATATAGATATTACAAGGAGTCTTG-ACGCCAAACATCATGC-AAACTGAG-CCGAGT
389 TTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCA-GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGT
* * *
3743 CCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAT-TACACGATTTCGGTTAAAATTTTGT
453 CCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-GTGATGGTT-TGTATACGATTTCGGTTAAAATTTTGC
** * * * * * *
3807 AAAACATGAACCGAAAATTTTTTTCCTCAATTTTTAGCTACAATACTCAT-AAAAAATATATAAT
515 AAAATTTTACCCGAAAA-ATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAAATATAAT
* ** * * ** * **
3871 TTAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTATAA-TATCGTCTT--TCTTTTTTTCTAAA
579 TCAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCCGAA
*
3933 TTAATTTCTAATTAAAACGA
644 TTAATTTATAATTAAAACGA
** * * * ** *
3953 AACTGGATTCTTTTGCTCGTAAAAATAAATTCTTAAATCTAATGTGACTGAGATTTCGTTAGATG
1 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAA-AAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATG
* * * * * ** * * *
4018 AATATAGATATTTCAATGAATCTTGATGTCAGAAATCCTGCAAAATTGAGCCGCGGCCCCGGAAC
65 CATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGA-GCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAAC
** ** * * * * *
4083 GTGTTTTTAGCCAATAAAAGGTGAAGTAACATACACAATTTTCGGCTAAAATTTTACAAAAA-TG
129 GCATTTTTAGCCAA-AAATCGTGAAGTAACGTACACGATTTT-GGTTGAAATTTTGCAAAAATTG
* * ** * * * * * * * *
4147 ACCCAAAA-CTTTTCACTCAATTTTTAGCCACAATACTTATAAAAAATAAAT-ACTTCAACACAA
192 CCCCAAAAGATTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAAC-TCAACGC-C
* * * * * * *
4210 AAAAAGATGGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCTTTTTTTTTTTCTAAATTAATT
255 AAAAAGATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTC-GTTTTTC-TTTTTTTTTTC-GAATTAATT
* ** * *
4275 TCTATTTAAATCGAAACAT-GATTC-AGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT
317 TCTAATTAAATAAAAAC-TGGATTCTA-ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCT
* *
4338 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATGCATAACTGA
380 GAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATGCAAAACTGA
* **
4403 GTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCCGTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTTTAA
445 GTCGGGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAA-ACGTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTAAAA
* *
4468 TTTTGCAAAATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAAATTTTAGCCACAATAGTCATAAAAAAAATA
509 TTTTGCAAAATTTTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAA-A
4533 TATAATTCAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTT
573 TATAATTCAACGCAAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTT
4598 TCCGAATTAATTTATAATTAAAACGA
638 TCCGAATTAATTTATAATTAAAACGA
4624 AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGT--G-G-G---T-G--AGA--
1 AACTGGATTCTGATGCTCGT-AAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATG
4677 C----------TT----G-G---T--GCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACG
65 CATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACG
* * * * *
4722 CATTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTTGGTTGGAATTTTGCAAAAATTGCC
130 CATTTTTAGCCAAAAATCGTGA-AGTAACGTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAAATTGCC
* * *
4786 CCTAAAGATTTTTTTTCCTAATTTTTTGTCACAATACTCATATAAAA-TATATAACTCAACGCCA
194 CCAAAAGA--TTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATA-AAAATTATATAACTCAACGCC-
* *
4850 AAAAAGATTGAAGGTAATTT-CATTCTTCTAATGTCGTTTTTC--TTTTTTTTCGAATTAATTTC
255 AAAAAGATTGAAGG-GATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTC
* * * * *
4912 TAATTAAA-ACAAAACTGGATTCTGATGCTCATAAAAAGAAATTCTTATATCCAATATGGCTGAG
319 TAATTAAATA-AAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAG
* * *
4976 ATTTGGTTAGATGATTATAGAT-TTTACAAGGAGTCTTG-ACGCCAAAAATCATGTC-AAACTGA
383 ATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT-TAATGAGTCTTGCA-GCCAAAAATCATG-CAAAACTGA
* * * ** * * * * *
5038 GCCGAGG-CCCTGTAATACGTTTTTAGTCAAAAACTATGATGGTTAGTACATGATTTCGGTTAAA
445 GTCGGGGTCCC-GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-GTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTAAA
** * * *
5102 ATTTTGCAAAACATAACCC-AAAAATTTTTTCCTCAATTTTTAGCCACAATACTCAT-AAAAAAT
508 ATTTTGCAAAATTTTACCCGAAAAA-TTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAA
*
5165 ATATAATTTAACGCAAAAGAGATTGAAAGGGCTTTT
572 ATATAATTCAACGCAAAAGAGATTG-AAGGGCTTTT
5201 TACGCTTGTA
Statistics
Matches: 3873, Mismatches: 522, Indels: 303
0.82 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
631 8 0.00
632 33 0.01
633 148 0.04
634 29 0.01
635 229 0.06
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637 25 0.01
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673 82 0.02
674 140 0.04
675 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (663 bp):
AACTGGATTCTGATGCTCGTAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGC
ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGAGCCAAAAATCAAGAAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACGC
ATTTTTAGCCAAAAATCGTGAAGTAACGTACACGATTTTGGTTGAAATTTTGCAAAAATTGCCCC
AAAAGATTTTTTCTTAATTTTTGGTCACAATACTCATAAAAATTATATAACTCAACGCCAAAAAG
ATTGAAGGGATTTCCATGCTTCTAATGTCGTTTTTCTTTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAA
ATAAAAACTGGATTCTAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCTGAGATTTGGTT
AGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGCAGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCCC
GGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTTGTATACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAATT
TTACCCGAAAAATTTTTCCTAAATTTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAAATATAATTCAACGC
AAAAGAGATTGAAGGGCTTTTCACATTTCTAATTTTATTTTTCCTCTTTTTTTCCGAATTAATTT
ATAATTAAAACGA
Found at i:5340 original size:70 final size:70
Alignment explanation
Indices: 5227--5395 Score: 329
Period size: 70 Copynumber: 2.4 Consensus size: 70
5217 CCTTTGCTTA
*
5227 ATTGAAGGGCTTTTGAAGATGAATTGCTCGAAAGAGAATTGCTCAAAATATATAATTTAACGCAA
1 ATTGAAAGGCTTTTGAAGATGAATTGCTCGAAAGAGAATTGCTCAAAATATATAATTTAACGCAA
5292 AAGAG
66 AAGAG
5297 ATTGAAAGGCTTTTGAAGATGAATTGCTCGAAAGAGAATTGCTCAAAATATATAATTTAACGCAA
1 ATTGAAAGGCTTTTGAAGATGAATTGCTCGAAAGAGAATTGCTCAAAATATATAATTTAACGCAA
5362 AAGAG
66 AAGAG
5367 ATTGAAAGGCTTTTGAAGATGAATTGCTC
1 ATTGAAAGGCTTTTGAAGATGAATTGCTC
5396 AAAACCCCGC
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
70 98 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.10, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (70 bp):
ATTGAAAGGCTTTTGAAGATGAATTGCTCGAAAGAGAATTGCTCAAAATATATAATTTAACGCAA
AAGAG
Found at i:8257 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 8214--8291 Score: 129
Period size: 39 Copynumber: 2.0 Consensus size: 39
8204 TAATGGAGAG
*
8214 GGAGGAGAGTTGAGGAGGGATGATATCGGAAATGGACTT
1 GGAGGAGAGTTGAGGAGGAATGATATCGGAAATGGACTT
**
8253 GGAGGAGAGTTGAGGAGGAATGATATCGGTTATGGACTT
1 GGAGGAGAGTTGAGGAGGAATGATATCGGAAATGGACTT
8292 AGAGAGGTTT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
39 36 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.05, G:0.42, T:0.23
Consensus pattern (39 bp):
GGAGGAGAGTTGAGGAGGAATGATATCGGAAATGGACTT
Done.